# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.4237 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.100 0.008 0.028 0.035 0.056 0.099 0.003 0.001 0.004 0.548 2 S 0.031 0.086 0.004 0.022 0.029 0.049 0.081 0.002 0.001 0.001 0.693 3 E 0.065 0.114 0.005 0.024 0.023 0.049 0.077 0.004 0.001 0.002 0.637 4 N 0.096 0.234 0.005 0.022 0.018 0.033 0.135 0.005 0.001 0.004 0.448 5 Q 0.134 0.192 0.007 0.011 0.016 0.024 0.141 0.007 0.001 0.005 0.463 6 N 0.106 0.266 0.022 0.011 0.007 0.014 0.088 0.005 0.001 0.006 0.473 7 E 0.079 0.234 0.014 0.012 0.009 0.018 0.163 0.005 0.001 0.007 0.458 8 K 0.178 0.286 0.008 0.010 0.009 0.014 0.132 0.007 0.001 0.005 0.350 9 V 0.194 0.463 0.018 0.015 0.011 0.021 0.022 0.012 0.001 0.002 0.242 10 Y 0.069 0.510 0.016 0.018 0.013 0.028 0.043 0.010 0.001 0.002 0.291 11 D 0.107 0.286 0.008 0.016 0.007 0.013 0.089 0.009 0.001 0.002 0.463 12 L 0.170 0.258 0.013 0.024 0.011 0.029 0.027 0.006 0.001 0.002 0.461 13 S 0.054 0.139 0.005 0.017 0.006 0.016 0.078 0.003 0.001 0.002 0.680 14 F 0.308 0.120 0.011 0.016 0.003 0.005 0.142 0.007 0.001 0.003 0.386 15 F 0.445 0.378 0.024 0.012 0.001 0.003 0.017 0.018 0.001 0.002 0.100 16 M 0.112 0.623 0.020 0.012 0.010 0.013 0.032 0.019 0.001 0.001 0.159 17 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 18 G 0.121 0.047 0.006 0.023 0.010 0.030 0.080 0.006 0.001 0.003 0.673 19 Q 0.653 0.078 0.011 0.006 0.002 0.002 0.067 0.005 0.001 0.006 0.172 20 T 0.134 0.167 0.021 0.036 0.010 0.015 0.061 0.006 0.001 0.002 0.548 21 I 0.064 0.078 0.026 0.062 0.036 0.050 0.080 0.006 0.001 0.004 0.596 22 D 0.068 0.120 0.003 0.063 0.019 0.030 0.084 0.004 0.001 0.003 0.605 23 A 0.101 0.169 0.007 0.098 0.027 0.050 0.069 0.004 0.001 0.006 0.470 24 E 0.060 0.147 0.010 0.077 0.041 0.068 0.208 0.005 0.001 0.011 0.372 25 E 0.175 0.082 0.016 0.038 0.027 0.040 0.141 0.006 0.001 0.015 0.459 26 V 0.240 0.141 0.040 0.061 0.062 0.077 0.064 0.008 0.001 0.007 0.300 27 E 0.047 0.068 0.014 0.043 0.060 0.089 0.087 0.007 0.001 0.003 0.582 28 V 0.062 0.037 0.021 0.047 0.148 0.157 0.054 0.004 0.001 0.004 0.467 29 P 0.003 0.001 0.001 0.007 0.014 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.940 30 I 0.014 0.005 0.002 0.020 0.066 0.154 0.057 0.001 0.001 0.001 0.681 31 S 0.063 0.023 0.003 0.046 0.051 0.091 0.142 0.001 0.001 0.009 0.571 32 K 0.121 0.051 0.004 0.022 0.037 0.075 0.101 0.001 0.001 0.007 0.582 33 R 0.134 0.087 0.006 0.045 0.056 0.080 0.155 0.002 0.001 0.006 0.431 34 F 0.089 0.085 0.005 0.031 0.094 0.135 0.103 0.003 0.001 0.005 0.450 35 V 0.043 0.144 0.008 0.037 0.178 0.232 0.047 0.007 0.001 0.003 0.300 36 D 0.020 0.072 0.008 0.044 0.189 0.301 0.038 0.006 0.001 0.002 0.319 37 K 0.049 0.112 0.008 0.036 0.120 0.195 0.055 0.007 0.001 0.004 0.414 38 E 0.082 0.078 0.010 0.035 0.076 0.141 0.146 0.006 0.001 0.021 0.403 39 G 0.447 0.012 0.026 0.014 