# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.645 0.138 0.066 0.104 0.016 0.010 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 2 M 0.360 0.342 0.145 0.032 0.048 0.028 0.024 0.002 0.018 0.001 0.001 3 R 0.270 0.349 0.216 0.016 0.025 0.077 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 4 L 0.439 0.113 0.289 0.062 0.010 0.052 0.006 0.001 0.026 0.001 0.002 5 A 0.709 0.049 0.066 0.129 0.015 0.007 0.006 0.002 0.012 0.003 0.001 6 N 0.116 0.022 0.047 0.609 0.020 0.007 0.161 0.007 0.008 0.002 0.001 7 G 0.017 0.020 0.047 0.019 0.084 0.008 0.416 0.365 0.005 0.019 0.001 8 I 0.022 0.481 0.426 0.009 0.014 0.035 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 9 V 0.014 0.286 0.485 0.010 0.005 0.186 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 10 L 0.041 0.485 0.247 0.037 0.087 0.081 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 11 D 0.025 0.173 0.319 0.015 0.069 0.258 0.022 0.003 0.105 0.009 0.003 12 K 0.633 0.080 0.201 0.039 0.018 0.014 0.002 0.001 0.007 0.002 0.003 13 D 0.350 0.082 0.072 0.395 0.028 0.029 0.028 0.005 0.008 0.001 0.001 14 T 0.133 0.350 0.122 0.146 0.172 0.012 0.032 0.002 0.030 0.001 0.001 15 T 0.181 0.244 0.337 0.102 0.020 0.072 0.013 0.001 0.028 0.001 0.001 16 F 0.237 0.164 0.127 0.378 0.020 0.017 0.036 0.001 0.018 0.001 0.001 17 G 0.130 0.041 0.082 0.026 0.363 0.013 0.046 0.153 0.007 0.137 0.001 18 E 0.295 0.375 0.161 0.055 0.028 0.044 0.027 0.001 0.013 0.001 0.001 19 L 0.052 0.645 0.200 0.009 0.041 0.029 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 20 K 0.133 0.480 0.222 0.008 0.025 0.098 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 21 F 0.218 0.193 0.378 0.033 0.021 0.129 0.007 0.001 0.017 0.001 0.002 22 S 0.581 0.149 0.092 0.109 0.024 0.024 0.008 0.001 0.010 0.002 0.001 23 A 0.528 0.141 0.107 0.077 0.075 0.028 0.017 0.004 0.019 0.003 0.001 24 L 0.579 0.143 0.097 0.121 0.019 0.020 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 25 R 0.734 0.076 0.089 0.059 0.009 0.007 0.016 0.002 0.006 0.001 0.001 26 R 0.519 0.117 0.094 0.146 0.057 0.011 0.038 0.006 0.010 0.002 0.001 27 E 0.393 0.189 0.215 0.112 0.032 0.027 0.020 0.003 0.010 0.001 0.001 28 V 0.138 0.563 0.197 0.042 0.023 0.017 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 29 R 0.223 0.341 0.274 0.043 0.030 0.063 0.009 0.001 0.013 0.001 0.002 30 I 0.090 0.617 0.107 0.047 0.088 0.013 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 31 Q 0.207 0.358 0.230 0.073 0.029 0.057 0.016 0.001 0.026 0.001 0.003 32 N 0.145 0.117 0.186 0.122 0.147 0.059 0.097 0.052 0.039 0.034 0.002 33 E 0.616 0.133 0.134 0.062 0.016 0.008 0.008 0.001 0.016 0.004 0.002 34 D 0.023 0.016 0.028 0.860 0.005 0.008 0.055 0.001 0.003 0.001 0.001 35 G 0.001 0.001 0.004 0.002 0.018 0.001 0.155 0.756 0.001 0.059 0.001 36 S 0.049 0.228 0.564 0.052 0.030 0.045 0.017 0.003 0.008 0.004 0.001 37 V 0.062 0.313 0.444 0.065 0.014 0.082 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 38 S 0.308 0.171 0.282 0.084 0.044 0.075 0.007 0.003 0.020 0.005 0.001 39 D 0.619 0.084 0.104 0.113 0.026 0.025 0.017 0.003 0.006 0.002 0.001 40 E 0.438 0.277 0.131 0.066 0.031 0.034 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 41 I 0.542 0.247 0.131 0.034 0.006 0.024 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 42 K 0.590 0.202 0.113 0.044 0.023 0.012 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 43 E 0.336 0.314 0.112 