# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3763 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.119 0.005 0.017 0.023 0.028 0.110 0.015 0.002 0.082 0.551 2 S 0.145 0.188 0.010 0.012 0.017 0.020 0.068 0.013 0.004 0.183 0.338 3 E 0.083 0.260 0.008 0.008 0.008 0.011 0.063 0.016 0.004 0.044 0.495 4 N 0.213 0.315 0.009 0.005 0.005 0.009 0.054 0.014 0.003 0.061 0.312 5 Q 0.115 0.256 0.009 0.007 0.006 0.012 0.068 0.013 0.004 0.047 0.463 6 N 0.085 0.306 0.006 0.007 0.007 0.015 0.070 0.005 0.001 0.050 0.448 7 E 0.054 0.177 0.005 0.015 0.010 0.018 0.083 0.006 0.001 0.083 0.548 8 K 0.068 0.327 0.003 0.021 0.017 0.033 0.084 0.010 0.001 0.048 0.387 9 V 0.043 0.095 0.007 0.020 0.021 0.039 0.086 0.004 0.002 0.259 0.424 10 Y 0.016 0.107 0.010 0.099 0.073 0.077 0.098 0.003 0.002 0.092 0.423 11 D 0.172 0.394 0.005 0.034 0.027 0.051 0.036 0.013 0.002 0.042 0.225 12 L 0.287 0.185 0.006 0.033 0.016 0.026 0.052 0.058 0.006 0.025 0.306 13 S 0.189 0.064 0.007 0.027 0.026 0.044 0.070 0.004 0.002 0.085 0.482 14 F 0.013 0.017 0.003 0.088 0.030 0.059 0.099 0.001 0.001 0.041 0.648 15 F 0.023 0.022 0.003 0.029 0.019 0.023 0.172 0.003 0.001 0.050 0.656 16 M 0.264 0.024 0.005 0.026 0.013 0.011 0.111 0.018 0.004 0.193 0.333 17 P 0.075 0.148 0.002 0.008 0.004 0.004 0.083 0.007 0.001 0.026 0.644 18 G 0.032 0.204 0.001 0.006 0.003 0.006 0.062 0.005 0.001 0.043 0.638 19 Q 0.051 0.367 0.003 0.006 0.005 0.012 0.074 0.012 0.001 0.043 0.426 20 T 0.066 0.372 0.007 0.008 0.008 0.014 0.057 0.010 0.004 0.115 0.338 21 I 0.080 0.144 0.038 0.013 0.018 0.026 0.062 0.020 0.011 0.088 0.499 22 D 0.488 0.083 0.007 0.008 0.010 0.017 0.047 0.009 0.005 0.050 0.276 23 A 0.234 0.016 0.008 0.004 0.004 0.007 0.052 0.008 0.007 0.024 0.636 24 E 0.050 0.008 0.004 0.017 0.019 0.030 0.111 0.002 0.001 0.027 0.730 25 E 0.042 0.002 0.001 0.007 0.005 0.010 0.074 0.001 0.001 0.014 0.844 26 V 0.004 0.001 0.001 0.014 0.055 0.043 0.173 0.001 0.001 0.007 0.702 27 E 0.009 0.007 0.001 0.014 0.013 0.026 0.070 0.001 0.001 0.021 0.838 28 V 0.007 0.008 0.001 0.020 0.098 0.082 0.156 0.001 0.001 0.028 0.600 29 P 0.041 0.129 0.001 0.074 0.019 0.043 0.066 0.003 0.001 0.032 0.592 30 I 0.049 0.105 0.002 0.061 0.055 0.072 0.080 0.006 0.001 0.047 0.523 31 S 0.118 0.297 0.004 0.045 0.028 0.065 0.047 0.009 0.001 0.039 0.346 32 K 0.091 0.180 0.003 0.030 0.062 0.088 0.048 0.003 0.001 0.072 0.422 33 R 0.038 0.149 0.003 0.025 0.066 0.151 0.066 0.004 0.001 0.038 0.460 34 F 0.059 0.060 0.011 0.013 0.119 0.235 0.060 0.005 0.004 0.079 0.355 35 V 0.064 0.006 0.018 0.014 0.155 0.229 0.062 0.005 0.006 0.056 0.384 36 D 0.404 0.002 0.003 0.004 0.077 0.073 0.031 0.002 0.001 0.036 0.365 37 K 0.179 0.001 0.001 0.003 0.016 0.014 0.048 0.002 0.001 0.017 0.719 38 E 0.013 0.001 0.001 0.004 0.024 0.018 0.057 0.001 0.001 0.010 0.873 39 G 0.021 0.001 0.001 0.003 0.024 0.020 0.060 0.001 0.001 0.009 0.862 40 N 0.002 0.001 0.001 0.014 