# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3763 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.024 0.006 0.031 0.019 0.038 0.030 0.002 0.001 0.002 0.813 2 S 0.027 0.022 0.002 0.018 0.036 0.072 0.120 0.002 0.001 0.003 0.697 3 E 0.037 0.024 0.004 0.013 0.013 0.027 0.041 0.001 0.001 0.003 0.838 4 N 0.032 0.076 0.001 0.009 0.016 0.026 0.240 0.002 0.001 0.003 0.594 5 Q 0.222 0.095 0.003 0.008 0.010 0.020 0.236 0.004 0.001 0.008 0.395 6 N 0.177 0.410 0.002 0.008 0.010 0.015 0.063 0.005 0.001 0.004 0.307 7 E 0.232 0.262 0.018 0.013 0.019 0.023 0.070 0.008 0.001 0.006 0.349 8 K 0.161 0.297 0.023 0.021 0.015 0.020 0.082 0.010 0.001 0.006 0.365 9 V 0.172 0.216 0.031 0.029 0.017 0.036 0.035 0.008 0.001 0.004 0.452 10 Y 0.076 0.242 0.038 0.055 0.044 0.056 0.058 0.008 0.001 0.006 0.417 11 D 0.069 0.158 0.033 0.030 0.024 0.039 0.110 0.010 0.001 0.006 0.521 12 L 0.105 0.315 0.030 0.048 0.031 0.071 0.064 0.006 0.001 0.004 0.327 13 S 0.024 0.346 0.002 0.018 0.019 0.027 0.230 0.006 0.001 0.003 0.326 14 F 0.250 0.214 0.004 0.013 0.007 0.012 0.239 0.029 0.001 0.007 0.226 15 F 0.593 0.279 0.004 0.009 0.003 0.009 0.014 0.024 0.001 0.003 0.063 16 M 0.305 0.332 0.025 0.017 0.014 0.017 0.100 0.050 0.001 0.004 0.138 17 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 18 G 0.019 0.023 0.005 0.016 0.014 0.037 0.100 0.009 0.001 0.007 0.772 19 Q 0.614 0.018 0.013 0.009 0.005 0.005 0.069 0.002 0.001 0.010 0.255 20 T 0.070 0.066 0.009 0.019 0.013 0.023 0.084 0.001 0.001 0.002 0.714 21 I 0.064 0.061 0.015 0.056 0.050 0.099 0.139 0.001 0.001 0.008 0.507 22 D 0.073 0.093 0.002 0.029 0.030 0.047 0.164 0.003 0.001 0.004 0.554 23 A 0.094 0.143 0.003 0.023 0.026 0.039 0.050 0.003 0.001 0.003 0.616 24 E 0.089 0.232 0.002 0.021 0.029 0.045 0.175 0.010 0.001 0.006 0.391 25 E 0.316 0.145 0.008 0.019 0.024 0.034 0.109 0.017 0.001 0.012 0.315 26 V 0.309 0.207 0.025 0.030 0.033 0.044 0.045 0.010 0.001 0.005 0.293 27 E 0.057 0.043 0.020 0.019 0.018 0.039 0.041 0.012 0.001 0.005 0.745 28 V 0.092 0.037 0.031 0.047 0.074 0.108 0.050 0.003 0.001 0.004 0.554 29 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 30 I 0.030 0.009 0.003 0.034 0.070 0.192 0.078 0.001 0.001 0.004 0.578 31 S 0.070 0.035 0.002 0.042 0.070 0.142 0.092 0.001 0.001 0.004 0.542 32 K 0.059 0.039 0.002 0.028 0.075 0.099 0.050 0.001 0.001 0.003 0.643 33 R 0.076 0.084 0.002 0.047 0.055 0.072 0.200 0.003 0.001 0.005 0.456 34 F 0.325 0.070 0.002 0.032 0.092 0.127 0.077 0.003 0.001 0.005 0.268 35 V 0.107 0.206 0.009 0.049 0.194 0.219 0.029 0.003 0.001 0.005 0.180 36 D 0.028 0.089 0.006 0.029 0.283 0.230 0.036 0.005 0.001 0.003 0.292 37 K 0.036 0.088 0.017 0.040 0.049 0.092 0.047 0.004 0.001 0.006 0.620 38 E 0.031 0.035 0.002 0.021 0.035 0.058 0.452 0.010 0.001 0.007 0.350 39 G 0.498 0.011 0.012 0.014 0.025 0.027 0.068 0.007 0.001 0.068 0.270 40 N 0.369 0.017 