# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.035 0.226 0.013 0.060 0.315 0.005 0.004 0.024 0.078 0.107 0.014 0.094 2 M 0.037 0.035 0.173 0.010 0.066 0.273 0.006 0.004 0.018 0.104 0.036 0.201 0.038 3 R 0.029 0.030 0.161 0.007 0.117 0.221 0.005 0.006 0.039 0.034 0.073 0.019 0.260 4 L 0.009 0.020 0.195 0.036 0.210 0.247 0.003 0.003 0.017 0.039 0.154 0.032 0.033 5 A 0.007 0.007 0.154 0.053 0.170 0.115 0.002 0.003 0.027 0.094 0.329 0.018 0.023 6 N 0.001 0.003 0.074 0.013 0.032 0.030 0.001 0.001 0.020 0.217 0.597 0.006 0.006 7 G 0.004 0.012 0.427 0.010 0.033 0.023 0.004 0.002 0.019 0.278 0.147 0.017 0.023 8 I 0.044 0.028 0.333 0.004 0.007 0.013 0.024 0.040 0.231 0.099 0.012 0.088 0.076 9 V 0.053 0.046 0.259 0.004 0.006 0.011 0.032 0.069 0.245 0.028 0.012 0.039 0.195 10 L 0.013 0.047 0.444 0.024 0.007 0.012 0.022 0.033 0.167 0.059 0.010 0.096 0.066 11 D 0.001 0.002 0.864 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.021 0.030 0.003 0.016 0.046 12 K 0.001 0.002 0.093 0.014 0.302 0.162 0.001 0.001 0.014 0.043 0.350 0.004 0.015 13 D 0.003 0.007 0.093 0.012 0.253 0.097 0.001 0.002 0.012 0.081 0.410 0.010 0.019 14 T 0.016 0.024 0.220 0.005 0.163 0.114 0.002 0.001 0.009 0.239 0.068 0.095 0.044 15 T 0.032 0.044 0.300 0.009 0.033 0.108 0.009 0.004 0.022 0.105 0.112 0.044 0.180 16 F 0.052 0.034 0.199 0.060 0.043 0.111 0.007 0.005 0.022 0.077 0.215 0.100 0.076 17 G 0.107 0.010 0.171 0.032 0.025 0.146 0.007 0.003 0.013 0.100 0.222 0.093 0.071 18 E 0.223 0.018 0.146 0.018 0.019 0.152 0.020 0.006 0.020 0.056 0.051 0.062 0.209 19 L 0.212 0.024 0.099 0.021 0.015 0.147 0.027 0.007 0.017 0.040 0.024 0.228 0.137 20 K 0.146 0.014 0.100 0.030 0.014 0.252 0.015 0.003 0.017 0.034 0.037 0.136 0.202 21 F 0.104 0.009 0.087 0.031 0.035 0.429 0.007 0.002 0.009 0.037 0.056 0.057 0.137 22 S 0.109 0.006 0.074 0.028 0.037 0.460 0.004 0.001 0.007 0.035 0.075 0.055 0.108 23 A 0.171 0.007 0.055 0.012 0.047 0.409 0.003 0.001 0.006 0.035 0.050 0.083 0.123 24 L 0.188 0.008 0.054 0.019 0.031 0.370 0.003 0.001 0.005 0.024 0.065 0.070 0.163 25 R 0.135 0.004 0.068 0.039 0.034 0.283 0.002 0.001 0.004 0.027 0.117 0.086 0.201 26 R 0.149 0.002 0.051 0.037 0.027 0.284 0.001 0.001 0.003 0.023 0.171 0.075 0.177 27 E 0.197 0.003 0.054 0.025 0.018 0.253 0.004 0.001 0.006 0.022 0.076 0.097 0.245 28 V 0.299 0.003 0.041 0.019 0.012 0.100 0.007 0.001 0.006 0.009 0.029 0.120 0.354 29 R 0.285 0.003 0.032 0.018 0.006 0.064 0.012 0.001 0.005 0.007 0.014 0.315 0.239 30 I 0.308 0.008 0.021 0.012 0.005 0.026 0.015 0.001 0.006 0.005 0.008 0.206 0.378 31 Q 0.182 0.012 0.057 0.016 0.003 0.012 0.007 0.001 0.007 0.012 0.012 0.255 0.423 32 N 0.025 0.008 0.452 0.018 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.040 0.040 