# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.4237 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.019 0.430 0.010 0.055 0.141 0.001 0.001 0.013 0.078 0.067 0.035 0.137 2 S 0.009 0.010 0.467 0.009 0.053 0.141 0.001 0.001 0.009 0.073 0.057 0.078 0.093 3 E 0.009 0.018 0.181 0.009 0.109 0.271 0.001 0.001 0.009 0.075 0.152 0.032 0.135 4 N 0.008 0.016 0.272 0.011 0.069 0.159 0.001 0.001 0.007 0.093 0.200 0.063 0.100 5 Q 0.005 0.009 0.304 0.010 0.061 0.184 0.001 0.001 0.006 0.090 0.206 0.038 0.085 6 N 0.005 0.012 0.233 0.009 0.074 0.301 0.001 0.001 0.008 0.088 0.173 0.036 0.061 7 E 0.008 0.017 0.214 0.011 0.088 0.323 0.002 0.001 0.009 0.085 0.119 0.047 0.078 8 K 0.011 0.016 0.241 0.010 0.063 0.350 0.002 0.001 0.011 0.074 0.081 0.074 0.067 9 V 0.010 0.018 0.209 0.009 0.046 0.452 0.003 0.001 0.011 0.050 0.090 0.025 0.076 10 Y 0.021 0.031 0.219 0.011 0.039 0.348 0.004 0.002 0.021 0.091 0.097 0.072 0.044 11 D 0.018 0.023 0.374 0.004 0.030 0.221 0.003 0.001 0.016 0.082 0.064 0.049 0.115 12 L 0.004 0.012 0.073 0.004 0.096 0.646 0.001 0.001 0.004 0.033 0.090 0.008 0.026 13 S 0.002 0.006 0.035 0.005 0.228 0.601 0.001 0.001 0.002 0.029 0.075 0.010 0.007 14 F 0.002 0.003 0.021 0.001 0.438 0.434 0.001 0.001 0.001 0.017 0.074 0.002 0.006 15 F 0.003 0.019 0.086 0.003 0.178 0.466 0.001 0.001 0.002 0.046 0.185 0.004 0.007 16 M 0.002 0.029 0.346 0.002 0.088 0.205 0.001 0.001 0.005 0.134 0.164 0.012 0.011 17 P 0.001 0.003 0.106 0.001 0.051 0.160 0.001 0.001 0.002 0.057 0.615 0.001 0.004 18 G 0.001 0.003 0.077 0.001 0.033 0.077 0.001 0.001 0.001 0.133 0.673 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.015 0.436 0.001 0.062 0.109 0.001 0.001 0.004 0.284 0.069 0.005 0.014 20 T 0.002 0.038 0.431 0.002 0.047 0.197 0.001 0.001 0.025 0.144 0.050 0.009 0.053 21 I 0.003 0.049 0.318 0.014 0.079 0.247 0.002 0.002 0.060 0.085 0.056 0.045 0.039 22 D 0.005 0.011 0.444 0.008 0.075 0.145 0.001 0.001 0.038 0.074 0.046 0.047 0.105 23 A 0.006 0.009 0.142 0.026 0.165 0.269 0.002 0.001 0.013 0.035 0.219 0.010 0.103 24 E 0.010 0.008 0.158 0.020 0.146 0.198 0.003 0.001 0.019 0.073 0.202 0.130 0.033 25 E 0.025 0.015 0.254 0.011 0.103 0.113 0.004 0.001 0.027 0.066 0.082 0.032 0.265 26 V 0.018 0.020 0.370 0.014 0.024 0.052 0.004 0.001 0.026 0.093 0.067 0.224 0.087 27 E 0.020 0.018 0.475 0.016 0.011 0.022 0.003 0.001 0.025 0.086 0.053 0.070 0.201 28 V 0.015 0.017 0.479 0.009 0.012 0.014 0.001 0.001 0.019 0.122 0.029 0.189 0.094 29 P 0.011 0.008 0.547 0.010 0.009 0.012 0.001 0.001 0.013 0.045 0.028 0.044 0.270 30 I 0.024 0.011 0.371 0.034 0.059 0.030 0.003 0.001 0.016 0.053 0.062 0.177 0.161 31 S 0.038 0.008 0.294 0.042 0.058 0.062 0.004 0.001 0.026 0.055 0.091 0.101 0.221 32 K 0.072 0.011 0.178 0.025 0.076 0.066 0.007 0.001 0.020 0.047 0.067 0.164 0.267 33 R 0.136 0.013 0.114 0.021 0.021 0.047 0.016 0.001 0.015 0.027 0.026 0.211 0.352 34 F 0.233 0.019 0.057 0.015 0.009 0.027 0.020 0.001 0.013 0.011 0.010 0.279 0.305 35 V 0.290 0.020 0.062 0.015 0.006 0.016 0.006 0.001 0.012 0.012 0.007 0.186 0.368 36 D 0.048 0.012 0.342 0.017 0.006 0.008 0.002 0.001 0.005 0.025 0.017 0.189 0.327 37 K 0.015 0.013 0.096 0.026 0.066 0.041 0.001 