0.189 0.151 0.132 0.001 0.001 0.014 0.497 41 V 0.006 0.001 0.001 0.018 0.031 0.048 0.052 0.001 0.001 0.015 0.828 42 V 0.014 0.002 0.001 0.040 0.309 0.220 0.060 0.001 0.001 0.022 0.333 43 P 0.004 0.004 0.001 0.124 0.062 0.169 0.074 0.001 0.001 0.033 0.530 44 F 0.001 0.001 0.001 0.124 0.258 0.415 0.040 0.001 0.001 0.016 0.145 45 I 0.005 0.004 0.001 0.412 0.128 0.255 0.027 0.001 0.001 0.020 0.148 46 F 0.016 0.005 0.001 0.234 0.142 0.098 0.058 0.002 0.001 0.082 0.361 47 K 0.015 0.008 0.001 0.217 0.232 0.209 0.062 0.001 0.001 0.064 0.192 48 A 0.008 0.018 0.001 0.130 0.040 0.087 0.101 0.001 0.001 0.059 0.555 49 I 0.007 0.046 0.003 0.098 0.068 0.056 0.117 0.005 0.001 0.071 0.529 50 T 0.083 0.723 0.002 0.009 0.007 0.009 0.018 0.020 0.001 0.032 0.097 51 T 0.083 0.743 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.006 0.001 0.057 0.090 52 D 0.008 0.877 0.002 0.003 0.001 0.002 0.013 0.005 0.001 0.022 0.067 53 R 0.011 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.018 0.018 54 I 0.027 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.017 0.009 55 D 0.010 0.945 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.020 56 E 0.020 0.894 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.003 0.030 0.033 57 L 0.108 0.382 0.125 0.002 0.006 0.009 0.029 0.052 0.050 0.150 0.086 58 E 0.388 0.052 0.053 0.004 0.015 0.015 0.035 0.015 0.018 0.216 0.189 59 K 0.121 0.025 0.012 0.005 0.009 0.009 0.073 0.003 0.003 0.107 0.632 60 E 0.018 0.034 0.004 0.008 0.009 0.012 0.116 0.003 0.001 0.025 0.769 61 N 0.053 0.037 0.005 0.009 0.008 0.015 0.119 0.008 0.002 0.032 0.711 62 T 0.020 0.016 0.001 0.012 0.042 0.040 0.115 0.001 0.001 0.036 0.716 63 T 0.016 0.053 0.001 0.054 0.054 0.097 0.062 0.002 0.001 0.027 0.635 64 Y 0.064 0.039 0.002 0.020 0.058 0.081 0.094 0.002 0.001 0.046 0.594 65 K 0.018 0.007 0.002 0.061 0.111 0.188 0.109 0.001 0.001 0.052 0.449 66 N 0.066 0.008 0.003 0.049 0.049 0.138 0.057 0.002 0.001 0.048 0.581 67 V 0.263 0.003 0.002 0.037 0.044 0.044 0.092 0.002 0.001 0.032 0.479 68 K 0.040 0.003 0.001 0.015 0.049 0.045 0.078 0.001 0.001 0.015 0.751 69 G 0.061 0.011 0.001 0.014 0.031 0.044 0.051 0.002 0.001 0.010 0.774 70 R 0.020 0.006 0.001 0.010 0.088 0.065 0.077 0.001 0.001 0.021 0.713 71 G 0.003 0.005 0.001 0.019 0.191 0.229 0.082 0.001 0.001 0.023 0.448 72 R 0.013 0.019 0.001 0.038 0.167 0.274 0.056 0.002 0.001 0.040 0.391 73 V 0.128 0.040 0.001 0.046 0.085 0.081 0.066 0.008 0.001 0.073 0.472 74 K 0.055 0.034 0.001 0.032 0.120 0.141 0.073 0.002 0.001 0.078 0.463 75 E 0.011 0.030 0.002 0.060 0.038 0.080 0.087 0.001 0.001 0.071 0.620 76 L 0.034 0.110 0.005 0.058 0.042 0.047 0.112 0.006 0.001 0.070 0.515 77 D 0.219 0.564 0.002 0.007 0.007 0.007 0.022 0.014 0.001 0.027 0.129 78 S 0.068 0.784 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.006 0.001 0.014 0.110 79 Q 0.013 0.872 0.002 0.001 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.022 