# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.5806 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.018 0.557 0.008 0.022 0.117 0.001 0.001 0.015 0.062 0.018 0.110 0.059 2 S 0.011 0.017 0.491 0.008 0.038 0.172 0.002 0.001 0.012 0.048 0.054 0.036 0.110 3 E 0.010 0.020 0.270 0.007 0.097 0.304 0.001 0.001 0.009 0.057 0.114 0.050 0.060 4 N 0.006 0.012 0.295 0.016 0.075 0.255 0.001 0.001 0.008 0.102 0.134 0.029 0.067 5 Q 0.004 0.011 0.314 0.010 0.058 0.166 0.001 0.001 0.006 0.155 0.204 0.041 0.030 6 N 0.004 0.015 0.357 0.008 0.059 0.207 0.001 0.001 0.010 0.090 0.175 0.015 0.059 7 E 0.008 0.013 0.385 0.013 0.070 0.180 0.002 0.001 0.011 0.102 0.112 0.057 0.046 8 K 0.010 0.016 0.320 0.008 0.056 0.166 0.003 0.002 0.031 0.110 0.145 0.058 0.076 9 V 0.016 0.037 0.411 0.012 0.051 0.137 0.004 0.002 0.045 0.067 0.082 0.024 0.113 10 Y 0.012 0.028 0.481 0.014 0.015 0.098 0.003 0.002 0.055 0.117 0.021 0.115 0.039 11 D 0.006 0.020 0.549 0.006 0.014 0.085 0.002 0.001 0.031 0.102 0.023 0.023 0.139 12 L 0.006 0.008 0.139 0.005 0.133 0.574 0.002 0.002 0.014 0.038 0.038 0.010 0.032 13 S 0.003 0.002 0.036 0.007 0.400 0.457 0.001 0.001 0.004 0.012 0.066 0.006 0.005 14 F 0.002 0.003 0.031 0.001 0.327 0.475 0.001 0.001 0.003 0.017 0.128 0.004 0.007 15 F 0.002 0.013 0.081 0.002 0.216 0.471 0.001 0.001 0.003 0.042 0.156 0.002 0.010 16 M 0.002 0.013 0.287 0.002 0.098 0.309 0.001 0.001 0.002 0.158 0.111 0.010 0.007 17 P 0.001 0.006 0.132 0.002 0.189 0.271 0.001 0.001 0.001 0.063 0.326 0.002 0.008 18 G 0.001 0.003 0.052 0.001 0.143 0.117 0.001 0.001 0.001 0.078 0.602 0.002 0.002 19 Q 0.001 0.008 0.297 0.002 0.137 0.181 0.001 0.001 0.002 0.139 0.219 0.005 0.008 20 T 0.003 0.024 0.441 0.003 0.107 0.192 0.001 0.001 0.010 0.085 0.092 0.011 0.032 21 I 0.005 0.033 0.456 0.010 0.081 0.169 0.001 0.001 0.016 0.095 0.069 0.033 0.031 22 D 0.007 0.027 0.397 0.013 0.075 0.166 0.002 0.001 0.022 0.088 0.108 0.031 0.064 23 A 0.015 0.015 0.266 0.028 0.156 0.226 0.002 0.001 0.017 0.064 0.088 0.029 0.095 24 E 0.016 0.009 0.235 0.027 0.082 0.196 0.003 0.001 0.018 0.066 0.173 0.129 0.046 25 E 0.035 0.011 0.194 0.013 0.080 0.158 0.005 0.001 0.020 0.040 0.109 0.034 0.300 26 V 0.029 0.009 0.270 0.014 0.014 0.073 0.004 0.001 0.033 0.069 0.037 0.381 0.065 27 E 0.029 0.016 0.306 0.008 0.009 0.028 0.005 0.001 0.027 0.042 0.050 0.039 0.441 28 V 0.015 0.015 0.446 0.008 0.003 0.011 0.002 0.001 0.028 0.063 0.010 0.326 0.072 29 P 0.015 0.008 0.491 0.014 0.004 0.014 0.002 0.001 0.021 0.037 0.020 0.044 0.328 30 I 0.035 0.013 0.345 0.044 0.029 0.071 0.005 0.001 0.028 0.059 0.065 0.164 0.141 31 S 0.057 0.009 0.200 0.063 0.035 0.093 0.007 0.001 0.027 0.047 0.050 0.142 0.270 32 K 0.137 0.006 0.119 0.015 0.040 0.073 0.005 0.001 0.016 0.021 0.018 0.198 0.352 33 R 0.189 0.006 0.099 0.028 0.028 0.079 0.009 0.001 0.019 0.013 0.011 0.229 0.290 34 F 0.321 0.009 0.054 0.009 0.014 0.036 0.010 0.001 0.011 0.008 0.012 0.245 0.270 35 V 0.210 0.020 0.134 0.018 0.019 