# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.5806 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.102 0.009 0.037 0.050 0.085 0.102 0.007 0.004 0.186 0.380 2 S 0.112 0.079 0.004 0.022 0.038 0.049 0.090 0.007 0.002 0.146 0.453 3 E 0.051 0.071 0.004 0.018 0.025 0.037 0.094 0.004 0.001 0.040 0.656 4 N 0.067 0.091 0.004 0.011 0.017 0.020 0.089 0.006 0.001 0.037 0.656 5 Q 0.136 0.202 0.004 0.012 0.016 0.027 0.087 0.010 0.001 0.041 0.464 6 N 0.075 0.208 0.002 0.015 0.019 0.038 0.092 0.008 0.001 0.037 0.505 7 E 0.048 0.119 0.015 0.022 0.056 0.050 0.080 0.005 0.003 0.059 0.542 8 K 0.123 0.157 0.003 0.028 0.039 0.054 0.069 0.008 0.001 0.046 0.472 9 V 0.088 0.083 0.003 0.027 0.028 0.042 0.091 0.005 0.001 0.091 0.543 10 Y 0.017 0.113 0.005 0.081 0.049 0.063 0.111 0.003 0.002 0.040 0.516 11 D 0.116 0.343 0.013 0.017 0.018 0.023 0.043 0.022 0.004 0.061 0.339 12 L 0.398 0.278 0.003 0.007 0.014 0.012 0.029 0.058 0.001 0.026 0.173 13 S 0.131 0.060 0.004 0.017 0.019 0.020 0.056 0.008 0.001 0.170 0.513 14 F 0.019 0.046 0.005 0.027 0.015 0.032 0.107 0.003 0.001 0.109 0.638 15 F 0.051 0.077 0.006 0.023 0.013 0.015 0.104 0.008 0.001 0.106 0.595 16 M 0.266 0.039 0.006 0.009 0.014 0.007 0.109 0.008 0.002 0.329 0.212 17 P 0.050 0.134 0.001 0.009 0.003 0.007 0.101 0.007 0.001 0.036 0.651 18 G 0.066 0.256 0.003 0.006 0.005 0.010 0.084 0.007 0.001 0.031 0.531 19 Q 0.057 0.390 0.005 0.020 0.025 0.030 0.077 0.011 0.001 0.043 0.341 20 T 0.084 0.362 0.006 0.017 0.015 0.028 0.081 0.013 0.002 0.035 0.356 21 I 0.115 0.146 0.012 0.024 0.037 0.026 0.067 0.009 0.005 0.040 0.518 22 D 0.257 0.150 0.007 0.019 0.021 0.035 0.062 0.013 0.003 0.035 0.398 23 A 0.196 0.048 0.008 0.018 0.014 0.024 0.082 0.009 0.002 0.037 0.562 24 E 0.118 0.035 0.005 0.029 0.037 0.068 0.097 0.005 0.001 0.037 0.568 25 E 0.035 0.010 0.001 0.014 0.022 0.052 0.080 0.002 0.001 0.040 0.744 26 V 0.013 0.008 0.002 0.030 0.119 0.104 0.095 0.002 0.001 0.029 0.598 27 E 0.015 0.011 0.001 0.030 0.076 0.120 0.066 0.002 0.001 0.053 0.625 28 V 0.016 0.014 0.002 0.028 0.124 0.090 0.088 0.002 0.001 0.046 0.587 29 P 0.074 0.039 0.002 0.046 0.064 0.100 0.083 0.007 0.001 0.051 0.533 30 I 0.082 0.041 0.003 0.021 0.066 0.087 0.084 0.007 0.001 0.043 0.564 31 S 0.064 0.080 0.002 0.022 0.051 0.100 0.078 0.009 0.001 0.038 0.555 32 K 0.059 0.090 0.002 0.016 0.095 0.163 0.068 0.007 0.001 0.051 0.448 33 R 0.031 0.060 0.002 0.029 0.187 0.201 0.061 0.004 0.001 0.053 0.371 34 F 0.027 0.024 0.003 0.032 0.153 0.222 0.061 0.003 0.002 0.073 0.401 35 V 0.030 0.010 0.013 0.028 0.160 0.185 0.075 0.004 0.010 0.106 0.380 36 D 0.225 0.005 0.002 0.012 0.048 0.062 0.059 0.005 0.003 0.064 0.516 37 K 0.299 0.002 0.001 0.004 0.008 0.011 0.051 0.002 0.001 0.026 0.595 38 E 0.014 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.075 0.001 0.001 0.008 0.884 39 G 0.010 