# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3763 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.275 0.143 0.071 0.111 0.101 0.076 0.104 0.059 0.033 0.017 0.009 2 S 0.226 0.264 0.100 0.128 0.083 0.058 0.070 0.034 0.020 0.011 0.005 3 E 0.355 0.126 0.105 0.146 0.105 0.056 0.062 0.026 0.012 0.004 0.002 4 N 0.489 0.195 0.143 0.102 0.037 0.014 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 5 Q 0.035 0.061 0.102 0.171 0.153 0.142 0.169 0.090 0.046 0.023 0.008 6 N 0.124 0.128 0.207 0.185 0.114 0.078 0.084 0.048 0.018 0.011 0.003 7 E 0.034 0.088 0.391 0.218 0.107 0.073 0.047 0.024 0.010 0.006 0.002 8 K 0.044 0.116 0.337 0.203 0.122 0.068 0.057 0.034 0.010 0.006 0.002 9 V 0.054 0.043 0.091 0.106 0.112 0.133 0.188 0.138 0.070 0.048 0.016 10 Y 0.092 0.074 0.206 0.141 0.111 0.117 0.127 0.071 0.036 0.019 0.007 11 D 0.061 0.106 0.220 0.232 0.144 0.077 0.083 0.043 0.019 0.010 0.004 12 L 0.004 0.003 0.009 0.009 0.017 0.041 0.107 0.119 0.236 0.252 0.202 13 S 0.076 0.098 0.112 0.194 0.181 0.114 0.112 0.058 0.031 0.016 0.007 14 F 0.038 0.031 0.091 0.122 0.135 0.151 0.187 0.115 0.068 0.042 0.020 15 F 0.016 0.017 0.024 0.037 0.053 0.084 0.164 0.143 0.181 0.160 0.121 16 M 0.014 0.037 0.020 0.052 0.068 0.104 0.211 0.147 0.162 0.121 0.062 17 P 0.206 0.316 0.147 0.190 0.078 0.027 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 18 G 0.642 0.105 0.045 0.078 0.047 0.029 0.030 0.014 0.006 0.003 0.002 19 Q 0.408 0.178 0.059 0.131 0.074 0.052 0.051 0.026 0.012 0.006 0.003 20 T 0.096 0.145 0.071 0.147 0.128 0.117 0.126 0.079 0.048 0.029 0.014 21 I 0.049 0.035 0.053 0.083 0.107 0.156 0.215 0.132 0.086 0.060 0.025 22 D 0.090 0.244 0.317 0.206 0.069 0.032 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 23 A 0.051 0.075 0.135 0.195 0.161 0.134 0.121 0.070 0.032 0.018 0.007 24 E 0.365 0.161 0.103 0.129 0.078 0.051 0.056 0.035 0.013 0.007 0.003 25 E 0.141 0.185 0.150 0.202 0.116 0.070 0.065 0.038 0.017 0.010 0.004 26 V 0.081 0.070 0.081 0.099 0.110 0.127 0.168 0.118 0.071 0.052 0.022 27 E 0.228 0.326 0.154 0.174 0.061 0.026 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 28 V 0.070 0.039 0.053 0.074 0.093 0.141 0.201 0.138 0.096 0.061 0.034 29 P 0.321 0.233 0.112 0.167 0.085 0.034 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 30 I 0.040 0.050 0.035 0.069 0.081 0.102 0.181 0.151 0.136 0.098 0.057 31 S 0.066 0.080 0.059 0.126 0.136 0.118 0.153 0.107 0.075 0.051 0.027 32 K 0.301 0.179 0.163 0.193 0.079 0.036 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 33 R 0.068 0.050 0.078 0.156 0.148 0.161 0.171 0.091 0.043 0.024 0.011 34 F 0.037 0.058 0.050 0.098 0.096 0.104 0.163 0.138 0.118 0.093 0.045 35 V 0.031 0.032 0.042 0.087 0.110 0.143 0.220 0.141 0.099 0.067 0.028 36 D 0.114 0.209 0.278 0.205 0.088 0.042 0.032 0.016 0.009 0.006 0.002 37 K 0.143 0.140 0.097 0.162 0.122 0.099 0.112 0.061 0.033 0.021 0.010 38 E 0.440 0.279 0.051 0.105 0.050 0.026 0.024 0.014 