# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3763 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.755 0.185 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001 2 S 0.773 0.175 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 3 E 0.782 0.179 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 4 N 0.802 0.175 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.641 0.245 0.081 0.027 0.005 0.001 0.001 6 N 0.742 0.212 0.036 0.008 0.002 0.001 0.001 7 E 0.608 0.283 0.080 0.024 0.005 0.001 0.001 8 K 0.421 0.361 0.145 0.056 0.014 0.002 0.001 9 V 0.117 0.196 0.310 0.259 0.098 0.020 0.001 10 Y 0.171 0.231 0.298 0.205 0.080 0.016 0.001 11 D 0.141 0.264 0.286 0.192 0.088 0.027 0.002 12 L 0.046 0.050 0.080 0.187 0.338 0.265 0.033 13 S 0.098 0.262 0.257 0.207 0.128 0.045 0.002 14 F 0.081 0.223 0.258 0.238 0.139 0.056 0.004 15 F 0.034 0.061 0.147 0.262 0.294 0.188 0.015 16 M 0.085 0.140 0.234 0.306 0.188 0.045 0.002 17 P 0.463 0.351 0.119 0.045 0.018 0.004 0.001 18 G 0.599 0.287 0.077 0.029 0.006 0.001 0.001 19 Q 0.616 0.287 0.065 0.025 0.007 0.001 0.001 20 T 0.289 0.269 0.252 0.144 0.039 0.006 0.001 21 I 0.298 0.208 0.255 0.173 0.059 0.007 0.001 22 D 0.675 0.258 0.049 0.013 0.004 0.001 0.001 23 A 0.566 0.266 0.109 0.046 0.010 0.002 0.001 24 E 0.516 0.283 0.113 0.059 0.025 0.004 0.001 25 E 0.477 0.324 0.134 0.050 0.012 0.002 0.001 26 V 0.286 0.206 0.231 0.187 0.077 0.014 0.001 27 E 0.496 0.340 0.110 0.037 0.013 0.003 0.001 28 V 0.173 0.167 0.247 0.265 0.118 0.027 0.001 29 P 0.398 0.371 0.144 0.058 0.024 0.006 0.001 30 I 0.114 0.153 0.211 0.275 0.178 0.066 0.004 31 S 0.176 0.195 0.215 0.207 0.159 0.045 0.002 32 K 0.353 0.350 0.173 0.083 0.033 0.007 0.001 33 R 0.226 0.289 0.239 0.158 0.072 0.016 0.001 34 F 0.136 0.181 0.275 0.237 0.135 0.036 0.001 35 V 0.222 0.239 0.269 0.195 0.064 0.010 0.001 36 D 0.604 0.262 0.096 0.031 0.007 0.001 0.001 37 K 0.683 0.209 0.070 0.031 0.007 0.001 0.001 38 E 0.829 0.156 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 39 G 0.499 0.287 0.135 0.062 0.014 0.002 0.001 40 N 0.411 0.325 0.173 0.069 0.018 0.003 0.001 41 V 0.196 0.340 0.265 0.138 0.049 0.011 0.001 42 V 0.045 0.091 0.168 0.280 0.292 0.114 0.009 43 P 0.043 0.186 0.270 0.279 0.153 0.066 0.004 44 F 0.021 0.048 0.103 0.206 0.302 0.279 0.041 45 I 0.022 0.109 0.224 0.316 0.213 0.102 0.013 46 F 0.014 0.028 0.049 0.122 0.297 0.418 0.071 47 K 0.031 0.140 0.254 0.282 0.210 0.079 0.004 48 A 0.105 0.279 0.253 0.193 0.123 0.045 0.002 49 I 0.033 0.062 0.183 0.372 0.245 0.100 0.007 50 T 0.213 0.291 0.230 0.145 0.100 0.020 0.001 51 T 0.477 0.357 0.112 