# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.4237 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.360 0.228 0.219 0.074 0.053 0.022 0.012 0.002 0.026 0.002 0.001 2 S 0.482 0.158 0.219 0.054 0.021 0.033 0.012 0.002 0.015 0.003 0.002 3 E 0.587 0.118 0.093 0.150 0.018 0.014 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 4 N 0.350 0.092 0.113 0.292 0.039 0.027 0.051 0.011 0.020 0.004 0.001 5 Q 0.468 0.082 0.132 0.133 0.025 0.014 0.114 0.010 0.016 0.004 0.001 6 N 0.390 0.098 0.199 0.161 0.027 0.036 0.064 0.011 0.009 0.004 0.001 7 E 0.397 0.194 0.236 0.122 0.011 0.024 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 8 K 0.370 0.247 0.189 0.120 0.019 0.036 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 9 V 0.447 0.242 0.136 0.084 0.016 0.045 0.017 0.001 0.010 0.001 0.001 10 Y 0.398 0.221 0.181 0.071 0.078 0.024 0.011 0.003 0.011 0.003 0.001 11 D 0.262 0.097 0.234 0.060 0.045 0.239 0.018 0.004 0.036 0.005 0.001 12 L 0.893 0.020 0.031 0.041 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 S 0.940 0.033 0.013 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.805 0.017 0.008 0.154 0.008 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 15 F 0.541 0.030 0.081 0.308 0.008 0.011 0.011 0.002 0.007 0.001 0.001 16 M 0.149 0.171 0.282 0.015 0.018 0.021 0.026 0.001 0.315 0.003 0.001 17 P 0.334 0.005 0.568 0.038 0.002 0.012 0.008 0.001 0.002 0.005 0.025 18 G 0.196 0.007 0.047 0.075 0.025 0.006 0.032 0.552 0.003 0.057 0.001 19 Q 0.357 0.095 0.232 0.218 0.020 0.025 0.028 0.009 0.011 0.002 0.001 20 T 0.369 0.220 0.215 0.114 0.024 0.029 0.013 0.002 0.012 0.001 0.001 21 I 0.345 0.377 0.173 0.055 0.022 0.012 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 22 D 0.224 0.234 0.251 0.098 0.039 0.075 0.043 0.006 0.025 0.002 0.002 23 A 0.331 0.183 0.277 0.080 0.061 0.033 0.013 0.003 0.017 0.002 0.001 24 E 0.507 0.165 0.191 0.090 0.010 0.013 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 25 E 0.233 0.222 0.194 0.227 0.027 0.055 0.023 0.002 0.015 0.001 0.001 26 V 0.112 0.451 0.265 0.078 0.039 0.025 0.009 0.001 0.020 0.001 0.001 27 E 0.087 0.322 0.374 0.079 0.014 0.085 0.023 0.002 0.013 0.001 0.001 28 V 0.010 0.536 0.230 0.001 0.053 0.025 0.002 0.001 0.141 0.001 0.001 29 P 0.036 0.003 0.864 0.003 0.003 0.059 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 30 I 0.212 0.286 0.269 0.123 0.044 0.028 0.007 0.004 0.026 0.001 0.001 31 S 0.126 0.322 0.300 0.070 0.084 0.040 0.019 0.006 0.025 0.006 0.001 32 K 0.163 0.381 0.209 0.120 0.068 0.031 0.011 0.002 0.013 0.001 0.001 33 R 0.102 0.593 0.169 0.033 0.067 0.013 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 34 F 0.076 0.536 0.204 0.038 0.063 0.045 0.008 0.001 0.028 0.001 0.001 35 V 0.045 0.711 0.141 0.018 0.044 0.016 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 36 D 0.137 0.212 0.402 0.037 0.042 0.111 0.023 0.005 0.018 0.007 0.006 37 K 0.397 0.340 0.111 0.049 0.039 0.013 0.005 0.001 0.042 0.002 0.001 38 E 0.117 0.056 0.144 0.547 0.006 0.011 0.104 0.001 0.010 0.001 0.003 39 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.072 0.859 0.001 0.055 0.001 40 N 0.022 0.111 0.647 0.083 0.022 0.053 0.042 0.007 0.008 0.004 0.002 41 V 0.054 0.330 0.434 0.113 0.007 0.045 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 42 V 0.011 0.529 0.309 0.003 0.042 0.022 0.002 0.001 0.081 0.001 0.001 43 P 0.086 0.019 0.743 0.011 0.019 0.065 0.004 0.001 0.002 0.003 0.048 44 F 0.007 0.600 0.138 0.012 0.213 0.011 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 45 I 0.006 0.629 0.252 0.002 0.019 0.064 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 46 F 0.010 0.516 0.320 0.008 0.014 0.114 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 47 K 0.041 0.620 0.159 0.012 0.085 0.047 0.006 0.001 0.026 0.003 0.001 48 A 0.070 0.158 0.552 0.018 0.064 0.103 0.012 0.002 0.013 0.003 0.004 49 I 0.150 0.458 0.167 0.097 0.048 0.058 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 50 T 0.086 0.193 0.374 0.045 0.083 0.112 0.015 0.002 0.084 0.006 0.001 51 T 0.830 0.017 0.077 0.057 0.005 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 52 D 0.831 0.028 0.029 0.088 0.005 0.007 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 53 R 0.813 0.033 0.033 0.094 0.008 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 54 I 0.974 0.003 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.972 0.007 0.006 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.966 0.008 0.007 