# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.5806 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.562 0.224 0.121 0.065 0.024 0.004 0.001 2 S 0.746 0.200 0.041 0.010 0.002 0.001 0.001 3 E 0.775 0.182 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 4 N 0.692 0.193 0.084 0.027 0.004 0.001 0.001 5 Q 0.798 0.167 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 6 N 0.771 0.196 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 7 E 0.623 0.283 0.066 0.021 0.006 0.001 0.001 8 K 0.307 0.371 0.197 0.094 0.026 0.005 0.001 9 V 0.076 0.138 0.278 0.272 0.184 0.050 0.003 10 Y 0.104 0.188 0.304 0.245 0.123 0.034 0.002 11 D 0.100 0.202 0.287 0.212 0.144 0.048 0.007 12 L 0.024 0.036 0.056 0.134 0.290 0.365 0.096 13 S 0.060 0.177 0.237 0.256 0.180 0.083 0.008 14 F 0.061 0.191 0.277 0.261 0.131 0.072 0.007 15 F 0.030 0.063 0.137 0.241 0.298 0.206 0.025 16 M 0.035 0.050 0.099 0.212 0.317 0.255 0.031 17 P 0.169 0.265 0.279 0.188 0.075 0.021 0.001 18 G 0.511 0.350 0.096 0.032 0.009 0.002 0.001 19 Q 0.471 0.335 0.110 0.061 0.019 0.004 0.001 20 T 0.202 0.178 0.247 0.228 0.118 0.027 0.001 21 I 0.397 0.274 0.192 0.099 0.032 0.005 0.001 22 D 0.666 0.276 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 23 A 0.300 0.233 0.220 0.180 0.057 0.010 0.001 24 E 0.501 0.293 0.123 0.055 0.024 0.004 0.001 25 E 0.532 0.295 0.118 0.043 0.010 0.002 0.001 26 V 0.287 0.192 0.237 0.189 0.080 0.014 0.001 27 E 0.543 0.327 0.091 0.028 0.009 0.002 0.001 28 V 0.236 0.205 0.237 0.214 0.087 0.020 0.001 29 P 0.426 0.298 0.165 0.075 0.028 0.007 0.001 30 I 0.260 0.207 0.222 0.198 0.087 0.024 0.001 31 S 0.515 0.295 0.112 0.049 0.023 0.005 0.001 32 K 0.374 0.316 0.162 0.101 0.038 0.009 0.001 33 R 0.147 0.240 0.259 0.207 0.117 0.029 0.001 34 F 0.085 0.145 0.264 0.266 0.181 0.058 0.002 35 V 0.146 0.212 0.300 0.223 0.102 0.017 0.001 36 D 0.499 0.319 0.126 0.043 0.011 0.002 0.001 37 K 0.577 0.249 0.112 0.049 0.012 0.001 0.001 38 E 0.760 0.198 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 39 G 0.575 0.266 0.106 0.042 0.009 0.001 0.001 40 N 0.507 0.329 0.116 0.038 0.008 0.001 0.001 41 V 0.231 0.443 0.212 0.081 0.027 0.005 0.001 42 V 0.021 0.065 0.149 0.330 0.332 0.096 0.006 43 P 0.019 0.157 0.296 0.317 0.154 0.054 0.002 44 F 0.007 0.024 0.054 0.149 0.304 0.401 0.061 45 I 0.007 0.059 0.197 0.381 0.236 0.107 0.013 46 F 0.004 0.012 0.024 0.069 0.239 0.526 0.127 47 K 0.010 0.079 0.209 0.300 0.266 0.125 0.011 48 A 0.032 0.131 0.187 0.234 0.254 0.148 0.014 49 I 0.016 0.046 0.146 0.314 0.291 0.168 0.019 50 T 0.125 0.247 0.246 0.184 0.150 0.046 0.002 51 T 0.262 0.349 0.218 0.124 0.041 0.007 0.001 52 D 0.646 