# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.588 0.049 0.022 0.039 0.032 0.009 0.199 2 M 0.044 0.629 0.047 0.052 0.077 0.024 0.006 0.121 3 R 0.066 0.608 0.038 0.044 0.065 0.033 0.012 0.135 4 L 0.076 0.624 0.048 0.032 0.067 0.012 0.019 0.123 5 A 0.075 0.460 0.075 0.048 0.059 0.055 0.033 0.195 6 N 0.109 0.159 0.090 0.047 0.043 0.113 0.083 0.357 7 G 0.313 0.043 0.237 0.034 0.046 0.035 0.106 0.186 8 I 0.082 0.017 0.576 0.123 0.047 0.045 0.010 0.099 9 V 0.005 0.004 0.306 0.216 0.182 0.017 0.002 0.268 10 L 0.011 0.003 0.329 0.101 0.165 0.078 0.001 0.312 11 D 0.007 0.003 0.118 0.267 0.201 0.131 0.002 0.271 12 K 0.006 0.002 0.045 0.023 0.049 0.113 0.002 0.759 13 D 0.006 0.001 0.004 0.004 0.004 0.885 0.002 0.094 14 T 0.585 0.007 0.006 0.011 0.013 0.152 0.076 0.150 15 T 0.202 0.050 0.041 0.032 0.043 0.197 0.018 0.418 16 F 0.018 0.026 0.052 0.077 0.160 0.079 0.007 0.580 17 G 0.046 0.017 0.041 0.220 0.368 0.073 0.004 0.231 18 E 0.031 0.026 0.021 0.091 0.155 0.228 0.004 0.442 19 L 0.022 0.041 0.031 0.325 0.421 0.034 0.003 0.124 20 K 0.016 0.124 0.070 0.210 0.307 0.070 0.004 0.199 21 F 0.026 0.149 0.040 0.149 0.247 0.043 0.004 0.341 22 S 0.027 0.295 0.036 0.128 0.309 0.044 0.007 0.154 23 A 0.059 0.291 0.018 0.065 0.139 0.087 0.016 0.326 24 L 0.081 0.409 0.023 0.069 0.146 0.066 0.023 0.184 25 R 0.074 0.524 0.033 0.054 0.092 0.040 0.022 0.161 26 R 0.074 0.344 0.039 0.091 0.109 0.035 0.026 0.282 27 E 0.102 0.217 0.044 0.064 0.100 0.061 0.031 0.382 28 V 0.051 0.105 0.039 0.259 0.311 0.022 0.010 0.204 29 R 0.022 0.122 0.042 0.293 0.304 0.037 0.007 0.173 30 I 0.030 0.056 0.026 0.273 0.354 0.012 0.005 0.244 31 Q 0.029 0.068 0.038 0.181 0.355 0.065 0.009 0.255 32 N 0.029 0.035 0.020 0.358 0.332 0.043 0.011 0.171 33 E 0.032 0.025 0.030 0.067 0.101 0.110 0.015 0.621 34 D 0.021 0.011 0.015 0.024 0.025 0.517 0.022 0.365 35 G 0.532 0.008 0.008 0.015 0.018 0.053 0.180 0.185 36 S 0.096 0.011 0.018 0.023 0.016 0.631 0.009 0.196 37 V 0.007 0.006 0.011 0.035 0.073 0.101 0.002 0.766 38 S 0.023 0.015 0.013 0.116 0.388 0.181 0.002 0.261 39 D 0.018 0.019 0.007 0.066 0.099 0.083 0.001 0.707 40 E 0.027 0.081 0.010 0.047 0.094 0.438 0.004 0.300 41 I 0.082 0.379 0.011 0.082 0.164 0.093 0.006 0.184 42 K 0.021 0.680 0.016 0.053 0.143 0.015 0.004 0.069 43 E 0.036 0.595 0.018 0.040 0.088 0.020 0.010 0.192 44 R 0.080 0.609 0.034 0.057 0.096 0.011 0.023 0.089 45 T 0.096 0.453 0.047 0.057 0.104 0.015 0.038 0.189 46 Y 0.053 0.173 0.109 0.224 0.206 0.032 0.016 0.187 47 D 0.053 0.117 0.095 0.147 0.129 0.120 0.017 0.323 48 L 0.054 0.078 0.069 0.240 0.200 0.043 0.010 0.306 49 K 0.031 0.116 0.063 0.119 0.170 0.261 0.011 0.228 50 S 0.081 0.084 0.023 0.121 0.116 0.314 0.016 0.245 51 K 0.115 0.135 0.033 0.083 0.117 0.053 0.026 0.437 52 G 0.052 0.065 0.021 0.043 0.052 0.255 0.015 0.495 53 Q 0.158 0.062 0.018 0.068 0.058 0.337 0.035 0.264 54 G 0.257 0.066 0.034 0.040 0.058 0.075 0.052 0.416 55 R 0.177 0.016 0.085 0.118 0.090 0.174 0.025 0.316 56 M 0.064 0.005 0.163 0.063 0.084 0.070 0.008 0.544 57 I 0.011 0.002 0.210 0.319 0.336 0.024 0.001 0.097 58 Q 0.005 0.001 0.506 0.140 0.181 0.026 0.001 0.141 59 V 0.002 0.001 0.591 0.150 0.155 0.008 0.001 0.094 60 S 0.001 0.001 0.794 0.047 0.109 0.008 0.001 0.041 61 I 0.002 0.001 0.580 0.130 0.128 0.046 0.001 0.114 62 P 0.001 0.001 0.013 0.002 0.008 0.003 0.001 0.974 63 A 0.004 0.001 0.032 0.016 0.069 0.053 0.001 0.824 64 S 0.048 0.001 0.024 0.010 0.036 0.053 0.005 0.823 