0.006 0.004 0.002 39 G 0.426 0.156 0.044 0.098 0.070 0.053 0.058 0.041 0.025 0.018 0.010 40 N 0.263 0.196 0.071 0.146 0.105 0.079 0.068 0.037 0.019 0.011 0.005 41 V 0.151 0.212 0.078 0.185 0.125 0.089 0.072 0.042 0.024 0.015 0.006 42 V 0.035 0.035 0.023 0.048 0.065 0.142 0.233 0.158 0.130 0.089 0.043 43 P 0.166 0.219 0.105 0.273 0.128 0.053 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 44 F 0.019 0.009 0.016 0.021 0.030 0.056 0.120 0.136 0.206 0.203 0.183 45 I 0.034 0.108 0.073 0.297 0.231 0.094 0.084 0.043 0.021 0.009 0.004 46 F 0.004 0.004 0.008 0.010 0.016 0.024 0.064 0.100 0.213 0.276 0.280 47 K 0.028 0.076 0.109 0.252 0.250 0.126 0.078 0.045 0.019 0.010 0.007 48 A 0.104 0.072 0.096 0.155 0.144 0.096 0.145 0.102 0.046 0.028 0.012 49 I 0.013 0.010 0.011 0.022 0.046 0.074 0.158 0.190 0.183 0.174 0.118 50 T 0.047 0.533 0.104 0.137 0.059 0.037 0.042 0.017 0.014 0.008 0.002 51 T 0.447 0.121 0.076 0.150 0.096 0.048 0.041 0.013 0.006 0.002 0.001 52 D 0.926 0.049 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.022 0.152 0.059 0.206 0.164 0.145 0.147 0.066 0.025 0.011 0.003 54 I 0.006 0.010 0.013 0.023 0.059 0.145 0.259 0.201 0.140 0.096 0.048 55 D 0.122 0.065 0.621 0.134 0.040 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.014 0.030 0.572 0.238 0.097 0.027 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.017 0.075 0.114 0.248 0.322 0.211 58 E 0.006 0.031 0.187 0.168 0.184 0.155 0.167 0.066 0.022 0.013 0.002 59 K 0.001 0.012 0.897 0.065 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.112 0.099 0.391 0.190 0.109 0.041 0.039 0.015 0.002 0.001 0.001 61 N 0.034 0.012 0.020 0.015 0.021 0.046 0.165 0.184 0.221 0.181 0.102 62 T 0.128 0.142 0.273 0.203 0.138 0.048 0.036 0.019 0.007 0.004 0.002 63 T 0.064 0.098 0.411 0.185 0.105 0.056 0.047 0.020 0.008 0.004 0.002 64 Y 0.090 0.078 0.100 0.099 0.105 0.131 0.203 0.098 0.052 0.030 0.013 65 K 0.173 0.163 0.130 0.170 0.103 0.081 0.092 0.050 0.023 0.011 0.004 66 N 0.137 0.113 0.151 0.228 0.142 0.090 0.073 0.037 0.016 0.009 0.004 67 V 0.056 0.050 0.046 0.048 0.056 0.096 0.184 0.124 0.139 0.127 0.073 68 K 0.128 0.261 0.104 0.213 0.137 0.061 0.049 0.027 0.013 0.006 0.003 69 G 0.381 0.215 0.082 0.104 0.059 0.048 0.054 0.028 0.015 0.010 0.004 70 R 0.339 0.165 0.082 0.172 0.103 0.055 0.045 0.021 0.010 0.005 0.002 71 G 0.458 0.148 0.066 0.111 0.071 0.049 0.046 0.028 0.012 0.007 0.003 72 R 0.036 0.086 0.059 0.148 0.139 0.161 0.160 0.096 0.060 0.039 0.015 73 V 0.015 0.027 0.025 0.057 0.083 0.136 0.226 0.169 0.129 0.094 0.039 74 K 0.132 0.140 0.234 0.253 0.121 0.052 0.039 0.018 0.006 0.003 0.001 75 E 0.100 0.100 0.214 0.263 0.142 0.076 0.062 0.026 0.009 0.005 0.002 76 L 0.010 0.006 0.008 0.011 0.019 0.046 0.097 0.108 0.206 0.251 0.238 77 D 0.027 0.239 0.081 0.160 0.158 0.111 0.106 0.058 0.032 0.020 0.008 78 S 0.111 0.138 0.149 0.185 0.146 0.102 0.087 0.044 0.022 0.011 0.005 79 Q 0.779 0.080 0.051 0.047 0.018 0.010 