# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.4237 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.070 0.045 0.055 0.096 0.064 0.008 0.602 2 S 0.037 0.067 0.019 0.042 0.061 0.339 0.008 0.427 3 E 0.098 0.112 0.019 0.027 0.048 0.144 0.014 0.538 4 N 0.120 0.203 0.031 0.021 0.042 0.125 0.024 0.433 5 Q 0.104 0.185 0.020 0.015 0.016 0.265 0.020 0.375 6 N 0.117 0.227 0.019 0.013 0.022 0.103 0.025 0.474 7 E 0.115 0.261 0.043 0.022 0.033 0.105 0.018 0.403 8 K 0.085 0.288 0.048 0.035 0.040 0.143 0.016 0.345 9 V 0.087 0.313 0.055 0.030 0.059 0.035 0.014 0.407 10 Y 0.089 0.329 0.093 0.058 0.071 0.087 0.011 0.263 11 D 0.078 0.221 0.042 0.026 0.036 0.069 0.013 0.514 12 L 0.065 0.278 0.070 0.023 0.050 0.055 0.011 0.449 13 S 0.026 0.150 0.013 0.011 0.012 0.518 0.010 0.261 14 F 0.300 0.189 0.015 0.008 0.011 0.233 0.036 0.209 15 F 0.494 0.273 0.051 0.005 0.012 0.021 0.036 0.106 16 M 0.149 0.390 0.114 0.030 0.032 0.076 0.026 0.182 17 P 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.983 18 G 0.032 0.029 0.010 0.005 0.012 0.067 0.013 0.831 19 Q 0.394 0.022 0.032 0.013 0.009 0.101 0.038 0.391 20 T 0.202 0.067 0.068 0.032 0.016 0.091 0.013 0.511 21 I 0.037 0.129 0.087 0.054 0.058 0.106 0.004 0.525 22 D 0.073 0.183 0.033 0.035 0.060 0.156 0.006 0.453 23 A 0.093 0.366 0.032 0.022 0.047 0.056 0.010 0.376 24 E 0.070 0.376 0.027 0.038 0.053 0.144 0.025 0.267 25 E 0.224 0.192 0.020 0.028 0.029 0.091 0.039 0.377 26 V 0.094 0.279 0.119 0.113 0.106 0.019 0.018 0.252 27 E 0.029 0.101 0.085 0.067 0.122 0.029 0.011 0.556 28 V 0.048 0.030 0.065 0.104 0.136 0.032 0.004 0.581 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 30 I 0.016 0.007 0.019 0.068 0.159 0.044 0.002 0.687 31 S 0.087 0.038 0.046 0.099 0.194 0.084 0.006 0.446 32 K 0.111 0.038 0.017 0.054 0.129 0.043 0.010 0.598 33 R 0.127 0.062 0.025 0.117 0.115 0.212 0.012 0.331 34 F 0.107 0.091 0.022 0.197 0.222 0.057 0.012 0.292 35 V 0.036 0.140 0.034 0.210 0.387 0.031 0.005 0.157 36 D 0.018 0.130 0.017 0.244 0.371 0.019 0.006 0.195 37 K 0.060 0.167 0.015 0.087 0.149 0.068 0.014 0.440 38 E 0.058 0.119 0.012 0.066 0.063 0.317 0.066 0.299 39 G 0.497 0.014 0.004 0.007 0.008 0.010 0.382 0.079 40 N 0.338 0.011 0.077 0.108 0.027 0.240 0.027 0.171 41 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.011 0.001 0.967 42 V 0.009 0.001 0.014 0.291 0.576 0.031 0.001 0.077 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 44 F 0.004 0.001 0.034 0.282 0.504 0.025 0.001 0.151 45 I 0.030 0.001 0.163 0.211 0.398 0.030 0.001 0.166 46 F 0.006 0.001 0.105 0.240 0.390 0.010 0.001 0.246 47 K 0.003 0.001 0.153 0.256 0.416 0.030 0.001 0.141 48 A 0.004 0.001 0.026 0.017 0.046 0.014 0.001 0.891 49 I 0.040 0.008 0.161 0.118 0.260 0.128 0.007 0.277 50 T 0.082 0.009 0.035 0.027 0.044 0.188 0.006 0.609 51 T 0.006 0.004 0.005 0.003 0.007 0.015 0.001 0.959 52 D 0.008 0.012 0.005 0.003 0.007 0.456 0.002 0.507 