# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3763 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.056 0.016 0.025 0.045 0.123 0.035 0.679 2 S 0.249 0.232 0.011 0.020 0.018 0.054 0.160 0.256 3 E 0.110 0.271 0.012 0.014 0.022 0.070 0.071 0.430 4 N 0.105 0.203 0.013 0.017 0.024 0.075 0.066 0.498 5 Q 0.105 0.235 0.020 0.019 0.038 0.073 0.094 0.415 6 N 0.109 0.168 0.017 0.018 0.030 0.081 0.109 0.467 7 E 0.042 0.152 0.030 0.037 0.048 0.083 0.071 0.539 8 K 0.034 0.241 0.049 0.044 0.079 0.076 0.046 0.429 9 V 0.072 0.099 0.071 0.043 0.055 0.086 0.154 0.421 10 Y 0.055 0.130 0.101 0.076 0.084 0.094 0.103 0.357 11 D 0.085 0.212 0.062 0.032 0.063 0.077 0.100 0.370 12 L 0.149 0.087 0.071 0.033 0.055 0.097 0.110 0.397 13 S 0.125 0.053 0.070 0.051 0.062 0.106 0.141 0.392 14 F 0.023 0.018 0.070 0.031 0.061 0.138 0.052 0.607 15 F 0.043 0.024 0.047 0.022 0.034 0.130 0.043 0.658 16 M 0.210 0.035 0.030 0.020 0.018 0.108 0.180 0.399 17 P 0.127 0.158 0.007 0.003 0.007 0.082 0.066 0.550 18 G 0.116 0.156 0.009 0.007 0.010 0.105 0.053 0.544 19 Q 0.044 0.334 0.028 0.030 0.040 0.080 0.058 0.386 20 T 0.108 0.332 0.020 0.018 0.031 0.075 0.081 0.336 21 I 0.111 0.171 0.058 0.043 0.046 0.076 0.136 0.360 22 D 0.244 0.153 0.023 0.020 0.036 0.071 0.075 0.378 23 A 0.139 0.035 0.017 0.012 0.019 0.076 0.062 0.640 24 E 0.051 0.026 0.031 0.033 0.041 0.117 0.039 0.663 25 E 0.049 0.013 0.014 0.014 0.025 0.093 0.048 0.744 26 V 0.024 0.017 0.027 0.052 0.041 0.129 0.038 0.672 27 E 0.027 0.025 0.035 0.025 0.057 0.097 0.058 0.676 28 V 0.035 0.033 0.045 0.076 0.053 0.113 0.065 0.579 29 P 0.055 0.071 0.088 0.041 0.073 0.102 0.066 0.504 30 I 0.080 0.071 0.047 0.047 0.054 0.088 0.072 0.541 31 S 0.154 0.123 0.030 0.020 0.047 0.079 0.108 0.438 32 K 0.082 0.061 0.022 0.034 0.063 0.097 0.067 0.573 33 R 0.028 0.064 0.029 0.081 0.132 0.079 0.040 0.548 34 F 0.033 0.028 0.036 0.107 0.133 0.096 0.073 0.493 35 V 0.018 0.007 0.041 0.151 0.190 0.064 0.058 0.470 36 D 0.367 0.014 0.008 0.030 0.032 0.044 0.125 0.379 37 K 0.188 0.006 0.010 0.040 0.025 0.071 0.048 0.612 38 E 0.013 0.001 0.006 0.012 0.038 0.061 0.012 0.858 39 G 0.053 0.001 0.007 0.024 0.029 0.082 0.023 0.780 40 N 0.005 0.001 0.034 0.224 0.319 0.049 0.016 0.351 41 V 0.009 0.001 0.008 0.028 0.032 0.051 0.021 0.849 42 V 0.009 0.002 0.049 0.381 0.180 0.063 0.023 0.292 43 P 0.005 0.003 0.088 0.044 0.178 0.052 0.033 0.596 44 F 0.005 0.001 0.064 0.380 0.173 0.043 0.018 0.316 45 I 0.006 0.003 0.227 0.206 0.269 0.035 0.022 0.233 46 F 0.058 0.003 0.076 0.080 0.121 0.080 0.042 0.540 47 K 0.025 0.003 0.155 0.116 0.132 0.075 0.047 0.447 48 A 0.005 0.005 0.042 0.048 0.101 0.114 0.027 0.658 49 I 0.003 0.022 0.029 0.042 0.036 0.112 0.030 0.726 50 T 0.098 0.701 0.005 0.004 0.003 0.017 0.099 0.074 51 T 0.065 0.815 0.002 0.001 0.002 0.010 0.048 0.058 52 D 0.010 0.831 0.003 0.003 0.004 0.012 0.038 0.097 