0.071 80 R 0.011 0.883 0.003 0.002 0.002 0.005 0.008 0.002 0.001 0.045 0.039 81 F 0.011 0.925 0.003 0.002 0.005 0.007 0.005 0.002 0.001 0.023 0.018 82 Y 0.017 0.936 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.014 0.019 83 A 0.016 0.867 0.002 0.001 0.009 0.017 0.007 0.002 0.001 0.040 0.039 84 R 0.016 0.721 0.004 0.005 0.015 0.045 0.013 0.002 0.001 0.104 0.074 85 I 0.035 0.334 0.022 0.023 0.075 0.079 0.036 0.005 0.002 0.302 0.087 86 A 0.030 0.072 0.027 0.033 0.063 0.083 0.037 0.006 0.006 0.536 0.106 87 V 0.140 0.122 0.022 0.081 0.076 0.074 0.062 0.008 0.004 0.185 0.226 88 E 0.027 0.056 0.006 0.067 0.065 0.120 0.088 0.008 0.001 0.083 0.480 89 T 0.034 0.023 0.003 0.078 0.047 0.095 0.117 0.004 0.001 0.110 0.488 90 T 0.006 0.010 0.002 0.082 0.139 0.140 0.114 0.001 0.001 0.097 0.408 91 V 0.008 0.025 0.001 0.103 0.072 0.057 0.087 0.002 0.001 0.047 0.596 92 Y 0.214 0.064 0.006 0.045 0.040 0.023 0.080 0.012 0.002 0.145 0.370 93 P 0.045 0.054 0.002 0.036 0.013 0.014 0.124 0.008 0.001 0.071 0.630 94 T 0.119 0.061 0.002 0.018 0.004 0.010 0.066 0.005 0.001 0.062 0.652 95 F 0.028 0.044 0.002 0.021 0.005 0.008 0.143 0.005 0.001 0.059 0.685 96 K 0.021 0.356 0.003 0.007 0.002 0.004 0.056 0.011 0.001 0.047 0.492 97 A 0.117 0.771 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.001 0.016 0.074 98 K 0.032 0.788 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.001 0.056 0.099 99 E 0.024 0.784 0.012 0.001 0.001 0.003 0.014 0.015 0.007 0.053 0.087 100 L 0.204 0.531 0.026 0.004 0.002 0.004 0.018 0.050 0.018 0.068 0.077 101 R 0.467 0.151 0.030 0.002 0.003 0.004 0.022 0.042 0.028 0.049 0.202 102 E 0.150 0.044 0.012 0.004 0.009 0.015 0.069 0.005 0.005 0.092 0.595 103 A 0.027 0.022 0.010 0.008 0.004 0.007 0.087 0.003 0.003 0.042 0.788 104 Y 0.064 0.028 0.004 0.030 0.012 0.012 0.169 0.008 0.001 0.056 0.617 105 K 0.060 0.016 0.001 0.012 0.004 0.006 0.099 0.005 0.001 0.028 0.769 106 T 0.005 0.007 0.001 0.024 0.008 0.008 0.145 0.001 0.001 0.040 0.762 107 E 0.004 0.109 0.002 0.037 0.004 0.007 0.082 0.003 0.001 0.031 0.721 108 D 0.112 0.797 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 0.001 0.014 0.055 109 P 0.015 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.012 110 V 0.004 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.032 0.022 111 E 0.014 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.007 112 V 0.032 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.012 0.011 113 A 0.047 0.810 0.039 0.001 0.002 0.004 0.005 0.022 0.007 0.025 0.040 114 K 0.124 0.264 0.026 0.001 0.005 0.012 0.030 0.004 0.007 0.254 0.272 115 R 0.106 0.226 0.013 0.008 0.010 0.011 0.070 0.010 0.005 0.100 0.442 116 V 0.119 0.109 0.034 0.009 0.013 0.016 0.119 0.018 0.013 0.117 0.434 117 L 0.031 0.019 0.024 0.018 0.016 0.022 0.137 0.004 0.005 0.059 0.664 118 S 0.132 0.052 0.002 0.009 0.004 0.006 0.052 0.002 0.001 0.022 0.720 119 V 0.217 0.189 