0.001 0.003 0.079 0.519 0.058 0.083 38 E 0.001 0.002 0.018 0.003 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.050 0.888 0.013 0.008 39 G 0.003 0.015 0.109 0.006 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.354 0.455 0.014 0.015 40 N 0.003 0.015 0.500 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.147 0.023 0.247 0.045 41 V 0.014 0.027 0.280 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.032 0.028 0.009 0.011 0.576 42 V 0.010 0.003 0.147 0.068 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.022 0.003 0.708 0.012 43 P 0.025 0.003 0.079 0.023 0.002 0.001 0.038 0.003 0.038 0.009 0.005 0.010 0.764 44 F 0.162 0.002 0.037 0.034 0.002 0.001 0.110 0.047 0.132 0.005 0.001 0.431 0.035 45 I 0.159 0.002 0.018 0.007 0.001 0.002 0.191 0.129 0.290 0.003 0.001 0.034 0.162 46 F 0.176 0.006 0.068 0.025 0.006 0.002 0.165 0.129 0.204 0.007 0.003 0.085 0.125 47 K 0.063 0.005 0.154 0.035 0.007 0.008 0.078 0.043 0.341 0.030 0.012 0.160 0.063 48 A 0.042 0.012 0.289 0.012 0.019 0.019 0.024 0.021 0.248 0.074 0.037 0.031 0.173 49 I 0.011 0.026 0.551 0.008 0.007 0.031 0.003 0.003 0.076 0.193 0.027 0.041 0.023 50 T 0.001 0.001 0.905 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.006 0.049 0.003 0.006 0.016 51 T 0.001 0.001 0.076 0.001 0.068 0.720 0.001 0.001 0.001 0.028 0.099 0.001 0.004 52 D 0.001 0.001 0.044 0.001 0.081 0.809 0.001 0.001 0.001 0.022 0.038 0.001 0.002 53 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.051 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.007 54 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 55 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 57 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 58 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.004 59 K 0.002 0.001 0.011 0.002 0.033 0.869 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.005 0.009 60 E 0.009 0.002 0.038 0.007 0.024 0.633 0.001 0.001 0.002 0.024 0.211 0.026 0.023 61 N 0.016 0.005 0.175 0.013 0.023 0.294 0.001 0.001 0.004 0.062 0.341 0.020 0.049 62 T 0.022 0.006 0.419 0.018 0.016 0.126 0.002 0.001 0.014 0.092 0.120 0.111 0.054 63 T 0.051 0.013 0.323 0.010 0.016 0.083 0.006 0.002 0.037 0.055 0.065 0.107 0.233 64 Y 0.078 0.025 0.271 0.029 0.014 0.046 0.015 0.003 0.039 0.037 0.033 0.128 0.280 65 K 0.049 0.015 0.254 0.028 0.013 0.028 0.010 0.002 0.038 0.040 0.017 0.314 0.192 66 N 0.025 0.020 0.258 0.013 0.015 0.026 0.007 0.002 0.035 0.036 0.028 0.058 0.477 67 V 0.020 0.020 0.375 0.016 0.030 0.034 0.004 0.001 0.027 0.082 0.073 0.197 0.121 68 K 0.006 0.012 0.209 0.015 0.034 0.025 0.001 0.001 0.008 0.128 0.431 0.043 0.087 69 G 0.001 0.010 0.113 0.006 0.024 0.013 0.001 0.001 0.002 0.208 0.595 0.019 0.010 70 R 0.002 0.016 0.341 0.008 0.023 0.015 0.001 0.001 0.004 0.275 0.256 0.023 0.034 71 G 0.006 0.041 0.423 0.012 0.015 0.018 0.001 0.001 0.011 0.227 0.109 0.049 0.087 72 R 0.018 0.045 0.439 0.013 0.013 0.028 0.006 0.001 0.030 0.077 0.027 0.154 0.149 73 V 0.034 0.038 0.341 0.025 0.031 0.042 0.014 0.003 0.033 0.041 0.024 0.074 0.301 74 K 0.031 0.018 0.240 0.040 0.052 0.072 0.016 0.003 0.033 0.052 0.051 0.286 0.106 75 E 0.027 0.025 0.253 0.011 0.063 0.103 0.011 