# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.049 0.048 0.122 0.137 0.119 0.169 0.117 0.088 0.057 0.034 2 M 0.067 0.029 0.050 0.062 0.068 0.081 0.159 0.149 0.141 0.119 0.073 3 R 0.036 0.103 0.126 0.260 0.193 0.116 0.083 0.037 0.026 0.012 0.009 4 L 0.003 0.003 0.007 0.010 0.022 0.023 0.086 0.176 0.184 0.181 0.305 5 A 0.036 0.072 0.114 0.177 0.185 0.140 0.110 0.061 0.048 0.037 0.021 6 N 0.114 0.150 0.182 0.219 0.129 0.074 0.072 0.030 0.018 0.008 0.004 7 G 0.211 0.081 0.054 0.149 0.125 0.093 0.110 0.068 0.052 0.034 0.022 8 I 0.030 0.021 0.015 0.024 0.027 0.044 0.115 0.130 0.214 0.209 0.171 9 V 0.040 0.116 0.104 0.251 0.199 0.133 0.079 0.036 0.023 0.011 0.008 10 L 0.009 0.005 0.017 0.013 0.029 0.027 0.088 0.178 0.169 0.162 0.303 11 D 0.048 0.209 0.133 0.218 0.147 0.082 0.064 0.039 0.029 0.020 0.011 12 K 0.104 0.072 0.049 0.149 0.140 0.110 0.159 0.088 0.071 0.037 0.020 13 D 0.558 0.159 0.065 0.115 0.044 0.025 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 14 T 0.055 0.102 0.077 0.171 0.140 0.141 0.141 0.072 0.052 0.033 0.016 15 T 0.064 0.105 0.059 0.095 0.102 0.127 0.153 0.113 0.085 0.062 0.035 16 F 0.040 0.048 0.049 0.101 0.114 0.128 0.173 0.127 0.101 0.073 0.046 17 G 0.154 0.120 0.153 0.157 0.105 0.084 0.095 0.058 0.039 0.024 0.010 18 E 0.107 0.127 0.084 0.292 0.169 0.083 0.069 0.034 0.020 0.009 0.005 19 L 0.003 0.002 0.004 0.006 0.011 0.022 0.063 0.129 0.211 0.258 0.291 20 K 0.023 0.084 0.091 0.252 0.237 0.126 0.093 0.048 0.026 0.012 0.007 21 F 0.005 0.006 0.029 0.027 0.045 0.056 0.131 0.169 0.179 0.185 0.166 22 S 0.009 0.011 0.027 0.049 0.072 0.130 0.200 0.140 0.164 0.119 0.077 23 A 0.104 0.079 0.091 0.160 0.120 0.091 0.156 0.078 0.065 0.038 0.018 24 L 0.010 0.011 0.029 0.043 0.065 0.120 0.230 0.155 0.155 0.113 0.068 25 R 0.061 0.179 0.187 0.221 0.128 0.081 0.071 0.031 0.022 0.013 0.005 26 R 0.045 0.046 0.083 0.124 0.128 0.171 0.223 0.096 0.049 0.025 0.011 27 E 0.179 0.199 0.253 0.193 0.090 0.041 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 28 V 0.036 0.023 0.057 0.068 0.087 0.145 0.262 0.143 0.091 0.063 0.026 29 R 0.072 0.107 0.243 0.231 0.139 0.081 0.066 0.032 0.016 0.010 0.003 30 I 0.024 0.029 0.123 0.091 0.092 0.155 0.223 0.113 0.077 0.056 0.016 31 Q 0.029 0.124 0.311 0.226 0.128 0.078 0.055 0.026 0.012 0.007 0.003 32 N 0.087 0.111 0.187 0.149 0.125 0.109 0.118 0.063 0.028 0.017 0.007 33 E 0.308 0.221 0.147 0.128 0.074 0.049 0.037 0.020 0.009 0.005 0.002 34 D 0.498 0.253 0.058 0.098 0.042 0.017 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 35 G 0.439 0.069 0.034 0.054 0.058 0.060 0.105 0.070 0.052 0.039 0.020 36 S 0.312 0.319 0.124 0.147 0.056 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 37 V 0.036 0.143 0.060 0.120 0.127 0.152 0.168 0.100 0.051 0.029 0.015 38 S 0.089 0.095 0.040 0.102 0.131 0.123 0.165 0.123 0.070 0.036 0.027 39 D 0.723 0.086 0.070 0.068 0.027 0.011 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 40 E 0.175 0.118 0.127 0.304 0.153 0.055 0.045 0.015 0.005 0.002 0.001 41 I 0.003 0.004 0.008 0.008 0.014 0.019 0.066 0.102 0.228 0.268 0.280 42 K 0.017 0.052 0.106 0.223 0.245 0.161 0.124 0.045 0.018 0.009 0.003 43 E 0.016 0.057 0.686 0.162 0.049 