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 80 R 0.139 0.124 0.112 0.267 0.143 0.088 0.077 0.031 0.012 0.005 0.002 81 F 0.003 0.007 0.011 0.018 0.037 0.081 0.132 0.149 0.192 0.214 0.156 82 Y 0.004 0.016 0.046 0.099 0.174 0.164 0.200 0.141 0.079 0.057 0.019 83 A 0.004 0.013 0.168 0.102 0.096 0.171 0.201 0.116 0.068 0.049 0.012 84 R 0.007 0.024 0.175 0.244 0.169 0.165 0.134 0.049 0.021 0.009 0.005 85 I 0.001 0.001 0.006 0.005 0.011 0.022 0.077 0.118 0.213 0.215 0.331 86 A 0.001 0.001 0.004 0.005 0.014 0.013 0.031 0.054 0.163 0.222 0.493 87 V 0.001 0.003 0.015 0.018 0.049 0.069 0.150 0.136 0.210 0.196 0.153 88 E 0.012 0.033 0.141 0.177 0.166 0.140 0.151 0.074 0.055 0.031 0.018 89 T 0.003 0.004 0.011 0.018 0.032 0.052 0.150 0.205 0.193 0.173 0.159 90 T 0.007 0.010 0.011 0.029 0.040 0.055 0.089 0.121 0.205 0.220 0.211 91 V 0.009 0.014 0.019 0.035 0.058 0.073 0.155 0.153 0.187 0.162 0.137 92 Y 0.017 0.031 0.048 0.110 0.154 0.156 0.174 0.122 0.089 0.063 0.036 93 P 0.152 0.098 0.077 0.114 0.095 0.098 0.165 0.090 0.061 0.033 0.017 94 T 0.229 0.241 0.078 0.204 0.107 0.053 0.051 0.020 0.010 0.004 0.003 95 F 0.078 0.029 0.020 0.036 0.053 0.056 0.126 0.125 0.151 0.161 0.165 96 K 0.144 0.454 0.088 0.173 0.081 0.030 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 97 A 0.039 0.135 0.065 0.113 0.109 0.164 0.174 0.084 0.065 0.036 0.016 98 K 0.635 0.085 0.067 0.091 0.060 0.028 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 99 E 0.351 0.159 0.196 0.193 0.063 0.017 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.055 0.112 0.100 0.278 0.300 0.129 101 R 0.004 0.009 0.028 0.069 0.127 0.186 0.314 0.137 0.070 0.045 0.010 102 E 0.001 0.023 0.868 0.088 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.010 0.016 0.146 0.146 0.190 0.174 0.194 0.093 0.019 0.009 0.003 104 Y 0.010 0.005 0.008 0.007 0.010 0.034 0.115 0.173 0.243 0.274 0.121 105 K 0.045 0.214 0.277 0.271 0.132 0.034 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 106 T 0.111 0.035 0.134 0.052 0.082 0.064 0.149 0.129 0.090 0.080 0.075 107 E 0.401 0.196 0.094 0.116 0.078 0.041 0.044 0.017 0.008 0.004 0.002 108 D 0.254 0.392 0.070 0.112 0.056 0.037 0.039 0.020 0.011 0.006 0.002 109 P 0.095 0.099 0.040 0.146 0.159 0.133 0.146 0.094 0.048 0.027 0.012 110 V 0.476 0.121 0.084 0.107 0.061 0.056 0.057 0.022 0.010 0.004 0.001 111 E 0.048 0.069 0.220 0.279 0.160 0.107 0.077 0.026 0.009 0.004 0.002 112 V 0.002 0.005 0.016 0.020 0.036 0.077 0.147 0.141 0.222 0.202 0.133 113 A 0.001 0.002 0.007 0.011 0.024 0.048 0.137 0.139 0.247 0.261 0.123 114 K 0.004 0.029 0.471 0.225 0.121 0.072 0.041 0.018 0.010 0.006 0.002 115 R 0.008 0.023 0.254 0.180 0.151 0.153 0.119 0.063 0.026 0.016 0.006 116 V 0.010 0.010 0.019 0.027 0.039 0.100 0.196 0.193 0.183 0.148 0.075 117 L 0.013 0.015 0.021 0.037 0.052 0.080 0.187 0.185 0.174 0.138 0.098 118 S 0.075 0.108 0.239 0.163 0.126 0.080 0.084 0.048 0.036 0.025 0.016 119 V 0.202 0.218 0.135 