# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.4237 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.178 0.058 0.056 0.080 0.088 0.079 0.157 0.114 0.090 0.064 0.036 2 S 0.185 0.178 0.168 0.185 0.108 0.067 0.061 0.024 0.014 0.008 0.003 3 E 0.087 0.179 0.241 0.211 0.124 0.068 0.051 0.021 0.011 0.005 0.002 4 N 0.217 0.151 0.115 0.136 0.112 0.084 0.094 0.050 0.023 0.013 0.006 5 Q 0.250 0.248 0.172 0.163 0.075 0.038 0.030 0.014 0.007 0.003 0.001 6 N 0.264 0.131 0.161 0.190 0.106 0.056 0.050 0.025 0.010 0.005 0.002 7 E 0.143 0.111 0.193 0.174 0.116 0.096 0.084 0.042 0.021 0.014 0.005 8 K 0.038 0.137 0.246 0.229 0.145 0.092 0.064 0.029 0.012 0.006 0.002 9 V 0.030 0.038 0.112 0.099 0.113 0.154 0.189 0.125 0.069 0.052 0.020 10 Y 0.065 0.057 0.159 0.136 0.118 0.140 0.154 0.083 0.050 0.028 0.010 11 D 0.093 0.177 0.223 0.243 0.119 0.055 0.047 0.024 0.011 0.006 0.003 12 L 0.003 0.003 0.007 0.010 0.021 0.046 0.127 0.152 0.236 0.240 0.155 13 S 0.144 0.174 0.142 0.226 0.140 0.072 0.051 0.025 0.014 0.007 0.003 14 F 0.029 0.027 0.083 0.126 0.142 0.159 0.194 0.120 0.062 0.039 0.019 15 F 0.010 0.011 0.019 0.026 0.037 0.078 0.151 0.145 0.198 0.181 0.144 16 M 0.006 0.012 0.010 0.022 0.036 0.064 0.182 0.168 0.213 0.168 0.119 17 P 0.145 0.222 0.182 0.218 0.117 0.049 0.035 0.015 0.009 0.005 0.003 18 G 0.581 0.111 0.059 0.098 0.059 0.033 0.033 0.014 0.007 0.003 0.002 19 Q 0.430 0.184 0.046 0.128 0.074 0.046 0.047 0.024 0.011 0.006 0.003 20 T 0.095 0.128 0.058 0.133 0.122 0.111 0.137 0.093 0.061 0.040 0.021 21 I 0.080 0.063 0.090 0.127 0.141 0.154 0.162 0.088 0.049 0.031 0.015 22 D 0.080 0.254 0.313 0.206 0.076 0.035 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 23 A 0.050 0.039 0.072 0.115 0.133 0.153 0.197 0.114 0.068 0.042 0.017 24 E 0.360 0.154 0.123 0.143 0.075 0.051 0.050 0.025 0.011 0.006 0.002 25 E 0.067 0.167 0.241 0.262 0.123 0.062 0.042 0.019 0.009 0.005 0.002 26 V 0.052 0.039 0.071 0.073 0.100 0.133 0.210 0.143 0.086 0.064 0.028 27 E 0.164 0.260 0.228 0.203 0.075 0.035 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 28 V 0.062 0.048 0.117 0.103 0.113 0.156 0.186 0.103 0.059 0.036 0.016 29 P 0.246 0.195 0.136 0.171 0.100 0.052 0.048 0.028 0.013 0.007 0.003 30 I 0.066 0.079 0.061 0.092 0.092 0.112 0.184 0.128 0.096 0.063 0.027 31 S 0.142 0.166 0.158 0.199 0.131 0.080 0.064 0.031 0.016 0.009 0.004 32 K 0.242 0.131 0.183 0.199 0.108 0.059 0.043 0.020 0.008 0.004 0.002 33 R 0.080 0.062 0.095 0.142 0.135 0.158 0.169 0.085 0.041 0.023 0.009 34 F 0.027 0.040 0.050 0.090 0.091 0.111 0.188 0.146 0.124 0.093 0.039 35 V 0.017 0.020 0.054 0.078 0.095 0.134 0.224 0.146 0.112 0.085 0.035 36 D 0.065 0.145 0.367 0.221 0.101 0.048 0.029 0.012 0.007 0.004 0.002 37 K 0.089 0.130 0.125 0.159 0.128 0.128 0.116 0.061 0.032 0.022 0.010 38 E 0.323 0.257 0.045 0.120 0.079 0.052 0.055 0.036 0.017 0.010 0.005 39 G 0.615 0.123 0.027 0.056 0.041 0.030 0.039 0.029 0.018 0.014 