# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.055 0.196 0.245 0.007 0.011 0.040 0.004 0.008 0.001 0.018 0.044 0.263 0.024 0.018 0.028 2 M 0.010 0.018 0.201 0.405 0.001 0.015 0.018 0.005 0.002 0.001 0.009 0.021 0.247 0.001 0.030 0.016 3 R 0.006 0.005 0.049 0.218 0.049 0.245 0.017 0.005 0.004 0.007 0.018 0.007 0.343 0.007 0.001 0.020 4 L 0.012 0.043 0.006 0.111 0.169 0.069 0.016 0.023 0.005 0.001 0.231 0.022 0.149 0.132 0.004 0.009 5 A 0.002 0.109 0.015 0.043 0.080 0.025 0.108 0.067 0.014 0.008 0.020 0.125 0.052 0.260 0.063 0.008 6 N 0.008 0.045 0.147 0.050 0.002 0.005 0.007 0.110 0.032 0.006 0.009 0.005 0.057 0.003 0.302 0.211 7 G 0.110 0.012 0.179 0.078 0.002 0.003 0.005 0.001 0.115 0.007 0.004 0.003 0.006 0.003 0.001 0.472 8 I 0.444 0.005 0.478 0.061 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 9 V 0.004 0.018 0.338 0.437 0.037 0.148 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 10 L 0.003 0.046 0.012 0.824 0.012 0.074 0.001 0.011 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.002 0.040 0.003 0.063 0.034 0.775 0.002 0.010 0.008 0.009 0.019 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 12 K 0.005 0.024 0.005 0.034 0.005 0.011 0.001 0.015 0.003 0.001 0.866 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 13 D 0.007 0.085 0.035 0.042 0.003 0.020 0.003 0.006 0.017 0.003 0.014 0.728 0.019 0.002 0.008 0.011 14 T 0.030 0.027 0.393 0.071 0.010 0.042 0.044 0.003 0.006 0.003 0.029 0.037 0.195 0.005 0.014 0.089 15 T 0.022 0.038 0.069 0.023 0.106 0.155 0.205 0.015 0.004 0.005 0.039 0.036 0.146 0.114 0.007 0.016 16 F 0.014 0.137 0.059 0.146 0.003 0.018 0.008 0.230 0.009 0.002 0.089 0.025 0.090 0.006 0.151 0.013 17 G 0.023 0.017 0.093 0.204 0.003 0.028 0.015 0.005 0.144 0.130 0.041 0.075 0.116 0.007 0.007 0.092 18 E 0.194 0.024 0.231 0.384 0.003 0.007 0.004 0.003 0.003 0.001 0.012 0.017 0.090 0.002 0.005 0.021 19 L 0.011 0.010 0.143 0.643 0.006 0.065 0.008 0.003 0.002 0.003 0.007 0.017 0.072 0.002 0.001 0.007 20 K 0.005 0.062 0.073 0.463 0.019 0.146 0.007 0.014 0.001 0.002 0.020 0.011 0.167 0.002 0.003 0.004 21 F 0.004 0.014 0.008 0.438 0.030 0.204 0.006 0.010 0.005 0.003 0.138 0.017 0.111 0.008 0.001 0.003 22 S 0.006 0.122 0.065 0.216 0.003 0.029 0.006 0.015 0.005 0.002 0.057 0.230 0.222 0.002 0.016 0.004 23 A 0.005 0.017 0.055 0.321 0.036 0.057 0.036 0.003 0.010 0.005 0.034 0.046 0.325 0.010 0.003 0.039 24 L 0.031 0.027 0.123 0.141 0.017 0.055 0.031 0.021 0.002 0.001 0.039 0.037 0.423 0.021 0.018 0.014 25 R 0.006 0.067 0.063 0.188 0.003 0.099 0.011 0.021 0.017 0.008 0.054 0.053 0.348 0.006 0.022 0.033 26 R 0.025 0.065 0.056 0.286 0.002 0.056 0.005 0.005 0.012 0.004 0.076 0.044 0.312 0.003 0.007 0.043 27 E 0.044 0.059 0.190 0.279 0.003 0.046 0.007 0.002 0.005 0.001 0.022 0.074 0.226 0.006 0.003 0.035 28 V 0.014 0.028 0.211 0.335 0.003 0.060 0.012 0.002 0.001 0.001 0.025 0.027 0.258 0.002 0.008 0.014 29 R 0.003 0.052 0.144 0.500 0.007 0.039 0.010 0.004 0.002 0.001 0.014 0.015 0.185 0.003 0.002 0.019 30 I 0.010 0.046 0.049 0.604 0.036 0.068 0.021 0.005 0.003 0.001 0.015 0.010 0.102 0.015 0.005 0.011 31 Q 0.008 0.094 0.183 0.390 0.006 0.110 0.007 0.033 0.004 0.002 0.034 0.029 0.072 