# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.743 0.011 0.010 0.014 0.015 0.018 0.006 0.004 0.032 0.114 2 M 0.053 0.110 0.043 0.023 0.041 0.052 0.071 0.015 0.016 0.286 0.291 3 R 0.098 0.066 0.116 0.021 0.034 0.044 0.104 0.019 0.034 0.160 0.304 4 L 0.524 0.037 0.011 0.013 0.012 0.018 0.061 0.015 0.006 0.032 0.271 5 A 0.111 0.009 0.002 0.030 0.021 0.026 0.097 0.004 0.001 0.040 0.659 6 N 0.005 0.005 0.001 0.059 0.020 0.051 0.192 0.001 0.001 0.035 0.632 7 G 0.006 0.006 0.001 0.132 0.067 0.133 0.134 0.002 0.001 0.057 0.462 8 I 0.010 0.005 0.001 0.185 0.119 0.096 0.093 0.003 0.001 0.065 0.423 9 V 0.008 0.007 0.001 0.290 0.079 0.091 0.086 0.002 0.001 0.075 0.362 10 L 0.009 0.008 0.001 0.224 0.048 0.042 0.083 0.002 0.001 0.119 0.464 11 D 0.117 0.036 0.003 0.145 0.029 0.034 0.056 0.009 0.002 0.312 0.257 12 K 0.094 0.072 0.003 0.061 0.014 0.016 0.097 0.004 0.002 0.109 0.529 13 D 0.029 0.117 0.006 0.060 0.016 0.022 0.094 0.003 0.001 0.088 0.563 14 T 0.081 0.154 0.005 0.026 0.022 0.053 0.115 0.010 0.002 0.105 0.427 15 T 0.105 0.258 0.004 0.022 0.032 0.057 0.101 0.010 0.001 0.095 0.314 16 F 0.029 0.283 0.003 0.035 0.066 0.054 0.066 0.004 0.001 0.080 0.378 17 G 0.014 0.306 0.004 0.045 0.143 0.143 0.045 0.004 0.001 0.082 0.213 18 E 0.015 0.075 0.003 0.037 0.112 0.181 0.061 0.004 0.001 0.280 0.231 19 L 0.012 0.191 0.013 0.053 0.204 0.138 0.061 0.004 0.003 0.140 0.181 20 K 0.047 0.368 0.009 0.044 0.108 0.129 0.042 0.008 0.004 0.066 0.176 21 F 0.085 0.452 0.010 0.021 0.059 0.066 0.027 0.014 0.005 0.066 0.195 22 S 0.113 0.396 0.010 0.017 0.040 0.054 0.045 0.012 0.006 0.081 0.226 23 A 0.079 0.351 0.018 0.013 0.022 0.035 0.066 0.009 0.007 0.096 0.301 24 L 0.112 0.256 0.015 0.014 0.030 0.037 0.082 0.013 0.006 0.083 0.352 25 R 0.078 0.253 0.009 0.012 0.036 0.050 0.069 0.012 0.004 0.067 0.410 26 R 0.052 0.201 0.004 0.020 0.079 0.100 0.061 0.006 0.002 0.053 0.421 27 E 0.022 0.131 0.004 0.032 0.094 0.143 0.081 0.004 0.001 0.117 0.371 28 V 0.022 0.050 0.007 0.056 0.159 0.202 0.075 0.007 0.002 0.124 0.296 29 R 0.054 0.045 0.003 0.088 0.130 0.180 0.081 0.004 0.002 0.088 0.325 30 I 0.029 0.013 0.003 0.079 0.126 0.176 0.092 0.002 0.001 0.078 0.402 31 Q 0.027 0.009 0.004 0.047 0.058 0.081 0.132 0.003 0.002 0.076 0.563 32 N 0.500 0.008 0.002 0.023 0.019 0.043 0.034 0.005 0.002 0.073 0.290 33 E 0.070 0.001 0.001 0.009 0.008 0.008 0.084 0.001 0.001 0.017 0.801 34 D 0.005 0.003 0.001 0.007 0.004 0.008 0.106 0.001 0.001 0.013 0.854 35 G 0.020 0.013 0.001 0.009 0.021 0.029 0.129 0.001 0.001 0.043 0.733 36 S 0.079 0.086 0.001 0.026 0.065 0.082 0.103 0.004 0.001 0.061 0.493 37 V 0.032 0.199 0.001 0.007 0.021 0.034 0.057 0.002 0.001 0.024 0.625 38 S 0.039 0.597 0.001 0.008 0.040 0.035 0.028 0.002 0.001 0.055 0.196 39 D 0.021 0.468 0.002 0.009 0.035 0.076 0.034 0.002 0.001 0.127 0.229 40 E 0.025 0.459 0.006 0.010 0.059 0.097 0.028 0.002 0.001 0.147 0.165 41 I 0.041 0.043 0.007 0.011 0.094 0.133 0.047 0.004 0.002 0.410 0.208 42 K 0.043 0.143 0.012 0.023 0.095 0.100 0.104 0.002 0.003 0.195 0.280 43 E 0.042 0.081 0.003 0.030 0.060 0.115 