# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3763 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.226 0.084 0.019 0.210 0.019 0.024 0.113 0.047 0.095 0.052 2 S 0.080 0.291 0.133 0.022 0.176 0.015 0.018 0.142 0.048 0.043 0.032 3 E 0.032 0.068 0.022 0.009 0.048 0.013 0.035 0.505 0.201 0.049 0.017 4 N 0.025 0.041 0.022 0.014 0.038 0.016 0.043 0.468 0.195 0.117 0.021 5 Q 0.046 0.074 0.023 0.005 0.070 0.008 0.026 0.453 0.175 0.096 0.023 6 N 0.062 0.048 0.016 0.006 0.073 0.010 0.052 0.441 0.151 0.104 0.036 7 E 0.096 0.149 0.041 0.009 0.163 0.016 0.038 0.307 0.082 0.071 0.029 8 K 0.112 0.155 0.032 0.007 0.216 0.013 0.036 0.253 0.070 0.067 0.040 9 V 0.224 0.047 0.012 0.006 0.191 0.009 0.028 0.256 0.077 0.074 0.075 10 Y 0.054 0.208 0.059 0.021 0.156 0.045 0.065 0.282 0.050 0.035 0.025 11 D 0.180 0.119 0.026 0.007 0.261 0.010 0.020 0.178 0.026 0.107 0.065 12 L 0.141 0.069 0.011 0.003 0.164 0.006 0.021 0.251 0.246 0.036 0.052 13 S 0.024 0.039 0.013 0.009 0.057 0.042 0.120 0.434 0.217 0.028 0.016 14 F 0.046 0.083 0.024 0.003 0.100 0.006 0.067 0.453 0.139 0.064 0.016 15 F 0.105 0.158 0.086 0.004 0.152 0.008 0.102 0.144 0.039 0.159 0.042 16 M 0.012 0.336 0.550 0.026 0.034 0.010 0.003 0.014 0.003 0.005 0.006 17 P 0.008 0.277 0.089 0.055 0.019 0.053 0.141 0.245 0.096 0.011 0.007 18 G 0.009 0.022 0.021 0.062 0.010 0.019 0.020 0.142 0.152 0.491 0.052 19 Q 0.027 0.180 0.064 0.017 0.084 0.013 0.023 0.198 0.146 0.201 0.047 20 T 0.147 0.146 0.026 0.005 0.202 0.007 0.025 0.223 0.077 0.087 0.053 21 I 0.103 0.163 0.052 0.025 0.163 0.034 0.050 0.223 0.079 0.072 0.036 22 D 0.115 0.150 0.075 0.024 0.191 0.030 0.042 0.190 0.087 0.059 0.037 23 A 0.075 0.079 0.030 0.009 0.096 0.017 0.049 0.320 0.202 0.088 0.035 24 E 0.058 0.143 0.054 0.018 0.122 0.027 0.083 0.214 0.147 0.095 0.038 25 E 0.164 0.099 0.033 0.009 0.198 0.015 0.039 0.092 0.073 0.198 0.081 26 V 0.086 0.341 0.096 0.008 0.325 0.010 0.017 0.039 0.024 0.029 0.025 27 E 0.277 0.113 0.033 0.008 0.358 0.011 0.022 0.022 0.020 0.068 0.067 28 V 0.022 0.570 0.249 0.011 0.109 0.005 0.006 0.008 0.006 0.007 0.008 29 P 0.132 0.253 0.075 0.012 0.278 0.012 0.035 0.077 0.052 0.034 0.040 30 I 0.093 0.312 0.080 0.009 0.221 0.010 0.020 0.089 0.073 0.064 0.030 31 S 0.102 0.219 0.052 0.011 0.246 0.016 0.033 0.152 0.080 0.050 0.038 32 K 0.067 0.068 0.018 0.009 0.106 0.015 0.037 0.337 0.233 0.072 0.036 33 R 0.060 0.132 0.038 0.009 0.151 0.017 0.045 0.317 0.124 0.079 0.029 34 F 0.136 0.098 0.023 0.004 0.209 0.007 0.031 0.265 0.078 0.104 0.045 35 V 0.084 0.283 0.048 0.008 0.238 0.014 0.021 0.167 0.035 0.076 0.027 36 D 0.139 0.173 0.212 0.017 0.191 0.009 0.021 0.138 0.040 0.023 0.037 37 K 0.021 0.023 0.034 0.021 0.018 0.048 0.062 0.574 0.143 0.042 0.015 38 E 0.006 0.428 0.101 0.096 0.023 0.083 0.175 0.047 0.020 0.016 0.004 39 G 0.020 0.015 0.016 0.062 0.012 0.017 0.005 0.008 0.016 