0.080 0.104 0.016 0.017 0.002 0.018 0.001 0.001 44 R 0.198 0.413 0.155 0.069 0.120 0.014 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 45 T 0.052 0.545 0.204 0.062 0.055 0.038 0.019 0.001 0.023 0.001 0.001 46 Y 0.030 0.699 0.119 0.016 0.108 0.013 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 47 D 0.032 0.194 0.481 0.013 0.029 0.195 0.013 0.001 0.036 0.003 0.003 48 L 0.426 0.210 0.202 0.078 0.017 0.043 0.006 0.001 0.015 0.001 0.002 49 K 0.365 0.222 0.165 0.118 0.055 0.021 0.021 0.006 0.019 0.007 0.002 50 S 0.234 0.176 0.223 0.097 0.093 0.045 0.027 0.009 0.079 0.014 0.002 51 K 0.437 0.063 0.228 0.195 0.012 0.010 0.030 0.002 0.009 0.003 0.010 52 G 0.273 0.037 0.059 0.091 0.071 0.017 0.078 0.264 0.011 0.097 0.002 53 Q 0.128 0.160 0.174 0.422 0.025 0.007 0.054 0.002 0.025 0.001 0.002 54 G 0.038 0.024 0.109 0.028 0.109 0.009 0.080 0.371 0.007 0.220 0.005 55 R 0.110 0.172 0.232 0.303 0.067 0.024 0.061 0.011 0.015 0.002 0.003 56 M 0.015 0.524 0.287 0.051 0.054 0.017 0.032 0.001 0.018 0.001 0.001 57 I 0.004 0.676 0.235 0.005 0.053 0.017 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 58 Q 0.002 0.481 0.413 0.003 0.021 0.068 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 59 V 0.002 0.658 0.190 0.005 0.017 0.112 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 60 S 0.008 0.659 0.172 0.010 0.039 0.089 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 61 I 0.001 0.418 0.304 0.001 0.067 0.029 0.001 0.001 0.178 0.002 0.001 62 P 0.003 0.002 0.921 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.012 0.002 0.024 63 A 0.631 0.010 0.263 0.056 0.005 0.007 0.003 0.001 0.003 0.003 0.018 64 S 0.113 0.145 0.198 0.276 0.022 0.039 0.164 0.026 0.014 0.001 0.001 65 V 0.013 0.458 0.319 0.008 0.145 0.007 0.001 0.001 0.046 0.002 0.001 66 P 0.017 0.014 0.830 0.002 0.002 0.107 0.001 0.001 0.007 0.002 0.018 67 L 0.422 0.147 0.300 0.056 0.009 0.047 0.004 0.001 0.011 0.001 0.003 68 K 0.415 0.228 0.197 0.053 0.056 0.015 0.010 0.007 0.012 0.006 0.001 69 E 0.149 0.286 0.191 0.199 0.076 0.046 0.026 0.003 0.019 0.001 0.002 70 F 0.050 0.498 0.201 0.046 0.153 0.018 0.004 0.001 0.026 0.002 0.001 71 D 0.072 0.231 0.412 0.033 0.029 0.143 0.025 0.003 0.044 0.005 0.004 72 Y 0.572 0.091 0.143 0.122 0.035 0.014 0.008 0.002 0.010 0.002 0.001 73 N 0.449 0.082 0.117 0.213 0.021 0.024 0.068 0.009 0.013 0.002 0.001 74 A 0.367 0.108 0.201 0.237 0.039 0.019 0.019 0.002 0.009 0.001 0.001 75 R 0.413 0.212 0.165 0.129 0.013 0.022 0.036 0.001 0.009 0.001 0.001 76 V 0.096 0.631 0.179 0.018 0.022 0.031 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 77 E 0.133 0.444 0.287 0.009 0.024 0.086 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 78 L 0.165 0.271 0.293 0.043 0.014 0.195 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 79 I 0.443 0.330 0.077 0.072 0.015 0.040 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 80 N 0.087 0.158 0.347 0.009 0.058 0.057 0.024 0.001 0.253 0.007 0.001 81 P 0.820 0.002 0.139 0.018 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 82 I 0.713 0.088 0.064 0.091 0.012 0.010 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 83 A 0.795 0.047 0.099 0.031 0.007 0.010 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 84 D 0.748 0.043 0.052 0.104 0.020 0.011 0.012 0.003 0.005 0.002 0.001 85 T 0.710 0.129 0.067 0.049 0.022 0.011 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 86 