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.099 0.001 0.001 0.010 0.849 40 N 0.004 0.001 0.001 0.020 0.211 0.168 0.093 0.001 0.001 0.019 0.484 41 V 0.004 0.001 0.001 0.044 0.057 0.110 0.069 0.001 0.001 0.042 0.672 42 V 0.004 0.001 0.001 0.081 0.292 0.227 0.054 0.001 0.001 0.051 0.289 43 P 0.002 0.002 0.001 0.228 0.136 0.271 0.034 0.001 0.001 0.055 0.270 44 F 0.001 0.001 0.001 0.187 0.360 0.260 0.018 0.001 0.001 0.036 0.136 45 I 0.004 0.003 0.001 0.255 0.258 0.301 0.017 0.001 0.001 0.049 0.111 46 F 0.025 0.004 0.001 0.180 0.215 0.184 0.037 0.003 0.001 0.109 0.241 47 K 0.011 0.003 0.001 0.302 0.163 0.165 0.049 0.001 0.001 0.055 0.249 48 A 0.011 0.010 0.001 0.077 0.035 0.089 0.143 0.001 0.001 0.024 0.610 49 I 0.007 0.031 0.002 0.052 0.053 0.030 0.110 0.002 0.001 0.033 0.680 50 T 0.114 0.755 0.001 0.004 0.005 0.004 0.012 0.014 0.001 0.021 0.071 51 T 0.058 0.772 0.001 0.003 0.002 0.004 0.024 0.006 0.001 0.036 0.095 52 D 0.006 0.849 0.003 0.002 0.005 0.004 0.011 0.001 0.001 0.011 0.107 53 R 0.012 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.017 54 I 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.007 0.004 55 D 0.012 0.945 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.011 0.019 56 E 0.021 0.811 0.006 0.003 0.003 0.008 0.015 0.002 0.001 0.051 0.080 57 L 0.054 0.443 0.045 0.010 0.014 0.022 0.055 0.035 0.009 0.209 0.104 58 E 0.102 0.126 0.024 0.013 0.018 0.031 0.070 0.009 0.010 0.396 0.202 59 K 0.045 0.049 0.006 0.006 0.014 0.017 0.080 0.003 0.002 0.105 0.673 60 E 0.042 0.049 0.006 0.014 0.016 0.031 0.145 0.007 0.001 0.039 0.650 61 N 0.045 0.049 0.005 0.013 0.026 0.098 0.120 0.012 0.001 0.044 0.588 62 T 0.019 0.043 0.002 0.008 0.048 0.083 0.083 0.003 0.001 0.040 0.670 63 T 0.025 0.049 0.002 0.031 0.121 0.213 0.067 0.004 0.001 0.050 0.439 64 Y 0.048 0.034 0.002 0.028 0.095 0.107 0.072 0.005 0.001 0.050 0.558 65 K 0.012 0.009 0.020 0.057 0.170 0.271 0.059 0.004 0.014 0.070 0.315 66 N 0.099 0.006 0.001 0.021 0.058 0.112 0.062 0.003 0.002 0.053 0.583 67 V 0.359 0.004 0.002 0.013 0.048 0.046 0.052 0.004 0.001 0.061 0.411 68 K 0.020 0.002 0.001 0.012 0.010 0.015 0.070 0.001 0.001 0.012 0.857 69 G 0.033 0.004 0.001 0.005 0.006 0.018 0.083 0.001 0.001 0.018 0.830 70 R 0.015 0.008 0.001 0.009 0.103 0.056 0.112 0.001 0.001 0.018 0.677 71 G 0.014 0.018 0.001 0.057 0.077 0.138 0.098 0.002 0.001 0.031 0.564 72 R 0.028 0.039 0.001 0.045 0.144 0.184 0.076 0.004 0.001 0.042 0.438 73 V 0.050 0.038 0.002 0.041 0.113 0.121 0.068 0.007 0.001 0.060 0.499 74 K 0.039 0.026 0.002 0.076 0.118 0.139 0.071 0.002 0.001 0.088 0.439 75 E 0.019 0.040 0.002 0.049 0.053 0.118 0.091 0.002 0.001 0.075 0.551 76 L 0.017 0.078 0.002 0.039 0.056 0.039 0.098 0.002 0.001 0.033 0.636 77 D 0.109 0.636 0.002 0.006 0.017 0.010 0.025 0.017 0.001 0.035 0.140 78 S 0.063 0.811 0.001 0.002 0.003 0.003 0.014 0.008 0.001 0.021 0.075 79 Q 0.015 0.820 0.002 