0.076 0.003 0.001 0.088 0.502 44 R 0.037 0.107 0.004 0.041 0.120 0.156 0.069 0.004 0.001 0.052 0.408 45 T 0.017 0.047 0.001 0.030 0.070 0.217 0.094 0.002 0.001 0.056 0.465 46 Y 0.012 0.028 0.003 0.060 0.144 0.173 0.119 0.003 0.001 0.123 0.335 47 D 0.029 0.045 0.004 0.120 0.164 0.203 0.086 0.005 0.002 0.095 0.247 48 L 0.045 0.042 0.005 0.082 0.136 0.142 0.075 0.005 0.001 0.054 0.411 49 K 0.064 0.021 0.005 0.084 0.095 0.154 0.078 0.007 0.002 0.049 0.441 50 S 0.137 0.026 0.007 0.047 0.064 0.143 0.089 0.007 0.003 0.046 0.430 51 K 0.151 0.012 0.007 0.028 0.045 0.064 0.115 0.006 0.002 0.041 0.528 52 G 0.146 0.006 0.007 0.018 0.024 0.037 0.155 0.005 0.002 0.042 0.558 53 Q 0.107 0.002 0.001 0.017 0.025 0.044 0.113 0.002 0.001 0.030 0.658 54 G 0.010 0.001 0.001 0.020 0.021 0.032 0.221 0.001 0.001 0.025 0.668 55 R 0.001 0.001 0.001 0.094 0.131 0.287 0.115 0.001 0.001 0.036 0.335 56 M 0.001 0.001 0.001 0.133 0.141 0.373 0.069 0.001 0.001 0.071 0.212 57 I 0.001 0.001 0.001 0.314 0.314 0.286 0.011 0.001 0.001 0.031 0.044 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.278 0.184 0.324 0.024 0.001 0.001 0.124 0.066 59 V 0.001 0.001 0.001 0.597 0.171 0.165 0.007 0.001 0.001 0.024 0.036 60 S 0.002 0.001 0.001 0.317 0.176 0.275 0.035 0.001 0.001 0.046 0.150 61 I 0.023 0.004 0.001 0.101 0.190 0.264 0.064 0.001 0.001 0.048 0.304 62 P 0.140 0.002 0.001 0.060 0.034 0.076 0.103 0.001 0.001 0.052 0.532 63 A 0.037 0.005 0.001 0.050 0.036 0.055 0.189 0.001 0.001 0.021 0.606 64 S 0.009 0.004 0.001 0.019 0.013 0.038 0.144 0.001 0.001 0.010 0.763 65 V 0.026 0.025 0.002 0.035 0.072 0.073 0.162 0.002 0.001 0.029 0.574 66 P 0.227 0.020 0.002 0.024 0.045 0.131 0.119 0.009 0.001 0.034 0.388 67 L 0.308 0.019 0.001 0.012 0.023 0.030 0.041 0.004 0.001 0.022 0.539 68 K 0.074 0.010 0.001 0.049 0.051 0.050 0.093 0.002 0.001 0.019 0.652 69 E 0.007 0.010 0.001 0.017 0.025 0.084 0.132 0.001 0.001 0.027 0.696 70 F 0.039 0.029 0.003 0.022 0.088 0.067 0.115 0.005 0.001 0.055 0.577 71 D 0.186 0.059 0.007 0.035 0.103 0.099 0.080 0.010 0.002 0.071 0.348 72 Y 0.073 0.057 0.002 0.024 0.038 0.059 0.095 0.004 0.001 0.047 0.602 73 N 0.021 0.046 0.001 0.061 0.057 0.104 0.110 0.002 0.001 0.083 0.515 74 A 0.010 0.045 0.004 0.152 0.124 0.168 0.088 0.001 0.001 0.075 0.334 75 R 0.006 0.018 0.002 0.095 0.157 0.355 0.051 0.003 0.001 0.067 0.244 76 V 0.009 0.014 0.001 0.110 0.240 0.263 0.065 0.002 0.001 0.059 0.237 77 E 0.007 0.023 0.001 0.301 0.188 0.186 0.052 0.001 0.001 0.061 0.179 78 L 0.006 0.064 0.002 0.157 0.101 0.132 0.070 0.002 0.001 0.072 0.394 79 I 0.020 0.367 0.004 0.065 0.058 0.057 0.048 0.006 0.002 0.065 0.308 80 N 0.057 0.540 0.003 0.029 0.027 0.033 0.033 0.005 0.001 0.125 0.147 81 P 0.017 0.084 0.002 0.024 0.014 0.020 0.039 0.003 0.001 0.638 0.159 82 I 0.018 0.469 0.012 0.032 0.013 0.014 0.055 0.003 0.004 0.227 0.152 83 A 0.026 0.608 0.007 0.032 0.017 0.018 0.025 0.005 0.002 0.093 0.167 84 D 0.023 0.118 0.004 0.024 0.021 0.035 0.028 0.008 0.002 0.545 0.193 85 T 0.019 0.340 0.009 0.037 0.046 0.049 0.042 0.004 0.003 0.279 0.169 86 V 0.034 0.066 0.009 