0.002 0.012 0.014 32 N 0.004 0.003 0.003 0.007 0.078 0.795 0.007 0.003 0.005 0.004 0.032 0.015 0.033 0.005 0.001 0.003 33 E 0.003 0.014 0.001 0.001 0.066 0.001 0.031 0.008 0.001 0.001 0.524 0.012 0.006 0.331 0.002 0.001 34 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.924 0.001 35 G 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.949 36 S 0.978 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.005 0.027 0.769 0.027 0.003 0.117 0.004 0.002 0.001 0.009 0.014 0.004 0.005 0.001 0.001 0.012 38 S 0.002 0.009 0.001 0.004 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 39 D 0.001 0.009 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.013 0.015 0.001 0.001 0.001 40 E 0.001 0.020 0.006 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.006 0.001 0.001 0.001 41 I 0.001 0.001 0.150 0.014 0.001 0.028 0.016 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.758 0.001 0.004 0.004 42 K 0.002 0.132 0.061 0.114 0.001 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.008 0.009 0.609 0.006 0.005 0.026 43 E 0.011 0.022 0.046 0.587 0.002 0.047 0.004 0.003 0.008 0.001 0.010 0.006 0.192 0.011 0.006 0.045 44 R 0.016 0.024 0.610 0.202 0.002 0.015 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.005 0.072 0.003 0.004 0.037 45 T 0.024 0.053 0.155 0.626 0.014 0.035 0.009 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.042 0.005 0.003 0.024 46 Y 0.010 0.035 0.133 0.755 0.003 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 0.008 0.002 0.016 0.001 0.004 0.006 47 D 0.004 0.024 0.055 0.602 0.017 0.246 0.002 0.004 0.004 0.005 0.004 0.009 0.016 0.001 0.001 0.006 48 L 0.014 0.046 0.016 0.607 0.029 0.097 0.003 0.016 0.003 0.001 0.130 0.006 0.025 0.002 0.002 0.003 49 K 0.003 0.414 0.047 0.341 0.013 0.030 0.004 0.013 0.009 0.004 0.010 0.091 0.011 0.002 0.002 0.005 50 S 0.013 0.007 0.022 0.043 0.247 0.383 0.126 0.009 0.004 0.007 0.022 0.013 0.063 0.033 0.004 0.004 51 K 0.005 0.033 0.030 0.026 0.005 0.012 0.003 0.228 0.002 0.001 0.539 0.016 0.033 0.002 0.059 0.007 52 G 0.003 0.020 0.006 0.009 0.119 0.004 0.234 0.002 0.058 0.052 0.010 0.113 0.006 0.341 0.003 0.021 53 Q 0.075 0.005 0.077 0.005 0.003 0.004 0.011 0.117 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.002 0.670 0.005 54 G 0.005 0.026 0.074 0.016 0.001 0.045 0.006 0.006 0.211 0.216 0.020 0.007 0.015 0.002 0.003 0.346 55 R 0.675 0.168 0.032 0.073 0.001 0.010 0.001 0.004 0.011 0.001 0.006 0.006 0.003 0.001 0.003 0.008 56 M 0.023 0.127 0.593 0.232 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 57 I 0.016 0.010 0.501 0.471 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.002 0.087 0.909 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 S 0.001 0.008 0.002 0.984 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 I 0.001 0.004 0.001 0.954 0.016 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 P 0.001 0.043 0.010 0.415 0.054 0.457 0.001 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.002 0.060 0.004 0.705 0.007 0.070 0.001 0.038 0.003 0.003 0.098 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 64 S 0.004 0.414 0.027 0.421 0.007 0.033 0.001 0.002 0.027 0.002 0.005 0.048 0.001 0.001 0.001 0.006 65 V 0.040 