# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.4237 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.136 0.012 0.017 0.034 0.040 0.065 0.012 0.005 0.112 0.470 2 S 0.150 0.084 0.006 0.013 0.029 0.034 0.074 0.008 0.004 0.093 0.504 3 E 0.075 0.107 0.004 0.011 0.018 0.023 0.093 0.005 0.002 0.050 0.611 4 N 0.050 0.110 0.005 0.016 0.023 0.027 0.114 0.006 0.002 0.052 0.595 5 Q 0.079 0.213 0.004 0.015 0.019 0.037 0.128 0.008 0.001 0.058 0.439 6 N 0.079 0.252 0.004 0.019 0.023 0.035 0.084 0.007 0.001 0.072 0.424 7 E 0.052 0.177 0.012 0.036 0.044 0.045 0.082 0.010 0.003 0.087 0.452 8 K 0.127 0.198 0.005 0.045 0.034 0.069 0.054 0.013 0.002 0.059 0.395 9 V 0.063 0.033 0.002 0.046 0.027 0.035 0.114 0.006 0.001 0.167 0.506 10 Y 0.016 0.083 0.010 0.080 0.052 0.039 0.155 0.004 0.003 0.083 0.476 11 D 0.154 0.339 0.009 0.026 0.020 0.036 0.066 0.023 0.004 0.042 0.283 12 L 0.591 0.161 0.003 0.009 0.011 0.012 0.022 0.028 0.001 0.018 0.145 13 S 0.176 0.057 0.002 0.029 0.017 0.030 0.077 0.009 0.002 0.074 0.527 14 F 0.042 0.027 0.007 0.040 0.020 0.046 0.159 0.005 0.003 0.069 0.582 15 F 0.051 0.019 0.008 0.027 0.027 0.024 0.100 0.010 0.003 0.041 0.689 16 M 0.348 0.007 0.002 0.019 0.020 0.023 0.084 0.018 0.002 0.110 0.367 17 P 0.046 0.017 0.001 0.017 0.013 0.011 0.134 0.002 0.001 0.028 0.730 18 G 0.025 0.043 0.002 0.036 0.017 0.018 0.112 0.003 0.001 0.025 0.718 19 Q 0.098 0.106 0.003 0.043 0.027 0.060 0.100 0.012 0.001 0.043 0.507 20 T 0.087 0.084 0.003 0.040 0.035 0.059 0.120 0.008 0.001 0.062 0.501 21 I 0.038 0.074 0.006 0.058 0.073 0.058 0.137 0.006 0.001 0.058 0.492 22 D 0.154 0.132 0.005 0.052 0.058 0.096 0.065 0.014 0.002 0.064 0.358 23 A 0.182 0.061 0.005 0.031 0.061 0.061 0.066 0.010 0.002 0.050 0.472 24 E 0.054 0.057 0.003 0.028 0.067 0.121 0.068 0.004 0.001 0.027 0.570 25 E 0.057 0.018 0.001 0.021 0.049 0.136 0.060 0.005 0.001 0.043 0.609 26 V 0.020 0.023 0.001 0.036 0.119 0.102 0.085 0.002 0.001 0.028 0.582 27 E 0.009 0.020 0.001 0.026 0.073 0.086 0.118 0.001 0.001 0.059 0.607 28 V 0.023 0.040 0.004 0.038 0.097 0.086 0.148 0.003 0.001 0.107 0.453 29 P 0.108 0.111 0.005 0.035 0.045 0.060 0.079 0.006 0.002 0.058 0.491 30 I 0.168 0.166 0.003 0.019 0.026 0.040 0.041 0.008 0.001 0.030 0.498 31 S 0.049 0.312 0.001 0.016 0.015 0.031 0.060 0.003 0.001 0.026 0.486 32 K 0.026 0.421 0.002 0.025 0.034 0.076 0.045 0.007 0.001 0.053 0.309 33 R 0.037 0.442 0.003 0.028 0.061 0.087 0.053 0.006 0.001 0.054 0.227 34 F 0.029 0.214 0.007 0.039 0.118 0.137 0.051 0.005 0.002 0.115 0.284 35 V 0.059 0.045 0.032 0.033 0.087 0.097 0.126 0.007 0.008 0.229 0.277 36 D 0.565 0.022 0.020 0.018 0.029 0.082 0.024 0.006 0.010 0.043 0.180 37 K 0.384 0.001 0.001 0.006 0.010 0.010 0.050 0.002 0.001 0.013 0.523 38 E 0.007 0.001 0.001 0.004 0.007 0.019 0.068 0.001 0.001 0.007 0.888 39 G 0.006 0.001 0.001 0.006 0.012 0.023 0.163 0.001 