# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.624 0.107 0.043 0.155 0.023 0.025 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 2 M 0.458 0.192 0.110 0.074 0.089 0.020 0.027 0.002 0.026 0.002 0.001 3 R 0.530 0.099 0.225 0.035 0.016 0.066 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 4 L 0.612 0.073 0.124 0.124 0.009 0.041 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 5 A 0.529 0.108 0.103 0.205 0.028 0.008 0.007 0.001 0.008 0.002 0.001 6 N 0.140 0.030 0.084 0.378 0.041 0.009 0.286 0.018 0.008 0.006 0.001 7 G 0.043 0.084 0.136 0.050 0.146 0.011 0.167 0.306 0.014 0.042 0.001 8 I 0.014 0.681 0.262 0.010 0.014 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 9 V 0.012 0.482 0.432 0.006 0.012 0.037 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 10 L 0.027 0.616 0.218 0.018 0.041 0.050 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 11 D 0.030 0.120 0.395 0.033 0.044 0.170 0.018 0.002 0.181 0.004 0.003 12 K 0.726 0.047 0.126 0.048 0.017 0.015 0.006 0.003 0.004 0.003 0.006 13 D 0.364 0.077 0.114 0.293 0.027 0.043 0.051 0.009 0.017 0.003 0.001 14 T 0.341 0.194 0.198 0.174 0.030 0.024 0.016 0.004 0.017 0.003 0.001 15 T 0.447 0.168 0.144 0.156 0.036 0.019 0.016 0.001 0.010 0.002 0.001 16 F 0.210 0.137 0.126 0.273 0.138 0.023 0.059 0.007 0.019 0.006 0.001 17 G 0.116 0.053 0.107 0.029 0.208 0.015 0.127 0.193 0.007 0.145 0.001 18 E 0.202 0.429 0.201 0.041 0.052 0.048 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 19 L 0.131 0.410 0.326 0.033 0.026 0.051 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 20 K 0.276 0.413 0.143 0.035 0.061 0.050 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 21 F 0.349 0.308 0.104 0.049 0.070 0.078 0.007 0.001 0.033 0.001 0.001 22 S 0.570 0.146 0.078 0.110 0.044 0.028 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 23 A 0.540 0.075 0.081 0.088 0.106 0.037 0.037 0.016 0.012 0.008 0.001 24 L 0.653 0.127 0.100 0.070 0.016 0.020 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 25 R 0.637 0.095 0.087 0.101 0.030 0.024 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 26 R 0.595 0.085 0.091 0.086 0.078 0.016 0.034 0.007 0.006 0.002 0.001 27 E 0.469 0.151 0.169 0.093 0.026 0.043 0.022 0.002 0.024 0.001 0.001 28 V 0.259 0.461 0.189 0.030 0.024 0.019 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 29 R 0.243 0.394 0.172 0.045 0.035 0.084 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 30 I 0.124 0.665 0.088 0.045 0.042 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 31 Q 0.191 0.437 0.121 0.129 0.054 0.040 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 32 N 0.119 0.128 0.211 0.128 0.091 0.062 0.146 0.035 0.048 0.032 0.001 33 E 0.486 0.148 0.132 0.128 0.029 0.019 0.029 0.009 0.011 0.007 0.001 34 D 0.061 0.035 0.103 0.487 0.018 0.027 0.238 0.010 0.018 0.003 0.001 35 G 0.007 0.002 0.009 0.008 0.023 0.002 0.084 0.706 0.002 0.156 0.001 36 S 0.104 0.185 0.497 0.093 0.056 0.033 0.010 0.001 0.015 0.004 0.001 37 V 0.183 0.232 0.420 0.077 0.030 0.042 0.002 0.001 0.009 0.003 0.003 38 S 0.511 0.098 0.241 0.033 0.060 0.023 0.008 0.001 0.014 0.009 0.001 39 D 0.894 0.012 0.043 0.020 0.016 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 40 E 0.841 0.060 0.050 0.019 0.012 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 41 I 0.772 0.087 0.063 0.014 0.003 0.042 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 