0.042 0.011 0.001 0.001 52 D 0.716 0.258 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 53 R 0.282 0.380 0.206 0.112 0.019 0.003 0.001 54 I 0.065 0.084 0.259 0.345 0.218 0.029 0.001 55 D 0.515 0.395 0.073 0.014 0.003 0.001 0.001 56 E 0.377 0.453 0.128 0.036 0.006 0.001 0.001 57 L 0.042 0.059 0.133 0.304 0.377 0.083 0.002 58 E 0.118 0.267 0.326 0.219 0.063 0.007 0.001 59 K 0.512 0.358 0.094 0.027 0.007 0.001 0.001 60 E 0.391 0.353 0.168 0.071 0.014 0.002 0.001 61 N 0.199 0.186 0.234 0.235 0.125 0.021 0.001 62 T 0.380 0.309 0.200 0.082 0.025 0.004 0.001 63 T 0.414 0.318 0.169 0.075 0.020 0.004 0.001 64 Y 0.250 0.226 0.227 0.190 0.088 0.019 0.001 65 K 0.392 0.309 0.164 0.087 0.039 0.008 0.001 66 N 0.271 0.309 0.227 0.131 0.050 0.012 0.001 67 V 0.191 0.166 0.233 0.236 0.139 0.034 0.001 68 K 0.393 0.297 0.185 0.091 0.028 0.006 0.001 69 G 0.626 0.246 0.078 0.034 0.012 0.003 0.001 70 R 0.566 0.275 0.100 0.044 0.013 0.002 0.001 71 G 0.395 0.360 0.145 0.070 0.024 0.005 0.001 72 R 0.086 0.171 0.227 0.279 0.178 0.055 0.003 73 V 0.070 0.140 0.225 0.295 0.196 0.071 0.003 74 K 0.214 0.319 0.238 0.141 0.067 0.020 0.001 75 E 0.143 0.275 0.294 0.193 0.076 0.018 0.001 76 L 0.048 0.066 0.143 0.273 0.317 0.143 0.009 77 D 0.162 0.273 0.271 0.185 0.084 0.025 0.001 78 S 0.390 0.314 0.158 0.094 0.032 0.010 0.001 79 Q 0.493 0.322 0.111 0.050 0.019 0.004 0.001 80 R 0.259 0.386 0.206 0.108 0.032 0.008 0.001 81 F 0.029 0.062 0.144 0.251 0.361 0.138 0.016 82 Y 0.025 0.116 0.210 0.319 0.213 0.106 0.011 83 A 0.017 0.067 0.141 0.238 0.289 0.225 0.023 84 R 0.017 0.084 0.211 0.327 0.223 0.121 0.017 85 I 0.003 0.006 0.016 0.050 0.190 0.497 0.239 86 A 0.002 0.006 0.015 0.054 0.118 0.346 0.459 87 V 0.002 0.007 0.018 0.048 0.128 0.378 0.420 88 E 0.008 0.032 0.084 0.149 0.224 0.303 0.200 89 T 0.003 0.009 0.018 0.042 0.155 0.482 0.291 90 T 0.005 0.013 0.031 0.077 0.178 0.401 0.295 91 V 0.008 0.024 0.046 0.115 0.239 0.391 0.177 92 Y 0.027 0.075 0.152 0.238 0.271 0.198 0.039 93 P 0.102 0.234 0.229 0.202 0.159 0.069 0.004 94 T 0.212 0.425 0.222 0.093 0.036 0.010 0.001 95 F 0.040 0.064 0.179 0.341 0.298 0.075 0.004 96 K 0.174 0.315 0.280 0.158 0.057 0.015 0.001 97 A 0.151 0.206 0.249 0.250 0.111 0.031 0.001 98 K 0.562 0.352 0.066 0.016 0.004 0.001 0.001 99 E 0.234 0.423 0.203 0.112 0.024 0.003 0.001 100 L 0.031 0.054 0.124 0.245 0.429 0.114 0.004 101 R 0.050 0.168 0.335 0.346 0.090 0.011 0.001 102 E 0.478 0.444 0.056 0.014 0.006 0.001 0.001 103 A 0.141 0.259 0.271 0.261 0.057 0.010 0.001 104 Y 0.092 0.122 0.278 0.294 0.184 0.029 0.001 105 K 0.310 0.417 0.210 0.054 0.008 0.002 0.001 