0.057 0.052 0.054 0.043 0.159 0.002 0.001 0.010 0.236 41 V 0.003 0.001 0.004 0.012 0.008 0.014 0.018 0.001 0.001 0.002 0.938 42 V 0.009 0.002 0.001 0.107 0.282 0.449 0.038 0.001 0.001 0.003 0.111 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 44 F 0.004 0.001 0.001 0.064 0.262 0.552 0.012 0.001 0.001 0.001 0.104 45 I 0.032 0.003 0.001 0.169 0.154 0.327 0.036 0.001 0.001 0.003 0.276 46 F 0.014 0.005 0.001 0.087 0.297 0.373 0.016 0.001 0.001 0.001 0.206 47 K 0.009 0.005 0.001 0.162 0.214 0.366 0.050 0.001 0.001 0.001 0.193 48 A 0.011 0.004 0.001 0.044 0.045 0.106 0.041 0.001 0.001 0.002 0.746 49 I 0.062 0.008 0.001 0.084 0.092 0.199 0.121 0.001 0.001 0.004 0.427 50 T 0.046 0.015 0.003 0.017 0.027 0.066 0.298 0.002 0.001 0.008 0.519 51 T 0.009 0.011 0.001 0.006 0.005 0.011 0.024 0.001 0.001 0.001 0.930 52 D 0.004 0.024 0.001 0.002 0.002 0.003 0.349 0.001 0.001 0.001 0.613 53 R 0.043 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.749 0.001 0.001 0.003 0.172 54 I 0.036 0.859 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.075 55 D 0.006 0.913 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.066 56 E 0.007 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.047 57 L 0.014 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 58 E 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 59 K 0.021 0.933 0.009 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.022 60 E 0.099 0.775 0.005 0.002 0.005 0.006 0.004 0.041 0.001 0.001 0.061 61 N 0.411 0.249 0.028 0.004 0.010 0.010 0.008 0.119 0.001 0.004 0.158 62 T 0.143 0.111 0.347 0.018 0.040 0.036 0.031 0.023 0.001 0.004 0.246 63 T 0.024 0.021 0.063 0.046 0.073 0.080 0.056 0.006 0.001 0.004 0.627 64 Y 0.019 0.010 0.008 0.041 0.090 0.125 0.037 0.002 0.001 0.003 0.666 65 K 0.018 0.010 0.002 0.055 0.212 0.224 0.057 0.001 0.001 0.002 0.419 66 N 0.017 0.006 0.001 0.031 0.103 0.122 0.030 0.001 0.001 0.001 0.688 67 V 0.038 0.017 0.001 0.054 0.277 0.274 0.053 0.001 0.001 0.003 0.283 68 K 0.015 0.026 0.001 0.033 0.105 0.127 0.107 0.002 0.001 0.008 0.575 69 G 0.097 0.009 0.004 0.023 0.069 0.091 0.129 0.003 0.001 0.036 0.539 70 R 0.365 0.004 0.023 0.011 0.014 0.022 0.084 0.001 0.001 0.033 0.442 71 G 0.029 0.003 0.006 0.012 0.033 0.042 0.162 0.001 0.001 0.012 0.700 72 R 0.020 0.002 0.005 0.021 0.106 0.202 0.081 0.001 0.001 0.009 0.554 73 V 0.009 0.007 0.001 0.028 0.176 0.323 0.050 0.001 0.001 0.002 0.403 74 K 0.020 0.006 0.001 0.023 0.274 0.329 0.048 0.001 0.001 0.001 0.298 75 E 0.060 0.017 0.001 0.032 0.145 0.253 0.065 0.001 0.001 0.003 0.424 76 L 0.063 0.025 0.001 0.050 0.198 0.281 0.089 0.001 0.001 0.003 0.288 77 D 0.025 0.044 0.002 0.021 0.097 0.134 0.216 0.003 0.001 0.011 0.447 78 S 0.028 0.034 0.012 0.015 0.022 0.052 0.105 0.001 0.001 0.008 0.723 79 Q 0.010 0.023 0.001 0.003 0.004 0.006 0.554 0.001 0.001 0.005 0.394 80 R 0.098 0.028 0.002 0.002 