0.316 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 53 R 0.224 0.358 0.233 0.147 0.032 0.006 0.001 54 I 0.052 0.070 0.212 0.331 0.285 0.050 0.001 55 D 0.358 0.470 0.130 0.033 0.008 0.001 0.001 56 E 0.284 0.455 0.184 0.063 0.013 0.001 0.001 57 L 0.026 0.044 0.104 0.258 0.430 0.133 0.005 58 E 0.077 0.223 0.325 0.271 0.091 0.013 0.001 59 K 0.388 0.388 0.154 0.053 0.016 0.003 0.001 60 E 0.267 0.335 0.242 0.124 0.027 0.004 0.001 61 N 0.126 0.137 0.217 0.268 0.202 0.048 0.002 62 T 0.270 0.278 0.264 0.134 0.043 0.009 0.001 63 T 0.382 0.307 0.190 0.089 0.025 0.006 0.001 64 Y 0.275 0.217 0.203 0.185 0.096 0.024 0.001 65 K 0.441 0.287 0.146 0.080 0.036 0.009 0.001 66 N 0.335 0.308 0.195 0.109 0.041 0.011 0.001 67 V 0.244 0.184 0.241 0.199 0.105 0.025 0.001 68 K 0.445 0.286 0.159 0.079 0.024 0.006 0.001 69 G 0.640 0.226 0.081 0.036 0.013 0.004 0.001 70 R 0.562 0.261 0.109 0.051 0.014 0.003 0.001 71 G 0.484 0.342 0.105 0.045 0.019 0.004 0.001 72 R 0.083 0.169 0.221 0.288 0.177 0.057 0.004 73 V 0.063 0.139 0.215 0.279 0.213 0.086 0.004 74 K 0.124 0.257 0.260 0.201 0.113 0.043 0.002 75 E 0.093 0.209 0.290 0.250 0.121 0.034 0.003 76 L 0.036 0.053 0.113 0.216 0.351 0.211 0.019 77 D 0.123 0.245 0.282 0.213 0.098 0.036 0.003 78 S 0.253 0.268 0.216 0.169 0.066 0.026 0.003 79 Q 0.344 0.325 0.184 0.098 0.038 0.011 0.001 80 R 0.192 0.330 0.246 0.156 0.055 0.018 0.002 81 F 0.026 0.045 0.097 0.200 0.400 0.201 0.032 82 Y 0.021 0.114 0.200 0.313 0.202 0.129 0.022 83 A 0.009 0.034 0.086 0.172 0.292 0.340 0.067 84 R 0.010 0.059 0.158 0.272 0.273 0.189 0.040 85 I 0.002 0.007 0.022 0.061 0.224 0.457 0.227 86 A 0.001 0.002 0.005 0.022 0.065 0.309 0.598 87 V 0.001 0.003 0.012 0.037 0.121 0.400 0.427 88 E 0.002 0.011 0.039 0.089 0.173 0.321 0.364 89 T 0.001 0.002 0.005 0.014 0.079 0.452 0.448 90 T 0.002 0.007 0.016 0.048 0.121 0.400 0.407 91 V 0.004 0.015 0.034 0.092 0.220 0.412 0.223 92 Y 0.021 0.074 0.153 0.244 0.274 0.195 0.039 93 P 0.087 0.207 0.219 0.215 0.183 0.084 0.006 94 T 0.234 0.457 0.192 0.074 0.033 0.009 0.001 95 F 0.044 0.068 0.193 0.334 0.285 0.073 0.004 96 K 0.214 0.333 0.260 0.134 0.046 0.012 0.001 97 A 0.256 0.259 0.220 0.174 0.073 0.018 0.001 98 K 0.566 0.349 0.066 0.015 0.004 0.001 0.001 99 E 0.308 0.453 0.159 0.066 0.013 0.001 0.001 100 L 0.033 0.057 0.160 0.300 0.383 0.065 0.002 101 R 0.085 0.218 0.340 0.284 0.067 0.006 0.001 102 E 0.620 0.352 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 103 A 0.277 0.370 0.212 0.123 0.016 0.002 0.001 104 Y 0.097 0.115 0.313 0.303 0.154 0.018 0.001 105 K 0.347 0.421 0.183 0.041 0.006 0.001 0.001 106 T 0.117 0.101 0.242 0.310 0.194 0.035 