0.070 0.009 0.001 0.008 0.014 0.019 0.121 0.356 36 D 0.062 0.021 0.360 0.015 0.029 0.061 0.004 0.001 0.006 0.042 0.051 0.161 0.186 37 K 0.012 0.003 0.195 0.019 0.070 0.057 0.001 0.001 0.002 0.092 0.444 0.044 0.061 38 E 0.001 0.001 0.037 0.004 0.030 0.011 0.001 0.001 0.001 0.044 0.857 0.006 0.008 39 G 0.001 0.001 0.061 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.619 0.006 0.004 40 N 0.003 0.016 0.586 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.196 0.017 0.150 0.020 41 V 0.008 0.036 0.388 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.043 0.022 0.020 0.004 0.465 42 V 0.005 0.012 0.380 0.066 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 0.060 0.002 0.416 0.006 43 P 0.021 0.003 0.176 0.024 0.001 0.001 0.024 0.006 0.106 0.013 0.002 0.009 0.614 44 F 0.135 0.002 0.020 0.022 0.002 0.001 0.144 0.066 0.162 0.006 0.001 0.389 0.051 45 I 0.093 0.002 0.013 0.010 0.001 0.001 0.233 0.208 0.308 0.002 0.001 0.034 0.094 46 F 0.084 0.004 0.055 0.009 0.003 0.001 0.115 0.216 0.366 0.003 0.001 0.057 0.085 47 K 0.019 0.004 0.210 0.044 0.003 0.004 0.026 0.032 0.477 0.039 0.009 0.091 0.041 48 A 0.014 0.020 0.355 0.006 0.030 0.014 0.008 0.006 0.130 0.135 0.104 0.016 0.161 49 I 0.007 0.031 0.367 0.015 0.044 0.018 0.007 0.004 0.090 0.206 0.089 0.085 0.038 50 T 0.002 0.017 0.649 0.002 0.021 0.020 0.001 0.001 0.016 0.174 0.028 0.016 0.052 51 T 0.001 0.008 0.097 0.002 0.081 0.683 0.001 0.001 0.002 0.046 0.075 0.001 0.005 52 D 0.001 0.003 0.028 0.001 0.053 0.833 0.001 0.001 0.001 0.016 0.062 0.003 0.001 53 R 0.001 0.001 0.032 0.001 0.036 0.908 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.006 54 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 60 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.841 0.001 0.001 0.001 0.011 0.125 0.001 0.002 61 N 0.003 0.002 0.092 0.005 0.019 0.341 0.001 0.001 0.003 0.070 0.442 0.007 0.016 62 T 0.019 0.006 0.299 0.024 0.018 0.092 0.002 0.001 0.017 0.142 0.264 0.063 0.054 63 T 0.059 0.011 0.302 0.012 0.010 0.077 0.005 0.003 0.070 0.085 0.065 0.175 0.126 64 Y 0.106 0.010 0.202 0.018 0.014 0.055 0.015 0.007 0.060 0.035 0.023 0.064 0.393 65 K 0.106 0.013 0.101 0.017 0.007 0.033 0.014 0.008 0.056 0.019 0.012 0.549 0.064 66 N 0.076 0.031 0.145 0.007 0.010 0.025 0.013 0.007 0.039 0.024 0.015 0.049 0.559 67 V 0.016 0.010 0.389 0.025 0.012 0.013 0.003 0.003 0.021 0.076 0.056 0.290 0.086 68 K 0.003 0.004 0.113 0.014 0.023 0.009 0.001 0.001 0.003 0.134 0.617 0.017 0.062 69 G 0.002 0.005 0.080 0.007 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.228 0.627 0.019 0.009 70 R 0.005 0.013 0.277 0.009 0.025 0.013 0.001 0.001 0.002 0.301 0.268 0.024 0.060 71 G 0.020 0.035 0.423 0.010 0.013 0.015 0.002 0.001 0.005 0.209 0.076 0.092 0.098 72 R 0.037 0.058 0.415 0.015 0.012 0.030 0.008 0.002 0.016 0.066 0.032 0.117 0.190 73 V 0.075 0.025 0.239 0.033 0.032 0.052 0.017 0.004 0.027 0.030 0.020 0.146 0.302 74 K 0.087 0.018 0.189 0.059 0.067 0.080 0.019 0.003 0.026 