# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3137 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.067 0.079 0.128 0.151 0.155 0.116 0.102 0.056 0.029 0.017 0.008 0.005 0.002 2 M 0.094 0.076 0.073 0.114 0.152 0.139 0.133 0.097 0.053 0.031 0.021 0.010 0.005 0.002 3 R 0.147 0.154 0.187 0.146 0.123 0.096 0.056 0.038 0.030 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 4 L 0.051 0.034 0.039 0.080 0.122 0.141 0.147 0.136 0.096 0.065 0.049 0.021 0.014 0.004 5 A 0.041 0.067 0.097 0.145 0.170 0.159 0.128 0.089 0.051 0.025 0.017 0.006 0.003 0.002 6 N 0.112 0.095 0.097 0.149 0.162 0.130 0.086 0.069 0.044 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 7 G 0.038 0.043 0.046 0.091 0.142 0.155 0.147 0.128 0.093 0.060 0.028 0.016 0.008 0.004 8 I 0.016 0.009 0.016 0.023 0.052 0.089 0.155 0.161 0.134 0.126 0.138 0.044 0.026 0.009 9 V 0.057 0.066 0.076 0.108 0.126 0.136 0.119 0.117 0.085 0.051 0.031 0.014 0.007 0.006 10 L 0.070 0.041 0.044 0.071 0.093 0.101 0.108 0.129 0.103 0.094 0.069 0.042 0.026 0.008 11 D 0.053 0.081 0.090 0.179 0.166 0.148 0.108 0.086 0.048 0.022 0.011 0.005 0.002 0.002 12 K 0.061 0.064 0.096 0.155 0.175 0.165 0.112 0.080 0.050 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 13 D 0.412 0.189 0.179 0.076 0.052 0.038 0.026 0.009 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 14 T 0.294 0.194 0.190 0.119 0.079 0.064 0.027 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 15 T 0.088 0.086 0.084 0.161 0.190 0.160 0.101 0.068 0.037 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 16 F 0.073 0.069 0.081 0.141 0.173 0.144 0.124 0.100 0.052 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 17 G 0.314 0.140 0.141 0.109 0.087 0.073 0.049 0.033 0.029 0.012 0.011 0.003 0.001 0.001 18 E 0.153 0.140 0.149 0.170 0.142 0.098 0.062 0.041 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 19 L 0.055 0.035 0.038 0.068 0.104 0.143 0.160 0.142 0.088 0.061 0.061 0.023 0.016 0.005 20 K 0.078 0.091 0.115 0.175 0.184 0.142 0.095 0.062 0.033 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 21 F 0.071 0.041 0.049 0.080 0.127 0.119 0.146 0.132 0.091 0.062 0.049 0.019 0.010 0.004 22 S 0.092 0.068 0.072 0.115 0.164 0.147 0.113 0.091 0.061 0.035 0.023 0.011 0.005 0.003 23 A 0.138 0.119 0.134 0.151 0.141 0.114 0.079 0.051 0.036 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 24 L 0.083 0.070 0.065 0.126 0.200 0.149 0.124 0.084 0.055 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 25 R 0.210 0.176 0.180 0.129 0.111 0.086 0.048 0.023 0.024 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 26 R 0.253 0.155 0.122 0.129 0.116 0.105 0.059 0.028 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 27 E 0.235 0.186 0.117 0.128 0.121 0.099 0.063 0.021 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 28 V 0.097 0.083 0.090 0.145 0.174 0.173 0.096 0.073 0.037 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 29 R 0.235 0.172 0.143 0.131 0.111 0.092 0.055 0.027 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 30 I 0.168 0.129 0.136 0.169 0.145 0.114 0.059 0.039 0.023 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 31 Q 0.335 0.180 0.154 0.123 0.089 0.052 0.036 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 N 0.330 0.193 0.155 0.143 0.081 0.051 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.492 0.174 0.115 0.090 0.061 0.030 0.025 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.581 0.165 0.149 0.045 0.026 0.016 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 G 0.550 0.169 0.108 0.070 0.044 0.026 0.023 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.448 0.178 0.116 0.098 0.072 0.039 0.032 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.141 0.101 0.127 0.160 0.176 0.141 0.068 0.046 0.024 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 38 S 0.222 0.123 0.150 0.138 0.145 0.084 0.063 0.028 0.029 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 39 D 0.486 0.166 0.115 0.091 0.056 0.040 0.023 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 40 E 0.233 0.200 0.146 0.160 0.118 0.076 0.035 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 I 0.061 0.047 0.050 0.108 0.174 0.178 0.141 0.119 0.067 0.028 0.013 