0.042 0.074 0.067 0.007 0.001 0.057 0.254 40 N 0.462 0.007 0.078 0.015 0.028 0.027 0.088 0.002 0.001 0.011 0.283 41 V 0.010 0.001 0.003 0.022 0.014 0.021 0.021 0.001 0.001 0.001 0.908 42 V 0.016 0.001 0.002 0.043 0.321 0.304 0.029 0.001 0.001 0.001 0.283 43 P 0.001 0.001 0.001 0.030 0.016 0.032 0.010 0.001 0.001 0.001 0.911 44 F 0.006 0.001 0.001 0.109 0.215 0.428 0.022 0.001 0.001 0.001 0.219 45 I 0.008 0.001 0.001 0.233 0.136 0.246 0.062 0.001 0.001 0.002 0.312 46 F 0.007 0.002 0.001 0.241 0.162 0.458 0.015 0.001 0.001 0.001 0.115 47 K 0.011 0.003 0.001 0.284 0.217 0.282 0.040 0.001 0.001 0.002 0.159 48 A 0.049 0.004 0.001 0.071 0.059 0.139 0.052 0.001 0.001 0.004 0.620 49 I 0.140 0.022 0.004 0.253 0.095 0.213 0.080 0.002 0.001 0.004 0.187 50 T 0.062 0.015 0.002 0.052 0.052 0.088 0.355 0.003 0.001 0.004 0.368 51 T 0.048 0.016 0.003 0.030 0.008 0.015 0.066 0.001 0.001 0.003 0.810 52 D 0.003 0.009 0.001 0.004 0.001 0.005 0.557 0.001 0.001 0.006 0.413 53 R 0.057 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.859 0.001 0.001 0.006 0.068 54 I 0.073 0.513 0.004 0.002 0.001 0.002 0.130 0.002 0.001 0.003 0.271 55 D 0.006 0.769 0.003 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.182 56 E 0.012 0.793 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.157 57 L 0.019 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.021 58 E 0.003 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 59 K 0.005 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 60 E 0.056 0.883 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.017 61 N 0.186 0.636 0.021 0.002 0.004 0.004 0.006 0.075 0.001 0.001 0.066 62 T 0.092 0.354 0.263 0.005 0.015 0.015 0.026 0.046 0.001 0.002 0.182 63 T 0.066 0.143 0.100 0.018 0.039 0.038 0.072 0.019 0.001 0.004 0.501 64 Y 0.058 0.096 0.033 0.027 0.050 0.075 0.059 0.007 0.001 0.004 0.591 65 K 0.041 0.071 0.014 0.045 0.155 0.178 0.099 0.004 0.001 0.007 0.385 66 N 0.017 0.018 0.004 0.019 0.088 0.152 0.054 0.002 0.001 0.004 0.644 67 V 0.033 0.028 0.013 0.035 0.159 0.331 0.042 0.002 0.001 0.006 0.352 68 K 0.041 0.019 0.005 0.031 0.053 0.106 0.111 0.001 0.001 0.005 0.629 69 G 0.052 0.006 0.002 0.022 0.019 0.025 0.101 0.001 0.001 0.005 0.767 70 R 0.421 0.009 0.011 0.022 0.029 0.034 0.061 0.001 0.001 0.015 0.397 71 G 0.141 0.009 0.006 0.023 0.037 0.030 0.220 0.001 0.001 0.008 0.524 72 R 0.050 0.006 0.007 0.025 0.069 0.076 0.155 0.001 0.001 0.005 0.608 73 V 0.030 0.006 0.002 0.032 0.117 0.336 0.039 0.001 0.001 0.002 0.435 74 K 0.014 0.006 0.001 0.043 0.083 0.190 0.104 0.001 0.001 0.002 0.557 75 E 0.117 0.016 0.003 0.038 0.045 0.103 0.096 0.001 0.001 0.004 0.579 76 L 0.244 0.067 0.005 0.073 0.079 0.135 0.079 0.002 0.001 0.005 0.311 77 D 0.072 0.087 0.003 0.029 0.063 0.110 0.201 0.004 0.001 0.004 0.427 78 S 0.037 0.148 0.007 0.021 0.014 0.030 0.163 0.002 0.001 0.008 