# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.041 0.012 0.008 0.107 0.008 0.023 0.454 0.128 0.053 0.048 2 M 0.087 0.130 0.040 0.007 0.231 0.016 0.026 0.335 0.083 0.026 0.018 3 R 0.149 0.120 0.019 0.005 0.301 0.011 0.054 0.242 0.051 0.022 0.026 4 L 0.182 0.049 0.026 0.020 0.099 0.023 0.059 0.237 0.112 0.080 0.113 5 A 0.024 0.038 0.033 0.098 0.036 0.176 0.361 0.147 0.047 0.027 0.013 6 N 0.035 0.139 0.110 0.348 0.052 0.049 0.048 0.027 0.025 0.114 0.053 7 G 0.088 0.126 0.099 0.079 0.140 0.015 0.013 0.025 0.029 0.242 0.143 8 I 0.086 0.294 0.052 0.003 0.509 0.003 0.004 0.010 0.007 0.009 0.025 9 V 0.389 0.139 0.024 0.005 0.343 0.008 0.008 0.012 0.007 0.011 0.056 10 L 0.067 0.334 0.115 0.049 0.191 0.093 0.035 0.046 0.015 0.023 0.032 11 D 0.173 0.203 0.195 0.025 0.315 0.007 0.006 0.028 0.012 0.015 0.021 12 K 0.005 0.007 0.003 0.002 0.009 0.009 0.022 0.449 0.459 0.029 0.005 13 D 0.035 0.143 0.052 0.014 0.077 0.017 0.045 0.343 0.112 0.145 0.018 14 T 0.074 0.092 0.045 0.008 0.133 0.013 0.029 0.203 0.090 0.263 0.050 15 T 0.117 0.199 0.118 0.014 0.178 0.016 0.036 0.194 0.048 0.042 0.039 16 F 0.060 0.115 0.033 0.064 0.069 0.053 0.067 0.243 0.171 0.082 0.042 17 G 0.016 0.067 0.085 0.181 0.032 0.048 0.057 0.317 0.098 0.085 0.016 18 E 0.109 0.068 0.017 0.010 0.140 0.005 0.020 0.382 0.098 0.092 0.059 19 L 0.186 0.084 0.014 0.003 0.281 0.007 0.011 0.292 0.071 0.019 0.030 20 K 0.072 0.092 0.017 0.007 0.145 0.028 0.058 0.463 0.064 0.026 0.026 21 F 0.176 0.062 0.015 0.006 0.204 0.010 0.022 0.318 0.105 0.042 0.042 22 S 0.037 0.046 0.022 0.011 0.065 0.032 0.075 0.501 0.144 0.051 0.016 23 A 0.074 0.051 0.023 0.008 0.094 0.011 0.047 0.442 0.124 0.094 0.031 24 L 0.073 0.133 0.042 0.018 0.130 0.020 0.047 0.315 0.112 0.078 0.032 25 R 0.084 0.092 0.048 0.025 0.109 0.034 0.048 0.301 0.134 0.080 0.045 26 R 0.043 0.123 0.052 0.012 0.102 0.022 0.069 0.343 0.140 0.073 0.021 27 E 0.175 0.107 0.023 0.008 0.238 0.008 0.036 0.229 0.069 0.051 0.056 28 V 0.184 0.163 0.025 0.007 0.329 0.012 0.024 0.135 0.054 0.027 0.041 29 R 0.163 0.132 0.030 0.008 0.349 0.013 0.030 0.137 0.037 0.031 0.070 30 I 0.181 0.145 0.048 0.010 0.269 0.011 0.025 0.162 0.064 0.039 0.045 31 Q 0.054 0.188 0.043 0.035 0.186 0.089 0.107 0.165 0.049 0.058 0.025 32 N 0.083 0.161 0.306 0.036 0.101 0.011 0.022 0.134 0.058 0.053 0.036 33 E 0.005 0.003 0.005 0.007 0.005 0.019 0.069 0.616 0.220 0.035 0.017 34 D 0.005 0.639 0.181 0.044 0.026 0.018 0.031 0.016 0.011 0.026 0.003 35 G 0.016 0.014 0.029 0.088 0.010 0.023 0.008 0.018 0.022 0.484 0.288 36 S 0.023 0.480 0.291 0.012 0.127 0.003 0.007 0.019 0.011 0.019 0.010 37 V 0.117 0.308 0.081 0.021 0.122 0.029 0.022 0.069 0.060 0.075 0.096 38 S 0.080 0.191 0.134 0.049 0.182 0.017 0.012 0.174 0.111 0.029 0.020 39 D 0.007 0.016 0.010 0.004 0.012 0.011 0.025 0.625 0.266 0.021 0.004 40 E 0.028 0.025 0.012 0.003 0.037 0.004 0.021 0.648 0.132 0.080 0.010 41 I 0.118 0.045 0.010 0.007 0.115 0.009 0.019 0.410 0.147 0.080 0.040 42 K 0.028 0.082 0.042 0.018 0.063 0.036 0.053 0.530 0.105 0.032 0.012 43 E 0.115 0.081 0.017 0.007 0.154 0.011 0.051 0.336 0.111 0.081 0.035 