# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.104 0.072 0.095 0.123 0.167 0.141 0.115 0.077 0.056 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 2 M 0.125 0.072 0.085 0.124 0.138 0.150 0.116 0.068 0.048 0.035 0.020 0.010 0.005 0.002 3 R 0.194 0.178 0.157 0.163 0.125 0.068 0.051 0.032 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 4 L 0.052 0.034 0.053 0.092 0.120 0.170 0.170 0.127 0.075 0.053 0.032 0.014 0.005 0.002 5 A 0.070 0.072 0.103 0.132 0.172 0.163 0.120 0.077 0.048 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 6 N 0.159 0.116 0.115 0.150 0.143 0.090 0.077 0.054 0.037 0.029 0.017 0.009 0.004 0.002 7 G 0.057 0.053 0.075 0.114 0.152 0.148 0.143 0.103 0.072 0.044 0.022 0.012 0.004 0.002 8 I 0.036 0.021 0.031 0.054 0.086 0.137 0.131 0.143 0.125 0.097 0.078 0.035 0.020 0.006 9 V 0.060 0.064 0.091 0.161 0.161 0.132 0.126 0.080 0.060 0.033 0.016 0.011 0.004 0.003 10 L 0.099 0.042 0.047 0.071 0.105 0.135 0.102 0.130 0.106 0.084 0.048 0.020 0.008 0.002 11 D 0.122 0.112 0.129 0.169 0.166 0.114 0.072 0.047 0.037 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 12 K 0.206 0.127 0.118 0.154 0.138 0.101 0.061 0.035 0.029 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 13 D 0.376 0.228 0.167 0.102 0.068 0.028 0.014 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 T 0.378 0.201 0.153 0.111 0.060 0.041 0.026 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 T 0.207 0.149 0.147 0.124 0.144 0.105 0.060 0.034 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 16 F 0.085 0.067 0.093 0.142 0.219 0.148 0.101 0.074 0.035 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 17 G 0.377 0.184 0.111 0.110 0.070 0.051 0.043 0.026 0.013 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 18 E 0.161 0.133 0.146 0.135 0.150 0.104 0.070 0.034 0.032 0.014 0.011 0.005 0.001 0.001 19 L 0.046 0.024 0.039 0.063 0.098 0.141 0.147 0.156 0.104 0.078 0.056 0.028 0.017 0.004 20 K 0.102 0.094 0.108 0.160 0.159 0.127 0.109 0.056 0.039 0.020 0.013 0.007 0.002 0.002 21 F 0.038 0.026 0.040 0.070 0.123 0.148 0.128 0.125 0.117 0.093 0.054 0.023 0.010 0.004 22 S 0.086 0.059 0.071 0.137 0.159 0.151 0.118 0.081 0.060 0.038 0.021 0.012 0.006 0.002 23 A 0.142 0.124 0.129 0.168 0.143 0.095 0.082 0.047 0.038 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 24 L 0.080 0.057 0.075 0.137 0.162 0.180 0.125 0.074 0.057 0.032 0.015 0.005 0.002 0.001 25 R 0.267 0.211 0.180 0.138 0.098 0.046 0.029 0.014 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 26 R 0.388 0.169 0.143 0.110 0.085 0.050 0.025 0.014 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 27 E 0.254 0.154 0.148 0.156 0.157 0.063 0.031 0.016 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 28 V 0.099 0.057 0.078 0.148 0.185 0.149 0.105 0.105 0.037 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 29 R 0.186 0.129 0.140 0.173 0.167 0.086 0.049 0.037 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 30 I 0.204 0.089 0.111 0.173 0.161 0.104 0.058 0.044 0.026 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 31 Q 0.316 0.160 0.127 0.150 0.118 0.062 0.028 0.017 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 32 N 0.387 0.159 0.121 0.135 0.095 0.047 0.022 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 33 E 0.436 0.198 0.131 0.115 0.060 0.032 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.529 0.197 0.127 0.069 0.041 0.022 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 G 0.487 0.181 0.110 0.099 0.069 0.029 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.480 0.232 0.123 0.079 0.045 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.216 0.146 0.155 0.144 0.144 0.101 0.050 0.022 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 38 S 0.211 0.148 0.174 0.154 0.143 0.085 0.045 0.020 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 39 D 0.622 0.188 0.085 0.052 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.253 0.211 0.176 0.153 0.110 0.051 0.025 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 I 0.045 0.031 0.060 0.117 0.188 0.205 0.145 0.116 0.060 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 