0.146 0.097 0.065 0.073 0.032 0.017 0.009 0.005 120 G 0.535 0.142 0.035 0.078 0.053 0.042 0.053 0.030 0.018 0.009 0.006 121 G 0.520 0.118 0.034 0.085 0.060 0.043 0.054 0.038 0.023 0.015 0.010 122 E 0.036 0.059 0.036 0.101 0.120 0.146 0.162 0.127 0.103 0.069 0.041 123 Y 0.014 0.026 0.025 0.048 0.071 0.095 0.180 0.175 0.164 0.128 0.074 124 A 0.057 0.054 0.111 0.184 0.160 0.137 0.137 0.077 0.046 0.024 0.012 125 N 0.162 0.137 0.193 0.228 0.121 0.058 0.054 0.025 0.012 0.006 0.003 126 W 0.010 0.013 0.018 0.040 0.059 0.071 0.153 0.159 0.194 0.164 0.118 127 L 0.015 0.017 0.024 0.059 0.086 0.118 0.209 0.153 0.140 0.116 0.063 128 N 0.040 0.098 0.396 0.216 0.099 0.060 0.044 0.021 0.015 0.009 0.004 129 K 0.009 0.020 0.064 0.106 0.148 0.170 0.249 0.125 0.062 0.031 0.016 130 A 0.006 0.007 0.015 0.018 0.021 0.030 0.077 0.112 0.223 0.267 0.226 131 I 0.003 0.007 0.021 0.037 0.062 0.118 0.193 0.148 0.183 0.143 0.084 132 E 0.004 0.011 0.050 0.058 0.087 0.096 0.170 0.169 0.159 0.129 0.066 133 I 0.002 0.003 0.011 0.013 0.021 0.038 0.089 0.116 0.215 0.271 0.221 134 N 0.015 0.015 0.024 0.050 0.086 0.130 0.219 0.170 0.144 0.095 0.051 135 G 0.051 0.049 0.059 0.102 0.112 0.107 0.170 0.127 0.112 0.069 0.042 136 F 0.010 0.018 0.019 0.037 0.066 0.077 0.212 0.195 0.157 0.117 0.092 137 D 0.191 0.252 0.118 0.152 0.090 0.068 0.074 0.024 0.018 0.010 0.004 138 D 0.613 0.175 0.079 0.081 0.030 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 139 D 0.343 0.392 0.069 0.101 0.043 0.021 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 140 L 0.086 0.070 0.035 0.088 0.111 0.139 0.244 0.118 0.064 0.032 0.013 141 E 0.582 0.131 0.186 0.068 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 142 D 0.023 0.109 0.459 0.192 0.092 0.064 0.041 0.013 0.004 0.002 0.001 143 L 0.013 0.028 0.081 0.083 0.113 0.148 0.288 0.154 0.058 0.026 0.007 144 E 0.237 0.106 0.414 0.129 0.048 0.028 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 145 E 0.008 0.017 0.808 0.105 0.038 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 146 A 0.030 0.030 0.425 0.167 0.137 0.066 0.091 0.043 0.007 0.003 0.001 147 A 0.008 0.015 0.211 0.054 0.061 0.113 0.255 0.147 0.076 0.050 0.009 148 K 0.003 0.018 0.775 0.098 0.053 0.025 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 149 N 0.020 0.037 0.764 0.109 0.040 0.014 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 150 L 0.026 0.027 0.210 0.075 0.087 0.138 0.232 0.120 0.051 0.026 0.007 151 E 0.182 0.128 0.325 0.135 0.079 0.044 0.056 0.032 0.011 0.005 0.002 152 H 0.094 0.074 0.310 0.151 0.115 0.080 0.098 0.046 0.017 0.009 0.004 153 H 0.134 0.158 0.245 0.112 0.086 0.071 0.102 0.047 0.025 0.014 0.006 154 H 0.345 0.197 0.121 0.127 0.072 0.043 0.051 0.025 0.012 0.006 0.002 155 H 0.441 0.200 0.110 0.102 0.052 0.032 0.032 0.017 0.008 0.004 0.002 156 H 0.278 0.216 0.095 0.149 0.094 0.056 0.056 0.031 0.015 0.007 0.004 157 H 0.386 0.170 0.064 0.111 0.082 0.057 0.061 0.037 0.018 0.009 0.005