# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.216 0.042 0.009 0.007 0.183 0.006 0.024 0.333 0.077 0.075 0.028 2 M 0.113 0.174 0.019 0.006 0.344 0.010 0.028 0.218 0.050 0.015 0.023 3 R 0.160 0.145 0.058 0.003 0.353 0.005 0.020 0.148 0.030 0.014 0.064 4 L 0.174 0.067 0.026 0.017 0.111 0.024 0.054 0.287 0.081 0.109 0.050 5 A 0.036 0.138 0.121 0.092 0.069 0.123 0.158 0.134 0.063 0.043 0.024 6 N 0.035 0.108 0.094 0.195 0.044 0.105 0.117 0.083 0.057 0.117 0.046 7 G 0.063 0.124 0.153 0.100 0.094 0.032 0.030 0.045 0.045 0.227 0.088 8 I 0.192 0.183 0.019 0.003 0.478 0.006 0.012 0.016 0.015 0.025 0.051 9 V 0.187 0.217 0.017 0.001 0.521 0.002 0.005 0.006 0.003 0.004 0.036 10 L 0.156 0.209 0.082 0.016 0.350 0.027 0.022 0.019 0.010 0.027 0.082 11 D 0.236 0.201 0.070 0.013 0.395 0.006 0.004 0.012 0.009 0.013 0.041 12 K 0.038 0.052 0.016 0.009 0.080 0.019 0.033 0.249 0.423 0.064 0.017 13 D 0.068 0.061 0.029 0.013 0.087 0.026 0.072 0.267 0.190 0.148 0.040 14 T 0.096 0.116 0.042 0.026 0.138 0.018 0.039 0.204 0.096 0.161 0.064 15 T 0.095 0.108 0.067 0.045 0.125 0.047 0.068 0.200 0.085 0.111 0.048 16 F 0.096 0.064 0.040 0.068 0.081 0.049 0.050 0.280 0.123 0.099 0.050 17 G 0.026 0.118 0.156 0.119 0.079 0.060 0.036 0.250 0.085 0.050 0.021 18 E 0.198 0.057 0.013 0.005 0.270 0.006 0.034 0.295 0.065 0.034 0.023 19 L 0.296 0.113 0.016 0.008 0.329 0.007 0.022 0.132 0.023 0.021 0.033 20 K 0.136 0.191 0.071 0.007 0.369 0.013 0.022 0.104 0.019 0.010 0.058 21 F 0.261 0.095 0.015 0.010 0.212 0.009 0.019 0.225 0.066 0.045 0.044 22 S 0.070 0.102 0.035 0.024 0.112 0.032 0.085 0.357 0.106 0.052 0.025 23 A 0.116 0.152 0.079 0.012 0.160 0.012 0.034 0.240 0.065 0.064 0.067 24 L 0.064 0.190 0.042 0.014 0.136 0.020 0.034 0.303 0.111 0.056 0.029 25 R 0.106 0.060 0.031 0.022 0.116 0.038 0.061 0.339 0.140 0.052 0.033 26 R 0.042 0.066 0.033 0.019 0.078 0.038 0.079 0.378 0.183 0.065 0.019 27 E 0.148 0.065 0.022 0.012 0.177 0.017 0.082 0.247 0.086 0.100 0.045 28 V 0.199 0.184 0.016 0.004 0.449 0.005 0.010 0.054 0.022 0.021 0.036 29 R 0.224 0.156 0.037 0.004 0.423 0.006 0.016 0.057 0.015 0.010 0.051 30 I 0.285 0.117 0.029 0.007 0.281 0.010 0.036 0.106 0.024 0.041 0.064 31 Q 0.056 0.125 0.048 0.089 0.160 0.076 0.091 0.161 0.048 0.110 0.035 32 N 0.036 0.096 0.530 0.157 0.044 0.011 0.010 0.058 0.022 0.015 0.020 33 E 0.008 0.016 0.013 0.022 0.014 0.067 0.107 0.562 0.146 0.034 0.012 34 D 0.006 0.663 0.145 0.057 0.025 0.021 0.029 0.016 0.014 0.018 0.007 35 G 0.017 0.012 0.017 0.046 0.011 0.011 0.006 0.013 0.017 0.499 0.350 36 S 0.065 0.415 0.201 0.011 0.175 0.007 0.017 0.031 0.014 0.032 0.031 37 V 0.138 0.269 0.061 0.016 0.161 0.019 0.018 0.073 0.077 0.104 0.064 38 S 0.096 0.304 0.087 0.031 0.262 0.024 0.018 0.091 0.056 0.016 0.017 39 D 0.026 0.030 0.018 0.011 0.047 0.027 0.037 0.545 0.208 0.038 0.011 40 E 0.062 0.039 0.024 0.007 0.089 0.008 0.058 0.431 0.120 0.129 0.033 41 I 0.224 0.103 0.017 0.007 0.240 0.007 0.013 0.238 0.056 0.050 0.044 42 K 0.093 0.152 0.040 0.019 0.219 0.029 0.065 0.278 0.062 0.015 0.027 43 E 0.289 0.034 0.014 0.015 0.129 0.016 0.058 0.224 0.055 0.097 0.069 44 