# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.437 0.223 0.181 0.093 0.043 0.022 0.002 2 M 0.219 0.194 0.180 0.187 0.134 0.078 0.009 3 R 0.165 0.264 0.270 0.170 0.089 0.038 0.004 4 L 0.072 0.079 0.105 0.223 0.307 0.185 0.029 5 A 0.174 0.238 0.241 0.232 0.079 0.031 0.005 6 N 0.384 0.271 0.224 0.074 0.030 0.015 0.002 7 G 0.063 0.146 0.232 0.295 0.189 0.064 0.010 8 I 0.020 0.033 0.055 0.122 0.290 0.417 0.063 9 V 0.064 0.188 0.270 0.238 0.153 0.080 0.008 10 L 0.049 0.078 0.152 0.356 0.234 0.122 0.009 11 D 0.173 0.312 0.257 0.157 0.077 0.022 0.002 12 K 0.310 0.304 0.213 0.118 0.043 0.011 0.001 13 D 0.647 0.261 0.064 0.022 0.005 0.001 0.001 14 T 0.454 0.346 0.110 0.068 0.017 0.004 0.001 15 T 0.167 0.238 0.288 0.173 0.111 0.023 0.001 16 F 0.065 0.146 0.258 0.320 0.162 0.047 0.002 17 G 0.198 0.379 0.206 0.152 0.055 0.010 0.001 18 E 0.106 0.291 0.298 0.199 0.076 0.027 0.003 19 L 0.014 0.027 0.064 0.202 0.398 0.275 0.020 20 K 0.035 0.168 0.308 0.326 0.122 0.037 0.004 21 F 0.031 0.060 0.096 0.178 0.307 0.291 0.038 22 S 0.033 0.079 0.123 0.263 0.257 0.221 0.024 23 A 0.180 0.302 0.275 0.148 0.064 0.027 0.003 24 L 0.112 0.157 0.231 0.299 0.155 0.043 0.003 25 R 0.493 0.335 0.115 0.042 0.010 0.004 0.001 26 R 0.401 0.295 0.150 0.102 0.042 0.008 0.001 27 E 0.501 0.305 0.129 0.051 0.012 0.003 0.001 28 V 0.127 0.177 0.226 0.276 0.161 0.033 0.001 29 R 0.283 0.336 0.222 0.114 0.037 0.008 0.001 30 I 0.228 0.231 0.205 0.225 0.093 0.017 0.001 31 Q 0.538 0.253 0.144 0.049 0.013 0.002 0.001 32 N 0.600 0.233 0.113 0.044 0.009 0.001 0.001 33 E 0.743 0.164 0.070 0.019 0.004 0.001 0.001 34 D 0.728 0.204 0.053 0.012 0.002 0.001 0.001 35 G 0.377 0.260 0.211 0.110 0.038 0.005 0.001 36 S 0.555 0.315 0.097 0.027 0.005 0.001 0.001 37 V 0.138 0.197 0.226 0.265 0.150 0.023 0.001 38 S 0.180 0.242 0.259 0.223 0.078 0.017 0.001 39 D 0.574 0.271 0.114 0.032 0.008 0.001 0.001 40 E 0.259 0.439 0.186 0.089 0.023 0.003 0.001 41 I 0.024 0.039 0.113 0.321 0.376 0.124 0.003 42 K 0.187 0.363 0.282 0.131 0.031 0.006 0.001 43 E 0.309 0.476 0.138 0.058 0.015 0.004 0.001 44 R 0.028 0.080 0.173 0.337 0.300 0.079 0.003 45 T 0.052 0.176 0.261 0.284 0.143 0.076 0.008 46 Y 0.043 0.142 0.180 0.284 0.254 0.091 0.006 47 D 0.118 0.286 0.308 0.203 0.065 0.018 0.002 48 L 0.024 0.043 0.068 0.170 0.330 0.329 0.037 49 K 0.099 0.209 0.262 0.241 0.130 0.053 0.006 50 S 0.097 0.138 0.171 0.295 0.209 0.084 0.006 51 K 0.407 0.342 0.166 0.062 0.017 0.005 0.001 52 G 0.222 0.250 0.223 0.173 0.098 0.031 0.002 53 Q 0.217 0.230 0.234 0.198 0.094 0.025 0.002 54 G 0.506 0.282 0.133 0.060 0.014 0.004 0.001 55 R 0.440 0.314 0.149 0.064 0.025 0.006 0.001 56 M 0.097 0.199 0.288 0.226 0.134 0.052 0.005 57 I 0.017 0.034 0.064 0.189 0.361 0.307 0.028 58 Q 0.056 0.161 0.254 0.307 0.156 0.055 0.010 59 V 0.018 0.025 0.038 0.070 0.189 0.534 0.125 60 S 0.053 0.128 0.201 0.304 0.198 0.096 0.019 61 I 0.049 0.079 0.147 0.264 0.259 0.178 0.024 62 P 0.173 0.205 0.230 0.196 0.136 0.054 0.006 63 A 0.329 0.287 0.203 0.125 0.040 0.016 0.001 64 S 0.665 0.227 0.083 0.018 0.005 0.001 