# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.5806 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.219 0.108 0.123 0.163 0.149 0.102 0.061 0.035 0.022 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 2 S 0.507 0.221 0.121 0.080 0.040 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 E 0.627 0.183 0.086 0.056 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 N 0.523 0.199 0.125 0.086 0.041 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.632 0.171 0.105 0.048 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 N 0.564 0.177 0.103 0.083 0.049 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.654 0.187 0.075 0.046 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.364 0.204 0.144 0.124 0.095 0.040 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.114 0.076 0.114 0.168 0.221 0.139 0.085 0.047 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.220 0.099 0.109 0.157 0.159 0.122 0.062 0.037 0.017 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 11 D 0.291 0.170 0.150 0.140 0.121 0.059 0.031 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 12 L 0.033 0.020 0.032 0.086 0.135 0.190 0.155 0.138 0.103 0.069 0.023 0.011 0.004 0.001 13 S 0.077 0.107 0.124 0.203 0.186 0.134 0.080 0.042 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 14 F 0.304 0.194 0.146 0.122 0.086 0.061 0.035 0.024 0.013 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 15 F 0.121 0.093 0.111 0.169 0.175 0.131 0.099 0.061 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 16 M 0.035 0.038 0.081 0.135 0.182 0.193 0.161 0.093 0.049 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 17 P 0.274 0.176 0.141 0.149 0.113 0.071 0.038 0.018 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 G 0.564 0.209 0.110 0.065 0.030 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.494 0.240 0.147 0.064 0.031 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.308 0.143 0.157 0.116 0.134 0.077 0.034 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.334 0.161 0.141 0.161 0.117 0.044 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.730 0.179 0.057 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.281 0.149 0.171 0.156 0.141 0.054 0.025 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.438 0.160 0.114 0.116 0.082 0.045 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.560 0.204 0.114 0.058 0.037 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.250 0.103 0.114 0.182 0.150 0.103 0.053 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 27 E 0.433 0.184 0.138 0.096 0.082 0.035 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.228 0.114 0.119 0.179 0.161 0.088 0.051 0.033 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 29 P 0.323 0.143 0.141 0.127 0.110 0.071 0.044 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 30 I 0.163 0.079 0.124 0.155 0.178 0.126 0.071 0.045 0.028 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 31 S 0.361 0.147 0.106 0.131 0.103 0.067 0.037 0.022 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 32 K 0.421 0.187 0.123 0.107 0.080 0.036 0.020 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 33 R 0.159 0.113 0.130 0.173 0.152 0.103 0.076 0.057 0.020 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 34 F 0.108 0.069 0.125 0.139 0.181 0.160 0.102 0.066 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 35 V 0.257 0.111 0.124 0.168 0.152 0.084 0.045 0.031 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 36 D 0.584 0.182 0.087 0.073 0.042 0.017 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.379 0.175 0.134 0.145 0.092 0.039 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.503 0.195 0.140 0.083 0.041 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 G 0.565 0.176 0.124 0.062 0.038 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 N 0.389 0.198 0.139 0.115 0.088 0.039 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 V 0.144 0.142 0.119 0.167 0.180 0.095 0.064 0.044 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 42 V 0.027 0.026 0.041 0.090 0.128 0.168 0.163 0.171 0.076 0.064 0.030 0.010 0.005 0.002 43 P 0.037 0.049 0.065 0.111 0.149 0.145 0.112 0.101 0.086 0.063 0.043 0.025 0.009 0.007 44 F 0.011 0.005 0.009 0.018 0.027 0.056 0.079 0.115 0.158 0.188 0.132 0.128 0.056 0.019 45 I 0.006 0.010 0.018 0.049 0.078 0.083 0.122 0.192 0.162 0.119 0.083 0.049 0.018 0.012 46 F 0.003 0.003 0.005 0.009 0.016 0.042 0.061 0.111 0.129 0.150 0.247 0.133 0.068 0.025 47 K 0.018 0.023 0.046 0.076 0.096 0.123 0.149 0.141 0.113 0.091 0.059 0.033 0.016 0.017 48 A 0.024 0.021 0.032 0.052 0.116 0.114 0.114 0.164 0.150 0.099 0.066 0.028 0.010 0.009 49 I 0.019 0.021 0.038 0.088 0.125 0.173 0.130 0.143 0.102 0.077 0.044 0.023 0.013 0.004 50 T 0.124 0.175 0.135 0.215 0.147 0.090 0.052 0.021 0.030 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 51 T 0.290 0.217 0.155 0.158 0.085 0.044 0.023 0.010 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 52 D 0.694 0.239 0.056 