0.174 0.226 33 E 0.002 0.004 0.071 0.007 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.094 0.755 0.020 0.018 34 D 0.001 0.003 0.017 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.105 0.857 0.007 0.002 35 G 0.001 0.034 0.161 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.568 0.200 0.011 0.011 36 S 0.002 0.033 0.693 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.113 0.014 0.086 0.044 37 V 0.007 0.129 0.384 0.012 0.009 0.018 0.002 0.001 0.015 0.083 0.044 0.026 0.272 38 S 0.012 0.013 0.491 0.053 0.010 0.024 0.001 0.001 0.006 0.077 0.048 0.186 0.078 39 D 0.025 0.016 0.186 0.031 0.057 0.117 0.002 0.001 0.007 0.111 0.140 0.055 0.254 40 E 0.071 0.017 0.113 0.015 0.053 0.155 0.009 0.001 0.007 0.035 0.059 0.192 0.273 41 I 0.104 0.016 0.068 0.034 0.040 0.114 0.010 0.001 0.012 0.012 0.022 0.077 0.490 42 K 0.124 0.005 0.073 0.050 0.022 0.131 0.007 0.001 0.007 0.018 0.039 0.415 0.111 43 E 0.171 0.006 0.055 0.034 0.035 0.113 0.008 0.002 0.010 0.021 0.067 0.044 0.434 44 R 0.178 0.004 0.057 0.037 0.012 0.079 0.010 0.002 0.008 0.032 0.063 0.445 0.072 45 T 0.247 0.011 0.089 0.018 0.009 0.047 0.022 0.003 0.015 0.024 0.041 0.086 0.388 46 Y 0.210 0.014 0.139 0.021 0.009 0.042 0.017 0.003 0.016 0.033 0.019 0.358 0.120 47 D 0.143 0.012 0.219 0.017 0.008 0.037 0.011 0.002 0.025 0.030 0.018 0.174 0.303 48 L 0.102 0.022 0.170 0.030 0.049 0.096 0.012 0.002 0.020 0.049 0.049 0.118 0.280 49 K 0.065 0.019 0.255 0.046 0.044 0.087 0.007 0.002 0.021 0.078 0.088 0.139 0.149 50 S 0.024 0.017 0.297 0.015 0.113 0.065 0.002 0.001 0.010 0.114 0.092 0.070 0.181 51 K 0.008 0.016 0.214 0.011 0.114 0.083 0.001 0.001 0.005 0.101 0.328 0.036 0.082 52 G 0.010 0.025 0.187 0.013 0.094 0.042 0.001 0.001 0.005 0.150 0.364 0.052 0.057 53 Q 0.012 0.015 0.227 0.012 0.050 0.015 0.001 0.001 0.004 0.199 0.355 0.051 0.058 54 G 0.009 0.008 0.256 0.025 0.014 0.004 0.001 0.001 0.005 0.208 0.382 0.027 0.063 55 R 0.022 0.007 0.318 0.043 0.009 0.002 0.001 0.001 0.011 0.209 0.120 0.190 0.067 56 M 0.117 0.009 0.179 0.032 0.004 0.001 0.017 0.004 0.036 0.040 0.020 0.060 0.480 57 I 0.369 0.003 0.066 0.021 0.001 0.001 0.050 0.014 0.085 0.006 0.002 0.258 0.125 58 Q 0.447 0.002 0.019 0.015 0.001 0.001 0.151 0.021 0.068 0.002 0.001 0.086 0.188 59 V 0.379 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.165 0.020 0.053 0.002 0.001 0.214 0.141 60 S 0.306 0.003 0.034 0.032 0.001 0.001 0.083 0.014 0.097 0.005 0.001 0.086 0.338 61 I 0.082 0.005 0.188 0.012 0.001 0.001 0.013 0.005 0.176 0.033 0.003 0.350 0.133 62 P 0.005 0.002 0.693 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.023 0.026 0.004 0.015 0.221 63 A 0.004 0.010 0.371 0.013 0.094 0.006 0.003 0.001 0.024 0.141 0.122 0.175 0.037 64 S 0.005 0.019 