# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.174 0.009 0.042 0.039 0.087 0.105 0.004 0.001 0.006 0.437 2 M 0.097 0.242 0.005 0.039 0.041 0.078 0.065 0.004 0.001 0.006 0.423 3 R 0.079 0.249 0.006 0.032 0.038 0.049 0.092 0.010 0.001 0.004 0.440 4 L 0.134 0.266 0.008 0.046 0.060 0.075 0.060 0.013 0.001 0.005 0.333 5 A 0.113 0.215 0.008 0.055 0.058 0.091 0.104 0.013 0.001 0.005 0.339 6 N 0.137 0.108 0.010 0.039 0.039 0.055 0.075 0.020 0.001 0.020 0.496 7 G 0.286 0.049 0.042 0.105 0.042 0.052 0.064 0.017 0.001 0.027 0.315 8 I 0.106 0.021 0.065 0.179 0.077 0.067 0.150 0.007 0.001 0.005 0.323 9 V 0.048 0.009 0.007 0.297 0.128 0.228 0.049 0.002 0.001 0.003 0.229 10 L 0.017 0.016 0.007 0.262 0.103 0.148 0.069 0.001 0.001 0.003 0.374 11 D 0.019 0.009 0.002 0.202 0.098 0.208 0.097 0.001 0.001 0.004 0.361 12 K 0.013 0.007 0.001 0.103 0.033 0.101 0.103 0.001 0.001 0.005 0.634 13 D 0.009 0.004 0.001 0.022 0.008 0.017 0.517 0.001 0.001 0.009 0.413 14 T 0.304 0.013 0.002 0.018 0.009 0.016 0.373 0.001 0.001 0.032 0.231 15 T 0.304 0.228 0.013 0.029 0.030 0.044 0.128 0.006 0.001 0.008 0.210 16 F 0.082 0.120 0.017 0.055 0.077 0.137 0.066 0.004 0.001 0.017 0.425 17 G 0.064 0.074 0.019 0.025 0.081 0.107 0.096 0.005 0.001 0.008 0.519 18 E 0.171 0.069 0.006 0.029 0.080 0.143 0.156 0.005 0.001 0.006 0.336 19 L 0.049 0.193 0.007 0.035 0.197 0.223 0.051 0.003 0.001 0.002 0.241 20 K 0.015 0.091 0.003 0.061 0.241 0.446 0.048 0.001 0.001 0.002 0.092 21 F 0.028 0.131 0.005 0.040 0.211 0.237 0.037 0.003 0.001 0.002 0.307 22 S 0.043 0.121 0.002 0.039 0.262 0.397 0.029 0.001 0.001 0.002 0.104 23 A 0.028 0.146 0.003 0.022 0.199 0.219 0.069 0.003 0.001 0.003 0.308 24 L 0.034 0.171 0.004 0.020 0.186 0.315 0.058 0.003 0.001 0.003 0.207 25 R 0.073 0.185 0.004 0.013 0.142 0.233 0.105 0.004 0.001 0.006 0.234 26 R 0.079 0.244 0.007 0.011 0.150 0.178 0.043 0.005 0.001 0.005 0.277 27 E 0.048 0.133 0.010 0.010 0.130 0.213 0.060 0.005 0.001 0.005 0.385 28 V 0.094 0.142 0.018 0.023 0.171 0.205 0.030 0.004 0.001 0.004 0.310 29 R 0.040 0.132 0.004 0.023 0.295 0.352 0.024 0.003 0.001 0.002 0.125 30 I 0.027 0.151 0.003 0.018 0.359 0.295 0.015 0.006 0.001 0.001 0.126 31 Q 0.040 0.098 0.004 0.023 0.260 0.341 0.023 0.016 0.001 0.001 0.193 32 N 0.080 0.023 0.002 0.013 0.312 0.450 0.012 0.003 0.001 0.001 0.105 33 E 0.024 0.008 0.002 0.015 0.039 0.091 0.087 0.005 0.001 0.003 0.727 34 D 0.034 0.007 0.007 0.017 0.015 0.023 0.571 0.002 0.001 0.021 0.304 35 G 0.389 0.007 0.005 0.018 0.010 0.011 0.059 0.004 0.001 0.276 0.220 36 S 0.099 0.004 0.066 0.011 0.006 0.005 0.523 0.002 0.001 0.006 0.277 37 V 0.014 0.001 0.003 0.007 0.005 0.009 0.153 0.001 0.001 0.001 0.806 38 S 0.097 0.007 0.003 0.026 0.083 0.428 0.096 0.001 0.001 0.002 0.258 39 D 0.033 0.012 0.001 0.029 0.025 0.049 0.158 0.001 0.001 0.024 0.669 40 E 0.020 0.015 0.001 0.010 0.009 0.013 0.491 0.001 0.001 0.005 0.434 41 I 0.105 0.151 0.003 0.029 0.060 0.106 0.275 0.001 0.001 0.017 0.253 42 K 0.049 0.428 0.002 0.024 0.122 0.160 0.056 0.002 0.001 0.005 0.153 43 E 0.042 0.459 