# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.5806 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.066 0.040 0.090 0.094 0.134 0.219 0.124 0.072 0.037 0.019 2 S 0.417 0.217 0.131 0.112 0.050 0.025 0.023 0.012 0.007 0.005 0.002 3 E 0.187 0.198 0.137 0.189 0.115 0.072 0.067 0.022 0.008 0.004 0.001 4 N 0.253 0.164 0.120 0.111 0.076 0.072 0.094 0.054 0.029 0.018 0.009 5 Q 0.169 0.253 0.165 0.160 0.093 0.076 0.056 0.018 0.006 0.003 0.001 6 N 0.313 0.134 0.241 0.149 0.065 0.043 0.033 0.013 0.004 0.002 0.001 7 E 0.314 0.084 0.179 0.137 0.094 0.085 0.065 0.023 0.010 0.006 0.002 8 K 0.111 0.130 0.205 0.230 0.124 0.103 0.064 0.017 0.009 0.004 0.002 9 V 0.017 0.023 0.078 0.076 0.095 0.148 0.215 0.123 0.111 0.067 0.047 10 Y 0.043 0.054 0.184 0.127 0.146 0.156 0.149 0.062 0.042 0.026 0.012 11 D 0.072 0.158 0.326 0.220 0.117 0.052 0.032 0.011 0.007 0.004 0.002 12 L 0.004 0.004 0.010 0.012 0.016 0.034 0.105 0.188 0.222 0.200 0.207 13 S 0.056 0.087 0.096 0.199 0.182 0.112 0.116 0.052 0.049 0.038 0.015 14 F 0.036 0.058 0.142 0.177 0.160 0.124 0.128 0.062 0.055 0.039 0.019 15 F 0.024 0.040 0.065 0.109 0.119 0.133 0.192 0.117 0.097 0.066 0.037 16 M 0.010 0.021 0.018 0.029 0.031 0.057 0.146 0.188 0.199 0.180 0.120 17 P 0.097 0.244 0.110 0.207 0.145 0.075 0.061 0.031 0.015 0.011 0.004 18 G 0.569 0.131 0.074 0.098 0.052 0.027 0.022 0.012 0.007 0.005 0.002 19 Q 0.362 0.219 0.059 0.144 0.105 0.045 0.034 0.014 0.009 0.006 0.002 20 T 0.092 0.103 0.037 0.113 0.091 0.095 0.170 0.099 0.096 0.065 0.040 21 I 0.059 0.073 0.067 0.126 0.126 0.173 0.172 0.090 0.062 0.035 0.018 22 D 0.258 0.270 0.233 0.151 0.049 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 23 A 0.091 0.082 0.060 0.148 0.126 0.161 0.165 0.077 0.047 0.029 0.014 24 E 0.171 0.093 0.074 0.118 0.119 0.105 0.132 0.077 0.052 0.037 0.021 25 E 0.118 0.247 0.217 0.225 0.100 0.045 0.029 0.010 0.005 0.003 0.001 26 V 0.019 0.019 0.056 0.063 0.084 0.167 0.244 0.170 0.095 0.052 0.031 27 E 0.415 0.220 0.173 0.133 0.033 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 28 V 0.026 0.027 0.047 0.090 0.104 0.206 0.231 0.124 0.078 0.043 0.025 29 P 0.326 0.246 0.192 0.124 0.053 0.019 0.017 0.009 0.007 0.006 0.002 30 I 0.026 0.066 0.060 0.100 0.112 0.199 0.235 0.091 0.059 0.033 0.017 31 S 0.155 0.165 0.249 0.173 0.105 0.055 0.046 0.025 0.014 0.009 0.004 32 K 0.346 0.131 0.159 0.173 0.085 0.054 0.035 0.010 0.005 0.003 0.001 33 R 0.054 0.052 0.107 0.177 0.158 0.154 0.145 0.074 0.045 0.024 0.012 34 F 0.014 0.035 0.049 0.081 0.089 0.123 0.229 0.125 0.128 0.082 0.045 35 V 0.009 0.025 0.092 0.095 0.122 0.130 0.194 0.146 0.093 0.063 0.031 36 D 0.063 0.097 0.305 0.226 0.152 0.058 0.051 0.022 0.014 0.010 0.003 37 K 0.110 0.129 0.084 0.135 0.117 0.131 0.138 0.058 0.047 0.031 0.018 38 E 0.461 0.287 0.036 0.097 0.058 0.022 0.021 0.008 0.005 0.003 0.002 39 G 0.607 0.133 0.028 0.061 0.049 0.031 0.034 0.022 0.017 