# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.342 0.005 0.021 0.033 0.065 0.122 0.003 0.001 0.004 0.332 2 M 0.058 0.470 0.005 0.029 0.060 0.108 0.053 0.005 0.001 0.003 0.210 3 R 0.044 0.347 0.005 0.031 0.073 0.099 0.059 0.013 0.001 0.002 0.326 4 L 0.087 0.391 0.025 0.041 0.097 0.145 0.023 0.019 0.001 0.002 0.169 5 A 0.057 0.311 0.013 0.091 0.104 0.147 0.039 0.015 0.001 0.002 0.221 6 N 0.092 0.098 0.014 0.109 0.111 0.130 0.065 0.013 0.001 0.010 0.358 7 G 0.311 0.023 0.027 0.071 0.071 0.105 0.055 0.010 0.001 0.013 0.313 8 I 0.109 0.017 0.072 0.352 0.084 0.072 0.084 0.004 0.001 0.004 0.203 9 V 0.004 0.003 0.005 0.229 0.146 0.239 0.048 0.001 0.001 0.001 0.322 10 L 0.003 0.003 0.002 0.264 0.169 0.189 0.066 0.001 0.001 0.002 0.302 11 D 0.005 0.002 0.002 0.208 0.112 0.205 0.059 0.001 0.001 0.005 0.403 12 K 0.012 0.003 0.001 0.076 0.037 0.075 0.110 0.001 0.001 0.006 0.680 13 D 0.008 0.002 0.001 0.043 0.008 0.021 0.443 0.001 0.001 0.012 0.462 14 T 0.361 0.007 0.003 0.031 0.019 0.022 0.197 0.001 0.001 0.049 0.310 15 T 0.128 0.055 0.007 0.018 0.031 0.029 0.275 0.002 0.001 0.012 0.442 16 F 0.056 0.096 0.023 0.053 0.082 0.101 0.150 0.003 0.001 0.011 0.426 17 G 0.044 0.068 0.007 0.032 0.241 0.316 0.067 0.002 0.001 0.012 0.209 18 E 0.048 0.055 0.006 0.046 0.139 0.145 0.150 0.002 0.001 0.005 0.405 19 L 0.026 0.103 0.006 0.054 0.209 0.323 0.046 0.001 0.001 0.002 0.228 20 K 0.017 0.103 0.005 0.044 0.217 0.344 0.079 0.001 0.001 0.002 0.186 21 F 0.022 0.161 0.004 0.053 0.129 0.281 0.041 0.002 0.001 0.002 0.305 22 S 0.039 0.179 0.005 0.037 0.172 0.309 0.045 0.002 0.001 0.002 0.210 23 A 0.061 0.239 0.007 0.023 0.106 0.158 0.083 0.005 0.001 0.003 0.314 24 L 0.070 0.334 0.011 0.016 0.120 0.200 0.048 0.007 0.001 0.003 0.191 25 R 0.066 0.269 0.012 0.014 0.132 0.241 0.049 0.009 0.001 0.003 0.205 26 R 0.085 0.257 0.013 0.014 0.111 0.118 0.041 0.010 0.001 0.004 0.347 27 E 0.078 0.153 0.011 0.014 0.093 0.147 0.060 0.007 0.001 0.003 0.434 28 V 0.081 0.144 0.018 0.024 0.186 0.236 0.064 0.007 0.001 0.003 0.236 29 R 0.022 0.078 0.008 0.029 0.248 0.342 0.037 0.004 0.001 0.002 0.230 30 I 0.012 0.030 0.007 0.026 0.294 0.394 0.018 0.003 0.001 0.002 0.214 31 Q 0.013 0.020 0.003 0.021 0.270 0.347 0.028 0.003 0.001 0.003 0.292 32 N 0.015 0.008 0.008 0.022 0.221 0.395 0.031 0.002 0.001 0.005 0.294 33 E 0.046 0.010 0.006 0.039 0.126 0.180 0.116 0.001 0.001 0.006 0.469 34 D 0.006 0.002 0.001 0.014 0.006 0.007 0.186 0.001 0.001 0.007 0.769 35 G 0.588 0.003 0.012 0.007 0.023 0.029 0.057 0.001 0.001 0.126 0.154 36 S 0.190 0.006 0.007 0.013 0.017 0.008 0.445 0.001 0.001 0.015 0.299 37 V 0.007 0.002 0.001 0.004 0.024 0.045 0.055 0.001 0.001 0.001 0.861 38 S 0.009 0.008 0.003 0.016 0.147 0.406 0.161 0.001 0.001 0.008 0.243 39 D 0.030 0.010 0.001 0.006 0.029 0.057 0.074 0.001 0.001 0.006 0.788 40 E 0.046 0.049 0.003 0.013 0.043 0.086 0.345 0.001 0.001 0.006 0.409 41 I 0.173 0.090 0.005 0.024 0.117 0.141 0.143 0.002 0.001 0.006 0.301 42 K 0.024 0.500 0.006 0.012 0.143 0.163 0.038 0.003 0.001 0.002 0.110 43 E 0.031 0.411 0.005 0.021 0.099 