# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.5806 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.372 0.183 0.217 0.107 0.046 0.034 0.014 0.002 0.020 0.004 0.001 2 S 0.604 0.088 0.176 0.061 0.024 0.028 0.006 0.001 0.008 0.002 0.001 3 E 0.654 0.071 0.095 0.111 0.022 0.020 0.012 0.002 0.009 0.002 0.001 4 N 0.309 0.046 0.110 0.318 0.036 0.035 0.093 0.020 0.023 0.009 0.001 5 Q 0.381 0.096 0.184 0.186 0.032 0.027 0.064 0.008 0.015 0.005 0.001 6 N 0.538 0.062 0.124 0.152 0.023 0.033 0.041 0.010 0.011 0.004 0.001 7 E 0.436 0.219 0.166 0.096 0.046 0.016 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 8 K 0.401 0.155 0.184 0.093 0.028 0.099 0.025 0.002 0.010 0.001 0.001 9 V 0.267 0.377 0.218 0.064 0.021 0.032 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 10 Y 0.478 0.225 0.099 0.064 0.078 0.029 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 11 D 0.309 0.102 0.152 0.092 0.048 0.179 0.035 0.003 0.078 0.001 0.001 12 L 0.888 0.022 0.031 0.035 0.005 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 13 S 0.941 0.015 0.011 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.889 0.020 0.017 0.048 0.008 0.009 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 15 F 0.625 0.028 0.056 0.220 0.006 0.030 0.020 0.001 0.012 0.001 0.001 16 M 0.288 0.135 0.329 0.029 0.023 0.023 0.007 0.001 0.163 0.002 0.001 17 P 0.596 0.004 0.315 0.057 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 18 G 0.403 0.012 0.061 0.117 0.030 0.011 0.064 0.272 0.005 0.026 0.001 19 Q 0.355 0.066 0.220 0.249 0.024 0.030 0.032 0.008 0.012 0.004 0.001 20 T 0.326 0.151 0.287 0.122 0.026 0.041 0.024 0.002 0.016 0.003 0.002 21 I 0.384 0.278 0.210 0.061 0.030 0.019 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 22 D 0.250 0.130 0.269 0.142 0.042 0.087 0.026 0.004 0.045 0.003 0.002 23 A 0.516 0.123 0.148 0.114 0.045 0.023 0.013 0.004 0.011 0.003 0.002 24 E 0.416 0.171 0.193 0.102 0.038 0.023 0.030 0.005 0.018 0.003 0.001 25 E 0.251 0.210 0.268 0.144 0.033 0.040 0.024 0.005 0.021 0.002 0.002 26 V 0.078 0.672 0.157 0.030 0.032 0.015 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 27 E 0.098 0.288 0.328 0.068 0.035 0.125 0.015 0.001 0.038 0.001 0.003 28 V 0.009 0.549 0.195 0.002 0.050 0.013 0.002 0.001 0.179 0.001 0.001 29 P 0.088 0.007 0.817 0.007 0.002 0.053 0.002 0.001 0.005 0.001 0.020 30 I 0.346 0.271 0.208 0.088 0.040 0.029 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 31 S 0.386 0.197 0.187 0.078 0.104 0.020 0.007 0.001 0.014 0.005 0.001 32 K 0.434 0.144 0.173 0.106 0.077 0.027 0.019 0.004 0.011 0.003 0.002 33 R 0.331 0.326 0.174 0.070 0.037 0.029 0.013 0.001 0.017 0.001 0.001 34 F 0.250 0.291 0.232 0.091 0.045 0.051 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 35 V 0.174 0.538 0.187 0.024 0.025 0.027 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 36 D 0.382 0.070 0.339 0.044 0.017 0.093 0.012 0.002 0.037 0.002 0.002 37 K 0.742 0.080 0.041 0.097 0.017 0.010 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 38 E 0.141 0.023 0.074 0.592 0.011 0.013 0.129 0.004 0.011 0.002 0.001 39 G 0.005 0.001 0.002 0.003 0.011 0.001 0.051 0.778 0.001 0.149 0.001 40 N 0.080 0.151 0.426 0.158 0.036 0.032 0.082 0.007 0.021 0.006 0.002 41 V 0.065 0.286 0.481 0.085 0.012 0.047 0.005 0.001 0.012 0.001 0.007 42 V 0.007 0.431 0.408 0.002 0.041 0.009 0.001 0.001 0.100 0.001 0.001 43 P 0.051 0.004 0.831 0.007 0.001 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.084 44 F 0.020 0.648 0.152 0.023 0.094 0.015 0.008 0.006 0.033 0.001 0.001 45 I 0.006 0.811 0.134 0.003 0.024 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 46 F 0.012 0.390 0.444 0.015 0.023 0.091 0.002 0.001 0.021 0.001 0.002 47 K 0.024 0.691 0.137 0.011 0.096 0.017 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 48 A 0.075 0.167 0.518 0.028 0.049 0.087 0.011 0.002 0.055 0.003 0.005 49 I 0.097 0.399 0.301 0.099 0.045 0.039 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 50 T 0.052 0.268 0.376 0.036 0.139 0.050 0.009 0.001 0.057 0.011 0.001 51 T 0.828 0.015 0.114 0.019 