0.001 107 E 0.400 0.362 0.146 0.064 0.025 0.003 0.001 108 D 0.400 0.389 0.134 0.053 0.019 0.005 0.001 109 P 0.151 0.199 0.210 0.232 0.156 0.047 0.005 110 V 0.131 0.269 0.270 0.196 0.101 0.030 0.002 111 E 0.102 0.219 0.290 0.241 0.109 0.034 0.004 112 V 0.014 0.031 0.076 0.134 0.311 0.353 0.081 113 A 0.015 0.037 0.065 0.157 0.293 0.354 0.079 114 K 0.066 0.224 0.305 0.243 0.112 0.045 0.005 115 R 0.052 0.193 0.276 0.302 0.133 0.041 0.003 116 V 0.016 0.038 0.082 0.186 0.345 0.305 0.028 117 L 0.033 0.073 0.168 0.316 0.292 0.107 0.011 118 S 0.355 0.417 0.147 0.051 0.020 0.008 0.001 119 V 0.118 0.151 0.209 0.273 0.167 0.072 0.010 120 G 0.191 0.227 0.180 0.169 0.139 0.082 0.012 121 G 0.109 0.117 0.145 0.203 0.213 0.171 0.042 122 E 0.082 0.108 0.138 0.170 0.224 0.201 0.077 123 Y 0.054 0.092 0.125 0.152 0.237 0.251 0.088 124 A 0.125 0.225 0.257 0.218 0.116 0.048 0.010 125 N 0.190 0.341 0.233 0.143 0.066 0.022 0.004 126 W 0.026 0.039 0.071 0.190 0.307 0.296 0.070 127 L 0.032 0.074 0.136 0.259 0.281 0.189 0.030 128 N 0.179 0.334 0.243 0.147 0.062 0.030 0.004 129 K 0.044 0.133 0.263 0.304 0.172 0.070 0.013 130 A 0.011 0.015 0.026 0.075 0.234 0.473 0.166 131 I 0.018 0.044 0.095 0.180 0.271 0.290 0.101 132 E 0.045 0.113 0.157 0.199 0.194 0.194 0.099 133 I 0.015 0.026 0.042 0.088 0.248 0.428 0.154 134 N 0.053 0.137 0.196 0.210 0.216 0.158 0.030 135 G 0.070 0.169 0.218 0.244 0.178 0.105 0.016 136 F 0.056 0.090 0.172 0.250 0.287 0.135 0.010 137 D 0.311 0.292 0.228 0.122 0.039 0.009 0.001 138 D 0.704 0.248 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 139 D 0.581 0.292 0.087 0.033 0.005 0.001 0.001 140 L 0.195 0.123 0.257 0.277 0.128 0.019 0.001 141 E 0.765 0.217 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 142 D 0.681 0.271 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 143 L 0.181 0.189 0.278 0.246 0.091 0.014 0.001 144 E 0.305 0.312 0.217 0.118 0.041 0.007 0.001 145 E 0.514 0.318 0.104 0.043 0.017 0.004 0.001 146 A 0.234 0.344 0.222 0.137 0.051 0.012 0.001 147 A 0.070 0.085 0.166 0.259 0.295 0.118 0.006 148 K 0.113 0.224 0.302 0.215 0.114 0.030 0.001 149 N 0.216 0.266 0.247 0.158 0.090 0.022 0.001 150 L 0.223 0.238 0.259 0.190 0.076 0.015 0.001 151 E 0.557 0.281 0.102 0.044 0.014 0.002 0.001 152 H 0.749 0.204 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 153 H 0.722 0.200 0.057 0.018 0.003 0.001 0.001 154 H 0.813 0.159 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 155 H 0.799 0.162 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 156 H 0.793 0.150 0.043 0.012 0.002 0.001 0.001 157 H 0.816 0.151 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001