0.007 40 N 0.331 0.227 0.079 0.157 0.088 0.050 0.035 0.017 0.008 0.005 0.002 41 V 0.166 0.217 0.059 0.183 0.132 0.092 0.069 0.040 0.021 0.014 0.007 42 V 0.020 0.021 0.012 0.028 0.048 0.107 0.212 0.178 0.171 0.122 0.083 43 P 0.120 0.192 0.090 0.310 0.166 0.066 0.033 0.013 0.006 0.002 0.002 44 F 0.006 0.003 0.008 0.008 0.013 0.029 0.075 0.102 0.230 0.255 0.271 45 I 0.022 0.079 0.042 0.313 0.267 0.108 0.094 0.043 0.020 0.007 0.005 46 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.025 0.054 0.194 0.302 0.408 47 K 0.018 0.066 0.086 0.286 0.292 0.132 0.066 0.030 0.013 0.006 0.005 48 A 0.053 0.038 0.068 0.112 0.115 0.094 0.173 0.154 0.089 0.068 0.037 49 I 0.007 0.006 0.007 0.015 0.029 0.068 0.137 0.162 0.208 0.202 0.159 50 T 0.036 0.527 0.086 0.141 0.063 0.045 0.050 0.020 0.017 0.010 0.004 51 T 0.281 0.098 0.067 0.180 0.157 0.093 0.077 0.027 0.013 0.005 0.003 52 D 0.953 0.033 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.018 0.128 0.045 0.218 0.174 0.161 0.153 0.062 0.025 0.012 0.004 54 I 0.004 0.007 0.009 0.017 0.046 0.107 0.217 0.206 0.177 0.131 0.081 55 D 0.096 0.062 0.585 0.164 0.061 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 56 E 0.007 0.020 0.614 0.218 0.093 0.029 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.016 0.076 0.118 0.257 0.327 0.195 58 E 0.003 0.017 0.125 0.137 0.167 0.183 0.216 0.088 0.038 0.023 0.003 59 K 0.001 0.008 0.890 0.064 0.022 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.043 0.067 0.469 0.197 0.122 0.052 0.036 0.012 0.002 0.001 0.001 61 N 0.017 0.008 0.018 0.011 0.018 0.041 0.158 0.207 0.223 0.187 0.112 62 T 0.142 0.104 0.218 0.177 0.148 0.073 0.069 0.037 0.017 0.010 0.005 63 T 0.064 0.114 0.462 0.185 0.088 0.040 0.028 0.010 0.005 0.003 0.001 64 Y 0.073 0.060 0.092 0.097 0.119 0.137 0.209 0.106 0.057 0.032 0.017 65 K 0.234 0.159 0.100 0.141 0.096 0.081 0.096 0.051 0.025 0.013 0.005 66 N 0.147 0.114 0.145 0.238 0.146 0.084 0.067 0.032 0.015 0.008 0.004 67 V 0.044 0.038 0.042 0.037 0.046 0.081 0.169 0.126 0.157 0.157 0.103 68 K 0.088 0.217 0.088 0.212 0.159 0.088 0.074 0.037 0.022 0.011 0.005 69 G 0.387 0.241 0.095 0.103 0.054 0.041 0.039 0.019 0.011 0.006 0.003 70 R 0.374 0.144 0.071 0.168 0.103 0.058 0.046 0.020 0.010 0.004 0.003 71 G 0.495 0.162 0.061 0.100 0.060 0.040 0.039 0.024 0.011 0.007 0.003 72 R 0.032 0.084 0.057 0.157 0.150 0.161 0.160 0.094 0.056 0.035 0.014 73 V 0.027 0.040 0.045 0.085 0.109 0.148 0.211 0.146 0.095 0.068 0.026 74 K 0.098 0.120 0.252 0.254 0.129 0.068 0.046 0.019 0.008 0.004 0.001 75 E 0.080 0.094 0.209 0.268 0.154 0.086 0.066 0.026 0.010 0.005 0.002 76 L 0.007 0.003 0.007 0.007 0.014 0.035 0.095 0.119 0.213 0.264 0.235 77 D 0.025 0.229 0.126 0.205 0.164 0.098 0.078 0.038 0.020 0.013 0.005 78 S 0.066 0.081 0.131 0.166 0.157 0.139 0.126 0.066 0.038 0.022 0.009 79 Q 0.602 0.110 0.090 0.091 0.041 0.026 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 80 R 0.087 0.097 