# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.220 0.030 0.053 0.098 0.065 0.096 0.348 2 M 0.030 0.058 0.075 0.150 0.207 0.067 0.210 0.202 3 R 0.073 0.019 0.081 0.123 0.168 0.082 0.119 0.334 4 L 0.355 0.011 0.052 0.044 0.085 0.057 0.069 0.327 5 A 0.031 0.003 0.107 0.041 0.101 0.116 0.071 0.530 6 N 0.002 0.001 0.217 0.058 0.094 0.138 0.027 0.462 7 G 0.001 0.002 0.184 0.087 0.207 0.078 0.026 0.415 8 I 0.003 0.001 0.408 0.249 0.128 0.041 0.012 0.158 9 V 0.004 0.001 0.260 0.124 0.219 0.092 0.032 0.269 10 L 0.009 0.001 0.308 0.038 0.061 0.079 0.023 0.480 11 D 0.599 0.023 0.052 0.013 0.023 0.035 0.176 0.078 12 K 0.121 0.039 0.059 0.018 0.021 0.163 0.117 0.462 13 D 0.018 0.031 0.023 0.013 0.030 0.116 0.053 0.717 14 T 0.047 0.063 0.061 0.061 0.093 0.142 0.158 0.374 15 T 0.058 0.102 0.039 0.078 0.075 0.118 0.063 0.467 16 F 0.051 0.164 0.028 0.041 0.077 0.105 0.095 0.438 17 G 0.040 0.398 0.039 0.057 0.167 0.044 0.102 0.154 18 E 0.032 0.108 0.029 0.111 0.157 0.078 0.194 0.292 19 L 0.014 0.171 0.059 0.200 0.171 0.064 0.131 0.189 20 K 0.097 0.537 0.024 0.043 0.104 0.025 0.066 0.103 21 F 0.110 0.540 0.013 0.045 0.031 0.038 0.081 0.142 22 S 0.059 0.368 0.017 0.045 0.056 0.071 0.129 0.255 23 A 0.084 0.331 0.027 0.034 0.072 0.065 0.147 0.241 24 L 0.157 0.304 0.019 0.026 0.040 0.065 0.116 0.273 25 R 0.084 0.304 0.013 0.038 0.048 0.080 0.121 0.313 26 R 0.018 0.175 0.025 0.059 0.119 0.087 0.067 0.450 27 E 0.027 0.161 0.075 0.097 0.273 0.060 0.115 0.192 28 V 0.021 0.066 0.080 0.204 0.236 0.051 0.131 0.211 29 R 0.030 0.011 0.072 0.230 0.329 0.049 0.056 0.222 30 I 0.010 0.001 0.082 0.153 0.402 0.069 0.056 0.228 31 Q 0.008 0.001 0.082 0.090 0.119 0.074 0.027 0.600 32 N 0.786 0.001 0.010 0.008 0.014 0.023 0.043 0.115 33 E 0.173 0.002 0.014 0.007 0.009 0.122 0.029 0.645 34 D 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.103 0.002 0.885 35 G 0.005 0.002 0.004 0.026 0.026 0.170 0.026 0.741 36 S 0.016 0.025 0.020 0.129 0.076 0.146 0.058 0.531 37 V 0.091 0.187 0.013 0.035 0.042 0.075 0.047 0.511 38 S 0.079 0.500 0.007 0.035 0.046 0.040 0.093 0.199 39 D 0.025 0.452 0.018 0.099 0.115 0.035 0.117 0.138 40 E 0.031 0.273 0.026 0.112 0.283 0.025 0.142 0.107 41 I 0.051 0.067 0.052 0.191 0.214 0.036 0.289 0.100 42 K 0.032 0.063 0.054 0.212 0.259 0.053 0.129 0.197 43 E 0.023 0.022 0.063 0.105 0.198 0.085 0.085 0.419 44 R 0.022 0.036 0.104 0.160 0.249 0.074 0.079 0.276 45 T 0.029 0.025 0.069 0.093 0.156 0.118 0.069 0.440 46 Y 0.017 0.021 0.059 0.157 0.194 0.092 0.055 0.405 47 D 0.021 0.022 0.053 0.177 0.226 0.084 0.061 0.355 48 L 0.017 0.010 0.059 0.194 0.186 0.082 0.052 0.401 49 K 0.033 0.010 0.039 0.212 0.305 0.053 0.048 0.300 50 S 0.153 0.005 0.054 0.112 0.187 0.055 0.130 0.304 51 K 0.080 0.001 0.018 0.114 0.105 0.064 0.056 0.561 52 G 0.116 0.001 0.027 0.029 0.137 0.080 0.030 0.582 53 Q 0.062 0.001 0.015 0.059 0.105 0.099 0.014 0.646 54 G 0.004 0.001 0.001 0.011 0.025 0.099 0.003 0.857 55 R 0.001 0.001 0.042 0.192 0.441 0.084 0.037 0.202 56 M 0.001 0.001 0.063 0.155 0.462 0.062 0.024 0.233 57 I 0.001 0.001 0.114 0.524 0.281 0.017 0.024 0.040 58 Q 0.001 0.001 0.160 0.392 0.321 0.017 0.012 0.097 59 V 0.001 0.001 0.161 0.533 0.265 0.005 0.015 0.019 60 S 0.002 0.001 0.234 0.217 0.303 0.031 0.016 0.197 61 I 0.065 0.001 0.135 0.274 0.212 0.073 0.039 0.200 62 P 0.190 0.002 0.025 0.044 0.058 0.101 0.067 0.512 63 A 0.037 0.006 0.042 0.048 0.067 0.095 0.024 0.681 64 S 0.033 0.004 0.007 0.018 0.027 0.068 