0.005 0.014 0.121 0.132 0.033 0.005 0.001 0.002 0.185 44 R 0.217 0.261 0.004 0.027 0.158 0.139 0.019 0.018 0.001 0.003 0.153 45 T 0.154 0.203 0.020 0.021 0.092 0.106 0.031 0.028 0.001 0.001 0.344 46 Y 0.143 0.071 0.021 0.060 0.201 0.330 0.013 0.004 0.001 0.002 0.153 47 D 0.020 0.029 0.006 0.057 0.104 0.157 0.141 0.006 0.001 0.002 0.478 48 L 0.049 0.031 0.008 0.125 0.093 0.176 0.050 0.002 0.001 0.003 0.464 49 K 0.013 0.041 0.003 0.069 0.084 0.146 0.289 0.001 0.001 0.005 0.349 50 S 0.078 0.043 0.003 0.034 0.051 0.081 0.345 0.002 0.001 0.008 0.354 51 K 0.129 0.124 0.003 0.044 0.084 0.130 0.055 0.004 0.001 0.013 0.415 52 G 0.081 0.059 0.011 0.023 0.053 0.067 0.277 0.004 0.001 0.010 0.416 53 Q 0.322 0.079 0.013 0.024 0.050 0.075 0.232 0.006 0.001 0.013 0.186 54 G 0.258 0.073 0.007 0.025 0.049 0.098 0.031 0.017 0.001 0.022 0.420 55 R 0.158 0.019 0.059 0.051 0.158 0.148 0.087 0.007 0.001 0.006 0.307 56 M 0.045 0.002 0.008 0.050 0.098 0.133 0.108 0.002 0.001 0.002 0.552 57 I 0.014 0.002 0.001 0.073 0.322 0.499 0.020 0.001 0.001 0.001 0.067 58 Q 0.008 0.001 0.001 0.190 0.284 0.336 0.023 0.001 0.001 0.001 0.157 59 V 0.002 0.001 0.001 0.163 0.308 0.393 0.008 0.001 0.001 0.001 0.124 60 S 0.002 0.001 0.001 0.213 0.155 0.569 0.009 0.001 0.001 0.002 0.050 61 I 0.004 0.001 0.001 0.148 0.244 0.295 0.044 0.001 0.001 0.002 0.261 62 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.967 63 A 0.004 0.001 0.001 0.036 0.066 0.135 0.077 0.001 0.001 0.001 0.681 64 S 0.015 0.001 0.001 0.007 0.004 0.010 0.082 0.001 0.001 0.002 0.879 65 V 0.347 0.002 0.001 0.036 0.064 0.084 0.038 0.001 0.001 0.006 0.422 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.979 67 L 0.020 0.003 0.001 0.029 0.074 0.230 0.040 0.001 0.001 0.001 0.603 68 K 0.067 0.038 0.001 0.086 0.123 0.076 0.102 0.001 0.001 0.010 0.497 69 E 0.170 0.014 0.001 0.022 0.023 0.041 0.129 0.002 0.001 0.004 0.593 70 F 0.499 0.040 0.003 0.073 0.055 0.098 0.046 0.001 0.001 0.006 0.180 71 D 0.022 0.010 0.002 0.016 0.026 0.025 0.170 0.001 0.001 0.002 0.726 72 Y 0.011 0.005 0.002 0.016 0.031 0.047 0.054 0.001 0.001 0.002 0.830 73 N 0.028 0.011 0.001 0.028 0.038 0.095 0.332 0.001 0.001 0.006 0.461 74 A 0.281 0.016 0.002 0.017 0.055 0.057 0.206 0.001 0.001 0.017 0.348 75 R 0.129 0.031 0.003 0.045 0.098 0.107 0.176 0.002 0.001 0.006 0.402 76 V 0.039 0.030 0.009 0.078 0.196 0.224 0.064 0.001 0.001 0.002 0.358 77 E 0.016 0.009 0.001 0.192 0.344 0.360 0.016 0.001 0.001 0.002 0.061 78 L 0.008 0.015 0.001 0.065 0.226 0.287 0.026 0.001 0.001 0.001 0.370 79 I 0.015 0.015 0.001 0.394 0.137 0.369 0.011 0.001 0.001 0.004 0.054 80 N 0.016 0.018 0.002 0.125 0.220 0.200 0.080 0.001 0.001 0.002 0.336 81 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 0.955 82 I 0.011 0.007 0.002 0.097 0.044 0.116 0.345 0.001 0.001 0.010 0.367 83 A 0.262 0.052 0.004 0.104 0.040 0.065 0.115 0.001 0.001 0.019 0.339 84 D 0.061 0.179 0.004 0.064 0.082 0.088 0.082 0.001 0.001 0.012 0.428 85 T 0.050 0.224 0.004 0.070 0.134 0.117 0.072 0.002 0.001 0.004 0.326 86 V 0.081 0.261 0.004 