0.598 0.232 40 N 0.040 0.453 0.181 0.020 0.181 0.010 0.010 0.018 0.019 0.039 0.028 41 V 0.364 0.122 0.025 0.008 0.362 0.008 0.014 0.006 0.008 0.039 0.044 42 V 0.011 0.631 0.265 0.010 0.070 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 43 P 0.257 0.142 0.019 0.005 0.487 0.010 0.018 0.014 0.016 0.010 0.021 44 F 0.116 0.323 0.031 0.002 0.500 0.002 0.003 0.003 0.005 0.006 0.009 45 I 0.226 0.068 0.003 0.001 0.680 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.012 46 F 0.310 0.094 0.007 0.002 0.516 0.004 0.003 0.003 0.005 0.010 0.046 47 K 0.080 0.403 0.096 0.015 0.317 0.021 0.012 0.008 0.008 0.010 0.032 48 A 0.202 0.138 0.039 0.005 0.366 0.007 0.017 0.055 0.042 0.053 0.077 49 I 0.068 0.281 0.076 0.016 0.160 0.025 0.033 0.060 0.045 0.180 0.056 50 T 0.011 0.613 0.278 0.007 0.058 0.002 0.002 0.012 0.006 0.005 0.005 51 T 0.004 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.647 0.315 0.009 0.003 52 D 0.001 0.007 0.003 0.001 0.003 0.002 0.011 0.833 0.125 0.014 0.001 53 R 0.003 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.875 0.062 0.042 0.002 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.057 0.005 0.001 55 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.061 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.015 0.009 0.001 57 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.045 0.007 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.899 0.086 0.005 0.001 59 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.030 0.847 0.096 0.013 0.001 60 E 0.012 0.047 0.034 0.008 0.022 0.008 0.086 0.473 0.154 0.136 0.018 61 N 0.096 0.082 0.029 0.004 0.109 0.006 0.025 0.236 0.119 0.215 0.078 62 T 0.116 0.201 0.041 0.009 0.212 0.013 0.039 0.191 0.066 0.070 0.042 63 T 0.192 0.125 0.037 0.010 0.283 0.015 0.049 0.137 0.047 0.060 0.044 64 Y 0.212 0.113 0.035 0.007 0.336 0.012 0.025 0.104 0.049 0.051 0.055 65 K 0.109 0.258 0.065 0.012 0.323 0.018 0.029 0.092 0.030 0.030 0.035 66 N 0.230 0.132 0.054 0.008 0.305 0.007 0.022 0.070 0.023 0.062 0.086 67 V 0.147 0.130 0.095 0.037 0.165 0.038 0.034 0.145 0.046 0.082 0.079 68 K 0.016 0.096 0.085 0.293 0.026 0.196 0.170 0.067 0.021 0.019 0.011 69 G 0.048 0.043 0.080 0.306 0.044 0.055 0.022 0.040 0.028 0.261 0.072 70 R 0.045 0.190 0.105 0.110 0.091 0.048 0.050 0.073 0.092 0.136 0.060 71 G 0.059 0.215 0.149 0.087 0.104 0.038 0.035 0.054 0.040 0.134 0.084 72 R 0.214 0.191 0.041 0.010 0.332 0.009 0.017 0.047 0.034 0.049 0.057 73 V 0.232 0.117 0.030 0.013 0.340 0.018 0.022 0.084 0.056 0.044 0.045 74 K 0.108 0.209 0.056 0.020 0.264 0.030 0.039 0.139 0.060 0.037 0.038 75 E 0.283 0.058 0.018 0.004 0.306 0.007 0.025 0.117 0.039 0.082 0.062 76 L 0.085 0.226 0.067 0.022 0.188 0.032 0.039 0.167 0.047 0.086 0.042 77 D 0.128 0.226 0.110 0.020 0.253 0.013 0.018 0.116 0.033 0.045 0.038 78 S 0.015 0.020 0.009 0.005 0.018 0.007 0.011 0.547 0.315 0.039 0.012 