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 44 R 0.006 0.010 0.033 0.053 0.088 0.253 0.308 0.136 0.063 0.037 0.011 45 T 0.063 0.109 0.101 0.162 0.110 0.098 0.126 0.103 0.067 0.047 0.014 46 Y 0.010 0.010 0.047 0.042 0.057 0.141 0.289 0.174 0.124 0.082 0.026 47 D 0.093 0.148 0.351 0.262 0.094 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 48 L 0.006 0.002 0.011 0.006 0.014 0.026 0.093 0.153 0.208 0.203 0.278 49 K 0.039 0.112 0.096 0.232 0.222 0.111 0.093 0.050 0.025 0.012 0.007 50 S 0.007 0.008 0.019 0.016 0.028 0.042 0.137 0.156 0.196 0.194 0.196 51 K 0.165 0.184 0.211 0.262 0.121 0.032 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 52 G 0.456 0.139 0.063 0.100 0.062 0.047 0.066 0.033 0.019 0.010 0.005 53 Q 0.051 0.080 0.043 0.145 0.147 0.120 0.145 0.113 0.073 0.048 0.036 54 G 0.206 0.179 0.093 0.133 0.105 0.091 0.091 0.046 0.028 0.019 0.008 55 R 0.129 0.141 0.174 0.229 0.127 0.088 0.063 0.027 0.013 0.007 0.003 56 M 0.129 0.113 0.103 0.184 0.136 0.095 0.109 0.061 0.038 0.021 0.012 57 I 0.010 0.009 0.013 0.020 0.028 0.052 0.136 0.152 0.238 0.214 0.129 58 Q 0.029 0.134 0.159 0.292 0.185 0.093 0.049 0.025 0.017 0.009 0.006 59 V 0.008 0.004 0.014 0.014 0.024 0.034 0.094 0.176 0.201 0.216 0.215 60 S 0.049 0.096 0.070 0.197 0.185 0.120 0.109 0.075 0.048 0.030 0.020 61 I 0.011 0.008 0.012 0.022 0.038 0.035 0.122 0.223 0.197 0.171 0.162 62 P 0.114 0.182 0.111 0.230 0.145 0.082 0.053 0.031 0.024 0.017 0.010 63 A 0.125 0.057 0.042 0.098 0.110 0.097 0.194 0.118 0.087 0.041 0.030 64 S 0.384 0.361 0.060 0.121 0.041 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 65 V 0.047 0.037 0.019 0.046 0.066 0.076 0.156 0.124 0.165 0.129 0.135 66 P 0.529 0.252 0.052 0.107 0.038 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 67 L 0.072 0.068 0.061 0.125 0.112 0.137 0.156 0.089 0.086 0.062 0.033 68 K 0.082 0.129 0.077 0.171 0.157 0.139 0.117 0.065 0.034 0.020 0.010 69 E 0.106 0.172 0.107 0.240 0.134 0.088 0.077 0.040 0.020 0.012 0.004 70 F 0.030 0.012 0.023 0.038 0.053 0.138 0.260 0.167 0.140 0.098 0.041 71 D 0.147 0.410 0.162 0.192 0.054 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 72 Y 0.018 0.028 0.028 0.062 0.105 0.154 0.265 0.161 0.091 0.059 0.029 73 N 0.522 0.230 0.088 0.091 0.037 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 74 A 0.149 0.117 0.098 0.177 0.119 0.128 0.124 0.054 0.022 0.010 0.003 75 R 0.168 0.241 0.117 0.270 0.121 0.039 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 76 V 0.003 0.001 0.004 0.004 0.008 0.022 0.085 0.122 0.239 0.266 0.246 77 E 0.013 0.129 0.306 0.352 0.143 0.042 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 78 L 0.002 0.002 0.017 0.011 0.024 0.034 0.090 0.151 0.194 0.209 0.267 79 I 0.008 0.016 0.025 0.053 0.083 0.112 0.176 0.165 0.154 0.125 0.084 80 N 0.043 0.055 0.078 0.145 0.120 0.124 0.166 0.097 0.090 0.055 0.026 81 P 0.063 0.036 0.090 0.133 0.126 0.130 0.158 0.113 0.072 0.048 0.031 82 I 0.027 0.056 0.046 0.125 0.125 0.120 0.197 0.131 0.089 0.052 0.031 83 A 0.005 0.005 0.008 0.012 0.020 0.026 0.071 0.130 0.208 0.235 0.279 84 D 0.037 0.059 0.078 0.182 0.200 0.142 0.123 0.071 0.052 0.034 0.022 85 T 0.021 0.021 0.048 0.069 0.078 