0.002 0.005 0.007 0.012 0.002 0.001 0.062 0.074 80 R 0.013 0.847 0.002 0.003 0.006 0.010 0.013 0.002 0.001 0.051 0.053 81 F 0.008 0.879 0.005 0.003 0.007 0.008 0.010 0.003 0.001 0.041 0.037 82 Y 0.018 0.851 0.003 0.003 0.009 0.009 0.010 0.004 0.001 0.041 0.051 83 A 0.015 0.762 0.004 0.008 0.015 0.024 0.024 0.003 0.001 0.043 0.100 84 R 0.021 0.484 0.008 0.045 0.036 0.096 0.047 0.005 0.001 0.116 0.140 85 I 0.017 0.131 0.010 0.076 0.038 0.173 0.053 0.004 0.002 0.380 0.115 86 A 0.021 0.046 0.015 0.068 0.117 0.091 0.086 0.007 0.005 0.368 0.175 87 V 0.052 0.031 0.011 0.093 0.112 0.125 0.074 0.009 0.003 0.133 0.357 88 E 0.027 0.023 0.004 0.087 0.065 0.151 0.089 0.006 0.001 0.094 0.451 89 T 0.028 0.008 0.003 0.108 0.064 0.118 0.106 0.002 0.001 0.082 0.481 90 T 0.007 0.004 0.002 0.109 0.080 0.187 0.125 0.001 0.001 0.054 0.430 91 V 0.008 0.011 0.001 0.111 0.057 0.078 0.108 0.002 0.001 0.022 0.602 92 Y 0.358 0.095 0.003 0.041 0.029 0.036 0.073 0.019 0.002 0.047 0.296 93 P 0.082 0.074 0.003 0.023 0.010 0.015 0.087 0.010 0.001 0.037 0.660 94 T 0.101 0.097 0.001 0.015 0.004 0.012 0.076 0.003 0.001 0.018 0.674 95 F 0.039 0.115 0.002 0.020 0.028 0.022 0.102 0.003 0.001 0.018 0.651 96 K 0.020 0.595 0.002 0.006 0.006 0.004 0.033 0.005 0.001 0.019 0.308 97 A 0.039 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.007 98 K 0.015 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.015 99 E 0.030 0.866 0.006 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.020 0.065 100 L 0.090 0.641 0.057 0.004 0.003 0.007 0.022 0.057 0.013 0.047 0.058 101 R 0.290 0.173 0.040 0.007 0.009 0.011 0.048 0.026 0.033 0.176 0.186 102 E 0.334 0.037 0.003 0.006 0.007 0.012 0.042 0.004 0.001 0.033 0.521 103 A 0.012 0.017 0.002 0.020 0.003 0.008 0.108 0.003 0.001 0.019 0.808 104 Y 0.117 0.009 0.013 0.021 0.020 0.032 0.163 0.008 0.002 0.072 0.543 105 K 0.049 0.004 0.001 0.009 0.010 0.013 0.085 0.001 0.001 0.022 0.807 106 T 0.006 0.002 0.001 0.015 0.003 0.006 0.095 0.001 0.001 0.005 0.868 107 E 0.007 0.015 0.001 0.044 0.010 0.012 0.129 0.001 0.001 0.006 0.774 108 D 0.105 0.633 0.001 0.003 0.002 0.001 0.030 0.016 0.001 0.024 0.186 109 P 0.040 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.005 0.025 110 V 0.020 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 0.045 111 E 0.034 0.770 0.007 0.004 0.004 0.004 0.013 0.003 0.001 0.076 0.084 112 V 0.077 0.699 0.022 0.005 0.003 0.003 0.021 0.026 0.003 0.067 0.074 113 A 0.129 0.665 0.008 0.004 0.004 0.008 0.016 0.027 0.003 0.039 0.098 114 K 0.098 0.178 0.007 0.005 0.006 0.009 0.055 0.006 0.002 0.109 0.524 115 R 0.093 0.124 0.014 0.021 0.017 0.035 0.127 0.014 0.002 0.116 0.438 116 V 0.082 0.031 0.009 0.017 0.012 0.022 0.141 0.009 0.003 0.145 0.530 117 L 0.031 0.022 0.011 0.030 0.019 0.027 0.191 0.003 0.004 0.059 0.602 118 S 0.041 0.066 0.001 0.020 0.004 0.009 0.099 0.003 0.001 0.031 