# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.291 0.203 0.150 0.141 0.110 0.080 0.025 2 M 0.178 0.114 0.146 0.197 0.198 0.133 0.033 3 R 0.156 0.217 0.264 0.193 0.101 0.054 0.014 4 L 0.066 0.085 0.103 0.174 0.241 0.246 0.085 5 A 0.127 0.192 0.227 0.211 0.142 0.082 0.020 6 N 0.118 0.201 0.223 0.238 0.125 0.078 0.017 7 G 0.058 0.085 0.133 0.239 0.234 0.204 0.047 8 I 0.026 0.022 0.028 0.078 0.183 0.456 0.207 9 V 0.038 0.115 0.188 0.234 0.205 0.176 0.045 10 L 0.046 0.094 0.148 0.244 0.279 0.161 0.029 11 D 0.102 0.225 0.232 0.212 0.151 0.069 0.008 12 K 0.128 0.201 0.213 0.228 0.162 0.062 0.007 13 D 0.345 0.338 0.174 0.085 0.044 0.012 0.001 14 T 0.227 0.315 0.223 0.165 0.055 0.014 0.001 15 T 0.123 0.214 0.225 0.214 0.160 0.059 0.004 16 F 0.055 0.075 0.155 0.322 0.254 0.127 0.012 17 G 0.302 0.360 0.187 0.089 0.049 0.013 0.001 18 E 0.183 0.348 0.267 0.149 0.038 0.011 0.002 19 L 0.035 0.046 0.111 0.236 0.360 0.190 0.022 20 K 0.081 0.257 0.274 0.252 0.097 0.037 0.003 21 F 0.045 0.066 0.107 0.185 0.276 0.279 0.044 22 S 0.073 0.127 0.187 0.272 0.219 0.111 0.012 23 A 0.172 0.235 0.255 0.194 0.099 0.039 0.004 24 L 0.131 0.172 0.240 0.248 0.151 0.053 0.005 25 R 0.480 0.289 0.129 0.067 0.028 0.007 0.001 26 R 0.505 0.274 0.113 0.067 0.031 0.009 0.001 27 E 0.465 0.323 0.123 0.059 0.023 0.006 0.001 28 V 0.166 0.163 0.231 0.252 0.147 0.039 0.002 29 R 0.295 0.289 0.242 0.116 0.046 0.011 0.001 30 I 0.289 0.220 0.241 0.168 0.068 0.014 0.001 31 Q 0.533 0.287 0.108 0.048 0.020 0.004 0.001 32 N 0.535 0.271 0.121 0.055 0.015 0.003 0.001 33 E 0.659 0.216 0.077 0.035 0.011 0.002 0.001 34 D 0.694 0.230 0.054 0.017 0.004 0.001 0.001 35 G 0.423 0.220 0.196 0.117 0.038 0.006 0.001 36 S 0.565 0.317 0.087 0.024 0.006 0.001 0.001 37 V 0.177 0.216 0.257 0.222 0.100 0.027 0.001 38 S 0.202 0.181 0.222 0.226 0.134 0.033 0.001 39 D 0.582 0.325 0.070 0.017 0.005 0.001 0.001 40 E 0.380 0.386 0.158 0.060 0.013 0.002 0.001 41 I 0.079 0.073 0.184 0.304 0.279 0.076 0.004 42 K 0.232 0.378 0.230 0.116 0.036 0.007 0.001 43 E 0.465 0.400 0.092 0.030 0.011 0.002 0.001 44 R 0.050 0.142 0.243 0.360 0.165 0.038 0.002 45 T 0.050 0.176 0.263 0.286 0.161 0.060 0.003 46 Y 0.018 0.061 0.169 0.294 0.317 0.133 0.009 47 D 0.074 0.282 0.355 0.209 0.064 0.015 0.001 48 L 0.015 0.027 0.054 0.171 0.348 0.348 0.036 49 K 0.041 0.168 0.274 0.315 0.139 0.059 0.005 50 S 0.043 0.065 0.137 0.275 0.288 0.177 0.015 51 K 0.314 0.448 0.160 0.055 0.018 0.004 0.001 52 G 0.147 0.233 0.216 0.224 0.138 0.039 0.002 53 Q 0.163 0.212 0.225 0.212 0.139 0.044 0.005 54 G 0.378 0.340 0.165 0.077 0.030 0.009 0.001 55 R 0.323 0.329 0.184 0.110 0.040 0.013 0.002 56 M 0.083 0.162 0.242 0.250 0.175 0.076 0.012 57 I 0.029 0.041 0.063 0.155 0.312 0.327 0.072 58 Q 0.053 0.165 0.228 0.263 0.174 0.104 0.014 59 V 0.027 0.047 0.085 0.175 0.281 0.328 0.057 60 S 0.078 0.191 0.246 0.208 0.166 0.098 0.013 61 I 0.034 0.073 0.137 0.265 0.311 0.163 0.016 62 P 0.200 0.260 0.249 0.161 0.097 0.031 0.003 63 A 0.432 0.305 0.136 0.086 0.033 0.007 0.001 64 S 0.686 0.249 0.047 0.013 0.004 0.001 0.001 65 V 0.288 0.189 