0.569 79 Q 0.025 0.095 0.003 0.005 0.006 0.021 0.416 0.001 0.001 0.013 0.415 80 R 0.165 0.152 0.005 0.003 0.003 0.004 0.487 0.002 0.001 0.008 0.171 81 F 0.045 0.768 0.012 0.002 0.002 0.003 0.049 0.004 0.001 0.002 0.113 82 Y 0.013 0.900 0.007 0.002 0.003 0.004 0.013 0.003 0.001 0.001 0.056 83 A 0.011 0.905 0.002 0.002 0.003 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 0.061 84 R 0.020 0.852 0.002 0.005 0.013 0.016 0.009 0.008 0.001 0.001 0.075 85 I 0.032 0.837 0.008 0.007 0.013 0.015 0.009 0.012 0.001 0.001 0.068 86 A 0.023 0.788 0.026 0.019 0.024 0.033 0.009 0.013 0.001 0.001 0.064 87 V 0.017 0.684 0.022 0.034 0.063 0.080 0.010 0.014 0.001 0.001 0.076 88 E 0.029 0.469 0.015 0.050 0.112 0.147 0.016 0.013 0.001 0.001 0.148 89 T 0.077 0.244 0.014 0.068 0.101 0.140 0.026 0.018 0.001 0.002 0.311 90 T 0.067 0.138 0.038 0.082 0.155 0.185 0.038 0.017 0.001 0.002 0.277 91 V 0.028 0.083 0.044 0.093 0.105 0.168 0.065 0.011 0.001 0.003 0.400 92 Y 0.030 0.047 0.024 0.105 0.167 0.187 0.088 0.005 0.001 0.005 0.341 93 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.955 94 T 0.047 0.013 0.003 0.026 0.039 0.100 0.144 0.001 0.001 0.005 0.621 95 F 0.296 0.035 0.006 0.026 0.008 0.018 0.122 0.002 0.001 0.015 0.473 96 K 0.125 0.112 0.006 0.012 0.009 0.019 0.329 0.002 0.001 0.007 0.380 97 A 0.153 0.106 0.008 0.008 0.005 0.009 0.240 0.003 0.001 0.007 0.461 98 K 0.056 0.159 0.003 0.004 0.003 0.007 0.083 0.001 0.001 0.003 0.680 99 E 0.013 0.145 0.001 0.003 0.002 0.003 0.459 0.001 0.001 0.001 0.372 100 L 0.048 0.644 0.003 0.004 0.004 0.007 0.114 0.004 0.001 0.002 0.171 101 R 0.009 0.951 0.005 0.001 0.003 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.017 102 E 0.007 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.016 103 A 0.061 0.892 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 0.026 104 Y 0.230 0.611 0.009 0.004 0.010 0.013 0.005 0.059 0.001 0.001 0.059 105 K 0.217 0.284 0.071 0.004 0.011 0.013 0.026 0.091 0.001 0.002 0.281 106 T 0.161 0.077 0.390 0.017 0.010 0.016 0.020 0.026 0.001 0.002 0.280 107 E 0.055 0.038 0.024 0.024 0.010 0.017 0.075 0.008 0.001 0.002 0.747 108 D 0.029 0.015 0.008 0.007 0.010 0.007 0.246 0.001 0.001 0.003 0.674 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.993 110 V 0.003 0.020 0.001 0.005 0.003 0.025 0.458 0.001 0.001 0.002 0.483 111 E 0.121 0.073 0.001 0.003 0.001 0.002 0.391 0.001 0.001 0.005 0.404 112 V 0.036 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.108 113 A 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 114 K 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.027 115 R 0.027 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.023 116 V 0.080 0.861 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.025 117 L 0.065 0.725 0.045 0.003 0.004 0.005 0.006 0.071 0.001 0.001 0.075 118 S 0.112 0.404 0.112 0.007 0.007 