0.001 65 V 0.260 0.227 0.186 0.228 0.081 0.018 0.001 66 P 0.571 0.282 0.111 0.027 0.007 0.002 0.001 67 L 0.237 0.214 0.196 0.225 0.108 0.020 0.001 68 K 0.404 0.308 0.167 0.091 0.026 0.005 0.001 69 E 0.321 0.403 0.153 0.088 0.028 0.006 0.001 70 F 0.169 0.164 0.249 0.282 0.118 0.018 0.001 71 D 0.465 0.401 0.099 0.029 0.005 0.001 0.001 72 Y 0.086 0.149 0.249 0.347 0.154 0.015 0.001 73 N 0.629 0.257 0.089 0.021 0.003 0.001 0.001 74 A 0.435 0.352 0.137 0.058 0.016 0.002 0.001 75 R 0.257 0.369 0.257 0.088 0.022 0.006 0.001 76 V 0.011 0.044 0.121 0.337 0.381 0.103 0.003 77 E 0.094 0.339 0.299 0.203 0.052 0.012 0.001 78 L 0.015 0.038 0.081 0.166 0.344 0.315 0.041 79 I 0.015 0.037 0.067 0.168 0.261 0.362 0.089 80 N 0.051 0.142 0.232 0.294 0.166 0.089 0.026 81 P 0.080 0.164 0.186 0.189 0.189 0.139 0.053 82 I 0.032 0.089 0.142 0.206 0.217 0.229 0.086 83 A 0.019 0.033 0.044 0.106 0.225 0.375 0.197 84 D 0.067 0.138 0.177 0.229 0.186 0.138 0.064 85 T 0.079 0.124 0.131 0.179 0.197 0.192 0.098 86 V 0.062 0.097 0.143 0.199 0.206 0.193 0.101 87 A 0.042 0.044 0.057 0.111 0.222 0.346 0.180 88 T 0.092 0.134 0.168 0.207 0.192 0.150 0.055 89 A 0.126 0.171 0.186 0.202 0.160 0.117 0.038 90 T 0.123 0.136 0.162 0.197 0.187 0.150 0.045 91 Y 0.117 0.125 0.154 0.216 0.202 0.144 0.042 92 Q 0.289 0.281 0.191 0.127 0.062 0.038 0.011 93 G 0.185 0.211 0.202 0.183 0.127 0.075 0.018 94 A 0.086 0.105 0.128 0.197 0.233 0.199 0.052 95 D 0.104 0.170 0.197 0.209 0.153 0.119 0.048 96 V 0.034 0.049 0.064 0.128 0.232 0.352 0.142 97 D 0.051 0.125 0.217 0.260 0.176 0.118 0.053 98 W 0.012 0.025 0.036 0.085 0.207 0.420 0.214 99 Y 0.023 0.060 0.132 0.205 0.231 0.235 0.113 100 I 0.010 0.025 0.043 0.091 0.207 0.412 0.214 101 K 0.018 0.076 0.147 0.234 0.220 0.185 0.118 102 A 0.008 0.018 0.037 0.092 0.224 0.387 0.234 103 D 0.025 0.110 0.204 0.266 0.202 0.140 0.053 104 D 0.028 0.092 0.180 0.247 0.256 0.158 0.039 105 I 0.010 0.019 0.036 0.085 0.265 0.496 0.088 106 V 0.022 0.063 0.144 0.251 0.319 0.186 0.016 107 L 0.072 0.207 0.270 0.255 0.148 0.046 0.003 108 T 0.207 0.273 0.257 0.188 0.062 0.013 0.001 109 K 0.629 0.240 0.093 0.031 0.006 0.001 0.001 110 D 0.727 0.186 0.068 0.015 0.003 0.001 0.001 111 S 0.739 0.186 0.060 0.013 0.002 0.001 0.001 112 S 0.746 0.197 0.045 0.010 0.001 0.001 0.001 113 S 0.572 0.278 0.112 0.030 0.008 0.001 0.001 114 F 0.333 0.311 0.197 0.128 0.029 0.002 0.001 115 K 0.672 0.233 0.076 0.016 0.003 0.001 0.001 116 A 0.578 0.322 0.069 0.026 0.004 0.001 0.001 117 Q 0.495 0.320 0.132 0.042 0.010 0.001 0.001 118 P 0.425 0.374 0.145 0.047 0.008 0.001 0.001 119 Q 0.597 0.300 0.077 0.023 0.003 0.001 0.001 120 A 0.636 0.267 0.070 0.023 0.003 0.001 0.001 121 K 0.670 0.242 0.075 0.012 0.001 0.001 0.001 122 K 0.623 0.271 0.094 0.011 0.001 0.001 0.001 123 E 0.476 0.426 0.071 0.023 0.003 0.001 0.001 124 P 0.487 0.408 0.074 0.026 0.004 0.001 0.001 125 T 0.465 0.313 0.160 0.052 0.009 0.001 0.001 126 Q 0.601 0.291 0.083 0.022 0.003 0.001 0.001 127 D 0.643 0.269 0.066 0.018 0.003 0.001 0.001 128 K 0.720 0.210 0.057 0.012 0.002 0.001 0.001