0.223 0.214 0.072 0.013 0.001 66 P 0.635 0.295 0.050 0.013 0.005 0.001 0.001 67 L 0.286 0.227 0.233 0.181 0.059 0.013 0.001 68 K 0.374 0.312 0.173 0.088 0.044 0.008 0.001 69 E 0.292 0.362 0.209 0.090 0.037 0.009 0.001 70 F 0.094 0.127 0.284 0.316 0.157 0.022 0.001 71 D 0.462 0.379 0.116 0.031 0.010 0.001 0.001 72 Y 0.136 0.161 0.287 0.298 0.099 0.018 0.001 73 N 0.658 0.279 0.049 0.011 0.003 0.001 0.001 74 A 0.462 0.372 0.104 0.051 0.009 0.001 0.001 75 R 0.176 0.349 0.281 0.142 0.043 0.009 0.001 76 V 0.028 0.043 0.100 0.247 0.385 0.185 0.012 77 E 0.075 0.299 0.298 0.220 0.085 0.022 0.001 78 L 0.018 0.037 0.078 0.169 0.287 0.337 0.075 79 I 0.013 0.046 0.095 0.162 0.278 0.311 0.094 80 N 0.041 0.106 0.178 0.251 0.220 0.150 0.054 81 P 0.049 0.118 0.177 0.216 0.212 0.165 0.062 82 I 0.036 0.076 0.119 0.202 0.240 0.236 0.090 83 A 0.023 0.027 0.045 0.105 0.205 0.372 0.223 84 D 0.070 0.140 0.188 0.211 0.167 0.148 0.077 85 T 0.061 0.083 0.106 0.161 0.233 0.248 0.108 86 V 0.073 0.117 0.130 0.182 0.180 0.196 0.121 87 A 0.038 0.044 0.055 0.122 0.221 0.344 0.177 88 T 0.070 0.137 0.169 0.232 0.191 0.148 0.053 89 A 0.090 0.118 0.160 0.217 0.221 0.158 0.036 90 T 0.142 0.271 0.224 0.190 0.100 0.059 0.014 91 Y 0.066 0.080 0.144 0.241 0.271 0.167 0.032 92 Q 0.170 0.279 0.237 0.172 0.088 0.045 0.007 93 G 0.151 0.234 0.215 0.189 0.119 0.075 0.016 94 A 0.045 0.068 0.121 0.252 0.286 0.190 0.038 95 D 0.054 0.172 0.256 0.250 0.155 0.093 0.019 96 V 0.011 0.026 0.052 0.133 0.249 0.394 0.136 97 D 0.034 0.165 0.245 0.286 0.175 0.080 0.015 98 W 0.004 0.021 0.040 0.121 0.304 0.422 0.087 99 Y 0.006 0.049 0.145 0.297 0.277 0.193 0.032 100 I 0.003 0.008 0.019 0.068 0.214 0.509 0.179 101 K 0.005 0.045 0.150 0.268 0.258 0.200 0.073 102 A 0.003 0.012 0.029 0.080 0.241 0.466 0.170 103 D 0.016 0.105 0.208 0.270 0.253 0.129 0.019 104 D 0.015 0.075 0.120 0.217 0.309 0.235 0.029 105 I 0.007 0.019 0.043 0.117 0.318 0.420 0.075 106 V 0.020 0.081 0.170 0.258 0.275 0.180 0.017 107 L 0.059 0.170 0.315 0.277 0.138 0.039 0.002 108 T 0.219 0.301 0.271 0.156 0.045 0.008 0.001 109 K 0.592 0.259 0.086 0.044 0.016 0.002 0.001 110 D 0.752 0.197 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 111 S 0.637 0.240 0.084 0.031 0.007 0.001 0.001 112 S 0.676 0.254 0.053 0.014 0.003 0.001 0.001 113 S 0.465 0.298 0.152 0.066 0.017 0.002 0.001 114 F 0.255 0.204 0.273 0.186 0.072 0.011 0.001 115 K 0.510 0.283 0.137 0.051 0.016 0.002 0.001 116 A 0.619 0.255 0.085 0.031 0.009 0.001 0.001 117 Q 0.545 0.252 0.131 0.054 0.015 0.002 0.001 118 P 0.562 0.246 0.124 0.052 0.013 0.002 0.001 119 Q 0.678 0.220 0.073 0.022 0.005 0.001 0.001 120 A 0.694 0.203 0.072 0.025 0.005 0.001 0.001 121 K 0.744 0.192 0.047 0.014 0.003 0.001 0.001 122 K 0.710 0.211 0.056 0.019 0.004 0.001 0.001 123 E 0.688 0.225 0.063 0.019 0.005 0.001 0.001 124 P 0.656 0.240 0.076 0.022 0.005 0.001 0.001 125 T 0.613 0.219 0.116 0.040 0.010 0.001 0.001 126 Q 0.730 0.181 0.064 0.020 0.005 0.001 0.001 127 D 0.806 0.144 0.037 0.011 0.003 0.001 0.001 128 K 0.810 0.148 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001