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.324 0.328 0.182 0.084 0.052 0.022 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.113 0.112 0.118 0.243 0.245 0.090 0.041 0.019 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.775 0.201 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.568 0.311 0.109 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.040 0.030 0.075 0.144 0.320 0.221 0.111 0.045 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.346 0.258 0.195 0.102 0.066 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.852 0.117 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.300 0.262 0.202 0.109 0.085 0.027 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 N 0.087 0.049 0.107 0.144 0.230 0.173 0.105 0.065 0.022 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 62 T 0.397 0.170 0.128 0.103 0.094 0.059 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.331 0.118 0.117 0.137 0.115 0.067 0.046 0.031 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 64 Y 0.141 0.096 0.111 0.157 0.171 0.126 0.080 0.060 0.028 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 65 K 0.326 0.157 0.145 0.130 0.107 0.060 0.032 0.022 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 66 N 0.285 0.130 0.136 0.147 0.122 0.079 0.048 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 67 V 0.255 0.101 0.106 0.150 0.152 0.105 0.058 0.035 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 68 K 0.374 0.206 0.170 0.131 0.062 0.029 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 G 0.657 0.153 0.085 0.045 0.030 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.438 0.195 0.138 0.119 0.070 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.689 0.178 0.075 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.321 0.166 0.157 0.130 0.124 0.057 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.210 0.118 0.132 0.167 0.155 0.096 0.064 0.035 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 74 K 0.535 0.208 0.101 0.073 0.045 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.472 0.205 0.152 0.083 0.052 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.131 0.061 0.089 0.161 0.211 0.163 0.084 0.063 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 77 D 0.305 0.196 0.159 0.158 0.094 0.049 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.521 0.168 0.107 0.095 0.054 0.028 0.012 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.515 0.250 0.112 0.066 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.400 0.273 0.163 0.075 0.047 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 F 0.059 0.056 0.089 0.141 0.213 0.204 0.124 0.077 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 82 Y 0.062 0.063 0.094 0.153 0.205 0.160 0.121 0.080 0.039 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 83 A 0.052 0.050 0.065 0.127 0.171 0.179 0.134 0.092 0.058 0.043 0.017 0.008 0.003 0.001 84 R 0.112 0.141 0.137 0.162 0.143 0.105 0.081 0.045 0.037 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 85 I 0.025 0.020 0.049 0.083 0.108 0.169 0.173 0.138 0.096 0.064 0.037 0.022 0.009 0.006 86 A 0.013 0.009 0.016 0.035 0.075 0.110 0.151 0.211 0.164 0.105 0.049 0.035 0.018 0.007 87 V 0.023 0.015 0.021 0.036 0.051 0.088 0.121 0.146 0.133 0.123 0.103 0.073 0.051 0.016 88 E 0.034 0.034 0.050 0.083 0.115 0.118 0.147 0.109 0.102 0.082 0.056 0.038 0.016 0.016 89 T 0.021 0.013 0.021 0.037 0.058 0.094 0.108 0.104 0.150 0.139 0.131 0.073 0.029 0.022 90 T 0.022 0.020 0.027 0.056 0.092 0.125 0.142 0.169 0.145 0.089 0.051 0.032 0.018 0.010 91 V 0.028 0.024 0.026 0.055 0.077 0.107 0.138 0.166 0.129 0.105 0.078 0.041 0.018 0.008 92 Y 0.039 0.056 0.093 0.123 0.155 0.168 0.140 0.090 0.067 0.033 0.021 0.009 0.004 0.002 93 P 0.138 0.093 0.111 0.151 0.173 0.133 0.079 0.043 0.031 0.024 0.015 0.005 0.002 0.001 94 T 0.249 0.167 0.173 0.140 0.124 0.068 0.038 0.019 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 95 F 0.187 0.091 0.097 0.177 0.166 0.125 0.068 0.040 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 96 K 0.412 0.287 0.152 0.093 0.031 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.507 0.218 0.130 0.071 0.040 0.018 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 K 0.713 0.218 0.051 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.488 0.284 0.150 0.044 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.053 0.037 0.058 0.152 0.275 0.215 0.111 0.061 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 101 R 0.307 0.256 0.180 0.148 0.070 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.770 0.177 0.037 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.120 0.163 0.189 0.184 0.194 0.084 0.040 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 Y 0.068 0.049 0.099 0.138 0.200 0.197 0.130 0.082 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 105 K 0.358 0.217 0.168 0.108 0.084 0.038 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.082 0.041 0.061 0.144 0.184 0.187 0.126 0.073 0.054 0.035 0.009 0.003 0.001 0.001 107 