53 R 0.007 0.942 0.002 0.001 0.002 0.004 0.012 0.030 54 I 0.015 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.016 55 D 0.014 0.932 0.001 0.002 0.002 0.004 0.018 0.028 56 E 0.023 0.849 0.006 0.002 0.003 0.011 0.037 0.070 57 L 0.120 0.376 0.048 0.007 0.006 0.022 0.328 0.092 58 E 0.260 0.111 0.028 0.006 0.007 0.050 0.297 0.241 59 K 0.063 0.036 0.008 0.003 0.004 0.074 0.063 0.749 60 E 0.022 0.072 0.015 0.007 0.010 0.098 0.031 0.744 61 N 0.040 0.095 0.015 0.017 0.033 0.102 0.042 0.657 62 T 0.035 0.033 0.026 0.052 0.064 0.089 0.089 0.610 63 T 0.042 0.071 0.029 0.056 0.120 0.064 0.060 0.558 64 Y 0.070 0.040 0.027 0.055 0.075 0.078 0.053 0.602 65 K 0.017 0.007 0.114 0.117 0.175 0.063 0.045 0.462 66 N 0.026 0.002 0.036 0.073 0.147 0.045 0.051 0.619 67 V 0.254 0.004 0.015 0.055 0.026 0.058 0.062 0.526 68 K 0.062 0.003 0.008 0.010 0.014 0.072 0.013 0.817 69 G 0.032 0.006 0.005 0.010 0.029 0.058 0.020 0.840 70 R 0.039 0.008 0.012 0.056 0.108 0.077 0.030 0.668 71 G 0.010 0.017 0.022 0.224 0.149 0.056 0.020 0.501 72 R 0.028 0.066 0.024 0.102 0.173 0.068 0.052 0.487 73 V 0.079 0.066 0.025 0.106 0.126 0.074 0.133 0.392 74 K 0.040 0.072 0.034 0.109 0.146 0.073 0.122 0.404 75 E 0.019 0.076 0.039 0.083 0.134 0.091 0.079 0.478 76 L 0.034 0.145 0.040 0.037 0.040 0.086 0.068 0.550 77 D 0.156 0.568 0.008 0.008 0.008 0.028 0.094 0.130 78 S 0.038 0.712 0.003 0.002 0.003 0.027 0.037 0.180 79 Q 0.022 0.767 0.004 0.003 0.004 0.023 0.073 0.104 80 R 0.013 0.853 0.004 0.003 0.006 0.013 0.059 0.050 81 F 0.012 0.885 0.005 0.005 0.008 0.009 0.037 0.039 82 Y 0.019 0.789 0.007 0.008 0.014 0.013 0.089 0.061 83 A 0.014 0.790 0.019 0.012 0.027 0.016 0.057 0.066 84 R 0.010 0.823 0.013 0.012 0.032 0.011 0.028 0.070 85 I 0.025 0.207 0.103 0.072 0.083 0.032 0.359 0.119 86 A 0.031 0.115 0.122 0.078 0.090 0.046 0.362 0.155 87 V 0.086 0.100 0.102 0.079 0.099 0.072 0.151 0.312 88 E 0.042 0.054 0.117 0.098 0.130 0.069 0.097 0.393 89 T 0.044 0.022 0.049 0.065 0.141 0.121 0.075 0.483 90 T 0.023 0.008 0.087 0.135 0.181 0.108 0.071 0.387 91 V 0.024 0.009 0.063 0.078 0.097 0.099 0.060 0.571 92 Y 0.058 0.010 0.030 0.052 0.077 0.165 0.064 0.544 93 P 0.007 0.004 0.039 0.015 0.039 0.108 0.011 0.778 94 T 0.582 0.035 0.006 0.003 0.003 0.031 0.141 0.199 95 F 0.066 0.075 0.014 0.006 0.006 0.151 0.044 0.638 96 K 0.007 0.170 0.005 0.002 0.003 0.079 0.012 0.722 97 A 0.088 0.864 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.024 98 K 0.041 0.895 0.001 0.002 0.001 0.010 0.015 0.035 99 E 0.048 0.795 0.004 0.003 0.004 0.018 0.058 0.071 100 L 0.142 0.659 0.016 0.003 0.006 0.020 0.099 0.056 101 R 0.286 0.190 0.070 0.006 0.008 0.045 0.247 0.148 102 E 0.266 0.091 0.019 0.009 0.012 0.073 0.068 0.462 103 A 0.079 0.028 0.019 0.003 0.007 0.097 0.040 0.726 104 Y 0.079 0.016 0.037 0.009 0.012 0.214 0.054 0.578 105 K 0.062 0.009 0.015 0.006 0.010 0.104 0.032 0.762 