0.010 0.007 40 N 0.201 0.292 0.068 0.179 0.125 0.061 0.041 0.015 0.010 0.005 0.003 41 V 0.167 0.184 0.056 0.173 0.122 0.095 0.101 0.045 0.031 0.018 0.010 42 V 0.020 0.026 0.015 0.049 0.074 0.171 0.214 0.189 0.117 0.071 0.054 43 P 0.153 0.242 0.112 0.320 0.109 0.040 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 44 F 0.006 0.004 0.006 0.011 0.017 0.029 0.076 0.181 0.203 0.237 0.228 45 I 0.046 0.147 0.070 0.316 0.241 0.079 0.050 0.022 0.015 0.011 0.004 46 F 0.002 0.003 0.009 0.013 0.011 0.023 0.057 0.083 0.237 0.300 0.261 47 K 0.022 0.058 0.089 0.216 0.255 0.142 0.115 0.039 0.033 0.023 0.008 48 A 0.046 0.086 0.099 0.211 0.163 0.093 0.121 0.062 0.055 0.045 0.019 49 I 0.003 0.007 0.008 0.019 0.026 0.045 0.111 0.189 0.220 0.200 0.174 50 T 0.036 0.543 0.091 0.119 0.083 0.038 0.045 0.018 0.013 0.012 0.003 51 T 0.174 0.139 0.067 0.206 0.176 0.094 0.085 0.038 0.012 0.006 0.003 52 D 0.947 0.024 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.029 0.297 0.044 0.230 0.151 0.096 0.105 0.025 0.014 0.006 0.002 54 I 0.002 0.007 0.007 0.019 0.029 0.083 0.248 0.200 0.206 0.104 0.096 55 D 0.208 0.051 0.423 0.186 0.053 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 56 E 0.015 0.040 0.618 0.235 0.058 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.013 0.089 0.190 0.235 0.228 0.237 58 E 0.002 0.011 0.143 0.140 0.234 0.157 0.188 0.054 0.034 0.029 0.008 59 K 0.003 0.006 0.866 0.060 0.044 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 60 E 0.021 0.044 0.378 0.192 0.173 0.098 0.079 0.009 0.004 0.002 0.001 61 N 0.006 0.006 0.009 0.010 0.013 0.044 0.203 0.205 0.231 0.156 0.116 62 T 0.184 0.132 0.221 0.168 0.108 0.065 0.058 0.029 0.018 0.013 0.004 63 T 0.152 0.166 0.379 0.168 0.073 0.030 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 64 Y 0.029 0.036 0.036 0.081 0.086 0.182 0.223 0.115 0.109 0.060 0.044 65 K 0.284 0.184 0.087 0.126 0.112 0.062 0.075 0.030 0.021 0.013 0.006 66 N 0.137 0.169 0.162 0.223 0.172 0.059 0.043 0.018 0.010 0.005 0.002 67 V 0.037 0.032 0.047 0.050 0.047 0.079 0.156 0.117 0.165 0.138 0.133 68 K 0.106 0.233 0.087 0.229 0.161 0.066 0.067 0.026 0.013 0.007 0.003 69 G 0.302 0.232 0.091 0.112 0.070 0.057 0.061 0.034 0.022 0.013 0.006 70 R 0.201 0.134 0.057 0.188 0.154 0.123 0.079 0.031 0.018 0.010 0.005 71 G 0.596 0.142 0.055 0.073 0.038 0.027 0.032 0.017 0.011 0.007 0.003 72 R 0.051 0.139 0.058 0.174 0.169 0.119 0.138 0.067 0.044 0.028 0.013 73 V 0.008 0.018 0.022 0.052 0.062 0.135 0.214 0.177 0.156 0.087 0.068 74 K 0.294 0.149 0.248 0.184 0.067 0.030 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 75 E 0.104 0.119 0.154 0.287 0.166 0.092 0.051 0.015 0.007 0.003 0.001 76 L 0.008 0.007 0.008 0.014 0.022 0.035 0.107 0.187 0.208 0.202 0.201 77 D 0.041 0.280 0.168 0.188 0.126 0.075 0.073 0.022 0.014 0.009 0.003 78 S 0.046 0.095 0.244 0.171 0.146 0.102 0.099 0.051 0.027 0.014 0.006 79 Q 0.510 0.086 0.138 