This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA M A 3 3 NATAA R A 4 4 NATAA L A 5 5 NATAA A A 6 6 NATAA N A 7 7 NATAA G A 8 8 NATAA I A 9 9 NATAA V A 10 10 NATAA L A 11 11 NATAA D A 12 12 NATAA K A 13 13 NATAA D A 14 14 NATAA T A 15 15 NATAA T A 16 16 NATAA F A 17 17 NATAA G A 18 18 NATAA E A 19 19 NATAA L A 20 20 NATAA K A 21 21 NATAA F A 22 22 NATAA S A 23 23 NATAA A A 24 24 NATAA L A 25 25 NATAA R A 26 26 NATAA R A 27 27 NATAA E A 28 28 NATAA V A 29 29 NATAA R A 30 30 NATAA I A 31 31 NATAA Q A 32 32 NATAA N A 33 33 NATAA E A 34 34 NATAA D A 35 35 NATAA G A 36 36 NATAA S A 37 37 NATAA V A 38 38 NATAA S A 39 39 NATAA D A 40 40 NATAA E A 41 41 NATAA I A 42 42 NATAA K A 43 43 NATAA E A 44 44 NATAA R A 45 45 NATAA T A 46 46 NATAA Y A 47 47 NATAA D A 48 48 NATAA L A 49 49 NATAA K A 50 50 NATAA S A 51 51 NATAA K A 52 52 NATAA G A 53 53 NATAA Q A 54 54 NATAA G A 55 55 NATAA R A 56 56 NATAA M A 57 57 NATAA I A 58 58 NATAA Q A 59 59 NATAA V A 60 60 NATAA S A 61 61 NATAA I A 62 62 NATRO P A 63 63 NATAA A A 64 64 NATAA S A 65 65 NATAA V A 66 66 NATRO P A 67 67 NATAA L A 68 68 NATAA K A 69 69 NATAA E A 70 70 NATAA F A 71 71 NATAA D A 72 72 NATAA Y A 73 73 NATAA N A 74 74 NATAA A A 75 75 NATAA R A 76 76 NATAA V A 77 77 NATAA E A 78 78 NATAA L A 79 79 NATAA I A 80 80 NATAA N A 81 81 NATRO P A 82 82 NATAA I A 83 83 NATAA A A 84 84 NATAA D A 85 85 NATAA T A 86 86 NATAA V A 87 87 NATAA A A 88 88 NATAA T A 89 89 NATAA A A 90 90 NATAA T A 91 91 NATAA Y A 92 92 NATAA Q A 93 93 NATAA G A 94 94 NATAA A A 95 95 NATAA D A 96 96 NATAA V A 97 97 NATAA D A 98 98 NATAA W A 99 99 NATAA Y A 100 100 NATAA I A 101 101 NATAA K A 102 102 NATAA A A 103 103 NATAA D A 104 104 NATAA D A 105 105 NATAA I A 106 106 NATAA V A 107 107 NATAA L A 108 108 NATAA T A 109 109 NATAA K A 110 110 NATAA D A 111 111 NATAA S A 112 112 NATAA S A 113 113 NATAA S A 114 114 NATAA F A 115 115 NATAA K A 116 116 NATAA A A 117 117 NATAA Q A 118 118 NATRO P A 119 119 NATAA Q A 120 120 NATAA A A 121 121 NATAA K A 122 122 NATAA K A 123 123 NATAA E A 124 124 NATRO P A 125 125 NATAA T A 126 126 NATAA Q A 127 127 NATAA D A 128 128 NATAA K