42 K 0.837 0.052 0.031 0.042 0.005 0.022 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 43 E 0.518 0.145 0.039 0.213 0.052 0.016 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 44 R 0.340 0.289 0.104 0.134 0.040 0.038 0.038 0.003 0.014 0.001 0.001 45 T 0.109 0.516 0.167 0.094 0.034 0.037 0.015 0.001 0.027 0.001 0.001 46 Y 0.041 0.736 0.083 0.023 0.093 0.010 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 47 D 0.047 0.209 0.297 0.023 0.027 0.219 0.017 0.001 0.157 0.001 0.001 48 L 0.319 0.197 0.274 0.090 0.028 0.070 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 49 K 0.334 0.283 0.161 0.119 0.059 0.022 0.004 0.001 0.015 0.003 0.001 50 S 0.192 0.247 0.253 0.076 0.135 0.032 0.015 0.003 0.030 0.016 0.001 51 K 0.383 0.069 0.269 0.145 0.045 0.015 0.045 0.006 0.012 0.011 0.001 52 G 0.196 0.042 0.113 0.118 0.072 0.017 0.089 0.224 0.010 0.120 0.001 53 Q 0.102 0.221 0.287 0.304 0.028 0.011 0.029 0.001 0.013 0.002 0.001 54 G 0.007 0.002 0.010 0.004 0.029 0.002 0.050 0.670 0.001 0.226 0.001 55 R 0.068 0.273 0.301 0.177 0.096 0.014 0.039 0.012 0.012 0.008 0.001 56 M 0.017 0.560 0.251 0.048 0.041 0.026 0.024 0.004 0.024 0.001 0.004 57 I 0.003 0.829 0.133 0.002 0.017 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 58 Q 0.006 0.434 0.506 0.004 0.011 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 59 V 0.003 0.723 0.205 0.003 0.019 0.023 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 60 S 0.009 0.402 0.385 0.006 0.028 0.080 0.002 0.001 0.083 0.001 0.004 61 I 0.006 0.402 0.429 0.002 0.037 0.021 0.001 0.001 0.100 0.001 0.001 62 P 0.022 0.009 0.897 0.003 0.003 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.028 63 A 0.519 0.064 0.310 0.053 0.020 0.012 0.003 0.003 0.003 0.003 0.012 64 S 0.138 0.137 0.210 0.315 0.039 0.067 0.040 0.007 0.036 0.003 0.007 65 V 0.010 0.507 0.309 0.007 0.059 0.006 0.003 0.001 0.096 0.001 0.001 66 P 0.044 0.008 0.900 0.006 0.002 0.017 0.002 0.001 0.004 0.001 0.017 67 L 0.214 0.162 0.505 0.049 0.020 0.028 0.002 0.003 0.013 0.001 0.002 68 K 0.332 0.302 0.206 0.066 0.044 0.028 0.007 0.001 0.011 0.001 0.002 69 E 0.107 0.375 0.199 0.111 0.088 0.047 0.032 0.005 0.033 0.003 0.001 70 F 0.054 0.667 0.140 0.023 0.069 0.020 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 71 D 0.103 0.152 0.396 0.052 0.031 0.169 0.013 0.002 0.077 0.002 0.003 72 Y 0.450 0.189 0.134 0.137 0.045 0.019 0.010 0.002 0.008 0.006 0.001 73 N 0.231 0.085 0.108 0.342 0.058 0.039 0.088 0.016 0.024 0.007 0.002 74 A 0.196 0.316 0.208 0.107 0.095 0.014 0.040 0.008 0.012 0.004 0.001 75 R 0.187 0.260 0.356 0.090 0.019 0.043 0.025 0.001 0.014 0.001 0.003 76 V 0.020 0.653 0.282 0.008 0.011 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 77 E 0.110 0.433 0.298 0.009 0.046 0.069 0.004 0.001 0.029 0.001 0.002 78 L 0.230 0.167 0.348 0.037 0.016 0.165 0.005 0.001 0.027 0.001 0.004 79 I 0.519 0.166 0.125 0.105 0.014 0.040 0.005 0.001 0.024 0.001 0.002 80 N 0.139 0.127 0.279 0.012 0.072 0.038 0.025 0.002 0.303 0.003 0.001 81 P 0.547 0.005 0.388 0.021 0.002 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 82 I 0.634 0.153 0.099 0.076 0.015 0.016 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 83 A 0.479 0.201 0.187 0.037 0.039 0.027 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 84 D 0.471 0.080 0.166 0.118 0.028 0.076 0.037 0.001 0.021 0.001 0.002 85 T 0.375 0.346 0.077 0.086 0.073 