42 K 0.270 0.257 0.192 0.150 0.071 0.033 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.468 0.238 0.146 0.063 0.040 0.019 0.012 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 44 R 0.054 0.090 0.126 0.185 0.196 0.148 0.095 0.060 0.022 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 45 T 0.057 0.074 0.097 0.114 0.170 0.143 0.137 0.097 0.061 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 46 Y 0.019 0.012 0.019 0.047 0.080 0.135 0.134 0.186 0.129 0.134 0.058 0.026 0.017 0.005 47 D 0.040 0.050 0.080 0.118 0.171 0.116 0.117 0.093 0.081 0.049 0.036 0.029 0.011 0.009 48 L 0.016 0.005 0.010 0.016 0.027 0.059 0.059 0.124 0.138 0.218 0.147 0.108 0.059 0.014 49 K 0.034 0.044 0.065 0.153 0.188 0.141 0.121 0.079 0.085 0.041 0.020 0.018 0.005 0.006 50 S 0.054 0.032 0.032 0.079 0.093 0.138 0.120 0.107 0.124 0.105 0.079 0.024 0.009 0.004 51 K 0.203 0.235 0.184 0.159 0.095 0.052 0.036 0.016 0.012 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 52 G 0.217 0.199 0.172 0.130 0.095 0.074 0.048 0.028 0.023 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.121 0.134 0.186 0.157 0.164 0.112 0.065 0.033 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 54 G 0.307 0.239 0.171 0.098 0.072 0.044 0.032 0.020 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 55 R 0.093 0.097 0.119 0.146 0.186 0.119 0.087 0.064 0.041 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 56 M 0.033 0.042 0.053 0.090 0.137 0.135 0.146 0.167 0.084 0.052 0.033 0.017 0.007 0.004 57 I 0.011 0.006 0.010 0.018 0.032 0.064 0.095 0.141 0.143 0.178 0.129 0.103 0.052 0.018 58 Q 0.014 0.017 0.026 0.054 0.077 0.090 0.116 0.155 0.137 0.110 0.090 0.067 0.026 0.021 59 V 0.007 0.003 0.005 0.008 0.013 0.028 0.038 0.064 0.120 0.175 0.214 0.204 0.087 0.036 60 S 0.013 0.014 0.020 0.044 0.061 0.081 0.128 0.181 0.168 0.116 0.080 0.051 0.027 0.015 61 I 0.012 0.014 0.018 0.040 0.060 0.097 0.108 0.132 0.139 0.139 0.134 0.064 0.025 0.016 62 P 0.040 0.047 0.067 0.093 0.122 0.139 0.136 0.112 0.111 0.061 0.040 0.019 0.008 0.004 63 A 0.107 0.097 0.100 0.133 0.139 0.137 0.108 0.064 0.045 0.034 0.022 0.008 0.004 0.002 64 S 0.197 0.169 0.159 0.144 0.138 0.075 0.053 0.028 0.023 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 65 V 0.111 0.085 0.122 0.149 0.151 0.145 0.110 0.065 0.029 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 66 P 0.370 0.195 0.155 0.101 0.083 0.043 0.026 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 67 L 0.236 0.114 0.141 0.148 0.157 0.075 0.048 0.043 0.019 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 68 K 0.417 0.170 0.111 0.113 0.082 0.053 0.026 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 69 E 0.278 0.156 0.144 0.149 0.146 0.059 0.028 0.017 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 70 F 0.200 0.087 0.095 0.184 0.160 0.117 0.075 0.046 0.018 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 71 D 0.445 0.223 0.158 0.085 0.047 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.138 0.080 0.119 0.184 0.196 0.138 0.067 0.037 0.022 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 73 N 0.318 0.225 0.146 0.140 0.099 0.037 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.419 0.204 0.130 0.104 0.058 0.040 0.021 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 75 R 0.100 0.113 0.107 0.184 0.248 0.120 0.057 0.026 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 76 V 0.032 0.027 0.049 0.107 0.135 0.172 0.158 0.128 0.074 0.055 0.038 0.013 0.009 0.002 77 E 0.171 0.129 0.145 0.159 0.124 0.101 0.082 0.037 0.027 0.010 0.008 0.004 0.002 0.002 78 L 0.019 0.010 0.019 0.039 0.084 0.118 0.115 0.158 0.149 0.125 0.085 0.047 0.026 0.006 79 I 0.029 0.024 0.035 0.072 0.106 0.158 0.154 0.143 0.096 0.075 0.047 0.036 0.020 0.006 80 N 0.068 0.070 0.089 0.134 0.166 0.118 0.122 0.080 0.056 0.040 0.025 0.019 0.006 0.006 81 P 0.038 0.030 0.052 0.083 0.112 0.141 0.137 0.110 0.116 0.088 0.051 0.025 0.011 0.005 82 I 0.039 0.043 0.052 0.103 0.144 0.167 0.143 0.123 0.089 0.049 0.025 0.013 0.006 0.005 83 A 0.027 0.018 0.026 0.046 0.072 0.112 0.144 0.139 0.135 0.129 0.076 0.046 