65 V 0.411 0.002 0.027 0.020 0.037 0.058 0.009 0.437 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 67 L 0.025 0.004 0.020 0.044 0.123 0.105 0.002 0.677 68 K 0.142 0.018 0.032 0.044 0.062 0.113 0.006 0.582 69 E 0.148 0.019 0.015 0.017 0.033 0.062 0.013 0.693 70 F 0.240 0.038 0.050 0.059 0.070 0.073 0.016 0.455 71 D 0.060 0.022 0.021 0.044 0.045 0.094 0.009 0.706 72 Y 0.034 0.027 0.020 0.031 0.056 0.049 0.006 0.776 73 N 0.071 0.048 0.028 0.026 0.044 0.427 0.016 0.340 74 A 0.329 0.034 0.019 0.045 0.037 0.179 0.022 0.335 75 R 0.120 0.058 0.051 0.031 0.055 0.187 0.019 0.480 76 V 0.043 0.037 0.077 0.326 0.225 0.047 0.004 0.240 77 E 0.012 0.048 0.127 0.293 0.336 0.034 0.002 0.148 78 L 0.020 0.030 0.085 0.132 0.261 0.017 0.002 0.453 79 I 0.015 0.078 0.170 0.147 0.444 0.030 0.004 0.113 80 N 0.036 0.065 0.100 0.143 0.189 0.078 0.005 0.384 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.993 82 I 0.037 0.029 0.038 0.023 0.091 0.355 0.009 0.417 83 A 0.241 0.094 0.067 0.049 0.063 0.093 0.010 0.382 84 D 0.046 0.400 0.070 0.045 0.070 0.045 0.007 0.317 85 T 0.051 0.459 0.051 0.020 0.038 0.058 0.006 0.318 86 V 0.036 0.647 0.035 0.022 0.052 0.037 0.008 0.164 87 A 0.035 0.748 0.031 0.031 0.055 0.023 0.009 0.068 88 T 0.033 0.787 0.040 0.026 0.034 0.010 0.013 0.057 89 A 0.072 0.687 0.061 0.026 0.035 0.012 0.020 0.087 90 T 0.079 0.509 0.057 0.037 0.045 0.032 0.043 0.198 91 Y 0.137 0.328 0.081 0.066 0.085 0.038 0.043 0.222 92 Q 0.077 0.183 0.093 0.062 0.060 0.100 0.038 0.387 93 G 0.142 0.071 0.063 0.032 0.043 0.072 0.059 0.517 94 A 0.326 0.041 0.157 0.061 0.050 0.073 0.027 0.265 95 D 0.042 0.021 0.134 0.074 0.077 0.097 0.010 0.543 96 V 0.030 0.011 0.126 0.261 0.293 0.055 0.004 0.221 97 D 0.018 0.014 0.163 0.130 0.191 0.144 0.003 0.337 98 W 0.023 0.014 0.134 0.209 0.336 0.049 0.004 0.232 99 Y 0.019 0.028 0.309 0.155 0.355 0.031 0.004 0.100 100 I 0.018 0.011 0.220 0.360 0.286 0.021 0.001 0.083 101 K 0.006 0.013 0.144 0.218 0.431 0.030 0.003 0.156 102 A 0.012 0.012 0.136 0.226 0.480 0.027 0.003 0.104 103 D 0.008 0.016 0.079 0.117 0.263 0.077 0.008 0.431 104 D 0.097 0.013 0.052 0.068 0.136 0.167 0.026 0.441 105 I 0.191 0.034 0.193 0.126 0.160 0.071 0.018 0.207 106 V 0.020 0.037 0.144 0.322 0.334 0.044 0.004 0.094 107 L 0.017 0.026 0.174 0.170 0.292 0.048 0.003 0.270 108 T 0.018 0.029 0.099 0.147 0.303 0.057 0.005 0.343 109 K 0.030 0.018 0.049 0.082 0.167 0.124 0.012 0.518 110 D 0.049 0.014 0.025 0.025 0.043 0.143 0.017 0.685 111 S 0.063 0.012 0.018 0.012 0.019 0.119 0.020 0.737 112 S 0.073 0.014 0.010 0.007 0.010 0.273 0.012 0.600 113 S 0.130 0.031 0.013 0.012 0.019 0.333 0.015 0.447 114 F 0.191 0.085 0.024 0.018 0.032 0.222 0.017 0.412 115 K 0.136 0.115 0.024 0.026 0.041 0.204 0.013 0.440 116 A 0.113 0.135 0.026 0.018 0.047 0.103 0.018 0.539 117 Q 0.164 0.089 0.031 0.025 0.041 0.113 0.019 0.517 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 119 Q 0.032 0.042 0.025 0.037 0.065 0.134 0.006 0.658 120 A 0.297 0.061 0.016 0.017 0.020 0.100 0.013 0.476 121 K 0.322 0.103 0.017 0.013 0.022 0.061 0.024 0.439 122 K 0.264 0.088 0.035 0.014 0.026 0.068 0.030 0.473 123 E 0.095 0.026 0.020 0.013 0.015 0.094 0.012 0.725 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 125 T 0.044 0.019 0.025 0.033 0.067 0.165 0.005 0.642 126 Q 0.219 0.032 0.017 0.027 0.031 0.115 0.007 0.551 127 D 0.131 0.061 0.015 0.019 0.034 0.065 0.010 0.666 128 K 0.173 0.066 0.035 0.023 0.031 0.093 0.016 0.563