# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.045 0.050 0.040 0.077 0.092 0.007 0.639 2 M 0.077 0.101 0.103 0.139 0.202 0.106 0.012 0.261 3 R 0.108 0.117 0.056 0.120 0.173 0.119 0.019 0.288 4 L 0.086 0.172 0.109 0.106 0.196 0.057 0.016 0.258 5 A 0.071 0.160 0.070 0.142 0.187 0.096 0.025 0.250 6 N 0.189 0.057 0.072 0.086 0.084 0.063 0.082 0.366 7 G 0.232 0.015 0.192 0.061 0.067 0.048 0.035 0.351 8 I 0.066 0.008 0.349 0.156 0.141 0.056 0.012 0.213 9 V 0.006 0.003 0.338 0.128 0.155 0.024 0.003 0.342 10 L 0.004 0.003 0.346 0.087 0.153 0.044 0.002 0.362 11 D 0.007 0.009 0.242 0.110 0.174 0.139 0.002 0.317 12 K 0.014 0.008 0.081 0.027 0.083 0.081 0.003 0.703 13 D 0.018 0.006 0.017 0.007 0.021 0.655 0.005 0.271 14 T 0.283 0.016 0.010 0.008 0.010 0.400 0.023 0.250 15 T 0.165 0.261 0.037 0.027 0.027 0.184 0.022 0.277 16 F 0.040 0.234 0.088 0.060 0.091 0.081 0.026 0.380 17 G 0.079 0.168 0.053 0.074 0.105 0.116 0.023 0.383 18 E 0.124 0.098 0.052 0.050 0.117 0.123 0.019 0.416 19 L 0.074 0.274 0.080 0.148 0.187 0.064 0.011 0.163 20 K 0.056 0.164 0.074 0.156 0.244 0.095 0.015 0.197 21 F 0.040 0.204 0.049 0.178 0.245 0.048 0.010 0.226 22 S 0.077 0.196 0.055 0.151 0.300 0.067 0.012 0.142 23 A 0.076 0.188 0.019 0.136 0.160 0.078 0.023 0.320 24 L 0.169 0.184 0.038 0.085 0.188 0.078 0.027 0.232 25 R 0.123 0.206 0.023 0.090 0.139 0.134 0.029 0.255 26 R 0.126 0.200 0.029 0.076 0.086 0.068 0.051 0.364 27 E 0.161 0.124 0.028 0.091 0.136 0.116 0.034 0.311 28 V 0.066 0.087 0.035 0.171 0.199 0.071 0.013 0.358 29 R 0.021 0.041 0.036 0.268 0.307 0.062 0.006 0.259 30 I 0.017 0.035 0.033 0.334 0.316 0.033 0.004 0.228 31 Q 0.029 0.034 0.038 0.304 0.384 0.039 0.005 0.168 32 N 0.019 0.029 0.026 0.244 0.362 0.038 0.008 0.274 33 E 0.037 0.020 0.027 0.059 0.101 0.106 0.013 0.638 34 D 0.031 0.008 0.005 0.014 0.017 0.473 0.020 0.431 35 G 0.468 0.021 0.010 0.025 0.011 0.050 0.099 0.316 36 S 0.213 0.004 0.025 0.011 0.029 0.536 0.006 0.175 37 V 0.015 0.005 0.010 0.043 0.057 0.140 0.003 0.727 38 S 0.024 0.024 0.017 0.097 0.278 0.179 0.004 0.377 39 D 0.021 0.009 0.005 0.027 0.071 0.078 0.002 0.786 40 E 0.028 0.035 0.005 0.026 0.052 0.321 0.003 0.531 41 I 0.077 0.169 0.007 0.056 0.128 0.212 0.009 0.341 42 K 0.033 0.614 0.008 0.042 0.076 0.049 0.005 0.174 43 E 0.017 0.621 0.010 0.039 0.068 0.031 0.008 0.206 44 R 0.081 0.574 0.026 0.076 0.079 0.032 0.027 0.105 45 T 0.065 0.500 0.026 0.056 0.054 0.021 0.026 0.251 46 Y 0.053 0.181 0.200 0.178 0.174 0.033 0.021 0.159 47 D 0.049 0.117 0.062 0.130 0.154 0.105 0.013 0.371 48 L 0.086 0.088 0.107 0.105 0.307 0.060 0.009 0.239 49 K 0.041 0.135 0.061 0.132 0.193 0.232 0.010 0.196 50 S 0.124 0.089 0.035 0.078 0.120 0.291 0.032 0.231 51 K 0.219 0.126 0.024 0.061 0.086 0.050 0.017 0.417 52 G 0.102 0.051 0.018 0.040 0.072 0.357 0.032 0.327 53 Q 0.288 0.038 0.022 0.038 0.073 0.295 0.044 0.204 54 G 0.095 0.089 0.024 0.050 0.059 0.067 0.047 0.569 55 R 0.108 0.019 0.077 0.106 0.094 0.123 0.051 0.423 56 M 0.072 0.005 0.091 0.081 0.105 0.133 0.014 0.499 57 I 0.026 0.002 0.138 0.203 0.333 0.072 0.004 0.222 58 Q 0.004 0.001 0.196 0.357 0.331 0.017 0.001 0.092 59 V 0.002 0.001 0.191 0.328 0.395 0.006 0.001 0.076 60 S 0.002 0.001 0.358 0.174 0.338 0.007 0.002 0.119 61 I 0.003 0.001 0.225 0.356 0.297 0.016 0.001 0.102 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 A 0.002 0.001 0.048 0.056 0.326 0.111 0.002 0.455 64 S 0.175 0.001 0.011 0.010 0.018 0.090 0.020 0.676 