0.009 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 52 D 0.850 0.014 0.041 0.058 0.010 0.012 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 53 R 0.818 0.035 0.043 0.080 0.007 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 54 I 0.979 0.005 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.987 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.986 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.981 0.002 0.003 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.931 0.003 0.004 0.056 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.732 0.009 0.013 0.221 0.003 0.004 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 61 N 0.353 0.032 0.054 0.353 0.011 0.018 0.152 0.010 0.016 0.001 0.001 62 T 0.369 0.118 0.233 0.189 0.022 0.017 0.035 0.004 0.011 0.001 0.001 63 T 0.230 0.381 0.172 0.114 0.061 0.024 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 64 Y 0.142 0.423 0.243 0.059 0.055 0.041 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 65 K 0.156 0.505 0.202 0.032 0.053 0.029 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 66 N 0.216 0.129 0.403 0.075 0.029 0.082 0.019 0.004 0.039 0.003 0.002 67 V 0.195 0.397 0.243 0.081 0.028 0.024 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 68 K 0.200 0.095 0.379 0.223 0.027 0.018 0.033 0.002 0.016 0.003 0.002 69 G 0.010 0.002 0.013 0.007 0.032 0.003 0.063 0.628 0.002 0.239 0.001 70 R 0.127 0.082 0.404 0.258 0.036 0.015 0.051 0.004 0.014 0.008 0.001 71 G 0.058 0.029 0.132 0.021 0.123 0.015 0.056 0.375 0.007 0.185 0.001 72 R 0.118 0.345 0.381 0.049 0.048 0.034 0.005 0.001 0.016 0.001 0.002 73 V 0.175 0.248 0.467 0.029 0.017 0.034 0.001 0.001 0.023 0.001 0.004 74 K 0.420 0.152 0.256 0.072 0.035 0.039 0.009 0.003 0.010 0.001 0.003 75 E 0.205 0.227 0.171 0.131 0.086 0.070 0.053 0.013 0.038 0.004 0.001 76 L 0.233 0.399 0.205 0.086 0.022 0.025 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 77 D 0.150 0.074 0.232 0.141 0.043 0.197 0.071 0.006 0.081 0.004 0.001 78 S 0.906 0.010 0.031 0.038 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.955 0.004 0.004 0.029 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.951 0.006 0.006 0.028 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 F 0.946 0.007 0.008 0.025 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Y 0.940 0.016 0.014 0.015 0.002 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 83 A 0.968 0.007 0.007 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.932 0.016 0.009 0.028 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 85 I 0.801 0.111 0.030 0.032 0.009 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 86 A 0.688 0.152 0.057 0.038 0.011 0.037 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 87 V 0.521 0.260 0.050 0.088 0.027 0.037 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 88 E 0.437 0.274 0.061 0.110 0.049 0.037 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 89 T 0.373 0.309 0.090 0.095 0.081 0.023 0.017 0.002 0.011 0.001 0.001 90 T 0.232 0.447 0.122 0.055 0.069 0.046 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 91 V 0.235 0.451 0.131 0.070 0.024 0.064 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 92 Y 0.047 0.193 0.212 0.011 0.054 0.082 0.010 0.001 0.388 0.001 0.001 93 P 0.550 0.005 0.372 0.038 0.002 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 94 T 0.510 0.053 0.083 0.275 0.015 0.021 0.023 0.006 0.012 0.001 0.001 95 F 0.500 0.048 0.133 0.221 0.031 0.024 0.019 0.010 0.009 0.005 0.001 96 K 0.340 0.092 0.219 0.256 0.028 0.033 0.013 0.001 0.014 0.003 0.001 97 A 0.437 0.056 0.369 0.042 0.023 0.027 0.005 0.001 0.035 0.003 0.002 98 K 0.977 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.970 0.004 0.006 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.944 0.008 0.010 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 101 R 0.981 0.003 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.975 0.002 0.005 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.870 0.005 0.006 0.113 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 