0.107 0.052 0.042 0.036 0.013 0.009 0.006 0.002 80 R 0.037 0.054 0.060 0.299 0.242 0.163 0.102 0.025 0.011 0.004 0.002 81 F 0.002 0.003 0.013 0.015 0.017 0.035 0.110 0.141 0.221 0.214 0.230 82 Y 0.002 0.011 0.078 0.097 0.168 0.146 0.210 0.107 0.097 0.050 0.032 83 A 0.001 0.009 0.192 0.074 0.074 0.121 0.152 0.098 0.130 0.097 0.054 84 R 0.004 0.010 0.095 0.147 0.233 0.183 0.209 0.060 0.033 0.018 0.007 85 I 0.001 0.003 0.015 0.016 0.020 0.052 0.147 0.254 0.226 0.165 0.102 86 A 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.008 0.032 0.074 0.192 0.352 0.325 87 V 0.001 0.003 0.027 0.025 0.033 0.080 0.166 0.182 0.198 0.178 0.106 88 E 0.003 0.016 0.080 0.126 0.163 0.148 0.182 0.120 0.088 0.050 0.022 89 T 0.002 0.002 0.006 0.005 0.006 0.014 0.075 0.168 0.236 0.278 0.209 90 T 0.013 0.016 0.023 0.032 0.023 0.038 0.098 0.106 0.221 0.250 0.180 91 V 0.004 0.007 0.015 0.025 0.021 0.062 0.130 0.159 0.203 0.188 0.186 92 Y 0.012 0.043 0.034 0.140 0.147 0.179 0.208 0.108 0.077 0.036 0.018 93 P 0.090 0.093 0.046 0.070 0.095 0.098 0.164 0.105 0.103 0.094 0.042 94 T 0.302 0.196 0.049 0.208 0.144 0.044 0.031 0.012 0.007 0.005 0.002 95 F 0.043 0.018 0.016 0.035 0.034 0.045 0.097 0.124 0.178 0.189 0.220 96 K 0.027 0.664 0.053 0.137 0.081 0.014 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 97 A 0.074 0.152 0.040 0.118 0.126 0.137 0.188 0.096 0.042 0.017 0.010 98 K 0.822 0.039 0.063 0.047 0.012 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 99 E 0.042 0.065 0.096 0.410 0.206 0.110 0.054 0.011 0.003 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.010 0.056 0.090 0.217 0.281 0.335 101 R 0.001 0.004 0.049 0.106 0.230 0.262 0.232 0.063 0.031 0.016 0.007 102 E 0.013 0.019 0.894 0.053 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.009 0.023 0.074 0.163 0.185 0.241 0.225 0.048 0.019 0.009 0.003 104 Y 0.007 0.004 0.005 0.005 0.006 0.017 0.090 0.182 0.271 0.225 0.188 105 K 0.178 0.301 0.177 0.198 0.098 0.029 0.012 0.004 0.002 0.002 0.001 106 T 0.043 0.045 0.173 0.108 0.071 0.095 0.129 0.076 0.104 0.085 0.070 107 E 0.361 0.186 0.048 0.127 0.111 0.046 0.058 0.025 0.020 0.012 0.008 108 D 0.126 0.534 0.043 0.101 0.082 0.038 0.039 0.015 0.012 0.007 0.003 109 P 0.063 0.057 0.032 0.076 0.110 0.118 0.176 0.148 0.107 0.062 0.050 110 V 0.280 0.138 0.107 0.205 0.102 0.079 0.052 0.018 0.010 0.006 0.002 111 E 0.021 0.044 0.089 0.316 0.216 0.141 0.108 0.045 0.013 0.005 0.002 112 V 0.001 0.002 0.007 0.009 0.013 0.025 0.118 0.170 0.231 0.240 0.184 113 A 0.001 0.002 0.013 0.018 0.026 0.061 0.194 0.165 0.217 0.162 0.142 114 K 0.003 0.009 0.413 0.223 0.198 0.072 0.045 0.017 0.011 0.008 0.002 115 R 0.004 0.010 0.104 0.123 0.217 0.204 0.243 0.054 0.026 0.011 0.004 116 V 0.007 0.011 0.025 0.024 0.022 0.039 0.139 0.157 0.221 0.204 0.152 117 L 0.010 0.009 0.020 0.027 0.032 0.083 0.210 0.220 0.181 0.127 0.081 118 S 0.136 0.152 0.405 0.183 0.069 0.023 0.013 