0.095 0.166 0.153 0.154 0.121 0.074 86 V 0.017 0.029 0.031 0.100 0.127 0.135 0.186 0.133 0.114 0.073 0.055 87 A 0.004 0.005 0.010 0.013 0.019 0.026 0.073 0.111 0.212 0.238 0.289 88 T 0.019 0.027 0.058 0.120 0.148 0.146 0.159 0.104 0.099 0.073 0.048 89 A 0.040 0.046 0.069 0.112 0.116 0.128 0.176 0.108 0.098 0.067 0.040 90 T 0.044 0.055 0.046 0.107 0.104 0.105 0.151 0.116 0.115 0.088 0.070 91 Y 0.047 0.045 0.025 0.068 0.082 0.108 0.175 0.130 0.130 0.113 0.077 92 Q 0.193 0.227 0.095 0.194 0.115 0.064 0.051 0.028 0.017 0.010 0.006 93 G 0.183 0.121 0.052 0.141 0.128 0.115 0.108 0.063 0.041 0.030 0.019 94 A 0.093 0.051 0.025 0.064 0.069 0.100 0.165 0.133 0.134 0.100 0.064 95 D 0.100 0.191 0.062 0.227 0.152 0.094 0.082 0.041 0.027 0.015 0.010 96 V 0.003 0.003 0.005 0.007 0.013 0.024 0.062 0.093 0.210 0.234 0.348 97 D 0.080 0.116 0.075 0.244 0.214 0.106 0.074 0.041 0.025 0.015 0.009 98 W 0.005 0.007 0.016 0.028 0.040 0.077 0.168 0.171 0.210 0.173 0.105 99 Y 0.016 0.026 0.034 0.127 0.161 0.145 0.164 0.117 0.092 0.062 0.056 100 I 0.004 0.003 0.009 0.011 0.017 0.027 0.081 0.127 0.227 0.249 0.244 101 K 0.010 0.053 0.072 0.205 0.217 0.149 0.131 0.068 0.048 0.028 0.018 102 A 0.002 0.003 0.007 0.011 0.022 0.031 0.093 0.148 0.218 0.224 0.243 103 D 0.095 0.120 0.142 0.238 0.155 0.098 0.070 0.035 0.025 0.014 0.008 104 D 0.033 0.045 0.060 0.132 0.133 0.125 0.202 0.117 0.078 0.045 0.028 105 I 0.018 0.013 0.018 0.026 0.035 0.056 0.099 0.107 0.201 0.219 0.208 106 V 0.035 0.045 0.056 0.119 0.131 0.124 0.187 0.116 0.092 0.062 0.033 107 L 0.025 0.043 0.104 0.118 0.107 0.144 0.171 0.101 0.090 0.069 0.028 108 T 0.052 0.102 0.089 0.163 0.137 0.133 0.152 0.075 0.051 0.032 0.016 109 K 0.234 0.203 0.091 0.162 0.097 0.071 0.066 0.037 0.021 0.013 0.006 110 D 0.309 0.272 0.076 0.139 0.072 0.047 0.041 0.021 0.012 0.007 0.004 111 S 0.311 0.183 0.054 0.123 0.092 0.076 0.075 0.040 0.024 0.015 0.007 112 S 0.525 0.204 0.061 0.097 0.049 0.026 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 113 S 0.212 0.133 0.075 0.142 0.104 0.103 0.106 0.058 0.037 0.022 0.009 114 F 0.057 0.090 0.050 0.101 0.095 0.142 0.190 0.109 0.084 0.058 0.024 115 K 0.134 0.208 0.139 0.235 0.131 0.067 0.045 0.023 0.010 0.005 0.002 116 A 0.276 0.177 0.123 0.150 0.088 0.070 0.060 0.031 0.014 0.008 0.003 117 Q 0.197 0.192 0.090 0.192 0.120 0.076 0.067 0.035 0.017 0.009 0.004 118 P 0.311 0.139 0.066 0.121 0.093 0.081 0.094 0.052 0.024 0.014 0.005 119 Q 0.201 0.189 0.153 0.186 0.100 0.073 0.055 0.023 0.011 0.006 0.002 120 A 0.169 0.168 0.134 0.160 0.104 0.092 0.092 0.043 0.022 0.012 0.004 121 K 0.188 0.216 0.121 0.176 0.104 0.074 0.064 0.032 0.014 0.008 0.003 122 K 0.209 0.227 0.148 0.168 0.092 0.063 0.051 0.024 0.011 0.006 0.002 123 E 0.323 0.179 0.136 0.162 0.089 0.049 0.036 0.017 0.006 0.003 0.001 124 P 0.332 0.176 0.123 0.151 0.086 0.051 0.044 0.023 0.009 0.004 0.002 125 T 0.123 0.130 0.102 0.130 0.107 0.116 0.139 0.076 0.041 0.025 0.009 126 Q 0.116 0.180 0.161 0.191 0.123 0.088 0.077 0.036 0.016 0.009 0.003 127 D 0.241 0.227 0.216 0.162 0.072 0.039 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 128 K 0.323 0.163 0.130 0.161 0.097 0.049 0.041 0.022 0.008 0.004 0.002