0.049 0.054 0.212 0.137 75 E 0.065 0.033 0.177 0.013 0.086 0.110 0.011 0.002 0.022 0.053 0.097 0.083 0.248 76 L 0.025 0.041 0.341 0.009 0.024 0.099 0.005 0.001 0.021 0.131 0.052 0.133 0.118 77 D 0.003 0.012 0.682 0.003 0.010 0.049 0.001 0.001 0.005 0.120 0.033 0.022 0.061 78 S 0.001 0.003 0.059 0.003 0.081 0.726 0.001 0.001 0.001 0.038 0.080 0.003 0.006 79 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.074 0.841 0.001 0.001 0.001 0.010 0.062 0.001 0.001 80 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.046 0.909 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.003 81 F 0.001 0.001 0.012 0.001 0.013 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.002 0.004 82 Y 0.003 0.001 0.007 0.002 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.002 0.005 83 A 0.003 0.001 0.002 0.003 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.003 84 R 0.010 0.001 0.001 0.003 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.002 0.006 85 I 0.028 0.001 0.003 0.002 0.006 0.924 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.007 0.011 86 A 0.090 0.001 0.005 0.012 0.008 0.819 0.006 0.004 0.004 0.003 0.015 0.012 0.022 87 V 0.134 0.001 0.012 0.022 0.012 0.696 0.009 0.009 0.009 0.010 0.028 0.030 0.027 88 E 0.094 0.002 0.028 0.026 0.020 0.628 0.006 0.008 0.016 0.023 0.086 0.022 0.041 89 T 0.075 0.003 0.098 0.035 0.025 0.349 0.006 0.007 0.024 0.098 0.158 0.050 0.073 90 T 0.083 0.008 0.123 0.015 0.025 0.215 0.013 0.007 0.066 0.080 0.129 0.166 0.069 91 V 0.064 0.034 0.186 0.012 0.025 0.175 0.013 0.013 0.046 0.124 0.089 0.038 0.179 92 Y 0.009 0.018 0.453 0.009 0.008 0.058 0.003 0.005 0.042 0.189 0.037 0.139 0.029 93 P 0.003 0.017 0.312 0.003 0.027 0.047 0.001 0.002 0.015 0.214 0.288 0.009 0.062 94 T 0.001 0.019 0.437 0.003 0.068 0.036 0.001 0.001 0.007 0.195 0.212 0.008 0.013 95 F 0.001 0.015 0.417 0.001 0.054 0.045 0.001 0.001 0.005 0.255 0.191 0.008 0.008 96 K 0.001 0.031 0.473 0.001 0.026 0.064 0.001 0.001 0.002 0.272 0.119 0.004 0.008 97 A 0.001 0.006 0.364 0.001 0.022 0.522 0.001 0.001 0.001 0.077 0.008 0.001 0.001 98 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 0.797 0.001 0.001 0.001 0.005 0.153 0.001 0.001 104 Y 0.001 0.001 0.059 0.001 0.021 0.306 0.001 0.001 0.001 0.051 0.559 0.001 0.001 105 K 0.001 0.002 0.233 0.001 0.020 0.075 0.001 0.001 0.004 0.062 0.598 0.002 0.002 106 T 0.001 0.018 0.701 0.001 0.007 0.034 0.001 0.001 0.021 0.114 0.094 0.006 0.004 107 E 0.001 0.023 0.678 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.018 0.240 0.014 0.002 0.003 108 D 0.001 0.004 0.901 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.073 0.002 0.001 0.001 109 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 114 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.918 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 0.001 0.001 116 V 0.003 0.001 0.021 0.001 0.016 0.812 0.001 0.001 0.001 0.008 0.132 0.002 0.005 117 L 0.003 0.006 0.154 0.001 0.008 0.622 0.001 0.001 