0.170 0.024 0.005 0.001 0.002 0.233 44 R 0.106 0.312 0.006 0.026 0.169 0.206 0.027 0.010 0.001 0.002 0.137 45 T 0.141 0.166 0.010 0.024 0.158 0.221 0.030 0.012 0.001 0.002 0.236 46 Y 0.041 0.101 0.039 0.084 0.264 0.293 0.025 0.007 0.001 0.002 0.144 47 D 0.022 0.039 0.008 0.057 0.260 0.337 0.047 0.004 0.001 0.002 0.224 48 L 0.031 0.050 0.010 0.082 0.168 0.281 0.058 0.003 0.001 0.004 0.311 49 K 0.027 0.039 0.005 0.088 0.141 0.389 0.105 0.003 0.001 0.006 0.198 50 S 0.073 0.031 0.009 0.066 0.123 0.241 0.111 0.005 0.001 0.019 0.322 51 K 0.111 0.032 0.011 0.077 0.066 0.156 0.069 0.004 0.001 0.009 0.465 52 G 0.034 0.012 0.006 0.056 0.034 0.060 0.340 0.002 0.001 0.009 0.448 53 Q 0.297 0.019 0.019 0.038 0.063 0.074 0.180 0.004 0.001 0.036 0.270 54 G 0.135 0.007 0.009 0.032 0.046 0.081 0.090 0.001 0.001 0.020 0.579 55 R 0.121 0.001 0.010 0.069 0.092 0.095 0.185 0.001 0.001 0.007 0.419 56 M 0.033 0.001 0.002 0.095 0.060 0.091 0.096 0.001 0.001 0.001 0.621 57 I 0.008 0.001 0.002 0.176 0.356 0.385 0.012 0.001 0.001 0.001 0.059 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.377 0.165 0.233 0.035 0.001 0.001 0.001 0.189 59 V 0.001 0.001 0.001 0.353 0.244 0.315 0.007 0.001 0.001 0.001 0.079 60 S 0.001 0.001 0.001 0.423 0.164 0.296 0.017 0.001 0.001 0.001 0.096 61 I 0.001 0.001 0.001 0.164 0.302 0.310 0.029 0.001 0.001 0.001 0.193 62 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.940 63 A 0.002 0.001 0.001 0.060 0.064 0.312 0.043 0.001 0.001 0.001 0.518 64 S 0.091 0.001 0.001 0.026 0.006 0.021 0.084 0.001 0.001 0.016 0.755 65 V 0.559 0.002 0.002 0.036 0.031 0.035 0.046 0.001 0.001 0.008 0.280 66 P 0.005 0.001 0.001 0.006 0.006 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.955 67 L 0.021 0.001 0.001 0.029 0.057 0.203 0.045 0.001 0.001 0.002 0.640 68 K 0.041 0.005 0.001 0.045 0.029 0.074 0.137 0.001 0.001 0.005 0.664 69 E 0.231 0.011 0.002 0.016 0.019 0.035 0.097 0.001 0.001 0.006 0.584 70 F 0.507 0.027 0.007 0.061 0.029 0.064 0.038 0.003 0.001 0.005 0.258 71 D 0.052 0.024 0.005 0.062 0.084 0.098 0.194 0.004 0.001 0.003 0.474 72 Y 0.035 0.032 0.006 0.060 0.050 0.074 0.106 0.003 0.001 0.006 0.628 73 N 0.046 0.034 0.012 0.065 0.098 0.196 0.233 0.002 0.001 0.048 0.265 74 A 0.213 0.021 0.009 0.028 0.042 0.040 0.267 0.002 0.001 0.031 0.347 75 R 0.052 0.024 0.010 0.073 0.031 0.053 0.311 0.001 0.001 0.013 0.431 76 V 0.133 0.015 0.029 0.180 0.162 0.208 0.071 0.001 0.001 0.007 0.194 77 E 0.014 0.028 0.003 0.281 0.203 0.148 0.078 0.001 0.001 0.001 0.242 78 L 0.007 0.006 0.003 0.145 0.182 0.270 0.019 0.001 0.001 0.001 0.368 79 I 0.010 0.013 0.005 0.422 0.110 0.270 0.030 0.001 0.001 0.002 0.137 80 N 0.017 0.010 0.002 0.076 0.293 0.282 0.084 0.001 0.001 0.003 0.231 81 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 82 I 0.016 0.006 0.003 0.055 0.078 0.432 0.129 0.001 0.001 0.002 0.277 83 A 0.276 0.061 0.003 0.037 0.026 0.036 0.156 0.001 0.001 0.024 0.379 84 D 0.123 0.252 0.005 0.042 0.067 0.100 0.060 0.003 0.001 0.003 0.344 85 T 0.055 0.397 0.012 0.043 0.075 0.086 0.065 0.004 0.001 0.004 0.261 86 