E 0.317 0.238 0.157 0.128 0.089 0.039 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 D 0.318 0.243 0.189 0.115 0.065 0.037 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 P 0.043 0.039 0.054 0.124 0.214 0.229 0.136 0.074 0.066 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 110 V 0.082 0.135 0.175 0.229 0.193 0.098 0.047 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 111 E 0.500 0.300 0.121 0.043 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.021 0.028 0.061 0.152 0.230 0.212 0.157 0.102 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 113 A 0.010 0.013 0.037 0.087 0.163 0.198 0.244 0.137 0.079 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 114 K 0.342 0.308 0.165 0.092 0.052 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.293 0.277 0.191 0.117 0.060 0.033 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 V 0.031 0.027 0.055 0.134 0.219 0.214 0.160 0.098 0.043 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 117 L 0.060 0.070 0.119 0.161 0.207 0.166 0.121 0.056 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 118 S 0.434 0.193 0.135 0.097 0.065 0.037 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 V 0.154 0.115 0.133 0.175 0.163 0.123 0.066 0.028 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 120 G 0.181 0.117 0.138 0.143 0.157 0.113 0.067 0.038 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 121 G 0.274 0.134 0.102 0.124 0.116 0.096 0.061 0.047 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 122 E 0.174 0.135 0.126 0.163 0.141 0.106 0.069 0.040 0.024 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 123 Y 0.072 0.052 0.074 0.113 0.158 0.179 0.134 0.083 0.072 0.036 0.017 0.006 0.002 0.001 124 A 0.227 0.156 0.158 0.147 0.122 0.083 0.051 0.025 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 125 N 0.282 0.194 0.176 0.127 0.096 0.055 0.032 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 126 W 0.047 0.039 0.061 0.112 0.171 0.184 0.155 0.124 0.063 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 127 L 0.043 0.057 0.093 0.149 0.194 0.176 0.141 0.074 0.037 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 128 N 0.313 0.210 0.160 0.110 0.084 0.046 0.035 0.022 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 129 K 0.062 0.079 0.128 0.192 0.186 0.151 0.095 0.053 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 130 A 0.030 0.023 0.034 0.070 0.142 0.150 0.162 0.143 0.147 0.060 0.022 0.012 0.005 0.002 131 I 0.060 0.061 0.073 0.143 0.128 0.148 0.145 0.111 0.055 0.037 0.024 0.009 0.006 0.002 132 E 0.257 0.181 0.168 0.109 0.099 0.071 0.051 0.022 0.019 0.007 0.011 0.004 0.001 0.001 133 I 0.034 0.023 0.051 0.079 0.141 0.181 0.141 0.099 0.084 0.078 0.050 0.022 0.013 0.004 134 N 0.096 0.084 0.108 0.171 0.191 0.135 0.101 0.056 0.031 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 135 G 0.121 0.083 0.087 0.158 0.181 0.126 0.077 0.067 0.052 0.028 0.013 0.005 0.001 0.001 136 F 0.114 0.101 0.101 0.195 0.158 0.143 0.080 0.046 0.035 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 137 D 0.390 0.228 0.143 0.104 0.065 0.034 0.016 0.008 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 138 D 0.578 0.206 0.112 0.062 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 D 0.604 0.238 0.108 0.029 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.214 0.134 0.146 0.166 0.189 0.084 0.035 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.645 0.225 0.078 0.032 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 D 0.666 0.220 0.080 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.164 0.113 0.168 0.157 0.197 0.104 0.057 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.123 0.098 0.143 0.181 0.234 0.106 0.058 0.031 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 145 E 0.572 0.168 0.079 0.073 0.046 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.164 0.154 0.159 0.198 0.173 0.075 0.038 0.017 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 147 A 0.034 0.019 0.042 0.082 0.140 0.199 0.182 0.162 0.071 0.044 0.016 0.006 0.002 0.001 148 K 0.101 0.103 0.142 0.197 0.196 0.126 0.067 0.039 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 149 N 0.261 0.115 0.116 0.151 0.142 0.087 0.050 0.034 0.023 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 150 L 0.135 0.099 0.102 0.210 0.198 0.116 0.060 0.037 0.025 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 151 E 0.410 0.202 0.143 0.122 0.061 0.030 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 152 H 0.599 0.185 0.107 0.061 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 H 0.625 0.179 0.098 0.054 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 H 0.620 0.186 0.094 0.053 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 H 0.617 0.177 0.095 0.056 0.034 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 H 0.579 0.167 0.107 0.069 0.045 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 H 0.517 0.172 0.121 0.079 0.057 0.028 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001