0.020 0.249 0.619 0.006 0.022 0.003 0.007 0.001 0.001 0.013 0.004 0.009 0.001 0.002 0.003 66 P 0.004 0.056 0.185 0.193 0.038 0.464 0.005 0.005 0.003 0.006 0.008 0.012 0.013 0.003 0.001 0.006 67 L 0.010 0.025 0.011 0.219 0.013 0.364 0.003 0.015 0.002 0.001 0.300 0.013 0.019 0.002 0.002 0.001 68 K 0.004 0.294 0.027 0.237 0.003 0.014 0.003 0.017 0.010 0.006 0.056 0.289 0.025 0.001 0.008 0.006 69 E 0.021 0.050 0.120 0.612 0.007 0.021 0.006 0.001 0.017 0.001 0.006 0.019 0.035 0.001 0.005 0.079 70 F 0.017 0.014 0.731 0.190 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.010 71 D 0.001 0.003 0.012 0.011 0.067 0.876 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 72 Y 0.001 0.010 0.001 0.013 0.004 0.015 0.001 0.039 0.001 0.001 0.903 0.003 0.006 0.002 0.002 0.001 73 N 0.001 0.181 0.004 0.015 0.001 0.005 0.001 0.003 0.074 0.004 0.008 0.678 0.004 0.002 0.006 0.012 74 A 0.135 0.024 0.405 0.096 0.001 0.019 0.011 0.004 0.008 0.002 0.017 0.018 0.143 0.001 0.031 0.087 75 R 0.015 0.046 0.813 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.031 76 V 0.072 0.003 0.299 0.525 0.001 0.075 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 77 E 0.001 0.028 0.256 0.674 0.007 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.003 0.001 0.623 0.101 0.244 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 79 I 0.001 0.254 0.027 0.476 0.008 0.043 0.002 0.112 0.004 0.001 0.028 0.022 0.016 0.001 0.005 0.001 80 N 0.007 0.021 0.013 0.311 0.008 0.408 0.004 0.012 0.046 0.051 0.030 0.035 0.047 0.001 0.002 0.005 81 P 0.092 0.057 0.084 0.101 0.005 0.073 0.002 0.006 0.004 0.002 0.409 0.046 0.109 0.001 0.002 0.007 82 I 0.018 0.087 0.040 0.202 0.003 0.078 0.004 0.004 0.006 0.002 0.072 0.383 0.087 0.003 0.004 0.008 83 A 0.007 0.038 0.178 0.163 0.003 0.057 0.017 0.005 0.001 0.001 0.040 0.068 0.390 0.003 0.017 0.011 84 D 0.004 0.057 0.056 0.205 0.003 0.098 0.007 0.005 0.004 0.002 0.034 0.037 0.449 0.003 0.005 0.033 85 T 0.016 0.021 0.039 0.206 0.003 0.053 0.009 0.003 0.004 0.001 0.094 0.049 0.480 0.007 0.004 0.012 86 V 0.006 0.058 0.126 0.211 0.002 0.036 0.008 0.003 0.002 0.001 0.021 0.084 0.411 0.006 0.009 0.017 87 A 0.006 0.014 0.051 0.228 0.004 0.055 0.015 0.002 0.003 0.001 0.020 0.018 0.552 0.008 0.006 0.019 88 T 0.006 0.059 0.082 0.206 0.004 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 0.015 0.024 0.524 0.007 0.007 0.018 89 A 0.009 0.021 0.062 0.326 0.025 0.053 0.022 0.007 0.004 0.003 0.030 0.017 0.366 0.024 0.008 0.025 90 T 0.015 0.094 0.163 0.186 0.046 0.061 0.027 0.026 0.007 0.002 0.022 0.028 0.210 0.024 0.029 0.060 91 Y 0.004 0.012 0.030 0.038 0.266 0.025 0.267 0.010 0.004 0.006 0.023 0.006 0.038 0.248 0.009 0.014 92 Q 0.019 0.052 0.047 0.031 0.014 0.031 0.017 0.409 0.005 0.004 0.018 0.013 0.036 0.006 0.285 0.013 93 G 0.017 0.039 0.035 0.053 0.009 0.021 0.013 0.011 0.403 0.086 0.047 0.014 0.022 0.009 0.010 0.211 94 A 0.668 0.051 0.088 0.066 0.001 0.010 0.003 0.011 0.007 0.004 0.014 0.032 0.018 0.001 0.019 0.008 95 D 0.026 0.129 0.486 0.183 0.003 0.045 0.003 0.001 0.018 0.002 0.004 0.009 0.011 0.001 0.001 0.076 96 V 0.102 0.022 0.126 0.455 0.004 0.241 0.004 0.004 0.002 0.001 0.018 0.006 0.013 0.001 0.001 0.002 