65 V 0.692 0.002 0.027 0.040 0.039 0.039 0.007 0.155 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 67 L 0.004 0.001 0.014 0.020 0.100 0.036 0.001 0.824 68 K 0.120 0.010 0.031 0.057 0.073 0.136 0.010 0.562 69 E 0.175 0.011 0.011 0.017 0.034 0.072 0.009 0.671 70 F 0.367 0.047 0.097 0.063 0.075 0.059 0.006 0.287 71 D 0.035 0.021 0.021 0.040 0.052 0.130 0.007 0.694 72 Y 0.034 0.017 0.024 0.033 0.083 0.050 0.008 0.751 73 N 0.055 0.023 0.014 0.021 0.049 0.482 0.016 0.339 74 A 0.314 0.040 0.022 0.040 0.035 0.262 0.030 0.258 75 R 0.230 0.086 0.057 0.076 0.091 0.136 0.017 0.308 76 V 0.085 0.030 0.133 0.178 0.275 0.105 0.009 0.185 77 E 0.007 0.018 0.190 0.448 0.229 0.012 0.002 0.093 78 L 0.004 0.008 0.080 0.167 0.402 0.018 0.003 0.317 79 I 0.005 0.014 0.302 0.187 0.364 0.014 0.004 0.109 80 N 0.006 0.009 0.191 0.215 0.193 0.047 0.005 0.333 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 82 I 0.023 0.004 0.168 0.064 0.132 0.283 0.009 0.317 83 A 0.080 0.036 0.150 0.077 0.073 0.148 0.009 0.428 84 D 0.024 0.068 0.192 0.151 0.192 0.070 0.009 0.295 85 T 0.043 0.052 0.152 0.099 0.172 0.101 0.008 0.374 86 V 0.087 0.085 0.148 0.103 0.207 0.127 0.015 0.228 87 A 0.062 0.171 0.178 0.175 0.172 0.081 0.017 0.143 88 T 0.054 0.235 0.106 0.154 0.193 0.045 0.020 0.193 89 A 0.063 0.118 0.168 0.141 0.210 0.039 0.023 0.239 90 T 0.052 0.070 0.078 0.095 0.158 0.097 0.029 0.421 91 Y 0.087 0.068 0.089 0.090 0.132 0.085 0.035 0.413 92 Q 0.087 0.056 0.073 0.074 0.098 0.148 0.027 0.438 93 G 0.098 0.022 0.039 0.052 0.057 0.078 0.037 0.618 94 A 0.203 0.016 0.138 0.106 0.094 0.094 0.022 0.326 95 D 0.026 0.006 0.084 0.118 0.122 0.125 0.011 0.509 96 V 0.028 0.005 0.135 0.128 0.257 0.087 0.006 0.355 97 D 0.012 0.005 0.176 0.258 0.262 0.131 0.004 0.153 98 W 0.027 0.004 0.176 0.210 0.313 0.076 0.006 0.187 99 Y 0.014 0.004 0.356 0.202 0.311 0.031 0.002 0.080 100 I 0.003 0.002 0.247 0.383 0.300 0.017 0.001 0.046 101 K 0.004 0.005 0.110 0.275 0.486 0.023 0.002 0.095 102 A 0.007 0.003 0.163 0.151 0.573 0.024 0.003 0.076 103 D 0.006 0.003 0.054 0.113 0.159 0.108 0.006 0.552 104 D 0.108 0.004 0.048 0.071 0.126 0.208 0.028 0.407 105 I 0.328 0.014 0.131 0.097 0.158 0.144 0.012 0.116 106 V 0.033 0.022 0.181 0.245 0.283 0.081 0.010 0.145 107 L 0.017 0.022 0.178 0.184 0.237 0.050 0.007 0.305 108 T 0.022 0.038 0.192 0.169 0.251 0.055 0.007 0.265 109 K 0.024 0.026 0.101 0.061 0.133 0.121 0.009 0.526 110 D 0.029 0.021 0.047 0.022 0.052 0.143 0.012 0.675 111 S 0.097 0.024 0.030 0.015 0.022 0.131 0.020 0.661 112 S 0.125 0.020 0.023 0.009 0.013 0.257 0.017 0.536 113 S 0.107 0.027 0.016 0.008 0.016 0.272 0.009 0.545 114 F 0.103 0.061 0.014 0.010 0.024 0.272 0.008 0.507 115 K 0.081 0.084 0.011 0.008 0.020 0.216 0.011 0.569 116 A 0.101 0.160 0.011 0.008 0.017 0.107 0.024 0.571 117 Q 0.217 0.153 0.010 0.021 0.028 0.094 0.011 0.466 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 119 Q 0.020 0.034 0.007 0.022 0.065 0.135 0.004 0.714 120 A 0.265 0.044 0.006 0.006 0.009 0.074 0.015 0.581 121 K 0.256 0.124 0.006 0.008 0.013 0.043 0.012 0.538 122 K 0.404 0.101 0.020 0.009 0.014 0.059 0.030 0.362 123 E 0.151 0.043 0.019 0.017 0.013 0.088 0.010 0.658 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 125 T 0.025 0.011 0.011 0.025 0.071 0.132 0.004 0.721 126 Q 0.319 0.014 0.015 0.012 0.019 0.115 0.010 0.497 127 D 0.115 0.054 0.013 0.026 0.036 0.086 0.007 0.664 128 K 0.166 0.042 0.025 0.023 0.041 0.085 0.007 0.611