0.010 0.026 0.071 0.001 0.001 0.249 119 V 0.107 0.335 0.077 0.019 0.012 0.012 0.055 0.024 0.001 0.002 0.357 120 G 0.019 0.090 0.008 0.009 0.003 0.005 0.114 0.003 0.001 0.002 0.747 121 G 0.076 0.050 0.025 0.013 0.009 0.019 0.288 0.002 0.001 0.027 0.491 122 E 0.201 0.171 0.020 0.010 0.003 0.004 0.285 0.002 0.001 0.007 0.296 123 Y 0.029 0.498 0.004 0.011 0.006 0.014 0.066 0.002 0.001 0.001 0.369 124 A 0.038 0.505 0.005 0.013 0.012 0.036 0.067 0.004 0.001 0.002 0.319 125 N 0.040 0.671 0.002 0.006 0.003 0.006 0.042 0.004 0.001 0.001 0.224 126 W 0.041 0.820 0.004 0.002 0.002 0.003 0.016 0.004 0.001 0.001 0.109 127 L 0.021 0.893 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 0.004 0.001 0.001 0.064 128 N 0.024 0.811 0.004 0.001 0.002 0.003 0.015 0.008 0.001 0.001 0.132 129 K 0.036 0.853 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.083 130 A 0.024 0.908 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.043 131 I 0.018 0.886 0.008 0.005 0.007 0.009 0.006 0.020 0.001 0.001 0.042 132 E 0.025 0.865 0.018 0.006 0.005 0.006 0.004 0.022 0.001 0.001 0.049 133 I 0.060 0.817 0.009 0.018 0.005 0.008 0.003 0.025 0.001 0.001 0.053 134 N 0.161 0.473 0.019 0.045 0.021 0.027 0.022 0.045 0.001 0.002 0.186 135 G 0.209 0.086 0.048 0.066 0.025 0.045 0.056 0.043 0.001 0.007 0.415 136 F 0.094 0.044 0.143 0.068 0.015 0.019 0.219 0.008 0.001 0.008 0.382 137 D 0.044 0.016 0.009 0.040 0.018 0.024 0.172 0.003 0.001 0.004 0.671 138 D 0.032 0.022 0.006 0.016 0.007 0.010 0.103 0.001 0.001 0.007 0.796 139 D 0.022 0.014 0.002 0.006 0.002 0.005 0.591 0.001 0.001 0.013 0.344 140 L 0.209 0.076 0.006 0.005 0.002 0.004 0.347 0.001 0.001 0.013 0.338 141 E 0.021 0.286 0.004 0.003 0.005 0.011 0.298 0.001 0.001 0.005 0.366 142 D 0.020 0.307 0.002 0.002 0.001 0.002 0.342 0.001 0.001 0.002 0.322 143 L 0.011 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.078 144 E 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.025 145 E 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 146 A 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 147 A 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 148 K 0.005 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 149 N 0.058 0.865 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 0.025 150 L 0.252 0.592 0.018 0.002 0.002 0.003 0.004 0.061 0.001 0.001 0.066 151 E 0.099 0.471 0.088 0.004 0.007 0.008 0.059 0.057 0.001 0.002 0.205 152 H 0.089 0.200 0.203 0.007 0.010 0.016 0.136 0.028 0.001 0.009 0.301 153 H 0.164 0.157 0.054 0.013 0.013 0.021 0.060 0.013 0.001 0.009 0.497 154 H 0.100 0.058 0.014 0.014 0.011 0.014 0.088 0.004 0.001 0.004 0.693 155 H 0.097 0.028 0.011 0.017 0.015 0.021 0.105 0.003 0.001 0.005 0.697 156 H 0.116 0.026 0.010 0.021 0.028 0.041 0.085 0.002 0.001 0.007 0.664 157 H 0.063 0.015 0.004 0.024 0.022 0.032 0.111 0.001 0.001 0.004 0.724