# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3763 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.307 0.120 0.141 0.166 0.116 0.079 0.045 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 S 0.583 0.139 0.098 0.083 0.046 0.024 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 E 0.784 0.107 0.047 0.034 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 N 0.764 0.113 0.055 0.037 0.017 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.441 0.139 0.154 0.152 0.064 0.031 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 N 0.710 0.119 0.076 0.049 0.024 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.682 0.153 0.080 0.043 0.022 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.388 0.217 0.172 0.094 0.063 0.034 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.101 0.086 0.139 0.167 0.220 0.143 0.077 0.040 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.236 0.135 0.129 0.145 0.146 0.099 0.055 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 11 D 0.225 0.167 0.143 0.141 0.138 0.076 0.057 0.029 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 12 L 0.041 0.026 0.042 0.075 0.153 0.163 0.143 0.152 0.100 0.060 0.026 0.013 0.005 0.001 13 S 0.192 0.148 0.148 0.175 0.136 0.092 0.048 0.031 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 14 F 0.312 0.161 0.121 0.133 0.096 0.070 0.042 0.028 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 15 F 0.067 0.054 0.087 0.148 0.208 0.180 0.113 0.077 0.039 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 16 M 0.085 0.090 0.149 0.211 0.186 0.137 0.074 0.036 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 17 P 0.462 0.198 0.123 0.089 0.054 0.031 0.028 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.558 0.209 0.114 0.060 0.031 0.014 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.470 0.255 0.122 0.070 0.048 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.205 0.167 0.176 0.168 0.143 0.075 0.040 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.297 0.134 0.150 0.164 0.129 0.070 0.036 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.715 0.165 0.056 0.031 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.285 0.229 0.188 0.138 0.083 0.042 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.472 0.180 0.123 0.106 0.062 0.032 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.542 0.228 0.108 0.053 0.034 0.015 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.199 0.133 0.157 0.210 0.150 0.083 0.035 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.337 0.205 0.138 0.104 0.097 0.049 0.044 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.121 0.073 0.111 0.146 0.165 0.158 0.099 0.065 0.034 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 29 P 0.238 0.151 0.133 0.144 0.133 0.078 0.053 0.032 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 30 I 0.076 0.051 0.080 0.129 0.174 0.159 0.113 0.093 0.058 0.035 0.018 0.010 0.004 0.001 31 S 0.094 0.078 0.092 0.112 0.141 0.142 0.120 0.090 0.055 0.039 0.021 0.010 0.004 0.001 32 K 0.306 0.215 0.143 0.113 0.083 0.048 0.039 0.024 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 33 R 0.159 0.117 0.112 0.157 0.161 0.114 0.064 0.054 0.033 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 34 F 0.076 0.072 0.111 0.166 0.184 0.163 0.115 0.065 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 35 V 0.180 0.121 0.150 0.187 0.146 0.102 0.057 0.031 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 36 D 0.624 0.176 0.079 0.057 0.030 0.014 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.407 0.144 0.147 0.130 0.086 0.045 0.027 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.626 0.179 0.085 0.056 0.028 0.012 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 G 0.508 0.200 0.119 0.076 0.045 0.025 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 N 0.282 0.146 0.154 0.136 0.113 0.080 0.050 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 V 0.093 0.083 0.102 0.153 0.200 0.145 0.101 0.064 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 42 V 0.031 0.030 0.046 0.083 0.147 0.170 0.150 0.137 0.090 0.056 0.034 0.015 0.006 0.002 43 P 0.051 0.050 0.064 0.120 0.191 0.142 0.115 0.111 0.071 0.038 0.025 0.011 0.006 0.003 44 F 0.014 0.008 0.011 0.015 0.029 0.052 0.080 0.116 0.164 0.173 0.164 0.111 0.049 0.013 45 I 0.024 0.021 0.032 0.079 0.123 0.134 0.152 0.163 0.118 0.069 0.046 0.022 0.010 0.005 46 F 0.009 0.008 0.010 0.015 0.032 0.050 0.089 0.116 0.164 0.219 0.155 0.080 0.035 0.018 47 K 0.054 0.069 0.093 0.136 0.148 0.139 0.121 0.107 0.062 0.036 0.020 0.010 0.004 0.002 48 A 0.060 0.068 0.093 0.137 0.154 0.135 0.108 0.096 0.067 0.043 0.023 0.010 0.006 0.002 49 I 0.020 0.024 0.042 0.095 0.183 0.204 0.153 0.143 0.082 0.033 0.013 0.005 0.002 0.001 50 T 0.071 0.096 0.143 0.184 0.165 0.148 0.104 0.054 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 51 T 0.279 0.242 0.179 0.140 0.078 0.038 0.027 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.781 0.145 0.042 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.290 0.199 0.177 0.157 