106 T 0.024 0.010 0.010 0.004 0.006 0.113 0.019 0.814 107 E 0.004 0.023 0.015 0.003 0.005 0.166 0.013 0.771 108 D 0.058 0.756 0.003 0.001 0.001 0.019 0.081 0.081 109 P 0.018 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 110 V 0.014 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.025 111 E 0.023 0.886 0.004 0.001 0.001 0.009 0.052 0.024 112 V 0.034 0.816 0.012 0.002 0.003 0.009 0.090 0.033 113 A 0.095 0.667 0.017 0.006 0.008 0.015 0.125 0.069 114 K 0.156 0.216 0.026 0.010 0.014 0.073 0.203 0.301 115 R 0.083 0.169 0.047 0.012 0.022 0.093 0.107 0.466 116 V 0.116 0.081 0.056 0.029 0.030 0.121 0.104 0.463 117 L 0.023 0.012 0.054 0.016 0.026 0.152 0.053 0.663 118 S 0.037 0.019 0.015 0.005 0.009 0.101 0.020 0.795 119 V 0.363 0.168 0.009 0.004 0.004 0.043 0.150 0.257 120 G 0.054 0.145 0.012 0.002 0.004 0.107 0.031 0.645 121 G 0.059 0.160 0.029 0.013 0.019 0.095 0.139 0.486 122 E 0.035 0.479 0.036 0.015 0.022 0.066 0.108 0.238 123 Y 0.030 0.756 0.010 0.006 0.009 0.023 0.028 0.138 124 A 0.048 0.472 0.021 0.013 0.017 0.033 0.259 0.136 125 N 0.023 0.712 0.010 0.006 0.008 0.022 0.144 0.074 126 W 0.011 0.902 0.004 0.004 0.005 0.009 0.027 0.039 127 L 0.016 0.833 0.008 0.005 0.008 0.014 0.062 0.054 128 N 0.015 0.810 0.008 0.005 0.014 0.015 0.055 0.077 129 K 0.008 0.882 0.007 0.010 0.025 0.007 0.014 0.049 130 A 0.038 0.321 0.108 0.042 0.055 0.034 0.281 0.121 131 I 0.065 0.090 0.138 0.076 0.060 0.050 0.345 0.177 132 E 0.096 0.077 0.068 0.036 0.084 0.066 0.085 0.488 133 I 0.265 0.037 0.064 0.044 0.044 0.086 0.084 0.376 134 N 0.028 0.015 0.036 0.031 0.053 0.137 0.043 0.657 135 G 0.017 0.018 0.019 0.018 0.033 0.112 0.056 0.727 136 F 0.059 0.075 0.026 0.028 0.027 0.133 0.072 0.580 137 D 0.276 0.235 0.008 0.004 0.005 0.063 0.112 0.298 138 D 0.045 0.312 0.009 0.005 0.008 0.073 0.067 0.480 139 D 0.031 0.753 0.003 0.001 0.002 0.018 0.041 0.151 140 L 0.039 0.756 0.004 0.002 0.002 0.018 0.092 0.088 141 E 0.006 0.914 0.002 0.001 0.002 0.009 0.015 0.051 142 D 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 143 L 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 144 E 0.014 0.900 0.002 0.001 0.001 0.003 0.065 0.014 145 E 0.025 0.492 0.011 0.001 0.001 0.011 0.423 0.036 146 A 0.035 0.798 0.020 0.002 0.002 0.011 0.090 0.043 147 A 0.099 0.711 0.013 0.002 0.003 0.016 0.049 0.108 148 K 0.061 0.394 0.020 0.004 0.006 0.052 0.080 0.384 149 N 0.051 0.439 0.014 0.004 0.008 0.060 0.053 0.371 150 L 0.161 0.284 0.032 0.007 0.008 0.065 0.148 0.294 151 E 0.108 0.144 0.032 0.010 0.013 0.097 0.067 0.529 152 H 0.088 0.053 0.021 0.006 0.012 0.065 0.038 0.719 153 H 0.213 0.020 0.045 0.009 0.011 0.086 0.090 0.527 154 H 0.111 0.005 0.017 0.007 0.010 0.116 0.027 0.707 155 H 0.053 0.003 0.008 0.004 0.007 0.086 0.020 0.820 156 H 0.024 0.002 0.018 0.006 0.011 0.146 0.027 0.765 157 H 0.024 0.004 0.038 0.016 0.028 0.140 0.042 0.710