0.002 0.004 0.633 0.001 0.001 0.014 0.214 81 F 0.045 0.624 0.002 0.002 0.008 0.010 0.121 0.001 0.001 0.004 0.182 82 Y 0.020 0.804 0.006 0.003 0.010 0.011 0.036 0.001 0.001 0.002 0.107 83 A 0.023 0.849 0.004 0.004 0.006 0.012 0.017 0.002 0.001 0.001 0.084 84 R 0.009 0.943 0.001 0.001 0.007 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 85 I 0.019 0.946 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 86 A 0.026 0.917 0.003 0.004 0.009 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 87 V 0.006 0.910 0.013 0.007 0.021 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 0.020 88 E 0.028 0.674 0.011 0.027 0.062 0.104 0.009 0.014 0.001 0.001 0.071 89 T 0.083 0.551 0.020 0.035 0.072 0.089 0.012 0.017 0.001 0.002 0.119 90 T 0.114 0.293 0.021 0.075 0.156 0.127 0.022 0.013 0.001 0.004 0.175 91 V 0.094 0.113 0.045 0.090 0.094 0.154 0.030 0.021 0.001 0.006 0.354 92 Y 0.079 0.073 0.019 0.135 0.129 0.190 0.043 0.003 0.001 0.003 0.325 93 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 94 T 0.025 0.008 0.001 0.041 0.042 0.112 0.135 0.002 0.001 0.007 0.627 95 F 0.253 0.021 0.008 0.035 0.013 0.030 0.079 0.001 0.001 0.007 0.553 96 K 0.055 0.026 0.002 0.008 0.006 0.014 0.470 0.001 0.001 0.003 0.415 97 A 0.103 0.049 0.005 0.009 0.007 0.015 0.278 0.002 0.001 0.012 0.521 98 K 0.033 0.112 0.001 0.003 0.003 0.004 0.061 0.001 0.001 0.002 0.781 99 E 0.011 0.092 0.001 0.002 0.001 0.002 0.506 0.001 0.001 0.001 0.381 100 L 0.108 0.518 0.002 0.004 0.006 0.008 0.169 0.003 0.001 0.003 0.177 101 R 0.027 0.922 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.034 102 E 0.039 0.861 0.004 0.002 0.003 0.003 0.012 0.007 0.001 0.001 0.068 103 A 0.091 0.835 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.046 104 Y 0.165 0.718 0.009 0.004 0.005 0.004 0.004 0.034 0.001 0.001 0.056 105 K 0.177 0.252 0.042 0.013 0.012 0.013 0.044 0.110 0.001 0.002 0.335 106 T 0.217 0.116 0.218 0.036 0.013 0.028 0.028 0.021 0.001 0.004 0.319 107 E 0.056 0.034 0.022 0.034 0.011 0.015 0.168 0.010 0.001 0.006 0.645 108 D 0.056 0.009 0.010 0.006 0.005 0.005 0.411 0.003 0.001 0.006 0.488 109 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.990 110 V 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.282 111 E 0.074 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.615 0.001 0.001 0.004 0.283 112 V 0.032 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.066 113 A 0.018 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.028 114 K 0.032 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.035 115 R 0.044 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.022 116 V 0.081 0.861 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.025 117 L 0.162 0.673 0.052 0.004 0.003 0.003 0.004 0.058 0.001 0.001 0.041 118 S 0.098 0.468 0.070 0.012 0.011 0.011 0.018 0.067 0.001 0.002 0.244 119 V 0.090 0.204 0.144 0.026 0.015 