0.004 0.037 0.075 0.085 0.051 0.253 76 L 0.017 0.047 0.376 0.014 0.035 0.096 0.005 0.002 0.028 0.150 0.084 0.078 0.069 77 D 0.003 0.008 0.655 0.004 0.016 0.061 0.001 0.001 0.007 0.129 0.045 0.038 0.034 78 S 0.001 0.005 0.113 0.004 0.065 0.532 0.001 0.001 0.002 0.059 0.204 0.002 0.014 79 Q 0.001 0.002 0.039 0.003 0.036 0.815 0.001 0.001 0.001 0.034 0.064 0.003 0.002 80 R 0.001 0.001 0.023 0.001 0.023 0.917 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.001 0.006 81 F 0.001 0.002 0.010 0.001 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.003 82 Y 0.003 0.003 0.008 0.002 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.014 83 A 0.007 0.001 0.003 0.005 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.005 84 R 0.027 0.001 0.003 0.004 0.006 0.917 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.007 0.020 85 I 0.050 0.001 0.002 0.004 0.003 0.889 0.003 0.001 0.002 0.002 0.012 0.011 0.021 86 A 0.172 0.003 0.008 0.016 0.011 0.638 0.010 0.008 0.008 0.002 0.019 0.026 0.078 87 V 0.059 0.002 0.014 0.046 0.014 0.715 0.012 0.003 0.007 0.007 0.035 0.059 0.028 88 E 0.110 0.003 0.036 0.037 0.042 0.512 0.014 0.008 0.027 0.020 0.084 0.043 0.065 89 T 0.145 0.006 0.087 0.037 0.026 0.269 0.018 0.012 0.053 0.057 0.103 0.092 0.095 90 T 0.080 0.017 0.270 0.013 0.015 0.100 0.015 0.008 0.048 0.063 0.117 0.124 0.129 91 V 0.021 0.030 0.524 0.007 0.009 0.047 0.007 0.004 0.031 0.134 0.055 0.046 0.084 92 Y 0.001 0.004 0.821 0.002 0.006 0.013 0.001 0.001 0.009 0.092 0.011 0.025 0.014 93 P 0.001 0.004 0.165 0.003 0.222 0.098 0.001 0.001 0.004 0.113 0.373 0.002 0.015 94 T 0.001 0.006 0.127 0.002 0.185 0.090 0.001 0.001 0.003 0.133 0.444 0.005 0.004 95 F 0.001 0.019 0.350 0.001 0.187 0.146 0.001 0.001 0.004 0.171 0.101 0.004 0.016 96 K 0.001 0.024 0.532 0.001 0.026 0.189 0.001 0.001 0.006 0.153 0.051 0.005 0.013 97 A 0.001 0.002 0.415 0.001 0.020 0.491 0.001 0.001 0.001 0.046 0.019 0.001 0.004 98 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.029 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.038 0.881 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 0.001 0.001 104 Y 0.001 0.003 0.053 0.001 0.043 0.408 0.001 0.001 0.001 0.064 0.423 0.002 0.001 105 K 0.001 0.004 0.178 0.001 0.021 0.064 0.001 0.001 0.003 0.100 0.626 0.003 0.002 106 T 0.001 0.016 0.535 0.001 0.010 0.039 0.001 0.001 0.006 0.179 0.210 0.001 0.005 107 E 0.001 0.037 0.593 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 0.006 0.311 0.019 0.004 0.001 108 D 0.001 0.002 0.910 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.070 0.002 0.001 0.004 109 P 0.001 0.001 0.029 0.001 0.093 0.812 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.055 0.931 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 113 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 114 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.001 0.002 116 V 0.001 0.001 0.022 0.001 0.013 0.858 0.001 0.001 0.001 0.012 0.088 0.001 0.004 117 L 0.001 0.004 0.101 0.001 0.031 0.640 0.001 0.001 0.004 0.079 0.123 0.012 0.004 118 S 0.001 0.013 0.306 0.001 0.020 0.445 0.001 0.001 0.008 0.058 0.133 0.002 0.013 119 V 0.001 0.012 0.360 0.001 0.041 0.376 0.001 