0.004 0.059 0.119 0.019 0.005 118 S 0.001 0.012 0.429 0.001 0.011 0.268 0.001 0.001 0.009 0.110 0.138 0.003 0.017 119 V 0.001 0.005 0.394 0.002 0.013 0.288 0.001 0.001 0.008 0.167 0.113 0.006 0.004 120 G 0.001 0.002 0.159 0.002 0.025 0.188 0.001 0.001 0.005 0.119 0.494 0.001 0.004 121 G 0.001 0.005 0.154 0.002 0.051 0.192 0.001 0.001 0.004 0.215 0.368 0.005 0.003 122 E 0.002 0.017 0.272 0.003 0.065 0.488 0.001 0.001 0.019 0.080 0.021 0.015 0.016 123 Y 0.003 0.012 0.046 0.001 0.068 0.767 0.002 0.003 0.014 0.019 0.024 0.003 0.038 124 A 0.002 0.004 0.019 0.006 0.065 0.852 0.001 0.001 0.002 0.010 0.032 0.004 0.003 125 N 0.002 0.003 0.021 0.002 0.059 0.839 0.001 0.001 0.001 0.012 0.050 0.003 0.009 126 W 0.001 0.001 0.010 0.001 0.024 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.002 127 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 128 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 129 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 130 A 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.003 131 I 0.002 0.001 0.009 0.003 0.015 0.884 0.001 0.001 0.001 0.004 0.077 0.002 0.002 132 E 0.004 0.002 0.013 0.001 0.023 0.859 0.001 0.001 0.004 0.008 0.078 0.004 0.003 133 I 0.010 0.006 0.061 0.004 0.053 0.703 0.002 0.005 0.017 0.049 0.055 0.007 0.029 134 N 0.005 0.008 0.194 0.011 0.034 0.271 0.002 0.004 0.034 0.170 0.219 0.026 0.021 135 G 0.001 0.010 0.222 0.002 0.019 0.060 0.001 0.002 0.017 0.179 0.469 0.006 0.013 136 F 0.001 0.014 0.448 0.002 0.031 0.067 0.001 0.001 0.013 0.212 0.201 0.005 0.006 137 D 0.001 0.017 0.321 0.002 0.067 0.107 0.001 0.001 0.011 0.279 0.179 0.006 0.010 138 D 0.001 0.017 0.200 0.001 0.060 0.102 0.001 0.001 0.003 0.321 0.282 0.004 0.007 139 D 0.001 0.025 0.388 0.003 0.084 0.167 0.001 0.001 0.003 0.179 0.136 0.004 0.011 140 L 0.001 0.004 0.049 0.001 0.045 0.834 0.001 0.001 0.001 0.030 0.033 0.001 0.002 141 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.031 0.915 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 142 D 0.001 0.001 0.013 0.001 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 143 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 148 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 149 N 0.001 0.001 0.024 0.001 0.012 0.673 0.001 0.001 0.001 0.019 0.264 0.001 0.004 150 L 0.001 0.002 0.162 0.001 0.020 0.328 0.001 0.001 0.001 0.083 0.395 0.004 0.004 151 E 0.001 0.006 0.263 0.001 0.032 0.105 0.001 0.001 0.004 0.109 0.462 0.010 0.008 152 H 0.001 0.011 0.202 0.001 0.038 0.052 0.001 0.001 0.003 0.172 0.506 0.005 0.009 153 H 0.001 0.012 0.314 0.002 0.026 0.031 0.001 0.001 0.004 0.274 0.324 0.006 0.006 154 H 0.001 0.024 0.389 0.003 0.039 0.024 0.001 0.001 0.006 0.225 0.266 0.008 0.015 155 H 0.002 0.039 0.383 0.003 0.038 0.016 0.001 0.001 0.006 0.235 0.237 0.017 0.022 156 H 0.002 0.036 0.476 0.004 0.022 0.013 0.001 0.001 0.006 0.265 0.132 0.017 0.025 157 H 0.002 0.032 0.594 0.004 0.016 0.014 0.001 0.001 0.006 0.211 0.071 0.022 0.027