79 Q 0.007 0.021 0.008 0.004 0.012 0.007 0.033 0.726 0.143 0.033 0.006 80 R 0.023 0.022 0.009 0.003 0.021 0.005 0.017 0.653 0.143 0.088 0.017 81 F 0.012 0.046 0.004 0.001 0.022 0.002 0.006 0.805 0.047 0.049 0.008 82 Y 0.030 0.008 0.002 0.003 0.023 0.004 0.015 0.765 0.111 0.021 0.016 83 A 0.014 0.011 0.003 0.001 0.016 0.003 0.012 0.806 0.123 0.006 0.005 84 R 0.017 0.010 0.001 0.001 0.017 0.003 0.017 0.877 0.036 0.017 0.005 85 I 0.075 0.094 0.006 0.001 0.101 0.002 0.011 0.633 0.044 0.023 0.010 86 A 0.101 0.025 0.002 0.001 0.088 0.005 0.019 0.649 0.045 0.041 0.024 87 V 0.080 0.031 0.007 0.007 0.083 0.014 0.050 0.552 0.128 0.019 0.028 88 E 0.061 0.039 0.017 0.015 0.084 0.035 0.152 0.403 0.093 0.069 0.031 89 T 0.134 0.181 0.034 0.005 0.342 0.006 0.019 0.140 0.037 0.068 0.034 90 T 0.264 0.079 0.012 0.004 0.423 0.007 0.027 0.069 0.028 0.039 0.049 91 V 0.150 0.194 0.066 0.027 0.293 0.036 0.051 0.066 0.031 0.038 0.047 92 Y 0.190 0.169 0.093 0.022 0.341 0.018 0.022 0.045 0.022 0.036 0.044 93 P 0.057 0.230 0.077 0.021 0.146 0.024 0.061 0.163 0.154 0.045 0.023 94 T 0.065 0.103 0.051 0.022 0.107 0.022 0.052 0.127 0.124 0.233 0.095 95 F 0.063 0.174 0.069 0.013 0.130 0.015 0.035 0.269 0.102 0.088 0.042 96 K 0.020 0.087 0.047 0.048 0.035 0.062 0.096 0.238 0.100 0.234 0.033 97 A 0.076 0.250 0.150 0.012 0.194 0.002 0.003 0.213 0.053 0.027 0.020 98 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.819 0.174 0.001 0.001 99 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.932 0.025 0.029 0.001 100 L 0.005 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.795 0.163 0.020 0.003 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.894 0.098 0.003 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.794 0.178 0.003 0.001 103 A 0.003 0.010 0.009 0.001 0.005 0.002 0.271 0.502 0.133 0.061 0.002 104 Y 0.019 0.582 0.121 0.007 0.067 0.008 0.018 0.087 0.031 0.044 0.016 105 K 0.054 0.025 0.013 0.013 0.036 0.016 0.022 0.051 0.051 0.529 0.191 106 T 0.042 0.354 0.251 0.011 0.162 0.005 0.012 0.063 0.029 0.049 0.021 107 E 0.025 0.121 0.054 0.049 0.048 0.058 0.134 0.209 0.102 0.167 0.032 108 D 0.005 0.484 0.449 0.004 0.036 0.001 0.001 0.013 0.003 0.003 0.001 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.649 0.346 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.042 0.002 0.001 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.019 0.003 0.001 112 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.012 0.007 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.100 0.001 0.001 114 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.832 0.161 0.001 0.001 115 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.840 0.110 0.012 0.001 116 V 0.014 0.056 0.017 0.001 0.021 0.002 0.047 0.585 0.147 0.102 0.009 117 L 0.052 0.073 0.020 0.002 0.062 0.004 0.037 0.433 0.161 0.123 0.035 118 S 0.039 0.094 0.081 0.008 