53 R 0.053 0.015 0.001 0.001 0.001 0.798 0.003 0.127 54 I 0.138 0.648 0.008 0.003 0.008 0.037 0.007 0.152 55 D 0.014 0.874 0.011 0.001 0.002 0.020 0.002 0.075 56 E 0.024 0.785 0.004 0.001 0.002 0.019 0.005 0.160 57 L 0.029 0.923 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.031 58 E 0.016 0.950 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.017 59 K 0.035 0.882 0.011 0.004 0.004 0.004 0.013 0.048 60 E 0.053 0.797 0.024 0.004 0.003 0.008 0.031 0.080 61 N 0.251 0.445 0.030 0.014 0.014 0.009 0.096 0.141 62 T 0.165 0.293 0.105 0.054 0.036 0.054 0.046 0.247 63 T 0.057 0.109 0.091 0.101 0.085 0.086 0.019 0.452 64 Y 0.074 0.064 0.069 0.127 0.165 0.056 0.012 0.433 65 K 0.043 0.047 0.057 0.165 0.153 0.104 0.005 0.425 66 N 0.022 0.023 0.027 0.064 0.115 0.046 0.004 0.699 67 V 0.061 0.046 0.045 0.149 0.256 0.064 0.008 0.370 68 K 0.059 0.035 0.031 0.090 0.129 0.097 0.010 0.550 69 G 0.031 0.016 0.016 0.022 0.051 0.045 0.007 0.812 70 R 0.079 0.019 0.023 0.030 0.056 0.148 0.016 0.629 71 G 0.087 0.012 0.019 0.021 0.029 0.124 0.009 0.700 72 R 0.070 0.026 0.025 0.033 0.054 0.180 0.007 0.604 73 V 0.047 0.061 0.038 0.051 0.104 0.101 0.004 0.594 74 K 0.038 0.114 0.040 0.068 0.137 0.132 0.005 0.466 75 E 0.104 0.121 0.029 0.040 0.091 0.075 0.012 0.528 76 L 0.205 0.266 0.059 0.048 0.074 0.062 0.017 0.269 77 D 0.074 0.275 0.041 0.061 0.064 0.074 0.016 0.396 78 S 0.031 0.136 0.022 0.010 0.022 0.063 0.008 0.707 79 Q 0.031 0.146 0.011 0.007 0.013 0.417 0.009 0.366 80 R 0.084 0.131 0.004 0.003 0.004 0.525 0.011 0.240 81 F 0.070 0.719 0.013 0.004 0.005 0.049 0.008 0.131 82 Y 0.013 0.852 0.020 0.003 0.007 0.019 0.003 0.083 83 A 0.014 0.827 0.013 0.009 0.016 0.013 0.002 0.106 84 R 0.007 0.920 0.007 0.005 0.011 0.007 0.002 0.041 85 I 0.022 0.913 0.012 0.008 0.010 0.004 0.004 0.027 86 A 0.004 0.938 0.027 0.006 0.010 0.001 0.002 0.012 87 V 0.009 0.869 0.044 0.024 0.034 0.002 0.004 0.014 88 E 0.015 0.845 0.040 0.024 0.040 0.002 0.010 0.025 89 T 0.062 0.647 0.080 0.043 0.051 0.006 0.044 0.066 90 T 0.139 0.235 0.136 0.061 0.067 0.026 0.066 0.271 91 V 0.044 0.129 0.254 0.159 0.199 0.029 0.019 0.166 92 Y 0.031 0.046 0.185 0.135 0.174 0.072 0.009 0.349 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994 94 T 0.025 0.020 0.031 0.015 0.038 0.199 0.005 0.668 95 F 0.325 0.034 0.023 0.009 0.014 0.074 0.010 0.510 96 K 0.066 0.056 0.007 0.003 0.006 0.547 0.008 0.307 97 A 0.106 0.094 0.003 0.001 0.003 0.564 0.010 0.220 98 K 0.113 0.318 0.009 0.001 0.002 0.052 0.012 0.493 99 E 0.010 0.289 0.010 0.001 0.001 0.192 0.004 0.494 100 L 0.026 0.408 0.003 0.001 0.002 0.357 0.006 0.197 101 R 0.034 0.928 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.026 102 E 0.012 0.969 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 103 A 0.024 0.926 0.006 0.001 0.001 0.002 0.009 0.032 104 Y 0.101 0.790 0.007 0.002 0.002 0.004 0.047 0.046 105 K 0.381 0.286 0.032 0.005 0.005 