0.021 0.009 84 D 0.052 0.054 0.076 0.109 0.142 0.137 0.135 0.111 0.084 0.043 0.027 0.016 0.007 0.004 85 T 0.056 0.031 0.042 0.060 0.073 0.108 0.116 0.105 0.114 0.106 0.098 0.049 0.027 0.016 86 V 0.045 0.035 0.047 0.078 0.124 0.125 0.139 0.146 0.108 0.071 0.034 0.025 0.013 0.008 87 A 0.053 0.023 0.028 0.042 0.060 0.088 0.110 0.130 0.120 0.128 0.094 0.070 0.041 0.014 88 T 0.061 0.057 0.074 0.132 0.146 0.139 0.137 0.086 0.072 0.044 0.026 0.015 0.006 0.004 89 A 0.091 0.051 0.059 0.090 0.097 0.144 0.128 0.079 0.082 0.069 0.061 0.031 0.012 0.006 90 T 0.139 0.110 0.111 0.140 0.142 0.111 0.099 0.064 0.045 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 91 Y 0.076 0.068 0.082 0.109 0.130 0.138 0.121 0.122 0.068 0.045 0.024 0.010 0.005 0.002 92 Q 0.175 0.118 0.139 0.141 0.139 0.108 0.072 0.046 0.028 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 93 G 0.169 0.110 0.124 0.134 0.150 0.096 0.072 0.056 0.042 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 94 A 0.087 0.056 0.071 0.124 0.143 0.162 0.120 0.083 0.060 0.053 0.021 0.011 0.006 0.002 95 D 0.096 0.109 0.105 0.156 0.159 0.113 0.099 0.067 0.047 0.024 0.014 0.007 0.002 0.002 96 V 0.033 0.025 0.043 0.074 0.092 0.151 0.146 0.119 0.098 0.098 0.070 0.029 0.016 0.006 97 D 0.057 0.064 0.080 0.120 0.149 0.124 0.125 0.091 0.084 0.044 0.029 0.019 0.007 0.006 98 W 0.010 0.008 0.014 0.027 0.039 0.068 0.088 0.165 0.160 0.170 0.130 0.063 0.046 0.014 99 Y 0.010 0.014 0.021 0.054 0.091 0.101 0.128 0.165 0.154 0.123 0.056 0.045 0.024 0.017 100 I 0.006 0.004 0.006 0.012 0.018 0.039 0.069 0.120 0.148 0.202 0.169 0.114 0.067 0.025 101 K 0.009 0.015 0.029 0.059 0.092 0.109 0.139 0.156 0.138 0.104 0.070 0.043 0.019 0.019 102 A 0.003 0.004 0.007 0.014 0.029 0.055 0.085 0.103 0.140 0.163 0.196 0.117 0.053 0.031 103 D 0.008 0.012 0.022 0.045 0.067 0.101 0.155 0.182 0.157 0.114 0.067 0.036 0.020 0.013 104 D 0.012 0.019 0.032 0.054 0.095 0.101 0.117 0.181 0.131 0.115 0.074 0.038 0.017 0.014 105 I 0.010 0.008 0.013 0.026 0.054 0.092 0.097 0.194 0.159 0.160 0.089 0.054 0.034 0.011 106 V 0.021 0.029 0.042 0.114 0.145 0.134 0.152 0.111 0.104 0.081 0.032 0.022 0.007 0.004 107 L 0.054 0.061 0.085 0.137 0.140 0.151 0.130 0.101 0.075 0.035 0.022 0.006 0.002 0.001 108 T 0.149 0.127 0.133 0.159 0.159 0.115 0.063 0.042 0.030 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 109 K 0.323 0.209 0.150 0.135 0.086 0.042 0.025 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 D 0.471 0.209 0.141 0.082 0.053 0.023 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 S 0.556 0.184 0.125 0.069 0.037 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.618 0.185 0.098 0.050 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.418 0.176 0.138 0.101 0.087 0.039 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.295 0.137 0.125 0.143 0.138 0.076 0.045 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 115 K 0.500 0.182 0.123 0.086 0.057 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.485 0.144 0.114 0.103 0.079 0.038 0.018 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.409 0.157 0.130 0.131 0.095 0.040 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 P 0.478 0.159 0.123 0.110 0.068 0.034 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.622 0.153 0.095 0.065 0.038 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.591 0.159 0.098 0.080 0.045 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 K 0.576 0.177 0.100 0.074 0.043 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 K 0.568 0.163 0.105 0.081 0.050 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.670 0.150 0.077 0.054 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 P 0.562 0.158 0.115 0.080 0.051 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 T 0.422 0.120 0.120 0.129 0.113 0.053 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 Q 0.557 0.146 0.100 0.092 0.059 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 D 0.660 0.160 0.081 0.050 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.416 0.166 0.138 0.111 0.085 0.044 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001