0.001 0.020 0.004 0.005 0.059 0.007 0.001 0.022 0.476 120 G 0.020 0.161 0.002 0.012 0.002 0.005 0.103 0.003 0.001 0.035 0.657 121 G 0.034 0.145 0.004 0.058 0.017 0.030 0.096 0.002 0.001 0.172 0.441 122 E 0.022 0.517 0.001 0.054 0.009 0.014 0.040 0.003 0.001 0.079 0.261 123 Y 0.029 0.833 0.001 0.005 0.003 0.004 0.012 0.009 0.001 0.038 0.066 124 A 0.026 0.438 0.009 0.006 0.008 0.012 0.020 0.004 0.001 0.394 0.083 125 N 0.016 0.844 0.003 0.010 0.002 0.007 0.009 0.003 0.001 0.056 0.048 126 W 0.032 0.890 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.016 0.001 0.015 0.032 127 L 0.075 0.700 0.021 0.003 0.007 0.010 0.015 0.014 0.003 0.106 0.045 128 N 0.034 0.566 0.015 0.003 0.007 0.017 0.030 0.002 0.003 0.110 0.212 129 K 0.074 0.564 0.009 0.022 0.017 0.038 0.045 0.014 0.001 0.066 0.151 130 A 0.188 0.113 0.032 0.027 0.016 0.041 0.111 0.034 0.029 0.174 0.235 131 I 0.039 0.022 0.014 0.060 0.125 0.142 0.115 0.003 0.003 0.063 0.414 132 E 0.038 0.024 0.003 0.066 0.028 0.077 0.058 0.003 0.001 0.047 0.655 133 I 0.155 0.019 0.002 0.088 0.060 0.041 0.149 0.006 0.001 0.072 0.407 134 N 0.022 0.013 0.003 0.077 0.044 0.049 0.146 0.003 0.001 0.054 0.589 135 G 0.014 0.010 0.002 0.069 0.027 0.038 0.117 0.002 0.001 0.035 0.686 136 F 0.108 0.062 0.001 0.050 0.028 0.026 0.105 0.015 0.001 0.041 0.564 137 D 0.284 0.119 0.003 0.012 0.007 0.006 0.066 0.016 0.002 0.106 0.380 138 D 0.022 0.193 0.003 0.008 0.006 0.010 0.105 0.006 0.001 0.042 0.604 139 D 0.048 0.666 0.002 0.003 0.001 0.003 0.025 0.013 0.001 0.039 0.201 140 L 0.075 0.783 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.002 0.031 0.067 141 E 0.016 0.851 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.001 0.046 0.065 142 D 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.017 0.025 143 L 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.006 144 E 0.017 0.867 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.002 0.073 0.020 145 E 0.037 0.673 0.016 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.005 0.212 0.041 146 A 0.043 0.806 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.004 0.063 0.051 147 A 0.070 0.656 0.040 0.001 0.001 0.001 0.016 0.052 0.015 0.069 0.079 148 K 0.106 0.373 0.034 0.002 0.002 0.004 0.045 0.014 0.012 0.109 0.299 149 N 0.101 0.245 0.012 0.003 0.001 0.003 0.043 0.013 0.006 0.049 0.524 150 L 0.238 0.136 0.022 0.005 0.003 0.004 0.096 0.029 0.012 0.075 0.381 151 E 0.179 0.049 0.018 0.007 0.003 0.006 0.105 0.015 0.015 0.051 0.552 152 H 0.129 0.018 0.005 0.007 0.002 0.005 0.080 0.004 0.003 0.028 0.718 153 H 0.097 0.010 0.005 0.024 0.004 0.007 0.107 0.005 0.002 0.039 0.699 154 H 0.102 0.006 0.003 0.017 0.007 0.011 0.134 0.003 0.002 0.037 0.678 155 H 0.059 0.005 0.001 0.019 0.008 0.013 0.119 0.002 0.001 0.021 0.754 156 H 0.030 0.005 0.001 0.022 0.009 0.015 0.116 0.001 0.001 0.018 0.782 157 H 0.029 0.007 0.001 0.028 0.022 0.035 0.147 0.002 0.001 0.028 0.702