0.001 0.015 0.775 40 N 0.016 0.001 0.001 0.037 0.097 0.272 0.087 0.001 0.001 0.022 0.465 41 V 0.004 0.001 0.001 0.007 0.039 0.047 0.061 0.001 0.001 0.014 0.827 42 V 0.006 0.003 0.001 0.099 0.235 0.191 0.111 0.001 0.001 0.027 0.329 43 P 0.002 0.002 0.001 0.107 0.090 0.327 0.101 0.001 0.001 0.033 0.339 44 F 0.002 0.003 0.001 0.095 0.190 0.448 0.031 0.001 0.001 0.047 0.184 45 I 0.010 0.008 0.001 0.106 0.212 0.441 0.030 0.001 0.001 0.028 0.164 46 F 0.034 0.011 0.001 0.095 0.152 0.258 0.040 0.001 0.001 0.144 0.265 47 K 0.033 0.007 0.001 0.153 0.100 0.140 0.108 0.001 0.001 0.100 0.358 48 A 0.007 0.019 0.001 0.113 0.042 0.070 0.141 0.001 0.001 0.044 0.563 49 I 0.015 0.089 0.002 0.028 0.039 0.038 0.110 0.004 0.001 0.031 0.643 50 T 0.109 0.747 0.001 0.003 0.006 0.008 0.014 0.008 0.001 0.012 0.091 51 T 0.054 0.846 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.015 0.071 52 D 0.005 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 0.035 53 R 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.012 54 I 0.014 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.014 0.011 55 D 0.015 0.920 0.004 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.021 0.026 56 E 0.031 0.777 0.010 0.002 0.005 0.006 0.009 0.005 0.006 0.066 0.084 57 L 0.097 0.350 0.036 0.006 0.012 0.014 0.031 0.014 0.020 0.201 0.220 58 E 0.199 0.062 0.016 0.006 0.007 0.012 0.075 0.008 0.013 0.287 0.315 59 K 0.084 0.021 0.008 0.010 0.010 0.014 0.076 0.004 0.005 0.107 0.661 60 E 0.037 0.019 0.002 0.008 0.011 0.012 0.110 0.002 0.001 0.032 0.766 61 N 0.037 0.018 0.001 0.013 0.014 0.036 0.094 0.003 0.001 0.043 0.740 62 T 0.022 0.018 0.001 0.021 0.031 0.040 0.129 0.002 0.001 0.048 0.687 63 T 0.029 0.032 0.001 0.048 0.052 0.134 0.096 0.003 0.001 0.053 0.551 64 Y 0.037 0.032 0.001 0.063 0.072 0.079 0.119 0.002 0.001 0.060 0.533 65 K 0.018 0.019 0.002 0.123 0.110 0.198 0.080 0.001 0.001 0.053 0.395 66 N 0.037 0.011 0.002 0.037 0.047 0.112 0.121 0.002 0.001 0.080 0.550 67 V 0.325 0.013 0.003 0.019 0.040 0.074 0.057 0.004 0.001 0.056 0.408 68 K 0.238 0.003 0.001 0.008 0.011 0.015 0.051 0.001 0.001 0.017 0.654 69 G 0.030 0.005 0.001 0.006 0.008 0.020 0.069 0.001 0.001 0.009 0.852 70 R 0.005 0.004 0.001 0.005 0.019 0.036 0.137 0.001 0.001 0.015 0.778 71 G 0.010 0.024 0.001 0.028 0.144 0.202 0.116 0.001 0.001 0.041 0.435 72 R 0.029 0.044 0.001 0.018 0.125 0.267 0.060 0.003 0.001 0.032 0.422 73 V 0.071 0.110 0.001 0.019 0.175 0.137 0.042 0.003 0.001 0.039 0.403 74 K 0.060 0.073 0.001 0.039 0.118 0.206 0.054 0.002 0.001 0.066 0.381 75 E 0.016 0.124 0.002 0.022 0.048 0.111 0.090 0.001 0.001 0.079 0.508 76 L 0.027 0.239 0.006 0.014 0.057 0.053 0.081 0.004 0.002 0.071 0.446 77 D 0.087 0.679 0.004 0.005 0.013 0.023 0.026 0.007 0.002 0.043 0.112 78 S 0.028 0.837 0.001 0.002 0.004 0.004 0.010 0.002 0.001 0.017 0.094 79 Q 0.005 0.924 