0.001 0.005 0.089 0.105 0.005 0.004 120 G 0.001 0.001 0.032 0.002 0.024 0.379 0.001 0.001 0.003 0.022 0.537 0.001 0.001 121 G 0.001 0.003 0.049 0.001 0.050 0.416 0.001 0.001 0.005 0.165 0.309 0.002 0.001 122 E 0.001 0.008 0.172 0.001 0.018 0.714 0.001 0.001 0.004 0.056 0.010 0.002 0.013 123 Y 0.001 0.013 0.029 0.001 0.014 0.906 0.001 0.001 0.003 0.013 0.011 0.001 0.008 124 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.024 0.948 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.002 0.001 125 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.001 0.003 126 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.001 0.002 128 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.923 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.001 0.002 129 K 0.003 0.001 0.015 0.002 0.017 0.872 0.001 0.001 0.001 0.013 0.065 0.003 0.007 130 A 0.002 0.002 0.029 0.005 0.011 0.751 0.001 0.001 0.003 0.010 0.156 0.001 0.027 131 I 0.008 0.003 0.051 0.008 0.045 0.723 0.003 0.003 0.014 0.022 0.072 0.038 0.009 132 E 0.014 0.008 0.041 0.004 0.024 0.687 0.014 0.017 0.044 0.027 0.041 0.022 0.060 133 I 0.043 0.019 0.105 0.016 0.056 0.387 0.019 0.048 0.074 0.050 0.067 0.049 0.067 134 N 0.018 0.011 0.214 0.026 0.048 0.197 0.007 0.009 0.041 0.095 0.232 0.067 0.034 135 G 0.006 0.013 0.330 0.005 0.046 0.080 0.002 0.003 0.030 0.147 0.292 0.012 0.033 136 F 0.004 0.037 0.479 0.003 0.022 0.044 0.001 0.002 0.017 0.260 0.100 0.014 0.017 137 D 0.001 0.013 0.567 0.001 0.031 0.034 0.001 0.001 0.006 0.236 0.089 0.009 0.013 138 D 0.001 0.003 0.055 0.001 0.065 0.091 0.001 0.001 0.001 0.086 0.696 0.001 0.001 139 D 0.001 0.011 0.208 0.001 0.113 0.179 0.001 0.001 0.001 0.209 0.274 0.001 0.003 140 L 0.001 0.005 0.107 0.001 0.123 0.676 0.001 0.001 0.001 0.041 0.040 0.001 0.005 141 E 0.001 0.002 0.026 0.001 0.024 0.803 0.001 0.001 0.001 0.034 0.107 0.001 0.001 142 D 0.001 0.005 0.056 0.001 0.046 0.807 0.001 0.001 0.002 0.025 0.048 0.001 0.007 143 L 0.001 0.003 0.030 0.001 0.010 0.915 0.001 0.001 0.002 0.009 0.015 0.002 0.012 144 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 145 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 146 A 0.002 0.001 0.004 0.001 0.025 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 147 A 0.003 0.002 0.014 0.001 0.018 0.919 0.001 0.001 0.002 0.007 0.024 0.002 0.008 148 K 0.001 0.002 0.035 0.003 0.039 0.774 0.001 0.001 0.003 0.015 0.118 0.004 0.005 149 N 0.002 0.003 0.142 0.003 0.065 0.524 0.001 0.001 0.003 0.031 0.204 0.005 0.018 150 L 0.001 0.005 0.160 0.003 0.069 0.527 0.001 0.001 0.002 0.057 0.158 0.005 0.013 151 E 0.002 0.012 0.169 0.003 0.095 0.337 0.001 0.001 0.005 0.111 0.241 0.010 0.014 152 H 0.001 0.017 0.246 0.003 0.085 0.181 0.001 0.001 0.008 0.131 0.299 0.011 0.018 153 H 0.001 0.016 0.348 0.003 0.052 0.083 0.001 0.001 0.005 0.144 0.329 0.009 0.011 154 H 0.001 0.021 0.336 0.003 0.054 0.055 0.001 0.001 0.007 0.184 0.315 0.011 0.013 155 H 0.001 0.029 0.394 0.002 0.043 0.041 0.001 0.001 0.009 0.219 0.232 0.010 0.019 156 H 0.001 0.036 0.488 0.003 0.024 0.032 0.001 0.001 0.007 0.247 0.133 0.013 0.016 157 H 0.001 0.016 0.675 0.003 0.022 0.024 0.001 0.001 0.005 0.174 0.049 0.014 0.019