0.301 0.009 0.065 0.009 0.002 0.001 0.019 0.173 0.247 0.018 0.133 65 V 0.003 0.055 0.450 0.003 0.032 0.006 0.001 0.001 0.009 0.300 0.019 0.104 0.018 66 P 0.001 0.005 0.895 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.025 0.002 0.006 0.056 67 L 0.002 0.032 0.270 0.016 0.385 0.097 0.001 0.001 0.014 0.033 0.075 0.016 0.059 68 K 0.005 0.008 0.212 0.021 0.342 0.114 0.002 0.001 0.011 0.053 0.121 0.079 0.032 69 E 0.008 0.019 0.168 0.009 0.334 0.110 0.002 0.001 0.013 0.050 0.096 0.014 0.177 70 F 0.009 0.050 0.464 0.005 0.049 0.048 0.002 0.001 0.019 0.138 0.037 0.132 0.046 71 D 0.004 0.013 0.699 0.004 0.013 0.019 0.001 0.001 0.011 0.077 0.025 0.040 0.095 72 Y 0.004 0.021 0.161 0.018 0.112 0.075 0.001 0.001 0.010 0.078 0.458 0.020 0.042 73 N 0.004 0.004 0.245 0.052 0.033 0.036 0.001 0.001 0.007 0.089 0.486 0.016 0.028 74 A 0.018 0.009 0.331 0.023 0.089 0.047 0.004 0.001 0.024 0.184 0.100 0.087 0.084 75 R 0.113 0.030 0.155 0.019 0.012 0.037 0.036 0.016 0.164 0.050 0.018 0.112 0.238 76 V 0.125 0.032 0.126 0.026 0.007 0.017 0.080 0.024 0.069 0.023 0.009 0.192 0.271 77 E 0.174 0.010 0.085 0.071 0.008 0.029 0.098 0.039 0.097 0.020 0.015 0.266 0.088 78 L 0.202 0.013 0.054 0.008 0.008 0.023 0.101 0.093 0.124 0.019 0.020 0.087 0.247 79 I 0.248 0.019 0.158 0.054 0.007 0.037 0.036 0.039 0.116 0.049 0.037 0.094 0.106 80 N 0.028 0.010 0.406 0.026 0.017 0.043 0.004 0.002 0.024 0.182 0.036 0.173 0.048 81 P 0.006 0.007 0.283 0.020 0.056 0.250 0.002 0.001 0.016 0.096 0.161 0.006 0.097 82 I 0.013 0.012 0.139 0.026 0.106 0.442 0.003 0.001 0.015 0.073 0.097 0.053 0.019 83 A 0.030 0.013 0.151 0.020 0.050 0.417 0.003 0.001 0.019 0.058 0.077 0.013 0.148 84 D 0.027 0.005 0.113 0.018 0.033 0.575 0.003 0.001 0.011 0.043 0.054 0.073 0.044 85 T 0.065 0.008 0.042 0.009 0.027 0.588 0.008 0.005 0.019 0.020 0.037 0.029 0.143 86 V 0.099 0.008 0.031 0.020 0.020 0.582 0.019 0.009 0.015 0.013 0.036 0.061 0.087 87 A 0.241 0.008 0.032 0.024 0.032 0.398 0.018 0.009 0.015 0.015 0.036 0.083 0.088 88 T 0.150 0.007 0.044 0.037 0.028 0.446 0.013 0.005 0.015 0.021 0.060 0.067 0.108 89 A 0.187 0.011 0.050 0.027 0.043 0.325 0.011 0.006 0.021 0.029 0.080 0.110 0.100 90 T 0.127 0.022 0.120 0.024 0.030 0.229 0.008 0.004 0.014 0.051 0.124 0.074 0.174 91 Y 0.061 0.017 0.255 0.026 0.046 0.107 0.004 0.002 0.008 0.100 0.163 0.117 0.095 92 Q 0.012 0.007 0.161 0.026 0.034 0.054 0.001 0.001 0.006 0.135 0.482 0.037 0.045 93 G 0.006 0.007 0.168 0.009 0.024 0.016 0.001 0.001 0.005 0.166 0.542 0.017 0.039 94 A 0.016 0.014 0.517 0.014 0.018 0.007 0.001 0.001 0.014 0.188 0.059 0.074 0.077 95 D 0.025 0.019 0.387 0.024 0.012 0.005 0.007 0.002 0.060 0.135 0.037 0.129 0.158 96 V 0.039 0.010 0.276 0.128 0.014 0.004 0.022 0.011 0.174 0.058 0.038 