0.009 0.005 0.004 0.001 119 V 0.082 0.078 0.053 0.095 0.100 0.173 0.189 0.102 0.066 0.041 0.021 120 G 0.400 0.148 0.036 0.083 0.076 0.059 0.069 0.041 0.040 0.031 0.016 121 G 0.272 0.145 0.062 0.105 0.102 0.081 0.097 0.053 0.042 0.026 0.014 122 E 0.024 0.058 0.081 0.134 0.129 0.122 0.154 0.111 0.094 0.060 0.032 123 Y 0.011 0.014 0.021 0.038 0.044 0.072 0.180 0.156 0.198 0.151 0.116 124 A 0.036 0.043 0.065 0.166 0.157 0.203 0.165 0.070 0.050 0.030 0.015 125 N 0.057 0.082 0.165 0.270 0.173 0.105 0.076 0.034 0.020 0.013 0.005 126 W 0.001 0.004 0.009 0.014 0.016 0.033 0.114 0.188 0.239 0.217 0.165 127 L 0.003 0.005 0.020 0.032 0.038 0.081 0.201 0.175 0.191 0.152 0.101 128 N 0.045 0.044 0.420 0.214 0.105 0.076 0.050 0.019 0.013 0.011 0.004 129 K 0.004 0.016 0.064 0.156 0.172 0.273 0.223 0.052 0.027 0.009 0.004 130 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.021 0.064 0.195 0.294 0.414 131 I 0.004 0.011 0.048 0.081 0.133 0.203 0.241 0.112 0.078 0.062 0.028 132 E 0.007 0.038 0.438 0.239 0.144 0.061 0.035 0.017 0.011 0.007 0.003 133 I 0.002 0.003 0.006 0.007 0.011 0.030 0.133 0.266 0.224 0.184 0.134 134 N 0.026 0.025 0.027 0.038 0.037 0.053 0.150 0.155 0.196 0.209 0.084 135 G 0.109 0.142 0.140 0.142 0.081 0.088 0.092 0.061 0.058 0.060 0.028 136 F 0.019 0.033 0.029 0.062 0.088 0.146 0.244 0.147 0.109 0.074 0.049 137 D 0.223 0.278 0.056 0.141 0.104 0.046 0.054 0.037 0.027 0.024 0.010 138 D 0.489 0.207 0.047 0.080 0.074 0.034 0.032 0.020 0.009 0.006 0.004 139 D 0.315 0.483 0.065 0.080 0.033 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 140 L 0.024 0.027 0.015 0.058 0.079 0.187 0.285 0.159 0.091 0.048 0.026 141 E 0.770 0.077 0.095 0.043 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 D 0.095 0.110 0.168 0.208 0.121 0.150 0.098 0.028 0.013 0.007 0.002 143 L 0.019 0.062 0.059 0.077 0.082 0.138 0.218 0.119 0.114 0.075 0.039 144 E 0.124 0.089 0.184 0.164 0.124 0.161 0.106 0.030 0.012 0.005 0.001 145 E 0.207 0.049 0.603 0.094 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 146 A 0.018 0.029 0.093 0.139 0.165 0.196 0.229 0.069 0.039 0.017 0.007 147 A 0.006 0.009 0.045 0.038 0.048 0.068 0.198 0.138 0.193 0.157 0.099 148 K 0.004 0.015 0.266 0.153 0.235 0.119 0.118 0.043 0.027 0.014 0.005 149 N 0.009 0.036 0.474 0.122 0.114 0.070 0.088 0.036 0.028 0.017 0.006 150 L 0.028 0.041 0.082 0.114 0.152 0.153 0.255 0.081 0.052 0.031 0.011 151 E 0.279 0.138 0.104 0.121 0.095 0.070 0.093 0.049 0.028 0.016 0.007 152 H 0.347 0.195 0.103 0.146 0.098 0.041 0.036 0.017 0.009 0.005 0.002 153 H 0.290 0.194 0.079 0.111 0.090 0.067 0.078 0.043 0.026 0.015 0.008 154 H 0.378 0.211 0.068 0.116 0.085 0.048 0.047 0.025 0.013 0.006 0.003 155 H 0.449 0.210 0.088 0.090 0.051 0.038 0.035 0.019 0.011 0.006 0.003 156 H 0.288 0.206 0.074 0.142 0.108 0.075 0.058 0.026 0.013 0.007 0.003 157 H 0.480 0.129 0.059 0.091 0.066 0.056 0.055 0.029 0.019 0.011 0.005