97 D 0.001 0.470 0.141 0.369 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 98 W 0.003 0.002 0.010 0.980 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.004 0.351 0.640 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 I 0.001 0.002 0.011 0.973 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.001 0.017 0.006 0.335 0.093 0.536 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.001 0.011 0.001 0.121 0.089 0.342 0.001 0.068 0.002 0.003 0.355 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.001 0.783 0.005 0.050 0.001 0.009 0.001 0.015 0.011 0.002 0.009 0.109 0.001 0.001 0.002 0.002 104 D 0.086 0.036 0.177 0.354 0.006 0.068 0.006 0.001 0.058 0.007 0.030 0.038 0.034 0.001 0.003 0.096 105 I 0.050 0.023 0.839 0.057 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.001 0.001 0.006 106 V 0.006 0.035 0.261 0.610 0.007 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.001 0.001 0.004 107 L 0.004 0.028 0.068 0.705 0.036 0.104 0.006 0.005 0.001 0.001 0.013 0.003 0.020 0.002 0.001 0.003 108 T 0.004 0.063 0.019 0.440 0.026 0.288 0.005 0.045 0.006 0.003 0.050 0.022 0.019 0.002 0.004 0.003 109 K 0.012 0.143 0.033 0.240 0.045 0.139 0.015 0.035 0.032 0.013 0.158 0.067 0.039 0.007 0.008 0.012 110 D 0.043 0.172 0.061 0.131 0.026 0.108 0.021 0.041 0.019 0.009 0.109 0.128 0.069 0.012 0.029 0.021 111 S 0.046 0.096 0.156 0.088 0.007 0.099 0.015 0.028 0.023 0.012 0.120 0.098 0.120 0.007 0.036 0.051 112 S 0.070 0.086 0.140 0.085 0.010 0.080 0.019 0.009 0.020 0.007 0.118 0.115 0.153 0.014 0.017 0.057 113 S 0.059 0.123 0.200 0.125 0.011 0.060 0.026 0.012 0.010 0.002 0.064 0.093 0.128 0.013 0.025 0.048 114 F 0.023 0.056 0.216 0.151 0.022 0.112 0.059 0.013 0.010 0.006 0.040 0.059 0.146 0.025 0.017 0.043 115 K 0.031 0.107 0.173 0.256 0.017 0.063 0.027 0.034 0.013 0.004 0.047 0.032 0.117 0.011 0.030 0.036 116 A 0.028 0.094 0.142 0.494 0.005 0.023 0.008 0.013 0.030 0.005 0.021 0.023 0.048 0.002 0.010 0.053 117 Q 0.077 0.029 0.271 0.302 0.037 0.120 0.022 0.007 0.011 0.009 0.016 0.020 0.051 0.006 0.004 0.019 118 P 0.036 0.049 0.105 0.249 0.064 0.214 0.012 0.039 0.004 0.003 0.124 0.020 0.060 0.007 0.008 0.007 119 Q 0.011 0.155 0.031 0.229 0.050 0.125 0.016 0.045 0.027 0.009 0.123 0.108 0.037 0.011 0.010 0.014 120 A 0.040 0.085 0.056 0.163 0.036 0.123 0.033 0.057 0.031 0.012 0.097 0.109 0.079 0.015 0.041 0.023 121 K 0.043 0.142 0.161 0.149 0.011 0.055 0.021 0.035 0.053 0.010 0.078 0.063 0.074 0.008 0.031 0.066 122 K 0.090 0.115 0.253 0.329 0.003 0.015 0.005 0.009 0.033 0.004 0.014 0.028 0.031 0.001 0.011 0.060 123 E 0.089 0.018 0.435 0.243 0.009 0.103 0.008 0.003 0.007 0.004 0.010 0.011 0.032 0.002 0.002 0.022 124 P 0.036 0.061 0.191 0.373 0.024 0.150 0.006 0.015 0.003 0.002 0.072 0.015 0.040 0.003 0.003 0.008 125 T 0.007 0.123 0.036 0.406 0.085 0.136 0.017 0.021 0.009 0.004 0.055 0.059 0.024 0.009 0.003 0.006 126 Q 0.013 0.093 0.085 0.263 0.063 0.122 0.027 0.091 0.011 0.006 0.069 0.055 0.054 0.008 0.027 0.012 127 D 0.019 0.056 0.067 0.104 0.057 0.191 0.037 0.049 0.052 0.031 0.118 0.077 0.081 0.015 0.014 0.033 128 K 0.085 0.098 0.080 0.116 0.013 0.047 0.016 0.062 0.029 0.008 0.190 0.099 0.085 0.007 0.039 0.025