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.020 0.035 80 R 0.003 0.939 0.003 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.023 0.017 81 F 0.004 0.917 0.004 0.002 0.005 0.006 0.005 0.002 0.001 0.035 0.019 82 Y 0.007 0.897 0.006 0.002 0.007 0.007 0.003 0.003 0.002 0.050 0.016 83 A 0.006 0.891 0.010 0.004 0.011 0.011 0.004 0.002 0.004 0.036 0.020 84 R 0.009 0.780 0.012 0.009 0.017 0.032 0.010 0.003 0.005 0.070 0.052 85 I 0.016 0.311 0.023 0.022 0.049 0.055 0.031 0.007 0.008 0.364 0.116 86 A 0.025 0.117 0.042 0.040 0.061 0.076 0.049 0.007 0.018 0.451 0.115 87 V 0.073 0.118 0.045 0.083 0.090 0.109 0.071 0.013 0.016 0.142 0.240 88 E 0.059 0.033 0.007 0.078 0.070 0.127 0.068 0.013 0.004 0.074 0.467 89 T 0.026 0.016 0.005 0.138 0.094 0.122 0.084 0.005 0.003 0.060 0.448 90 T 0.012 0.009 0.005 0.147 0.069 0.120 0.171 0.004 0.002 0.037 0.423 91 V 0.022 0.018 0.003 0.060 0.033 0.035 0.163 0.005 0.001 0.024 0.635 92 Y 0.238 0.027 0.004 0.050 0.020 0.023 0.158 0.015 0.003 0.057 0.406 93 P 0.143 0.047 0.005 0.027 0.014 0.013 0.098 0.012 0.002 0.024 0.615 94 T 0.378 0.032 0.001 0.014 0.004 0.009 0.038 0.013 0.001 0.021 0.489 95 F 0.123 0.028 0.002 0.025 0.007 0.008 0.075 0.008 0.001 0.033 0.690 96 K 0.010 0.079 0.001 0.012 0.004 0.005 0.119 0.004 0.001 0.020 0.745 97 A 0.038 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.008 0.063 98 K 0.086 0.858 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.001 0.014 0.026 99 E 0.020 0.880 0.003 0.002 0.002 0.003 0.007 0.002 0.001 0.029 0.052 100 L 0.204 0.425 0.030 0.005 0.005 0.012 0.025 0.017 0.010 0.141 0.124 101 R 0.389 0.107 0.051 0.010 0.014 0.015 0.042 0.018 0.020 0.107 0.227 102 E 0.186 0.016 0.003 0.009 0.009 0.015 0.084 0.005 0.003 0.061 0.610 103 A 0.016 0.006 0.001 0.007 0.009 0.007 0.085 0.002 0.001 0.030 0.836 104 Y 0.026 0.006 0.002 0.016 0.012 0.014 0.134 0.003 0.001 0.040 0.747 105 K 0.061 0.005 0.001 0.021 0.007 0.014 0.072 0.004 0.001 0.036 0.779 106 T 0.012 0.008 0.001 0.030 0.007 0.007 0.134 0.001 0.001 0.016 0.784 107 E 0.008 0.055 0.001 0.028 0.005 0.006 0.165 0.002 0.001 0.031 0.699 108 D 0.066 0.731 0.001 0.007 0.002 0.002 0.017 0.008 0.001 0.024 0.140 109 P 0.048 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 0.032 110 V 0.028 0.811 0.003 0.003 0.001 0.002 0.012 0.004 0.001 0.050 0.085 111 E 0.059 0.697 0.011 0.003 0.002 0.005 0.018 0.010 0.005 0.095 0.095 112 V 0.098 0.726 0.016 0.002 0.003 0.003 0.013 0.010 0.008 0.030 0.092 113 A 0.124 0.584 0.010 0.004 0.008 0.008 0.020 0.011 0.005 0.036 0.191 114 K 0.085 0.180 0.007 0.005 0.014 0.024 0.064 0.015 0.004 0.141 0.461 115 R 0.073 0.130 0.009 0.016 0.020 0.022 0.094 0.008 0.004 0.137 0.490 116 V 0.034 0.067 0.011 0.042 0.032 0.026 0.115 0.004 0.004 0.116 0.549 117 L 0.027 0.026 0.012 0.034 0.017 0.037 0.281 0.005 0.004 0.087 0.470 118 S 0.113 0.043 0.007 0.019 0.010 0.014 0.062 