0.016 0.132 0.143 106 T 0.147 0.124 0.386 0.028 0.015 0.028 0.025 0.248 107 E 0.049 0.079 0.113 0.013 0.013 0.078 0.015 0.639 108 D 0.066 0.026 0.018 0.005 0.006 0.229 0.004 0.648 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 110 V 0.007 0.023 0.004 0.003 0.005 0.512 0.002 0.444 111 E 0.059 0.059 0.001 0.001 0.001 0.542 0.001 0.336 112 V 0.017 0.939 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 113 A 0.004 0.983 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 114 K 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 115 R 0.019 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 116 V 0.100 0.828 0.003 0.001 0.001 0.001 0.044 0.022 117 L 0.051 0.789 0.063 0.007 0.006 0.006 0.028 0.051 118 S 0.094 0.463 0.112 0.029 0.016 0.038 0.055 0.193 119 V 0.151 0.219 0.046 0.010 0.012 0.045 0.032 0.485 120 G 0.052 0.091 0.040 0.005 0.006 0.134 0.025 0.647 121 G 0.144 0.064 0.060 0.012 0.011 0.188 0.030 0.491 122 E 0.123 0.105 0.060 0.013 0.010 0.337 0.009 0.343 123 Y 0.037 0.306 0.056 0.021 0.041 0.115 0.005 0.418 124 A 0.055 0.376 0.030 0.019 0.054 0.085 0.006 0.375 125 N 0.056 0.559 0.015 0.009 0.019 0.074 0.006 0.262 126 W 0.103 0.676 0.008 0.004 0.012 0.025 0.014 0.158 127 L 0.032 0.871 0.006 0.004 0.009 0.009 0.005 0.064 128 N 0.027 0.724 0.007 0.009 0.010 0.048 0.010 0.166 129 K 0.055 0.805 0.010 0.004 0.005 0.020 0.014 0.087 130 A 0.065 0.795 0.045 0.006 0.008 0.005 0.013 0.065 131 I 0.022 0.708 0.084 0.056 0.037 0.015 0.006 0.072 132 E 0.051 0.620 0.061 0.036 0.055 0.016 0.013 0.149 133 I 0.106 0.530 0.103 0.035 0.062 0.009 0.020 0.135 134 N 0.059 0.320 0.119 0.078 0.070 0.059 0.043 0.253 135 G 0.096 0.072 0.150 0.052 0.066 0.071 0.037 0.456 136 F 0.098 0.048 0.274 0.050 0.061 0.175 0.017 0.277 137 D 0.028 0.022 0.054 0.078 0.050 0.139 0.010 0.619 138 D 0.024 0.013 0.023 0.009 0.017 0.152 0.005 0.757 139 D 0.026 0.012 0.005 0.002 0.003 0.757 0.004 0.191 140 L 0.183 0.094 0.011 0.006 0.013 0.216 0.025 0.451 141 E 0.036 0.121 0.004 0.003 0.004 0.496 0.007 0.329 142 D 0.048 0.262 0.007 0.004 0.006 0.391 0.007 0.274 143 L 0.065 0.734 0.019 0.003 0.008 0.032 0.006 0.132 144 E 0.008 0.881 0.009 0.005 0.008 0.015 0.002 0.073 145 E 0.012 0.788 0.004 0.005 0.011 0.034 0.003 0.141 146 A 0.020 0.932 0.003 0.002 0.004 0.007 0.004 0.030 147 A 0.012 0.964 0.007 0.001 0.003 0.001 0.003 0.010 148 K 0.013 0.934 0.010 0.003 0.004 0.003 0.006 0.027 149 N 0.090 0.725 0.008 0.006 0.008 0.009 0.034 0.119 150 L 0.215 0.578 0.022 0.008 0.013 0.009 0.043 0.112 151 E 0.085 0.416 0.023 0.015 0.014 0.140 0.048 0.260 152 H 0.179 0.229 0.024 0.014 0.016 0.158 0.052 0.329 153 H 0.245 0.144 0.033 0.008 0.010 0.060 0.043 0.456 154 H 0.108 0.069 0.031 0.014 0.012 0.125 0.026 0.615 155 H 0.107 0.041 0.023 0.012 0.016 0.110 0.019 0.672 156 H 0.100 0.045 0.023 0.016 0.023 0.113 0.014 0.666 157 H 0.071 0.024 0.016 0.013 0.021 0.104 0.010 0.742