R 0.089 0.230 0.025 0.015 0.361 0.025 0.061 0.118 0.030 0.026 0.020 45 T 0.370 0.059 0.010 0.004 0.424 0.005 0.011 0.042 0.013 0.019 0.043 46 Y 0.213 0.175 0.014 0.005 0.506 0.007 0.010 0.021 0.010 0.008 0.031 47 D 0.203 0.133 0.038 0.004 0.519 0.007 0.011 0.022 0.007 0.006 0.050 48 L 0.373 0.102 0.014 0.004 0.325 0.006 0.018 0.059 0.025 0.029 0.046 49 K 0.116 0.169 0.104 0.036 0.195 0.043 0.070 0.085 0.037 0.067 0.079 50 S 0.063 0.382 0.192 0.028 0.217 0.010 0.009 0.049 0.017 0.010 0.023 51 K 0.047 0.046 0.030 0.022 0.054 0.039 0.094 0.400 0.176 0.063 0.029 52 G 0.065 0.054 0.061 0.057 0.063 0.061 0.110 0.223 0.110 0.153 0.043 53 Q 0.053 0.282 0.151 0.113 0.082 0.066 0.064 0.056 0.035 0.063 0.034 54 G 0.044 0.034 0.066 0.320 0.027 0.095 0.039 0.029 0.031 0.194 0.122 55 R 0.079 0.142 0.107 0.112 0.095 0.101 0.088 0.040 0.039 0.145 0.052 56 M 0.278 0.111 0.011 0.005 0.479 0.012 0.018 0.006 0.006 0.033 0.043 57 I 0.225 0.082 0.002 0.001 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 58 Q 0.232 0.059 0.006 0.001 0.682 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 59 V 0.298 0.064 0.006 0.001 0.606 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 60 S 0.341 0.102 0.013 0.002 0.489 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.037 61 I 0.098 0.383 0.195 0.002 0.238 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 62 P 0.060 0.624 0.143 0.006 0.141 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.016 63 A 0.015 0.068 0.036 0.019 0.025 0.076 0.346 0.197 0.190 0.021 0.007 64 S 0.077 0.066 0.053 0.012 0.069 0.016 0.076 0.087 0.129 0.363 0.053 65 V 0.054 0.538 0.097 0.012 0.182 0.008 0.017 0.032 0.018 0.022 0.019 66 P 0.089 0.361 0.127 0.015 0.222 0.012 0.010 0.050 0.031 0.028 0.053 67 L 0.101 0.176 0.019 0.008 0.218 0.013 0.021 0.226 0.155 0.034 0.028 68 K 0.052 0.098 0.051 0.016 0.131 0.035 0.096 0.341 0.123 0.039 0.019 69 E 0.141 0.042 0.015 0.008 0.120 0.011 0.066 0.262 0.095 0.191 0.050 70 F 0.087 0.240 0.056 0.016 0.265 0.019 0.034 0.131 0.056 0.054 0.043 71 D 0.202 0.119 0.055 0.022 0.212 0.019 0.024 0.144 0.063 0.061 0.079 72 Y 0.033 0.109 0.043 0.017 0.071 0.024 0.076 0.340 0.202 0.067 0.019 73 N 0.139 0.031 0.016 0.010 0.091 0.018 0.027 0.260 0.131 0.192 0.085 74 A 0.028 0.226 0.020 0.010 0.144 0.020 0.043 0.335 0.141 0.022 0.011 75 R 0.224 0.036 0.012 0.008 0.205 0.010 0.074 0.185 0.056 0.124 0.065 76 V 0.240 0.137 0.005 0.002 0.545 0.002 0.003 0.023 0.008 0.008 0.026 77 E 0.131 0.131 0.013 0.006 0.574 0.015 0.034 0.059 0.013 0.005 0.021 78 L 0.551 0.031 0.004 0.003 0.304 0.002 0.009 0.035 0.010 0.017 0.035 79 I 0.122 0.136 0.028 0.038 0.290 0.051 0.082 0.088 0.041 0.064 0.062 80 N 0.096 0.235 0.167 0.009 0.320 0.006 0.005 0.044 0.016 0.013 0.090 81 P 0.051 0.148 0.013 0.005 0.125 0.007 0.017 0.396 0.184 0.033 0.021 82 I 0.050 0.039 0.021 0.010 0.058 0.015 0.074 0.499 0.157 0.059 0.020 83 A 0.065 0.064 0.023 0.011 0.091 0.011 0.026 0.544 0.110 0.035 0.020 84 D 0.038 0.029 0.016 0.013 0.058 0.014 0.036 0.645 0.097 0.036 0.017 85 T 0.055 0.039 0.009 0.008 0.074 0.006 0.031 0.645 0.096 0.027 0.010 86 V 