0.119 0.279 0.163 0.106 0.091 0.034 0.014 0.006 0.003 81 F 0.002 0.003 0.007 0.007 0.016 0.042 0.086 0.115 0.212 0.269 0.242 82 Y 0.003 0.015 0.037 0.094 0.170 0.153 0.212 0.144 0.086 0.060 0.026 83 A 0.003 0.007 0.085 0.058 0.079 0.162 0.216 0.136 0.118 0.101 0.036 84 R 0.008 0.021 0.147 0.208 0.172 0.172 0.154 0.060 0.033 0.017 0.008 85 I 0.001 0.002 0.009 0.013 0.024 0.049 0.165 0.186 0.217 0.167 0.166 86 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.014 0.034 0.135 0.211 0.593 87 V 0.001 0.002 0.011 0.017 0.048 0.079 0.188 0.160 0.207 0.167 0.120 88 E 0.006 0.022 0.120 0.166 0.169 0.139 0.157 0.085 0.068 0.042 0.027 89 T 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.023 0.078 0.126 0.212 0.245 0.292 90 T 0.003 0.005 0.006 0.017 0.026 0.044 0.086 0.116 0.222 0.236 0.239 91 V 0.004 0.007 0.013 0.021 0.035 0.046 0.116 0.161 0.207 0.196 0.193 92 Y 0.015 0.035 0.059 0.142 0.182 0.162 0.161 0.108 0.066 0.044 0.026 93 P 0.103 0.061 0.053 0.090 0.088 0.102 0.203 0.132 0.089 0.049 0.029 94 T 0.250 0.234 0.069 0.206 0.106 0.053 0.047 0.018 0.010 0.004 0.003 95 F 0.065 0.025 0.021 0.031 0.047 0.053 0.130 0.126 0.158 0.166 0.177 96 K 0.106 0.470 0.092 0.185 0.087 0.032 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 97 A 0.046 0.143 0.067 0.121 0.116 0.167 0.173 0.073 0.054 0.028 0.012 98 K 0.686 0.079 0.065 0.080 0.046 0.021 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 99 E 0.299 0.159 0.204 0.218 0.077 0.022 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.006 0.005 0.010 0.041 0.108 0.111 0.280 0.302 0.134 101 R 0.005 0.009 0.036 0.083 0.142 0.200 0.302 0.124 0.057 0.035 0.008 102 E 0.001 0.022 0.876 0.082 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.014 0.021 0.171 0.184 0.232 0.158 0.139 0.061 0.011 0.005 0.002 104 Y 0.010 0.004 0.008 0.006 0.009 0.028 0.101 0.177 0.241 0.276 0.142 105 K 0.043 0.246 0.281 0.263 0.117 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 106 T 0.123 0.035 0.160 0.054 0.079 0.058 0.138 0.121 0.084 0.072 0.076 107 E 0.499 0.175 0.083 0.099 0.061 0.033 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 108 D 0.219 0.373 0.075 0.136 0.070 0.043 0.042 0.021 0.012 0.006 0.003 109 P 0.050 0.058 0.030 0.110 0.148 0.145 0.180 0.130 0.076 0.047 0.025 110 V 0.358 0.112 0.105 0.139 0.087 0.078 0.073 0.027 0.013 0.006 0.002 111 E 0.033 0.062 0.221 0.277 0.168 0.118 0.080 0.026 0.010 0.004 0.002 112 V 0.001 0.002 0.010 0.012 0.023 0.040 0.107 0.149 0.245 0.228 0.182 113 A 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.039 0.138 0.145 0.248 0.269 0.133 114 K 0.004 0.028 0.606 0.213 0.089 0.037 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 115 R 0.009 0.020 0.180 0.152 0.162 0.202 0.160 0.069 0.026 0.014 0.006 116 V 0.007 0.010 0.017 0.024 0.030 0.057 0.136 0.180 0.218 0.191 0.131 117 L 0.008 0.006 0.011 0.019 0.035 0.071 0.211 0.197 0.180 0.153 0.109 118 S 0.054 0.133 0.456 0.210 