0.008 0.005 0.001 42 K 0.225 0.169 0.179 0.151 0.108 0.079 0.043 0.020 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 43 E 0.515 0.192 0.101 0.063 0.042 0.039 0.025 0.006 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 44 R 0.088 0.092 0.120 0.171 0.194 0.158 0.081 0.046 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 45 T 0.088 0.091 0.110 0.151 0.185 0.143 0.092 0.059 0.045 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 46 Y 0.062 0.049 0.050 0.103 0.151 0.159 0.141 0.119 0.076 0.044 0.026 0.015 0.005 0.002 47 D 0.169 0.146 0.116 0.123 0.130 0.122 0.072 0.046 0.039 0.017 0.013 0.004 0.001 0.001 48 L 0.046 0.024 0.040 0.054 0.085 0.119 0.129 0.132 0.114 0.105 0.071 0.050 0.026 0.005 49 K 0.065 0.086 0.102 0.148 0.166 0.149 0.112 0.082 0.048 0.020 0.014 0.004 0.002 0.002 50 S 0.077 0.051 0.061 0.101 0.129 0.142 0.118 0.110 0.083 0.056 0.037 0.021 0.010 0.004 51 K 0.228 0.166 0.181 0.134 0.104 0.069 0.050 0.030 0.022 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 52 G 0.130 0.120 0.147 0.168 0.158 0.116 0.067 0.042 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 53 Q 0.125 0.128 0.126 0.168 0.157 0.114 0.085 0.046 0.031 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 54 G 0.176 0.160 0.165 0.161 0.125 0.086 0.060 0.027 0.022 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 55 R 0.131 0.151 0.137 0.152 0.126 0.114 0.073 0.052 0.033 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 56 M 0.040 0.051 0.055 0.111 0.162 0.156 0.131 0.118 0.075 0.053 0.021 0.015 0.007 0.004 57 I 0.008 0.007 0.011 0.020 0.040 0.077 0.121 0.146 0.157 0.151 0.125 0.080 0.042 0.014 58 Q 0.018 0.019 0.028 0.050 0.084 0.100 0.120 0.157 0.136 0.104 0.085 0.057 0.022 0.021 59 V 0.006 0.004 0.006 0.009 0.016 0.027 0.053 0.075 0.136 0.186 0.213 0.155 0.084 0.032 60 S 0.012 0.015 0.020 0.032 0.052 0.080 0.105 0.139 0.142 0.124 0.130 0.075 0.042 0.032 61 I 0.009 0.010 0.014 0.025 0.051 0.072 0.117 0.139 0.156 0.159 0.123 0.071 0.033 0.020 62 P 0.027 0.042 0.045 0.085 0.114 0.126 0.133 0.137 0.116 0.080 0.055 0.021 0.012 0.009 63 A 0.063 0.068 0.082 0.135 0.167 0.142 0.113 0.093 0.060 0.038 0.021 0.011 0.004 0.003 64 S 0.129 0.144 0.160 0.139 0.137 0.101 0.075 0.042 0.043 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 65 V 0.132 0.104 0.103 0.135 0.164 0.142 0.087 0.068 0.034 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 66 P 0.344 0.214 0.142 0.096 0.074 0.056 0.038 0.013 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 67 L 0.220 0.135 0.124 0.149 0.136 0.103 0.063 0.035 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 68 K 0.340 0.161 0.155 0.122 0.098 0.053 0.037 0.015 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 69 E 0.265 0.182 0.156 0.123 0.111 0.080 0.042 0.016 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 70 F 0.201 0.133 0.103 0.166 0.184 0.106 0.049 0.030 0.018 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 71 D 0.431 0.290 0.097 0.067 0.044 0.042 0.017 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.093 0.088 0.108 0.184 0.215 0.173 0.072 0.033 0.023 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 73 N 0.349 0.202 0.213 0.087 0.065 0.039 0.026 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.432 0.231 0.119 0.087 0.048 0.049 0.021 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.081 0.116 0.111 0.196 0.200 0.165 0.071 0.032 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 76 V 0.023 0.020 0.029 0.063 0.132 0.165 0.193 0.165 0.084 0.051 0.038 0.022 0.012 0.003 77 E 0.169 0.124 0.134 0.123 0.114 0.129 0.069 0.056 0.048 0.016 0.011 0.005 0.001 0.001 78 L 0.055 0.024 0.034 0.055 0.086 0.093 0.150 0.141 0.108 0.096 0.073 0.050 0.028 0.007 79 I 0.030 0.024 0.029 0.061 0.101 0.147 0.134 0.128 0.131 0.084 0.062 0.043 0.017 0.009 80 N 0.055 0.056 0.075 0.118 0.145 0.134 0.129 0.112 0.071 0.051 0.029 0.013 0.006 0.005 81 P 0.081 0.066 0.050 0.089 0.135 0.121 0.129 0.106 0.082 0.059 0.045 0.022 0.009 0.005 82 I 0.029 0.041 0.052 0.085 0.137 0.154 0.151 0.139 0.092 0.060 0.030 0.015 0.009 0.006 83 A 0.012 0.009 0.013 0.024 0.050 0.088 0.147 0.172 0.143 0.136 0.117 0.052 0.026 0.010 84 D 0.049 0.070 0.082 0.123 