Y 0.387 0.013 0.058 0.471 0.006 0.005 0.050 0.005 0.005 0.001 0.001 105 K 0.122 0.019 0.052 0.109 0.023 0.013 0.487 0.155 0.005 0.016 0.001 106 T 0.126 0.309 0.329 0.161 0.022 0.026 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 107 E 0.216 0.133 0.356 0.213 0.020 0.044 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 108 D 0.019 0.128 0.486 0.016 0.053 0.081 0.011 0.001 0.200 0.006 0.001 109 P 0.975 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 110 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 E 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.990 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 K 0.950 0.001 0.004 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.937 0.006 0.006 0.043 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 116 V 0.652 0.037 0.134 0.159 0.002 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 117 L 0.599 0.031 0.163 0.126 0.006 0.028 0.033 0.001 0.013 0.001 0.001 118 S 0.376 0.114 0.268 0.146 0.022 0.032 0.015 0.004 0.020 0.003 0.001 119 V 0.554 0.060 0.193 0.135 0.013 0.027 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 120 G 0.531 0.010 0.098 0.169 0.033 0.010 0.086 0.032 0.005 0.027 0.001 121 G 0.260 0.004 0.036 0.025 0.075 0.006 0.056 0.329 0.002 0.206 0.001 122 E 0.732 0.058 0.120 0.032 0.011 0.039 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 123 Y 0.917 0.021 0.022 0.019 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 124 A 0.969 0.005 0.006 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 N 0.962 0.002 0.005 0.017 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 126 W 0.979 0.002 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 N 0.978 0.001 0.002 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 129 K 0.979 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.944 0.008 0.014 0.027 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 131 I 0.910 0.021 0.015 0.036 0.004 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 132 E 0.766 0.073 0.031 0.085 0.011 0.018 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 133 I 0.611 0.116 0.085 0.144 0.007 0.017 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 134 N 0.168 0.045 0.083 0.400 0.017 0.042 0.208 0.004 0.032 0.001 0.001 135 G 0.066 0.012 0.041 0.055 0.073 0.012 0.124 0.491 0.004 0.121 0.001 136 F 0.254 0.249 0.267 0.144 0.037 0.029 0.006 0.001 0.011 0.003 0.001 137 D 0.271 0.092 0.179 0.203 0.062 0.082 0.056 0.009 0.027 0.016 0.003 138 D 0.455 0.055 0.077 0.303 0.033 0.019 0.029 0.013 0.008 0.008 0.001 139 D 0.191 0.099 0.202 0.302 0.044 0.062 0.047 0.008 0.036 0.009 0.001 140 L 0.851 0.016 0.065 0.043 0.005 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 141 E 0.917 0.012 0.019 0.034 0.004 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 142 D 0.840 0.017 0.041 0.058 0.008 0.018 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 143 L 0.893 0.020 0.037 0.029 0.003 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 144 E 0.984 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 E 0.974 0.003 0.005 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.948 0.007 0.006 0.027 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.917 0.021 0.019 0.029 0.002 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 148 K 0.877 0.022 0.024 0.053 0.005 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 149 N 0.472 0.029 0.061 0.306 0.012 0.046 0.051 0.005 0.017 0.001 0.001 150 L 0.706 0.029 0.075 0.164 0.006 0.008 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 151 E 0.662 0.044 0.092 0.162 0.010 0.009 0.012 0.002 0.005 0.002 0.001 152 H 0.423 0.068 0.118 0.219 0.043 0.022 0.063 0.018 0.015 0.012 0.001 153 H 0.355 0.078 0.167 0.263 0.031 0.023 0.049 0.013 0.013 0.008 0.001 154 H 0.295 0.110 0.205 0.218 0.039 0.031 0.052 0.022 0.017 0.011 0.001 155 H 0.273 0.142 0.199 0.164 0.057 0.041 0.066 0.023 0.021 0.013 0.001 156 H 0.272 0.140 0.224 0.185 0.046 0.040 0.049 0.013 0.020 0.009 0.002 157 H 0.226 0.163 0.238 0.148 0.056 0.047 0.061 0.019 0.030 0.012 0.002