0.059 0.009 0.075 0.435 0.103 0.073 0.023 119 V 0.027 0.094 0.064 0.018 0.049 0.025 0.103 0.422 0.104 0.078 0.016 120 G 0.022 0.163 0.076 0.059 0.046 0.035 0.076 0.288 0.103 0.102 0.030 121 G 0.016 0.024 0.030 0.078 0.018 0.034 0.022 0.293 0.122 0.291 0.072 122 E 0.054 0.194 0.042 0.004 0.126 0.004 0.014 0.393 0.069 0.078 0.021 123 Y 0.049 0.029 0.004 0.002 0.046 0.004 0.013 0.646 0.143 0.047 0.019 124 A 0.006 0.011 0.004 0.009 0.009 0.017 0.028 0.770 0.128 0.014 0.005 125 N 0.011 0.009 0.005 0.002 0.012 0.003 0.012 0.822 0.095 0.024 0.005 126 W 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.822 0.103 0.048 0.003 127 L 0.005 0.009 0.002 0.001 0.007 0.002 0.009 0.880 0.061 0.020 0.005 128 N 0.005 0.004 0.002 0.002 0.005 0.003 0.010 0.848 0.113 0.006 0.003 129 K 0.006 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.006 0.902 0.038 0.029 0.003 130 A 0.028 0.017 0.001 0.001 0.017 0.001 0.009 0.784 0.118 0.016 0.008 131 I 0.004 0.007 0.001 0.001 0.007 0.003 0.013 0.889 0.066 0.009 0.001 132 E 0.017 0.007 0.002 0.001 0.017 0.001 0.017 0.856 0.057 0.022 0.003 133 I 0.033 0.026 0.016 0.006 0.043 0.011 0.081 0.608 0.094 0.066 0.017 134 N 0.045 0.273 0.087 0.052 0.102 0.056 0.106 0.163 0.043 0.044 0.028 135 G 0.038 0.030 0.035 0.069 0.035 0.024 0.019 0.146 0.084 0.399 0.120 136 F 0.067 0.202 0.082 0.014 0.175 0.015 0.047 0.164 0.093 0.115 0.027 137 D 0.097 0.173 0.079 0.016 0.180 0.011 0.029 0.206 0.105 0.064 0.040 138 D 0.019 0.075 0.035 0.021 0.036 0.034 0.058 0.493 0.147 0.067 0.016 139 D 0.039 0.151 0.078 0.009 0.083 0.007 0.018 0.384 0.109 0.096 0.024 140 L 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.756 0.198 0.016 0.005 141 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.925 0.051 0.007 0.001 142 D 0.003 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.933 0.032 0.015 0.001 143 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.029 0.003 0.001 144 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 145 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.013 0.005 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.907 0.084 0.004 0.001 148 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.928 0.062 0.003 0.001 149 N 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 0.816 0.098 0.037 0.001 150 L 0.011 0.051 0.012 0.001 0.024 0.002 0.015 0.635 0.196 0.047 0.007 151 E 0.028 0.014 0.005 0.002 0.027 0.005 0.061 0.592 0.191 0.059 0.017 152 H 0.046 0.066 0.030 0.005 0.065 0.008 0.077 0.438 0.112 0.133 0.019 153 H 0.060 0.122 0.070 0.027 0.107 0.027 0.074 0.225 0.092 0.151 0.045 154 H 0.085 0.124 0.092 0.043 0.119 0.032 0.051 0.191 0.099 0.117 0.045 155 H 0.063 0.063 0.062 0.057 0.081 0.035 0.058 0.190 0.123 0.208 0.060 156 H 0.076 0.172 0.087 0.038 0.147 0.033 0.067 0.128 0.089 0.123 0.042 157 H 0.089 0.144 0.111 0.056 0.144 0.031 0.032 0.083 0.066 0.163 0.080