0.144 0.146 0.116 0.105 0.073 0.045 0.020 0.014 0.007 0.005 85 T 0.071 0.039 0.049 0.061 0.082 0.094 0.110 0.102 0.111 0.104 0.081 0.059 0.027 0.011 86 V 0.037 0.036 0.052 0.084 0.121 0.142 0.145 0.143 0.093 0.064 0.042 0.023 0.011 0.008 87 A 0.032 0.020 0.029 0.041 0.070 0.099 0.128 0.139 0.136 0.113 0.095 0.054 0.031 0.012 88 T 0.092 0.086 0.074 0.108 0.131 0.126 0.123 0.099 0.070 0.043 0.025 0.012 0.006 0.004 89 A 0.141 0.096 0.119 0.120 0.129 0.113 0.093 0.070 0.048 0.030 0.025 0.009 0.004 0.003 90 T 0.077 0.068 0.078 0.122 0.165 0.151 0.117 0.093 0.058 0.035 0.019 0.009 0.005 0.002 91 Y 0.091 0.079 0.097 0.129 0.159 0.138 0.108 0.087 0.053 0.031 0.015 0.007 0.004 0.002 92 Q 0.270 0.162 0.134 0.128 0.107 0.075 0.051 0.033 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 93 G 0.193 0.146 0.133 0.136 0.126 0.103 0.065 0.043 0.028 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 94 A 0.128 0.082 0.084 0.110 0.145 0.134 0.113 0.081 0.051 0.036 0.020 0.010 0.005 0.002 95 D 0.093 0.098 0.105 0.147 0.159 0.130 0.093 0.078 0.049 0.025 0.013 0.005 0.002 0.002 96 V 0.051 0.030 0.035 0.058 0.087 0.108 0.129 0.140 0.111 0.101 0.078 0.044 0.021 0.007 97 D 0.069 0.088 0.095 0.123 0.145 0.134 0.116 0.099 0.062 0.033 0.021 0.009 0.004 0.004 98 W 0.016 0.008 0.014 0.020 0.041 0.071 0.103 0.108 0.171 0.181 0.138 0.076 0.039 0.013 99 Y 0.019 0.028 0.040 0.085 0.132 0.146 0.154 0.166 0.095 0.062 0.036 0.018 0.010 0.009 100 I 0.021 0.014 0.017 0.025 0.039 0.057 0.087 0.098 0.144 0.166 0.144 0.114 0.055 0.019 101 K 0.018 0.043 0.048 0.095 0.130 0.146 0.148 0.146 0.101 0.060 0.033 0.017 0.007 0.007 102 A 0.005 0.006 0.009 0.017 0.038 0.067 0.123 0.147 0.158 0.124 0.188 0.058 0.038 0.020 103 D 0.016 0.045 0.060 0.112 0.154 0.161 0.145 0.118 0.088 0.051 0.028 0.012 0.006 0.005 104 D 0.052 0.076 0.093 0.125 0.149 0.145 0.101 0.085 0.072 0.046 0.028 0.015 0.007 0.004 105 I 0.013 0.018 0.024 0.058 0.094 0.145 0.166 0.182 0.122 0.090 0.042 0.028 0.014 0.004 106 V 0.026 0.036 0.055 0.088 0.129 0.165 0.165 0.146 0.089 0.047 0.030 0.014 0.007 0.004 107 L 0.100 0.126 0.121 0.154 0.153 0.128 0.088 0.063 0.039 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 108 T 0.198 0.167 0.185 0.167 0.110 0.080 0.043 0.026 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 109 K 0.283 0.167 0.164 0.164 0.105 0.060 0.033 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 110 D 0.457 0.178 0.178 0.078 0.049 0.027 0.020 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 S 0.585 0.171 0.106 0.058 0.037 0.018 0.017 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.648 0.156 0.092 0.045 0.025 0.015 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.408 0.184 0.116 0.108 0.088 0.046 0.034 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.213 0.149 0.140 0.159 0.155 0.092 0.049 0.024 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 115 K 0.445 0.179 0.134 0.093 0.065 0.040 0.025 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.500 0.178 0.094 0.087 0.058 0.042 0.027 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.392 0.182 0.143 0.113 0.077 0.050 0.026 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 P 0.409 0.176 0.157 0.112 0.073 0.041 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.605 0.159 0.109 0.058 0.034 0.017 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.567 0.175 0.112 0.066 0.040 0.021 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 K 0.581 0.166 0.128 0.055 0.033 0.019 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 K 0.601 0.158 0.119 0.053 0.033 0.018 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.627 0.154 0.107 0.050 0.032 0.016 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 P 0.561 0.179 0.108 0.064 0.044 0.024 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 T 0.531 0.163 0.104 0.083 0.059 0.030 0.021 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 Q 0.625 0.145 0.089 0.054 0.039 0.022 0.018 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 D 0.582 0.151 0.121 0.056 0.039 0.026 0.016 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.474 0.162 0.144 0.083 0.060 0.038 0.023 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001