0.725 119 V 0.365 0.148 0.002 0.006 0.004 0.004 0.069 0.008 0.001 0.058 0.335 120 G 0.022 0.232 0.001 0.010 0.003 0.007 0.097 0.005 0.001 0.039 0.584 121 G 0.012 0.294 0.001 0.024 0.006 0.021 0.087 0.002 0.001 0.163 0.389 122 E 0.013 0.736 0.002 0.015 0.025 0.016 0.022 0.003 0.001 0.074 0.093 123 Y 0.052 0.767 0.002 0.008 0.006 0.007 0.017 0.009 0.001 0.033 0.100 124 A 0.021 0.437 0.005 0.025 0.011 0.019 0.037 0.002 0.001 0.316 0.124 125 N 0.013 0.812 0.004 0.004 0.005 0.008 0.017 0.002 0.001 0.065 0.069 126 W 0.048 0.839 0.005 0.002 0.003 0.003 0.014 0.008 0.001 0.030 0.048 127 L 0.028 0.776 0.007 0.006 0.005 0.012 0.026 0.008 0.002 0.063 0.068 128 N 0.020 0.721 0.004 0.005 0.008 0.012 0.032 0.003 0.001 0.044 0.151 129 K 0.036 0.650 0.006 0.026 0.022 0.064 0.036 0.007 0.001 0.049 0.103 130 A 0.087 0.352 0.008 0.055 0.019 0.073 0.068 0.011 0.005 0.127 0.196 131 I 0.027 0.055 0.135 0.104 0.078 0.113 0.087 0.007 0.072 0.139 0.182 132 E 0.267 0.027 0.002 0.033 0.019 0.042 0.072 0.006 0.001 0.037 0.493 133 I 0.261 0.014 0.003 0.024 0.016 0.025 0.091 0.011 0.001 0.049 0.505 134 N 0.011 0.008 0.001 0.057 0.007 0.019 0.116 0.001 0.001 0.015 0.764 135 G 0.020 0.021 0.001 0.010 0.005 0.022 0.094 0.001 0.001 0.039 0.786 136 F 0.041 0.025 0.001 0.012 0.050 0.010 0.086 0.003 0.001 0.018 0.753 137 D 0.344 0.127 0.001 0.027 0.006 0.010 0.061 0.008 0.001 0.030 0.386 138 D 0.037 0.192 0.001 0.011 0.007 0.010 0.085 0.003 0.001 0.013 0.641 139 D 0.030 0.790 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 0.003 0.001 0.010 0.146 140 L 0.052 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.007 0.023 141 E 0.013 0.909 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.012 0.048 142 D 0.009 0.891 0.002 0.003 0.004 0.005 0.008 0.001 0.001 0.012 0.065 143 L 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.008 0.015 144 E 0.020 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.006 0.009 145 E 0.028 0.721 0.005 0.003 0.006 0.006 0.013 0.002 0.001 0.108 0.107 146 A 0.058 0.634 0.010 0.008 0.008 0.015 0.035 0.009 0.001 0.088 0.133 147 A 0.128 0.405 0.020 0.013 0.013 0.021 0.071 0.027 0.004 0.064 0.234 148 K 0.062 0.183 0.023 0.017 0.021 0.028 0.069 0.008 0.011 0.035 0.543 149 N 0.160 0.108 0.006 0.008 0.009 0.014 0.064 0.011 0.003 0.032 0.585 150 L 0.247 0.037 0.004 0.008 0.009 0.012 0.091 0.012 0.001 0.044 0.535 151 E 0.069 0.022 0.004 0.009 0.007 0.012 0.092 0.005 0.002 0.032 0.747 152 H 0.065 0.009 0.001 0.007 0.004 0.007 0.088 0.003 0.001 0.023 0.792 153 H 0.135 0.007 0.002 0.009 0.010 0.010 0.091 0.004 0.001 0.040 0.692 154 H 0.055 0.004 0.001 0.012 0.007 0.009 0.089 0.001 0.001 0.022 0.800 155 H 0.040 0.004 0.001 0.017 0.006 0.010 0.106 0.001 0.001 0.024 0.791 156 H 0.033 0.007 0.001 0.018 0.012 0.015 0.136 0.002 0.001 0.029 0.748 157 H 0.034 0.010 0.001 0.024 0.015 0.019 0.140 0.002 0.001 0.037 0.718