0.079 0.034 0.008 0.007 0.065 0.006 0.039 0.657 0.064 0.027 0.013 87 A 0.053 0.054 0.016 0.006 0.105 0.009 0.021 0.598 0.094 0.024 0.020 88 T 0.053 0.047 0.012 0.006 0.091 0.009 0.033 0.592 0.112 0.029 0.015 89 A 0.071 0.052 0.020 0.008 0.115 0.012 0.074 0.462 0.107 0.056 0.024 90 T 0.108 0.089 0.049 0.013 0.126 0.018 0.087 0.298 0.087 0.083 0.043 91 Y 0.075 0.086 0.068 0.065 0.095 0.072 0.072 0.206 0.096 0.104 0.061 92 Q 0.020 0.212 0.161 0.173 0.047 0.082 0.114 0.071 0.049 0.051 0.019 93 G 0.050 0.025 0.043 0.074 0.027 0.023 0.015 0.031 0.043 0.496 0.173 94 A 0.075 0.382 0.058 0.014 0.287 0.019 0.034 0.038 0.034 0.034 0.025 95 D 0.345 0.086 0.023 0.010 0.339 0.016 0.023 0.020 0.018 0.045 0.076 96 V 0.236 0.147 0.033 0.027 0.400 0.035 0.027 0.017 0.017 0.025 0.038 97 D 0.278 0.078 0.017 0.016 0.486 0.028 0.021 0.014 0.010 0.018 0.033 98 W 0.241 0.075 0.006 0.002 0.639 0.003 0.004 0.004 0.003 0.005 0.018 99 Y 0.253 0.080 0.007 0.001 0.622 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.029 100 I 0.224 0.173 0.039 0.002 0.476 0.003 0.003 0.004 0.002 0.004 0.070 101 K 0.201 0.307 0.084 0.012 0.261 0.010 0.009 0.010 0.007 0.016 0.084 102 A 0.119 0.238 0.090 0.061 0.192 0.053 0.046 0.085 0.062 0.028 0.026 103 D 0.027 0.031 0.039 0.067 0.027 0.159 0.230 0.190 0.137 0.073 0.019 104 D 0.118 0.083 0.044 0.026 0.179 0.027 0.048 0.092 0.077 0.239 0.065 105 I 0.217 0.186 0.012 0.004 0.457 0.007 0.011 0.035 0.021 0.024 0.027 106 V 0.159 0.189 0.046 0.003 0.511 0.004 0.008 0.021 0.008 0.006 0.045 107 L 0.287 0.171 0.047 0.008 0.303 0.008 0.015 0.040 0.014 0.024 0.082 108 T 0.089 0.242 0.143 0.051 0.181 0.043 0.049 0.078 0.034 0.043 0.046 109 K 0.054 0.097 0.087 0.082 0.070 0.072 0.109 0.200 0.093 0.101 0.037 110 D 0.052 0.140 0.107 0.064 0.088 0.042 0.061 0.138 0.098 0.165 0.046 111 S 0.061 0.138 0.075 0.051 0.103 0.032 0.034 0.133 0.141 0.175 0.057 112 S 0.061 0.121 0.058 0.028 0.112 0.027 0.041 0.185 0.169 0.147 0.050 113 S 0.112 0.137 0.052 0.018 0.170 0.021 0.044 0.154 0.105 0.135 0.052 114 F 0.118 0.187 0.078 0.027 0.194 0.031 0.036 0.118 0.079 0.086 0.047 115 K 0.105 0.146 0.071 0.033 0.177 0.032 0.064 0.153 0.090 0.088 0.041 116 A 0.084 0.154 0.086 0.043 0.147 0.030 0.059 0.105 0.077 0.163 0.051 117 Q 0.067 0.315 0.253 0.031 0.200 0.007 0.010 0.033 0.022 0.028 0.034 118 P 0.076 0.217 0.081 0.017 0.167 0.017 0.050 0.180 0.121 0.042 0.032 119 Q 0.084 0.149 0.085 0.026 0.127 0.032 0.070 0.142 0.112 0.120 0.053 120 A 0.073 0.209 0.094 0.044 0.135 0.035 0.055 0.111 0.089 0.108 0.046 121 K 0.076 0.111 0.072 0.045 0.114 0.037 0.073 0.133 0.110 0.175 0.054 122 K 0.070 0.174 0.115 0.063 0.123 0.028 0.052 0.072 0.085 0.167 0.051 123 E 0.057 0.309 0.292 0.045 0.161 0.008 0.011 0.029 0.027 0.031 0.030 124 P 0.087 0.242 0.087 0.016 0.189 0.016 0.052 0.128 0.101 0.047 0.035 125 T 0.092 0.186 0.090 0.021 0.165 0.026 0.059 0.104 0.081 0.116 0.060 126 Q 0.067 0.248 0.114 0.056 0.153 0.038 0.055 0.096 0.058 0.076 0.039 127 D 0.098 0.103 0.089 0.052 0.132 0.035 0.040 0.143 0.100 0.145 0.064 128 K 0.072 0.110 0.047 0.019 0.126 0.025 0.045 0.202 0.171 0.141 0.041