V 0.049 0.436 0.003 0.030 0.053 0.097 0.059 0.004 0.001 0.002 0.268 87 A 0.045 0.443 0.004 0.051 0.097 0.154 0.041 0.007 0.001 0.002 0.156 88 T 0.056 0.487 0.015 0.031 0.090 0.135 0.027 0.013 0.001 0.002 0.144 89 A 0.047 0.477 0.017 0.028 0.086 0.126 0.031 0.017 0.001 0.003 0.169 90 T 0.085 0.304 0.022 0.019 0.093 0.154 0.056 0.023 0.001 0.004 0.240 91 Y 0.153 0.185 0.023 0.029 0.088 0.174 0.058 0.020 0.001 0.006 0.265 92 Q 0.118 0.116 0.031 0.025 0.048 0.067 0.136 0.013 0.001 0.009 0.437 93 G 0.187 0.043 0.030 0.025 0.030 0.046 0.107 0.009 0.001 0.013 0.511 94 A 0.225 0.039 0.061 0.035 0.062 0.066 0.103 0.005 0.001 0.014 0.390 95 D 0.052 0.012 0.008 0.063 0.087 0.101 0.147 0.002 0.001 0.003 0.524 96 V 0.027 0.020 0.012 0.121 0.195 0.229 0.072 0.001 0.001 0.004 0.318 97 D 0.013 0.022 0.004 0.166 0.197 0.324 0.099 0.001 0.001 0.004 0.170 98 W 0.015 0.023 0.002 0.180 0.192 0.262 0.096 0.001 0.001 0.003 0.227 99 Y 0.023 0.035 0.003 0.217 0.163 0.320 0.058 0.001 0.001 0.002 0.180 100 I 0.010 0.052 0.002 0.237 0.234 0.314 0.038 0.001 0.001 0.002 0.110 101 K 0.011 0.049 0.004 0.072 0.276 0.391 0.035 0.002 0.001 0.002 0.158 102 A 0.012 0.037 0.004 0.102 0.192 0.434 0.025 0.002 0.001 0.002 0.191 103 D 0.024 0.032 0.003 0.039 0.150 0.304 0.065 0.002 0.001 0.004 0.378 104 D 0.108 0.024 0.004 0.042 0.074 0.122 0.149 0.002 0.001 0.007 0.468 105 I 0.236 0.088 0.017 0.054 0.077 0.099 0.081 0.003 0.001 0.005 0.340 106 V 0.027 0.063 0.008 0.089 0.207 0.295 0.064 0.003 0.001 0.002 0.243 107 L 0.018 0.046 0.008 0.065 0.195 0.253 0.051 0.004 0.001 0.003 0.357 108 T 0.022 0.041 0.006 0.060 0.228 0.339 0.037 0.003 0.001 0.003 0.260 109 K 0.021 0.015 0.003 0.033 0.108 0.184 0.060 0.002 0.001 0.003 0.571 110 D 0.034 0.013 0.004 0.030 0.042 0.089 0.131 0.002 0.001 0.005 0.650 111 S 0.074 0.014 0.004 0.028 0.020 0.035 0.201 0.001 0.001 0.012 0.611 112 S 0.070 0.020 0.004 0.011 0.008 0.011 0.223 0.001 0.001 0.014 0.638 113 S 0.090 0.031 0.005 0.009 0.014 0.020 0.342 0.001 0.001 0.020 0.467 114 F 0.186 0.063 0.008 0.014 0.027 0.039 0.230 0.003 0.001 0.019 0.410 115 K 0.124 0.147 0.016 0.020 0.043 0.068 0.140 0.005 0.001 0.009 0.427 116 A 0.058 0.085 0.010 0.022 0.023 0.054 0.089 0.004 0.001 0.004 0.653 117 Q 0.081 0.075 0.006 0.022 0.067 0.058 0.112 0.005 0.001 0.005 0.570 118 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 119 Q 0.029 0.020 0.005 0.022 0.038 0.109 0.227 0.001 0.001 0.003 0.546 120 A 0.252 0.034 0.004 0.009 0.011 0.014 0.102 0.003 0.001 0.010 0.561 121 K 0.186 0.107 0.012 0.015 0.020 0.028 0.078 0.004 0.001 0.006 0.544 122 K 0.150 0.037 0.023 0.020 0.014 0.029 0.091 0.004 0.001 0.007 0.624 123 E 0.079 0.023 0.004 0.018 0.030 0.021 0.113 0.002 0.001 0.004 0.705 124 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 125 T 0.024 0.008 0.004 0.034 0.033 0.097 0.178 0.001 0.001 0.003 0.618 126 Q 0.201 0.018 0.004 0.015 0.023 0.030 0.127 0.002 0.001 0.013 0.567 127 D 0.058 0.021 0.003 0.016 0.013 0.018 0.071 0.001 0.001 0.003 0.796 128 K 0.162 0.023 0.009 0.029 0.034 0.066 0.125 0.002 0.001 0.013 0.538