0.085 0.043 0.036 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.042 0.044 0.154 0.278 0.240 0.147 0.054 0.026 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.874 0.092 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.323 0.379 0.190 0.063 0.022 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.024 0.018 0.061 0.133 0.264 0.232 0.143 0.091 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.284 0.229 0.188 0.143 0.096 0.031 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.898 0.065 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.338 0.259 0.168 0.112 0.064 0.028 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 N 0.079 0.062 0.137 0.180 0.220 0.169 0.089 0.041 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 62 T 0.512 0.186 0.106 0.078 0.058 0.029 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.418 0.150 0.113 0.119 0.090 0.049 0.031 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.128 0.095 0.127 0.167 0.169 0.129 0.090 0.050 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 65 K 0.281 0.173 0.150 0.128 0.109 0.069 0.044 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 66 N 0.276 0.169 0.128 0.136 0.117 0.077 0.043 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 67 V 0.134 0.079 0.116 0.148 0.173 0.141 0.101 0.055 0.029 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 68 K 0.326 0.188 0.147 0.146 0.089 0.049 0.031 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 G 0.515 0.176 0.103 0.074 0.058 0.032 0.024 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.347 0.208 0.143 0.126 0.083 0.046 0.026 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.501 0.215 0.112 0.068 0.050 0.025 0.016 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.257 0.150 0.150 0.151 0.130 0.080 0.045 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.158 0.109 0.139 0.176 0.169 0.107 0.079 0.035 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 74 K 0.516 0.196 0.114 0.080 0.046 0.024 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.491 0.249 0.102 0.067 0.049 0.021 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.122 0.085 0.128 0.196 0.183 0.148 0.076 0.040 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 77 D 0.304 0.144 0.175 0.168 0.106 0.051 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.516 0.156 0.103 0.114 0.060 0.025 0.015 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.695 0.148 0.076 0.041 0.018 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.278 0.295 0.222 0.089 0.051 0.030 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 F 0.061 0.061 0.121 0.159 0.237 0.164 0.085 0.071 0.027 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 82 Y 0.074 0.064 0.081 0.166 0.238 0.166 0.090 0.065 0.033 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 83 A 0.080 0.053 0.070 0.130 0.153 0.163 0.133 0.098 0.060 0.035 0.017 0.005 0.003 0.001 84 R 0.079 0.108 0.118 0.147 0.149 0.128 0.108 0.076 0.044 0.020 0.011 0.005 0.004 0.001 85 I 0.020 0.015 0.023 0.033 0.061 0.106 0.143 0.156 0.143 0.103 0.088 0.078 0.025 0.007 86 A 0.017 0.013 0.018 0.038 0.067 0.115 0.166 0.208 0.148 0.097 0.063 0.029 0.013 0.007 87 V 0.015 0.016 0.021 0.034 0.058 0.084 0.134 0.158 0.167 0.133 0.087 0.049 0.027 0.016 88 E 0.031 0.036 0.062 0.105 0.152 0.139 0.135 0.127 0.096 0.052 0.031 0.019 0.009 0.007 89 T 0.019 0.016 0.025 0.042 0.065 0.098 0.151 0.130 0.131 0.122 0.096 0.063 0.027 0.014 90 T 0.023 0.020 0.032 0.054 0.089 0.133 0.146 0.176 0.140 0.084 0.052 0.029 0.013 0.008 91 V 0.033 0.032 0.041 0.056 0.093 0.124 0.154 0.157 0.119 0.087 0.052 0.031 0.014 0.007 92 Y 0.045 0.059 0.091 0.140 0.174 0.149 0.115 0.098 0.062 0.036 0.018 0.008 0.003 0.002 93 P 0.124 0.095 0.108 0.131 0.154 0.125 0.100 0.068 0.044 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 94 T 0.129 0.140 0.160 0.185 0.158 0.103 0.059 0.033 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 95 F 0.110 0.067 0.100 0.148 0.191 0.166 0.106 0.061 0.033 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 96 K 0.307 0.192 0.152 0.147 0.083 0.058 0.039 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.333 0.196 0.179 0.133 0.078 0.037 0.026 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 K 0.626 0.184 0.087 0.062 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.391 0.252 0.161 0.092 0.057 0.026 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.038 0.029 0.087 0.153 0.202 0.221 0.144 0.087 0.024 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 101 R 0.267 0.208 0.184 0.198 0.087 0.036 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.853 0.101 0.027 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.135 0.165 0.195 0.186 0.129 0.094 0.061 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 Y 0.103 0.067 0.109 0.124 0.231 0.148 0.110 0.066 0.027 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 105 K 0.457 0.234 0.114 0.079 0.060 0.026 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.161 0.057 0.101 0.165 0.198 0.138 0.077 0.052 0.030 