0.027 0.039 0.024 0.001 0.003 0.428 120 G 0.009 0.018 0.006 0.009 0.002 0.003 0.028 0.003 0.001 0.001 0.920 121 G 0.073 0.022 0.012 0.026 0.010 0.012 0.163 0.003 0.001 0.018 0.661 122 E 0.314 0.040 0.029 0.030 0.005 0.006 0.202 0.001 0.001 0.008 0.365 123 Y 0.051 0.104 0.011 0.032 0.008 0.017 0.132 0.001 0.001 0.003 0.640 124 A 0.044 0.196 0.002 0.031 0.018 0.041 0.155 0.001 0.001 0.006 0.506 125 N 0.039 0.300 0.001 0.005 0.005 0.007 0.176 0.002 0.001 0.002 0.463 126 W 0.085 0.621 0.001 0.002 0.002 0.005 0.074 0.005 0.001 0.001 0.203 127 L 0.037 0.840 0.001 0.001 0.002 0.005 0.035 0.005 0.001 0.001 0.073 128 N 0.027 0.860 0.002 0.001 0.002 0.003 0.018 0.004 0.001 0.001 0.083 129 K 0.049 0.876 0.005 0.001 0.002 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.049 130 A 0.021 0.947 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.020 131 I 0.014 0.926 0.007 0.004 0.010 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.025 132 E 0.022 0.847 0.020 0.007 0.008 0.011 0.009 0.009 0.001 0.001 0.067 133 I 0.086 0.771 0.005 0.012 0.018 0.023 0.008 0.007 0.001 0.001 0.068 134 N 0.037 0.688 0.009 0.014 0.024 0.018 0.016 0.016 0.001 0.003 0.173 135 G 0.135 0.225 0.077 0.027 0.019 0.021 0.082 0.023 0.001 0.006 0.386 136 F 0.212 0.176 0.076 0.040 0.013 0.024 0.178 0.010 0.001 0.007 0.263 137 D 0.081 0.114 0.007 0.022 0.017 0.030 0.192 0.009 0.001 0.009 0.520 138 D 0.070 0.076 0.008 0.008 0.006 0.007 0.106 0.003 0.001 0.006 0.710 139 D 0.056 0.164 0.003 0.004 0.002 0.003 0.303 0.005 0.001 0.004 0.457 140 L 0.157 0.195 0.003 0.004 0.002 0.006 0.320 0.007 0.001 0.004 0.301 141 E 0.052 0.383 0.003 0.002 0.003 0.006 0.226 0.003 0.001 0.002 0.320 142 D 0.061 0.361 0.006 0.001 0.002 0.003 0.179 0.004 0.001 0.003 0.380 143 L 0.035 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.001 0.001 0.182 144 E 0.014 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.003 0.001 0.001 0.115 145 E 0.021 0.853 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.090 146 A 0.014 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 147 A 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.020 148 K 0.028 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.035 149 N 0.026 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.039 150 L 0.074 0.836 0.006 0.001 0.003 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.058 151 E 0.076 0.725 0.017 0.002 0.005 0.005 0.011 0.026 0.001 0.001 0.133 152 H 0.106 0.545 0.028 0.005 0.012 0.013 0.032 0.024 0.001 0.002 0.234 153 H 0.129 0.469 0.016 0.008 0.020 0.021 0.027 0.023 0.001 0.004 0.284 154 H 0.138 0.189 0.022 0.010 0.015 0.018 0.036 0.024 0.001 0.005 0.543 155 H 0.128 0.081 0.038 0.012 0.014 0.016 0.077 0.010 0.001 0.010 0.615 156 H 0.184 0.039 0.036 0.018 0.016 0.022 0.119 0.006 0.001 0.013 0.548 157 H 0.082 0.022 0.010 0.017 0.023 0.037 0.090 0.004 0.001 0.011 0.703