0.026 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 86 V 0.294 0.476 0.102 0.037 0.051 0.022 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 87 A 0.206 0.401 0.132 0.058 0.121 0.046 0.013 0.001 0.020 0.001 0.001 88 T 0.117 0.601 0.091 0.040 0.103 0.025 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 89 A 0.199 0.407 0.179 0.054 0.082 0.052 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 90 T 0.201 0.342 0.181 0.105 0.084 0.038 0.021 0.003 0.022 0.003 0.001 91 Y 0.200 0.309 0.166 0.127 0.092 0.034 0.028 0.006 0.033 0.005 0.001 92 Q 0.125 0.116 0.223 0.347 0.038 0.025 0.103 0.004 0.015 0.003 0.001 93 G 0.014 0.008 0.021 0.014 0.066 0.005 0.096 0.593 0.003 0.180 0.001 94 A 0.071 0.394 0.370 0.041 0.082 0.012 0.010 0.002 0.015 0.003 0.001 95 D 0.058 0.170 0.522 0.060 0.036 0.087 0.027 0.004 0.025 0.002 0.009 96 V 0.037 0.659 0.230 0.022 0.029 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 97 D 0.059 0.479 0.257 0.043 0.069 0.048 0.007 0.001 0.036 0.001 0.002 98 W 0.009 0.723 0.070 0.011 0.164 0.009 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 99 Y 0.010 0.756 0.150 0.005 0.025 0.028 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 100 I 0.006 0.616 0.317 0.007 0.010 0.024 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 101 K 0.012 0.641 0.171 0.009 0.125 0.020 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 102 A 0.141 0.219 0.426 0.021 0.108 0.040 0.006 0.003 0.024 0.007 0.004 103 D 0.416 0.085 0.222 0.132 0.037 0.026 0.040 0.019 0.012 0.007 0.005 104 D 0.131 0.232 0.122 0.195 0.080 0.035 0.143 0.028 0.029 0.003 0.001 105 I 0.035 0.719 0.171 0.018 0.031 0.010 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 106 V 0.032 0.631 0.257 0.005 0.020 0.031 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 107 L 0.065 0.260 0.481 0.024 0.014 0.119 0.002 0.001 0.034 0.001 0.002 108 T 0.118 0.519 0.191 0.046 0.063 0.031 0.004 0.001 0.026 0.002 0.001 109 K 0.187 0.214 0.257 0.085 0.112 0.053 0.037 0.010 0.035 0.009 0.001 110 D 0.158 0.116 0.233 0.232 0.048 0.055 0.094 0.018 0.034 0.009 0.002 111 S 0.239 0.158 0.207 0.153 0.080 0.038 0.057 0.024 0.021 0.023 0.001 112 S 0.331 0.138 0.222 0.157 0.058 0.041 0.022 0.007 0.014 0.009 0.002 113 S 0.334 0.166 0.183 0.166 0.057 0.030 0.031 0.006 0.017 0.010 0.001 114 F 0.221 0.197 0.250 0.151 0.056 0.036 0.037 0.007 0.037 0.006 0.002 115 K 0.289 0.140 0.374 0.094 0.028 0.028 0.021 0.003 0.016 0.003 0.004 116 A 0.265 0.128 0.315 0.152 0.030 0.049 0.022 0.007 0.023 0.005 0.004 117 Q 0.027 0.260 0.420 0.006 0.046 0.019 0.006 0.001 0.213 0.003 0.001 118 P 0.216 0.004 0.689 0.012 0.001 0.021 0.002 0.001 0.002 0.001 0.051 119 Q 0.331 0.150 0.282 0.114 0.039 0.025 0.016 0.012 0.024 0.005 0.001 120 A 0.337 0.085 0.356 0.117 0.025 0.028 0.014 0.007 0.021 0.005 0.005 121 K 0.253 0.103 0.240 0.234 0.034 0.033 0.064 0.013 0.014 0.007 0.003 122 K 0.144 0.205 0.297 0.174 0.055 0.044 0.027 0.007 0.040 0.006 0.002 123 E 0.038 0.159 0.641 0.006 0.028 0.014 0.003 0.001 0.105 0.003 0.001 124 P 0.234 0.008 0.680 0.016 0.002 0.020 0.002 0.001 0.002 0.001 0.035 125 T 0.218 0.300 0.237 0.124 0.056 0.024 0.010 0.006 0.020 0.003 0.001 126 Q 0.165 0.288 0.342 0.067 0.053 0.032 0.011 0.003 0.033 0.003 0.002 127 D 0.149 0.090 0.401 0.133 0.032 0.067 0.076 0.012 0.027 0.008 0.005 128 K 0.288 0.190 0.212 0.136 0.063 0.032 0.031 0.017 0.018 0.011 0.001