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 107 E 0.386 0.178 0.129 0.122 0.081 0.046 0.034 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 108 D 0.414 0.257 0.144 0.089 0.046 0.025 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 P 0.159 0.111 0.107 0.140 0.169 0.140 0.092 0.042 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 110 V 0.117 0.145 0.176 0.199 0.162 0.108 0.049 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 111 E 0.431 0.244 0.128 0.074 0.051 0.031 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.044 0.036 0.070 0.141 0.213 0.193 0.116 0.099 0.050 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 113 A 0.049 0.033 0.042 0.076 0.129 0.165 0.180 0.162 0.088 0.047 0.018 0.007 0.003 0.001 114 K 0.218 0.232 0.189 0.144 0.086 0.055 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 115 R 0.225 0.154 0.154 0.160 0.130 0.077 0.041 0.027 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 116 V 0.069 0.057 0.094 0.159 0.203 0.173 0.117 0.072 0.032 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 117 L 0.160 0.106 0.125 0.153 0.163 0.126 0.078 0.049 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 118 S 0.480 0.189 0.110 0.076 0.057 0.036 0.028 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 119 V 0.333 0.155 0.126 0.136 0.113 0.061 0.034 0.019 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 120 G 0.380 0.164 0.127 0.128 0.085 0.054 0.031 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 121 G 0.410 0.118 0.111 0.097 0.100 0.072 0.045 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 122 E 0.227 0.129 0.124 0.150 0.138 0.098 0.058 0.036 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 123 Y 0.119 0.068 0.084 0.133 0.185 0.152 0.099 0.075 0.045 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 124 A 0.308 0.155 0.127 0.136 0.104 0.082 0.041 0.022 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 125 N 0.309 0.215 0.172 0.113 0.074 0.053 0.036 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 126 W 0.048 0.032 0.050 0.090 0.157 0.195 0.159 0.143 0.075 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 127 L 0.066 0.072 0.095 0.164 0.199 0.174 0.110 0.067 0.031 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 128 N 0.434 0.236 0.139 0.079 0.043 0.028 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 129 K 0.061 0.070 0.125 0.192 0.212 0.156 0.083 0.057 0.027 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 130 A 0.039 0.020 0.029 0.055 0.118 0.173 0.198 0.183 0.107 0.045 0.020 0.009 0.003 0.001 131 I 0.106 0.098 0.106 0.135 0.165 0.131 0.094 0.074 0.044 0.026 0.012 0.005 0.003 0.001 132 E 0.248 0.144 0.137 0.139 0.099 0.076 0.059 0.043 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 133 I 0.041 0.030 0.049 0.077 0.140 0.141 0.150 0.128 0.100 0.073 0.036 0.022 0.009 0.003 134 N 0.101 0.083 0.109 0.169 0.153 0.140 0.092 0.073 0.041 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 135 G 0.197 0.136 0.141 0.141 0.109 0.106 0.086 0.040 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 136 F 0.051 0.045 0.088 0.143 0.216 0.190 0.126 0.087 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 137 D 0.372 0.211 0.132 0.110 0.077 0.041 0.035 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 138 D 0.694 0.162 0.069 0.040 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 D 0.719 0.148 0.056 0.039 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.124 0.093 0.198 0.283 0.151 0.091 0.037 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.765 0.103 0.053 0.044 0.017 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 D 0.779 0.140 0.050 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.135 0.116 0.171 0.264 0.164 0.094 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.237 0.124 0.195 0.214 0.117 0.069 0.031 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 E 0.911 0.060 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.291 0.252 0.197 0.134 0.068 0.031 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.068 0.047 0.120 0.169 0.220 0.178 0.119 0.053 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.557 0.187 0.112 0.076 0.039 0.016 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.728 0.145 0.060 0.034 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 L 0.122 0.092 0.169 0.260 0.176 0.111 0.041 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 151 E 0.616 0.157 0.088 0.063 0.040 0.018 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 H 0.672 0.138 0.071 0.055 0.033 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 H 0.524 0.148 0.111 0.105 0.057 0.029 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 H 0.525 0.150 0.116 0.093 0.056 0.030 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 H 0.608 0.128 0.094 0.070 0.047 0.026 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 H 0.412 0.142 0.128 0.123 0.090 0.052 0.030 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 157 H 0.531 0.150 0.105 0.078 0.059 0.034 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001