44 R 0.084 0.130 0.046 0.011 0.253 0.026 0.085 0.229 0.068 0.044 0.026 45 T 0.301 0.075 0.012 0.006 0.319 0.009 0.028 0.097 0.036 0.038 0.079 46 Y 0.202 0.191 0.031 0.006 0.424 0.011 0.014 0.044 0.020 0.017 0.040 47 D 0.231 0.113 0.019 0.008 0.451 0.015 0.030 0.043 0.012 0.021 0.057 48 L 0.286 0.129 0.021 0.006 0.336 0.007 0.012 0.059 0.032 0.033 0.077 49 K 0.080 0.142 0.062 0.042 0.151 0.080 0.101 0.101 0.057 0.137 0.049 50 S 0.097 0.259 0.150 0.017 0.356 0.010 0.009 0.040 0.023 0.022 0.017 51 K 0.051 0.074 0.048 0.020 0.045 0.041 0.096 0.315 0.243 0.044 0.022 52 G 0.055 0.022 0.046 0.044 0.038 0.069 0.137 0.168 0.119 0.253 0.050 53 Q 0.050 0.383 0.110 0.143 0.098 0.049 0.062 0.022 0.021 0.046 0.016 54 G 0.037 0.014 0.039 0.363 0.019 0.061 0.015 0.017 0.028 0.260 0.146 55 R 0.051 0.293 0.104 0.068 0.210 0.034 0.077 0.024 0.035 0.075 0.029 56 M 0.321 0.056 0.005 0.003 0.554 0.006 0.016 0.004 0.004 0.009 0.022 57 I 0.186 0.074 0.005 0.002 0.713 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 58 Q 0.163 0.073 0.004 0.001 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 59 V 0.307 0.058 0.003 0.001 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 60 S 0.314 0.125 0.022 0.011 0.322 0.006 0.006 0.003 0.002 0.032 0.157 61 I 0.049 0.385 0.222 0.047 0.177 0.036 0.020 0.015 0.013 0.018 0.019 62 P 0.206 0.229 0.124 0.029 0.323 0.009 0.005 0.014 0.025 0.018 0.018 63 A 0.025 0.063 0.018 0.013 0.063 0.054 0.147 0.226 0.342 0.039 0.010 64 S 0.112 0.069 0.050 0.026 0.105 0.014 0.045 0.071 0.066 0.294 0.148 65 V 0.022 0.552 0.230 0.010 0.136 0.006 0.007 0.008 0.008 0.015 0.007 66 P 0.112 0.390 0.127 0.008 0.276 0.003 0.005 0.011 0.006 0.011 0.050 67 L 0.201 0.138 0.016 0.009 0.149 0.009 0.017 0.134 0.193 0.035 0.099 68 K 0.019 0.111 0.055 0.033 0.075 0.120 0.230 0.222 0.088 0.032 0.014 69 E 0.228 0.087 0.029 0.009 0.253 0.006 0.016 0.079 0.052 0.167 0.074 70 F 0.159 0.239 0.056 0.011 0.316 0.016 0.017 0.054 0.037 0.051 0.044 71 D 0.186 0.175 0.180 0.022 0.287 0.026 0.020 0.036 0.013 0.022 0.032 72 Y 0.064 0.192 0.044 0.021 0.127 0.032 0.077 0.226 0.149 0.040 0.028 73 N 0.138 0.062 0.041 0.050 0.141 0.045 0.052 0.134 0.083 0.180 0.074 74 A 0.056 0.208 0.072 0.014 0.189 0.026 0.055 0.169 0.088 0.093 0.032 75 R 0.256 0.110 0.014 0.004 0.409 0.007 0.034 0.071 0.029 0.033 0.033 76 V 0.331 0.079 0.006 0.002 0.506 0.003 0.004 0.024 0.013 0.006 0.027 77 E 0.131 0.143 0.016 0.006 0.452 0.038 0.075 0.071 0.021 0.015 0.032 78 L 0.458 0.045 0.007 0.002 0.412 0.002 0.005 0.016 0.006 0.013 0.034 79 I 0.102 0.171 0.042 0.057 0.284 0.048 0.055 0.057 0.035 0.093 0.055 80 N 0.219 0.192 0.134 0.035 0.291 0.011 0.008 0.025 0.017 0.018 0.050 81 P 0.057 0.290 0.115 0.020 0.164 0.022 0.040 0.148 0.090 0.034 0.020 82 I 0.234 0.119 0.021 0.009 0.254 0.013 0.056 0.140 0.057 0.045 0.051 83 A 0.229 0.115 0.021 0.008 0.303 0.020 0.018 0.114 0.066 0.035 0.072 84 D 0.140 0.100 0.023 0.014 0.209 0.054 0.107 0.204 0.062 0.046 0.041 85 T 0.215 0.130 0.037 0.008 0.373 0.013 0.025 0.108 0.034 0.027 0.029 86 V 0.219 0.102 0.017 0.012 0.351 0.019 0.033 0.126 0.039 