0.057 0.123 0.177 0.077 0.004 0.001 0.004 0.213 87 A 0.106 0.280 0.007 0.056 0.145 0.145 0.042 0.006 0.001 0.004 0.208 88 T 0.061 0.260 0.009 0.065 0.135 0.176 0.051 0.008 0.001 0.003 0.231 89 A 0.084 0.163 0.008 0.084 0.162 0.222 0.028 0.011 0.001 0.003 0.235 90 T 0.042 0.081 0.008 0.061 0.096 0.139 0.099 0.013 0.001 0.003 0.458 91 Y 0.131 0.055 0.016 0.082 0.101 0.142 0.085 0.008 0.001 0.008 0.372 92 Q 0.056 0.042 0.008 0.068 0.081 0.103 0.159 0.007 0.001 0.007 0.471 93 G 0.092 0.014 0.008 0.058 0.049 0.081 0.080 0.009 0.001 0.021 0.588 94 A 0.179 0.015 0.038 0.116 0.103 0.113 0.108 0.003 0.001 0.007 0.319 95 D 0.026 0.003 0.002 0.053 0.092 0.094 0.135 0.001 0.001 0.005 0.589 96 V 0.040 0.004 0.003 0.098 0.163 0.300 0.061 0.001 0.001 0.004 0.327 97 D 0.021 0.004 0.001 0.232 0.113 0.170 0.194 0.001 0.001 0.010 0.255 98 W 0.048 0.003 0.001 0.236 0.175 0.191 0.085 0.001 0.001 0.008 0.252 99 Y 0.014 0.004 0.001 0.441 0.156 0.235 0.039 0.001 0.001 0.004 0.106 100 I 0.007 0.004 0.001 0.403 0.218 0.233 0.033 0.001 0.001 0.004 0.097 101 K 0.005 0.005 0.001 0.210 0.246 0.327 0.040 0.001 0.001 0.003 0.162 102 A 0.005 0.005 0.001 0.099 0.219 0.507 0.024 0.001 0.001 0.001 0.140 103 D 0.007 0.006 0.001 0.065 0.143 0.312 0.097 0.001 0.001 0.004 0.366 104 D 0.050 0.007 0.001 0.052 0.107 0.156 0.256 0.001 0.001 0.018 0.351 105 I 0.217 0.031 0.006 0.060 0.149 0.187 0.095 0.001 0.001 0.012 0.242 106 V 0.032 0.034 0.004 0.095 0.330 0.321 0.062 0.001 0.001 0.008 0.114 107 L 0.012 0.025 0.003 0.047 0.213 0.311 0.034 0.002 0.001 0.002 0.352 108 T 0.022 0.019 0.001 0.043 0.222 0.556 0.014 0.001 0.001 0.001 0.122 109 K 0.021 0.025 0.002 0.032 0.142 0.176 0.077 0.004 0.001 0.002 0.520 110 D 0.024 0.013 0.003 0.022 0.057 0.111 0.100 0.003 0.001 0.003 0.664 111 S 0.130 0.010 0.004 0.028 0.046 0.111 0.105 0.001 0.001 0.008 0.556 112 S 0.084 0.011 0.005 0.016 0.018 0.029 0.228 0.001 0.001 0.012 0.594 113 S 0.115 0.020 0.005 0.017 0.025 0.049 0.250 0.001 0.001 0.013 0.506 114 F 0.163 0.058 0.005 0.026 0.040 0.069 0.156 0.002 0.001 0.012 0.469 115 K 0.097 0.078 0.005 0.014 0.039 0.071 0.162 0.003 0.001 0.007 0.522 116 A 0.114 0.073 0.007 0.013 0.030 0.082 0.129 0.006 0.001 0.006 0.541 117 Q 0.175 0.074 0.010 0.018 0.058 0.101 0.072 0.005 0.001 0.004 0.482 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.991 119 Q 0.018 0.019 0.001 0.009 0.052 0.114 0.143 0.001 0.001 0.002 0.642 120 A 0.234 0.064 0.001 0.011 0.019 0.030 0.051 0.002 0.001 0.009 0.579 121 K 0.250 0.103 0.004 0.011 0.019 0.040 0.057 0.005 0.001 0.005 0.505 122 K 0.230 0.057 0.009 0.018 0.013 0.025 0.092 0.004 0.001 0.007 0.545 123 E 0.101 0.017 0.005 0.012 0.016 0.018 0.060 0.003 0.001 0.002 0.765 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.992 125 T 0.023 0.007 0.001 0.021 0.042 0.099 0.129 0.001 0.001 0.001 0.675 126 Q 0.237 0.032 0.001 0.027 0.035 0.066 0.087 0.001 0.001 0.005 0.509 127 D 0.075 0.035 0.001 0.016 0.029 0.048 0.085 0.002 0.001 0.004 0.705 128 K 0.104 0.026 0.002 0.021 0.029 0.046 0.116 0.001 0.001 0.005 0.649