V 0.657 0.245 0.038 0.027 0.006 0.011 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 87 A 0.470 0.218 0.156 0.033 0.083 0.019 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 88 T 0.498 0.231 0.072 0.125 0.023 0.020 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 89 A 0.408 0.267 0.116 0.046 0.111 0.017 0.012 0.002 0.020 0.001 0.001 90 T 0.338 0.267 0.117 0.200 0.023 0.023 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 91 Y 0.240 0.281 0.179 0.109 0.074 0.021 0.031 0.004 0.054 0.004 0.001 92 Q 0.155 0.119 0.176 0.332 0.022 0.018 0.146 0.004 0.021 0.004 0.004 93 G 0.015 0.017 0.034 0.018 0.062 0.006 0.228 0.525 0.004 0.089 0.001 94 A 0.065 0.317 0.446 0.044 0.077 0.015 0.013 0.005 0.010 0.007 0.001 95 D 0.029 0.270 0.362 0.081 0.060 0.121 0.046 0.008 0.017 0.003 0.004 96 V 0.016 0.677 0.201 0.017 0.057 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 97 D 0.060 0.470 0.228 0.072 0.084 0.044 0.016 0.002 0.018 0.002 0.003 98 W 0.002 0.611 0.067 0.008 0.297 0.004 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 99 Y 0.003 0.865 0.059 0.001 0.053 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 100 I 0.001 0.769 0.172 0.001 0.017 0.026 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 101 K 0.011 0.678 0.163 0.011 0.039 0.063 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 102 A 0.035 0.472 0.267 0.021 0.144 0.024 0.006 0.001 0.025 0.006 0.001 103 D 0.188 0.262 0.256 0.139 0.053 0.039 0.036 0.003 0.018 0.003 0.003 104 D 0.093 0.241 0.148 0.219 0.174 0.029 0.064 0.012 0.017 0.002 0.001 105 I 0.051 0.637 0.195 0.030 0.032 0.027 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 106 V 0.042 0.607 0.259 0.013 0.024 0.034 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 107 L 0.057 0.433 0.338 0.022 0.032 0.089 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 108 T 0.133 0.450 0.207 0.050 0.080 0.045 0.006 0.001 0.026 0.002 0.001 109 K 0.179 0.291 0.276 0.071 0.063 0.048 0.024 0.004 0.036 0.006 0.002 110 D 0.267 0.155 0.171 0.177 0.075 0.043 0.058 0.015 0.027 0.011 0.003 111 S 0.256 0.164 0.177 0.170 0.086 0.024 0.060 0.021 0.024 0.016 0.002 112 S 0.385 0.147 0.194 0.132 0.044 0.026 0.036 0.011 0.015 0.007 0.003 113 S 0.373 0.179 0.176 0.175 0.037 0.021 0.015 0.004 0.015 0.002 0.002 114 F 0.273 0.208 0.226 0.162 0.036 0.030 0.023 0.005 0.032 0.003 0.002 115 K 0.364 0.145 0.277 0.090 0.030 0.021 0.040 0.005 0.017 0.004 0.006 116 A 0.263 0.151 0.270 0.177 0.039 0.031 0.031 0.010 0.018 0.005 0.004 117 Q 0.020 0.182 0.485 0.005 0.046 0.018 0.005 0.001 0.234 0.004 0.001 118 P 0.416 0.003 0.497 0.015 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 119 Q 0.456 0.109 0.235 0.103 0.019 0.022 0.019 0.011 0.021 0.003 0.002 120 A 0.475 0.078 0.224 0.142 0.021 0.014 0.014 0.007 0.014 0.006 0.003 121 K 0.287 0.097 0.196 0.256 0.037 0.028 0.054 0.016 0.016 0.008 0.006 122 K 0.190 0.171 0.264 0.198 0.046 0.036 0.045 0.014 0.026 0.006 0.003 123 E 0.025 0.180 0.581 0.006 0.036 0.021 0.006 0.001 0.140 0.004 0.001 124 P 0.409 0.006 0.513 0.018 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 125 T 0.267 0.242 0.223 0.171 0.033 0.024 0.010 0.004 0.026 0.001 0.001 126 Q 0.277 0.257 0.272 0.094 0.040 0.018 0.012 0.002 0.024 0.003 0.002 127 D 0.178 0.129 0.255 0.187 0.048 0.069 0.076 0.022 0.021 0.011 0.004 128 K 0.236 0.252 0.256 0.099 0.061 0.027 0.032 0.009 0.021 0.005 0.001