0.031 0.050 87 A 0.233 0.134 0.028 0.010 0.358 0.017 0.023 0.071 0.033 0.032 0.062 88 T 0.178 0.154 0.042 0.020 0.315 0.027 0.038 0.079 0.038 0.045 0.065 89 A 0.134 0.185 0.067 0.020 0.231 0.030 0.049 0.108 0.063 0.062 0.050 90 T 0.127 0.183 0.088 0.029 0.164 0.033 0.090 0.122 0.049 0.061 0.053 91 Y 0.119 0.099 0.078 0.098 0.120 0.075 0.058 0.078 0.066 0.113 0.097 92 Q 0.023 0.172 0.108 0.285 0.044 0.152 0.110 0.036 0.027 0.031 0.013 93 G 0.083 0.017 0.026 0.101 0.036 0.023 0.012 0.017 0.033 0.429 0.223 94 A 0.065 0.364 0.182 0.020 0.240 0.019 0.016 0.023 0.028 0.026 0.017 95 D 0.297 0.131 0.026 0.006 0.414 0.010 0.015 0.011 0.011 0.024 0.054 96 V 0.355 0.106 0.014 0.006 0.409 0.012 0.015 0.010 0.010 0.011 0.053 97 D 0.259 0.112 0.012 0.008 0.414 0.030 0.073 0.021 0.011 0.014 0.047 98 W 0.204 0.093 0.012 0.002 0.666 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.010 99 Y 0.209 0.042 0.002 0.001 0.729 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 100 I 0.300 0.111 0.008 0.003 0.507 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.057 101 K 0.273 0.149 0.101 0.039 0.231 0.025 0.019 0.006 0.002 0.027 0.128 102 A 0.081 0.142 0.085 0.072 0.182 0.033 0.037 0.131 0.151 0.045 0.042 103 D 0.030 0.054 0.033 0.095 0.034 0.144 0.118 0.147 0.168 0.158 0.020 104 D 0.058 0.084 0.038 0.023 0.122 0.015 0.033 0.117 0.113 0.332 0.065 105 I 0.250 0.107 0.017 0.003 0.382 0.005 0.016 0.082 0.053 0.037 0.049 106 V 0.149 0.223 0.046 0.007 0.376 0.017 0.028 0.067 0.036 0.023 0.029 107 L 0.230 0.183 0.045 0.012 0.337 0.016 0.026 0.036 0.020 0.032 0.063 108 T 0.115 0.204 0.140 0.043 0.198 0.039 0.051 0.066 0.034 0.058 0.053 109 K 0.083 0.143 0.124 0.067 0.135 0.049 0.082 0.125 0.059 0.085 0.047 110 D 0.058 0.125 0.085 0.080 0.098 0.051 0.064 0.122 0.101 0.169 0.047 111 S 0.057 0.125 0.090 0.072 0.103 0.040 0.038 0.128 0.107 0.185 0.054 112 S 0.057 0.097 0.059 0.024 0.115 0.023 0.039 0.210 0.161 0.164 0.049 113 S 0.086 0.132 0.049 0.013 0.156 0.016 0.040 0.217 0.154 0.095 0.041 114 F 0.085 0.154 0.069 0.025 0.164 0.030 0.047 0.151 0.114 0.110 0.051 115 K 0.077 0.163 0.085 0.027 0.146 0.026 0.053 0.165 0.111 0.105 0.042 116 A 0.056 0.166 0.100 0.024 0.115 0.023 0.052 0.120 0.118 0.182 0.045 117 Q 0.079 0.304 0.201 0.016 0.213 0.010 0.018 0.056 0.034 0.042 0.027 118 P 0.065 0.286 0.083 0.014 0.154 0.016 0.040 0.148 0.111 0.051 0.031 119 Q 0.070 0.147 0.081 0.025 0.123 0.026 0.061 0.169 0.137 0.111 0.050 120 A 0.056 0.167 0.097 0.030 0.121 0.030 0.060 0.185 0.126 0.089 0.039 121 K 0.049 0.121 0.073 0.032 0.089 0.031 0.077 0.168 0.124 0.188 0.049 122 K 0.054 0.226 0.145 0.032 0.125 0.018 0.029 0.064 0.071 0.184 0.052 123 E 0.061 0.368 0.211 0.013 0.208 0.008 0.012 0.037 0.028 0.029 0.024 124 P 0.090 0.243 0.072 0.011 0.176 0.015 0.049 0.141 0.108 0.050 0.045 125 T 0.104 0.153 0.072 0.030 0.159 0.028 0.066 0.128 0.085 0.111 0.064 126 Q 0.064 0.254 0.140 0.061 0.134 0.043 0.047 0.096 0.053 0.071 0.038 127 D 0.087 0.170 0.155 0.049 0.157 0.024 0.028 0.093 0.060 0.117 0.059 128 K 0.069 0.151 0.077 0.021 0.135 0.024 0.050 0.214 0.136 0.088 0.035