0.010 0.004 0.055 0.664 119 V 0.487 0.095 0.001 0.016 0.006 0.004 0.036 0.012 0.001 0.027 0.315 120 G 0.023 0.193 0.001 0.007 0.001 0.002 0.073 0.001 0.001 0.015 0.682 121 G 0.011 0.223 0.001 0.012 0.004 0.008 0.088 0.002 0.001 0.148 0.503 122 E 0.028 0.597 0.003 0.012 0.008 0.016 0.027 0.012 0.002 0.148 0.148 123 Y 0.008 0.942 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.033 124 A 0.033 0.479 0.002 0.008 0.012 0.012 0.015 0.006 0.002 0.334 0.097 125 N 0.008 0.798 0.006 0.003 0.003 0.005 0.010 0.002 0.004 0.113 0.049 126 W 0.011 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 127 L 0.016 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.011 0.017 128 N 0.013 0.867 0.004 0.001 0.001 0.003 0.010 0.004 0.003 0.047 0.048 129 K 0.013 0.881 0.008 0.002 0.003 0.003 0.009 0.002 0.002 0.046 0.031 130 A 0.052 0.250 0.043 0.020 0.013 0.011 0.045 0.012 0.016 0.411 0.126 131 I 0.056 0.122 0.119 0.036 0.016 0.025 0.096 0.012 0.046 0.177 0.296 132 E 0.171 0.064 0.014 0.024 0.011 0.018 0.075 0.018 0.010 0.061 0.534 133 I 0.258 0.027 0.005 0.033 0.012 0.011 0.060 0.023 0.005 0.058 0.507 134 N 0.059 0.015 0.002 0.033 0.005 0.008 0.112 0.004 0.002 0.035 0.725 135 G 0.029 0.021 0.003 0.024 0.005 0.009 0.125 0.006 0.002 0.033 0.743 136 F 0.077 0.049 0.002 0.014 0.006 0.006 0.126 0.015 0.001 0.028 0.676 137 D 0.354 0.160 0.002 0.014 0.005 0.006 0.070 0.013 0.002 0.052 0.322 138 D 0.062 0.183 0.003 0.010 0.006 0.005 0.073 0.005 0.001 0.030 0.622 139 D 0.033 0.722 0.002 0.003 0.002 0.003 0.019 0.005 0.001 0.013 0.196 140 L 0.062 0.823 0.002 0.002 0.002 0.002 0.008 0.008 0.001 0.017 0.075 141 E 0.012 0.894 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 0.022 0.054 142 D 0.004 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.016 0.027 143 L 0.006 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.015 144 E 0.020 0.883 0.009 0.002 0.002 0.003 0.005 0.004 0.004 0.039 0.028 145 E 0.061 0.475 0.056 0.006 0.008 0.011 0.027 0.019 0.023 0.185 0.129 146 A 0.177 0.553 0.020 0.005 0.005 0.006 0.025 0.017 0.016 0.046 0.128 147 A 0.349 0.205 0.011 0.014 0.007 0.009 0.041 0.019 0.010 0.060 0.276 148 K 0.023 0.085 0.011 0.019 0.009 0.011 0.096 0.007 0.005 0.039 0.695 149 N 0.130 0.136 0.009 0.017 0.010 0.026 0.089 0.027 0.008 0.059 0.489 150 L 0.315 0.071 0.006 0.014 0.012 0.010 0.095 0.021 0.004 0.053 0.400 151 E 0.106 0.040 0.003 0.023 0.009 0.010 0.114 0.008 0.002 0.051 0.633 152 H 0.157 0.032 0.003 0.017 0.008 0.014 0.082 0.009 0.002 0.045 0.630 153 H 0.183 0.016 0.003 0.014 0.011 0.015 0.078 0.007 0.002 0.041 0.631 154 H 0.103 0.008 0.001 0.011 0.009 0.015 0.085 0.004 0.001 0.034 0.729 155 H 0.061 0.006 0.001 0.009 0.011 0.016 0.084 0.002 0.001 0.027 0.784 156 H 0.034 0.006 0.001 0.009 0.018 0.022 0.109 0.001 0.001 0.024 0.776 157 H 0.024 0.010 0.001 0.013 0.027 0.044 0.121 0.001 0.001 0.029 0.730