0.051 0.175 97 D 0.046 0.003 0.189 0.211 0.006 0.002 0.074 0.028 0.173 0.054 0.014 0.127 0.071 98 W 0.176 0.001 0.024 0.013 0.001 0.001 0.190 0.170 0.291 0.008 0.002 0.032 0.090 99 Y 0.168 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.212 0.378 0.172 0.001 0.001 0.028 0.029 100 I 0.134 0.003 0.015 0.005 0.001 0.001 0.149 0.440 0.178 0.002 0.001 0.034 0.038 101 K 0.080 0.003 0.152 0.015 0.001 0.001 0.045 0.177 0.365 0.014 0.002 0.088 0.059 102 A 0.029 0.005 0.266 0.056 0.030 0.011 0.023 0.040 0.240 0.073 0.067 0.026 0.133 103 D 0.014 0.003 0.211 0.163 0.040 0.016 0.005 0.005 0.079 0.147 0.264 0.025 0.027 104 D 0.034 0.008 0.311 0.018 0.066 0.031 0.008 0.003 0.053 0.216 0.092 0.078 0.083 105 I 0.117 0.021 0.224 0.010 0.026 0.041 0.023 0.009 0.067 0.045 0.024 0.040 0.353 106 V 0.213 0.022 0.105 0.018 0.013 0.054 0.028 0.010 0.045 0.025 0.019 0.343 0.106 107 L 0.244 0.016 0.122 0.021 0.019 0.049 0.020 0.008 0.025 0.030 0.023 0.065 0.359 108 T 0.079 0.013 0.301 0.035 0.020 0.073 0.010 0.003 0.022 0.077 0.063 0.146 0.158 109 K 0.029 0.014 0.293 0.020 0.038 0.084 0.004 0.002 0.027 0.125 0.153 0.078 0.133 110 D 0.008 0.014 0.318 0.010 0.042 0.066 0.001 0.001 0.011 0.180 0.237 0.047 0.066 111 S 0.004 0.013 0.349 0.010 0.051 0.059 0.001 0.001 0.006 0.189 0.242 0.034 0.042 112 S 0.004 0.027 0.310 0.008 0.077 0.084 0.001 0.001 0.007 0.188 0.204 0.036 0.053 113 S 0.005 0.041 0.393 0.006 0.078 0.098 0.001 0.001 0.009 0.135 0.138 0.028 0.067 114 F 0.007 0.036 0.440 0.009 0.069 0.097 0.001 0.001 0.012 0.105 0.110 0.051 0.063 115 K 0.004 0.021 0.443 0.009 0.053 0.100 0.001 0.001 0.011 0.107 0.151 0.034 0.066 116 A 0.004 0.029 0.423 0.009 0.047 0.091 0.001 0.001 0.010 0.171 0.137 0.030 0.048 117 Q 0.003 0.018 0.639 0.003 0.029 0.030 0.001 0.001 0.008 0.137 0.025 0.057 0.051 118 P 0.002 0.028 0.512 0.005 0.067 0.090 0.001 0.001 0.007 0.078 0.105 0.011 0.093 119 Q 0.002 0.030 0.429 0.007 0.160 0.095 0.001 0.001 0.008 0.082 0.124 0.037 0.024 120 A 0.001 0.018 0.338 0.005 0.137 0.093 0.001 0.001 0.008 0.114 0.223 0.015 0.047 121 K 0.001 0.014 0.338 0.004 0.073 0.069 0.001 0.001 0.005 0.141 0.315 0.017 0.023 122 K 0.001 0.029 0.452 0.004 0.047 0.051 0.001 0.001 0.006 0.229 0.143 0.018 0.020 123 E 0.001 0.020 0.662 0.002 0.032 0.022 0.001 0.001 0.007 0.159 0.039 0.027 0.029 124 P 0.001 0.038 0.508 0.005 0.073 0.051 0.001 0.001 0.010 0.096 0.140 0.014 0.063 125 T 0.002 0.044 0.497 0.008 0.086 0.050 0.001 0.001 0.013 0.099 0.104 0.055 0.039 126 Q 0.003 0.035 0.528 0.006 0.056 0.037 0.001 0.001 0.015 0.125 0.083 0.032 0.077 127 D 0.001 0.016 0.677 0.005 0.025 0.022 0.001 0.001 0.008 0.114 0.065 0.025 0.041 128 K 0.001 0.014 0.603 0.006 0.045 0.041 0.001 0.001 0.006 0.142 0.090 0.019 0.032