106 T 0.143 0.113 0.242 0.296 0.176 0.029 0.001 107 E 0.500 0.325 0.109 0.047 0.016 0.002 0.001 108 D 0.579 0.319 0.069 0.023 0.007 0.002 0.001 109 P 0.379 0.298 0.173 0.107 0.034 0.007 0.001 110 V 0.308 0.319 0.193 0.116 0.051 0.012 0.001 111 E 0.183 0.286 0.260 0.181 0.070 0.019 0.001 112 V 0.039 0.076 0.161 0.240 0.294 0.169 0.022 113 A 0.041 0.069 0.102 0.182 0.283 0.276 0.047 114 K 0.065 0.172 0.272 0.274 0.150 0.061 0.006 115 R 0.123 0.253 0.245 0.218 0.114 0.043 0.004 116 V 0.051 0.104 0.170 0.257 0.269 0.138 0.012 117 L 0.053 0.098 0.154 0.251 0.286 0.142 0.016 118 S 0.182 0.252 0.230 0.175 0.107 0.047 0.007 119 V 0.244 0.272 0.238 0.160 0.058 0.024 0.003 120 G 0.205 0.220 0.196 0.189 0.119 0.062 0.009 121 G 0.115 0.106 0.125 0.187 0.236 0.189 0.042 122 E 0.071 0.113 0.146 0.197 0.228 0.189 0.056 123 Y 0.043 0.081 0.114 0.148 0.231 0.292 0.092 124 A 0.087 0.185 0.262 0.256 0.140 0.060 0.011 125 N 0.174 0.329 0.233 0.155 0.079 0.026 0.004 126 W 0.019 0.034 0.065 0.170 0.314 0.321 0.077 127 L 0.025 0.059 0.110 0.229 0.296 0.238 0.042 128 N 0.118 0.285 0.255 0.185 0.094 0.055 0.009 129 K 0.034 0.103 0.225 0.308 0.205 0.102 0.022 130 A 0.008 0.010 0.018 0.051 0.179 0.510 0.224 131 I 0.014 0.025 0.050 0.104 0.206 0.370 0.231 132 E 0.035 0.075 0.104 0.154 0.185 0.251 0.196 133 I 0.019 0.029 0.043 0.081 0.213 0.415 0.200 134 N 0.076 0.149 0.198 0.207 0.187 0.150 0.034 135 G 0.131 0.223 0.202 0.201 0.141 0.088 0.014 136 F 0.071 0.086 0.153 0.259 0.276 0.142 0.012 137 D 0.385 0.290 0.178 0.096 0.041 0.010 0.001 138 D 0.709 0.240 0.037 0.011 0.003 0.001 0.001 139 D 0.632 0.257 0.074 0.030 0.007 0.001 0.001 140 L 0.344 0.191 0.222 0.167 0.065 0.011 0.001 141 E 0.704 0.247 0.037 0.009 0.003 0.001 0.001 142 D 0.649 0.258 0.066 0.021 0.005 0.001 0.001 143 L 0.366 0.220 0.213 0.147 0.048 0.007 0.001 144 E 0.652 0.245 0.070 0.023 0.008 0.001 0.001 145 E 0.682 0.244 0.054 0.016 0.004 0.001 0.001 146 A 0.512 0.336 0.097 0.041 0.012 0.002 0.001 147 A 0.197 0.197 0.308 0.210 0.076 0.011 0.001 148 K 0.492 0.284 0.151 0.058 0.015 0.001 0.001 149 N 0.719 0.230 0.039 0.009 0.002 0.001 0.001 150 L 0.346 0.206 0.240 0.167 0.038 0.004 0.001 151 E 0.780 0.188 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 152 H 0.731 0.215 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 153 H 0.700 0.199 0.072 0.024 0.005 0.001 0.001 154 H 0.770 0.179 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 155 H 0.834 0.138 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 156 H 0.776 0.160 0.045 0.015 0.003 0.001 0.001 157 H 0.779 0.172 0.035 0.011 0.003 0.001 0.001