0.088 0.030 0.015 0.006 0.004 0.003 0.002 119 V 0.039 0.038 0.046 0.064 0.089 0.135 0.255 0.147 0.095 0.061 0.032 120 G 0.257 0.139 0.046 0.114 0.088 0.078 0.103 0.070 0.054 0.031 0.021 121 G 0.283 0.088 0.055 0.110 0.095 0.076 0.108 0.076 0.050 0.033 0.025 122 E 0.014 0.020 0.027 0.051 0.076 0.113 0.165 0.156 0.157 0.132 0.089 123 Y 0.007 0.015 0.017 0.037 0.058 0.079 0.191 0.189 0.182 0.145 0.080 124 A 0.049 0.042 0.117 0.176 0.156 0.148 0.148 0.073 0.050 0.027 0.015 125 N 0.121 0.120 0.198 0.235 0.145 0.072 0.062 0.025 0.012 0.006 0.004 126 W 0.006 0.011 0.015 0.028 0.045 0.058 0.140 0.161 0.206 0.193 0.136 127 L 0.013 0.014 0.022 0.053 0.087 0.127 0.223 0.151 0.136 0.112 0.062 128 N 0.043 0.092 0.468 0.211 0.087 0.047 0.027 0.011 0.007 0.005 0.002 129 K 0.009 0.025 0.073 0.133 0.176 0.191 0.229 0.093 0.041 0.019 0.010 130 A 0.003 0.003 0.008 0.009 0.012 0.018 0.052 0.094 0.219 0.286 0.296 131 I 0.003 0.006 0.022 0.045 0.079 0.147 0.233 0.156 0.147 0.109 0.051 132 E 0.005 0.024 0.155 0.142 0.134 0.126 0.153 0.097 0.082 0.058 0.025 133 I 0.001 0.001 0.006 0.006 0.011 0.027 0.078 0.105 0.215 0.284 0.266 134 N 0.011 0.012 0.018 0.040 0.057 0.106 0.197 0.169 0.179 0.137 0.074 135 G 0.036 0.040 0.055 0.093 0.100 0.114 0.177 0.131 0.124 0.080 0.050 136 F 0.008 0.014 0.018 0.032 0.054 0.070 0.199 0.208 0.159 0.126 0.113 137 D 0.193 0.261 0.098 0.157 0.093 0.072 0.069 0.024 0.018 0.010 0.004 138 D 0.703 0.130 0.048 0.065 0.029 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 139 D 0.366 0.353 0.059 0.112 0.050 0.025 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 140 L 0.056 0.053 0.024 0.073 0.100 0.118 0.229 0.147 0.101 0.064 0.035 141 E 0.462 0.190 0.187 0.103 0.035 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 142 D 0.036 0.137 0.372 0.227 0.102 0.068 0.036 0.012 0.005 0.003 0.001 143 L 0.025 0.041 0.065 0.105 0.138 0.149 0.225 0.143 0.062 0.033 0.013 144 E 0.302 0.129 0.212 0.156 0.079 0.048 0.044 0.020 0.008 0.003 0.001 145 E 0.024 0.032 0.448 0.174 0.109 0.091 0.071 0.029 0.012 0.007 0.002 146 A 0.024 0.051 0.263 0.208 0.154 0.106 0.110 0.051 0.019 0.009 0.003 147 A 0.011 0.013 0.079 0.045 0.064 0.095 0.222 0.183 0.144 0.102 0.043 148 K 0.013 0.033 0.357 0.138 0.122 0.105 0.100 0.061 0.036 0.025 0.010 149 N 0.031 0.062 0.350 0.197 0.134 0.087 0.076 0.035 0.016 0.009 0.003 150 L 0.047 0.034 0.094 0.075 0.097 0.114 0.222 0.161 0.083 0.050 0.023 151 E 0.216 0.159 0.157 0.137 0.088 0.066 0.088 0.044 0.026 0.015 0.006 152 H 0.217 0.206 0.187 0.169 0.091 0.050 0.046 0.018 0.009 0.005 0.002 153 H 0.372 0.237 0.114 0.114 0.065 0.038 0.033 0.014 0.007 0.004 0.002 154 H 0.507 0.211 0.061 0.092 0.047 0.029 0.028 0.014 0.007 0.004 0.002 155 H 0.293 0.236 0.098 0.138 0.079 0.058 0.049 0.025 0.013 0.008 0.003 156 H 0.207 0.226 0.116 0.169 0.105 0.071 0.054 0.028 0.013 0.007 0.003 157 H 0.309 0.163 0.096 0.143 0.096 0.068 0.062 0.035 0.016 0.008 0.004