0.056 0.048 0.049 0.065 0.006 0.003 0.487 0.177 87 A 0.048 0.129 0.022 0.071 0.063 0.078 0.094 0.009 0.008 0.199 0.278 88 T 0.077 0.059 0.009 0.049 0.057 0.076 0.102 0.006 0.005 0.111 0.450 89 A 0.044 0.030 0.029 0.045 0.088 0.099 0.107 0.007 0.008 0.086 0.456 90 T 0.148 0.020 0.010 0.023 0.030 0.055 0.162 0.009 0.005 0.071 0.466 91 Y 0.200 0.008 0.011 0.021 0.023 0.031 0.115 0.008 0.003 0.064 0.515 92 Q 0.066 0.006 0.001 0.027 0.035 0.041 0.153 0.002 0.001 0.030 0.637 93 G 0.012 0.005 0.001 0.036 0.033 0.087 0.131 0.001 0.001 0.032 0.661 94 A 0.006 0.005 0.001 0.058 0.179 0.179 0.120 0.001 0.001 0.023 0.427 95 D 0.012 0.002 0.001 0.058 0.122 0.452 0.060 0.002 0.001 0.037 0.254 96 V 0.008 0.004 0.001 0.097 0.302 0.244 0.061 0.001 0.001 0.022 0.260 97 D 0.002 0.002 0.001 0.124 0.251 0.397 0.040 0.001 0.001 0.023 0.160 98 W 0.002 0.003 0.001 0.187 0.249 0.404 0.028 0.001 0.001 0.017 0.109 99 Y 0.001 0.003 0.001 0.223 0.236 0.353 0.050 0.001 0.001 0.024 0.108 100 I 0.005 0.009 0.004 0.122 0.301 0.337 0.060 0.001 0.001 0.028 0.132 101 K 0.213 0.069 0.004 0.103 0.102 0.170 0.054 0.014 0.002 0.036 0.232 102 A 0.433 0.055 0.002 0.051 0.050 0.061 0.036 0.011 0.001 0.034 0.265 103 D 0.021 0.024 0.001 0.045 0.044 0.068 0.116 0.002 0.001 0.039 0.640 104 D 0.015 0.017 0.001 0.087 0.067 0.238 0.078 0.003 0.001 0.109 0.385 105 I 0.008 0.010 0.001 0.068 0.233 0.186 0.083 0.002 0.001 0.074 0.335 106 V 0.012 0.010 0.001 0.083 0.245 0.250 0.059 0.002 0.001 0.075 0.263 107 L 0.025 0.010 0.001 0.074 0.156 0.154 0.069 0.002 0.001 0.080 0.429 108 T 0.053 0.017 0.002 0.078 0.101 0.112 0.085 0.002 0.001 0.081 0.468 109 K 0.052 0.014 0.001 0.030 0.031 0.044 0.116 0.002 0.001 0.071 0.639 110 D 0.066 0.049 0.001 0.017 0.018 0.027 0.131 0.003 0.001 0.045 0.641 111 S 0.104 0.089 0.001 0.012 0.018 0.025 0.076 0.004 0.001 0.046 0.624 112 S 0.125 0.150 0.002 0.012 0.024 0.038 0.085 0.006 0.001 0.068 0.489 113 S 0.115 0.134 0.002 0.009 0.020 0.036 0.059 0.007 0.001 0.055 0.561 114 F 0.164 0.105 0.002 0.017 0.035 0.039 0.069 0.006 0.001 0.082 0.481 115 K 0.034 0.086 0.002 0.015 0.034 0.045 0.109 0.002 0.001 0.042 0.631 116 A 0.024 0.109 0.002 0.007 0.023 0.028 0.094 0.003 0.001 0.047 0.662 117 Q 0.313 0.168 0.005 0.007 0.026 0.032 0.070 0.011 0.003 0.103 0.262 118 P 0.323 0.098 0.003 0.005 0.012 0.016 0.066 0.006 0.001 0.055 0.413 119 Q 0.240 0.045 0.001 0.006 0.007 0.014 0.049 0.005 0.001 0.039 0.593 120 A 0.130 0.021 0.001 0.008 0.009 0.016 0.071 0.003 0.001 0.037 0.703 121 K 0.028 0.009 0.001 0.009 0.013 0.023 0.112 0.001 0.001 0.035 0.767 122 K 0.025 0.016 0.001 0.008 0.019 0.023 0.119 0.002 0.001 0.034 0.755 123 E 0.118 0.027 0.001 0.013 0.042 0.045 0.107 0.004 0.001 0.066 0.576 124 P 0.134 0.015 0.001 0.010 0.020 0.032 0.097 0.002 0.001 0.055 0.635 125 T 0.120 0.008 0.001 0.010 0.012 0.028 0.071 0.002 0.001 0.037 0.711 126 Q 0.081 0.005 0.001 0.009 0.012 0.021 0.090 0.001 0.001 0.027 0.754 127 D 0.030 0.005 0.001 0.008 0.016 0.030 0.100 0.001 0.001 0.026 0.785 128 K 0.015 0.006 0.001 0.009 0.023 0.034 0.125 0.001 0.001 0.025 0.763