0.015 0.828 65 V 0.020 0.004 0.033 0.074 0.059 0.099 0.025 0.686 66 P 0.182 0.026 0.027 0.066 0.067 0.074 0.052 0.507 67 L 0.184 0.012 0.014 0.022 0.033 0.072 0.042 0.620 68 K 0.130 0.029 0.018 0.034 0.054 0.072 0.024 0.639 69 E 0.025 0.006 0.010 0.015 0.040 0.112 0.029 0.762 70 F 0.017 0.018 0.029 0.044 0.050 0.130 0.032 0.680 71 D 0.481 0.072 0.015 0.020 0.044 0.055 0.113 0.200 72 Y 0.129 0.060 0.021 0.038 0.035 0.103 0.062 0.551 73 N 0.062 0.059 0.039 0.038 0.096 0.097 0.087 0.522 74 A 0.011 0.033 0.119 0.113 0.263 0.083 0.072 0.305 75 R 0.011 0.022 0.258 0.154 0.277 0.059 0.069 0.149 76 V 0.009 0.012 0.109 0.238 0.196 0.062 0.088 0.287 77 E 0.006 0.007 0.227 0.189 0.229 0.061 0.039 0.243 78 L 0.009 0.011 0.249 0.126 0.198 0.062 0.051 0.294 79 I 0.014 0.027 0.164 0.090 0.095 0.077 0.037 0.497 80 N 0.219 0.171 0.078 0.037 0.044 0.057 0.179 0.215 81 P 0.039 0.066 0.068 0.034 0.040 0.084 0.250 0.420 82 I 0.029 0.319 0.085 0.041 0.059 0.073 0.092 0.301 83 A 0.116 0.385 0.045 0.016 0.070 0.053 0.051 0.262 84 D 0.023 0.135 0.065 0.057 0.060 0.098 0.341 0.221 85 T 0.017 0.286 0.063 0.048 0.126 0.071 0.246 0.144 86 V 0.027 0.074 0.106 0.050 0.075 0.069 0.443 0.156 87 A 0.016 0.137 0.100 0.194 0.072 0.080 0.207 0.195 88 T 0.059 0.090 0.053 0.064 0.118 0.101 0.087 0.429 89 A 0.052 0.031 0.119 0.077 0.079 0.112 0.092 0.439 90 T 0.151 0.019 0.026 0.029 0.039 0.094 0.055 0.586 91 Y 0.136 0.011 0.035 0.019 0.043 0.100 0.062 0.593 92 Q 0.028 0.006 0.021 0.017 0.032 0.111 0.023 0.761 93 G 0.025 0.003 0.010 0.015 0.027 0.132 0.030 0.758 94 A 0.019 0.011 0.041 0.067 0.086 0.147 0.041 0.589 95 D 0.062 0.022 0.039 0.040 0.102 0.114 0.053 0.567 96 V 0.020 0.023 0.077 0.120 0.152 0.129 0.069 0.411 97 D 0.012 0.032 0.105 0.146 0.248 0.083 0.075 0.298 98 W 0.007 0.030 0.110 0.227 0.410 0.031 0.052 0.134 99 Y 0.005 0.024 0.155 0.323 0.279 0.032 0.073 0.108 100 I 0.006 0.020 0.132 0.388 0.279 0.027 0.055 0.094 101 K 0.079 0.082 0.088 0.147 0.312 0.041 0.050 0.200 102 A 0.161 0.116 0.050 0.129 0.150 0.064 0.075 0.255 103 D 0.040 0.101 0.032 0.076 0.153 0.083 0.085 0.430 104 D 0.020 0.052 0.080 0.098 0.263 0.065 0.162 0.260 105 I 0.018 0.037 0.097 0.205 0.249 0.055 0.127 0.211 106 V 0.029 0.023 0.135 0.191 0.228 0.074 0.088 0.232 107 L 0.038 0.011 0.068 0.115 0.149 0.095 0.072 0.453 108 T 0.066 0.011 0.051 0.060 0.099 0.115 0.114 0.484 109 K 0.077 0.012 0.022 0.022 0.036 0.135 0.079 0.618 110 D 0.055 0.029 0.012 0.023 0.024 0.132 0.066 0.660 111 S 0.136 0.055 0.007 0.019 0.023 0.107 0.041 0.611 112 S 0.092 0.073 0.013 0.034 0.043 0.114 0.083 0.547 113 S 0.092 0.054 0.024 0.037 0.061 0.105 0.089 0.538 114 F 0.218 0.036 0.015 0.033 0.063 0.079 0.132 0.423 115 K 0.018 0.023 0.013 0.040 0.053 0.130 0.033 0.691 116 A 0.033 0.041 0.012 0.026 0.065 0.091 0.028 0.703 117 Q 0.206 0.075 0.013 0.059 0.045 0.083 0.144 0.375 118 P 0.202 0.035 0.016 0.023 0.028 0.086 0.084 0.528 119 Q 0.184 0.024 0.023 0.021 0.041 0.074 0.082 0.551 120 A 0.138 0.011 0.011 0.010 0.022 0.086 0.034 0.689 121 K 0.011 0.006 0.012 0.019 0.027 0.140 0.029 0.756 122 K 0.026 0.013 0.012 0.026 0.035 0.120 0.034 0.735 123 E 0.223 0.023 0.016 0.039 0.039 0.078 0.139 0.445 124 P 0.068 0.006 0.021 0.031 0.029 0.095 0.041 0.709 125 T 0.140 0.006 0.031 0.020 0.051 0.080 0.051 0.622 126 Q 0.083 0.003 0.018 0.026 0.030 0.094 0.026 0.721 127 D 0.051 0.004 0.011 0.018 0.037 0.091 0.016 0.772 128 K 0.032 0.005 0.015 0.047 0.078 0.121 0.033 0.668