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.966 0.004 0.005 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.949 0.017 0.018 0.007 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 59 K 0.931 0.012 0.012 0.035 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.551 0.012 0.021 0.391 0.004 0.003 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 61 N 0.183 0.055 0.114 0.277 0.041 0.030 0.214 0.061 0.018 0.005 0.001 62 T 0.194 0.169 0.313 0.189 0.030 0.037 0.053 0.004 0.008 0.002 0.001 63 T 0.091 0.462 0.243 0.113 0.041 0.028 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 64 Y 0.047 0.540 0.231 0.041 0.038 0.073 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 65 K 0.109 0.559 0.209 0.037 0.035 0.027 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 66 N 0.137 0.266 0.289 0.045 0.077 0.102 0.037 0.007 0.031 0.007 0.003 67 V 0.118 0.481 0.232 0.032 0.033 0.036 0.008 0.001 0.057 0.001 0.001 68 K 0.143 0.169 0.475 0.071 0.040 0.023 0.033 0.003 0.020 0.015 0.007 69 G 0.056 0.020 0.057 0.042 0.098 0.017 0.053 0.337 0.008 0.309 0.003 70 R 0.129 0.118 0.226 0.304 0.044 0.017 0.112 0.019 0.018 0.010 0.004 71 G 0.102 0.034 0.100 0.044 0.115 0.013 0.099 0.342 0.006 0.141 0.003 72 R 0.136 0.241 0.409 0.094 0.036 0.051 0.011 0.002 0.017 0.002 0.001 73 V 0.354 0.230 0.294 0.067 0.010 0.031 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 74 K 0.514 0.211 0.153 0.065 0.020 0.021 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 75 E 0.394 0.225 0.136 0.106 0.067 0.033 0.022 0.003 0.012 0.001 0.001 76 L 0.227 0.285 0.224 0.145 0.069 0.024 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 77 D 0.166 0.120 0.349 0.072 0.045 0.129 0.030 0.005 0.074 0.010 0.001 78 S 0.895 0.008 0.044 0.036 0.005 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 79 Q 0.922 0.006 0.011 0.056 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.939 0.007 0.006 0.041 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 81 F 0.954 0.007 0.010 0.021 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Y 0.984 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.989 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.936 0.046 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 86 A 0.900 0.045 0.033 0.008 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 87 V 0.895 0.040 0.020 0.031 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 88 E 0.754 0.046 0.024 0.127 0.026 0.007 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 89 T 0.226 0.274 0.069 0.167 0.230 0.006 0.009 0.002 0.017 0.001 0.001 90 T 0.144 0.539 0.163 0.044 0.022 0.046 0.019 0.001 0.023 0.001 0.001 91 V 0.103 0.602 0.161 0.047 0.026 0.037 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 92 Y 0.018 0.259 0.337 0.004 0.031 0.063 0.008 0.001 0.278 0.002 0.001 93 P 0.605 0.002 0.315 0.025 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 94 T 0.252 0.061 0.100 0.459 0.020 0.035 0.040 0.014 0.016 0.002 0.001 95 F 0.537 0.061 0.116 0.221 0.027 0.007 0.016 0.003 0.010 0.002 0.001 96 K 0.261 0.076 0.201 0.304 0.038 0.044 0.039 0.009 0.017 0.010 0.002 97 A 0.559 0.030 0.223 0.078 0.015 0.035 0.023 0.005 0.022 0.008 0.001 98 K 0.977 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.971 0.008 0.009 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.965 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.986 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.991 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.928 0.003 0.006 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 Y 0.147 0.006 0.015 0.811 0.003 0.003 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 105 K 0.057 0.021 0.041 0.073 0.021 0.016 0.666 0.084 0.007 0.014 0.001 106 T 0.093 0.208 0.456 0.141 0.032 0.040 0.019 0.002 0.006 0.002 0.001 107 E 0.197 0.148 0.359 0.226 0.018 0.031 0.004 0.002 0.011 0.002 0.002 108 D 0.016 0.091 0.402 0.005 0.062 0.052 0.006 0.001 0.363 0.003 0.001 109 P 0.972 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 E 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 V 0.957 0.003 0.011 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.728 0.021 0.049 0.168 0.003 0.014 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 118 S 0.621 0.028 0.109 0.150 0.013 0.036 0.023 0.004 0.009 0.006 0.001 119 V 0.606 0.056 0.118 0.163 0.008 0.020 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 120 G 0.438 0.018 0.150 0.217 0.020 0.013 0.097 0.020 0.007 0.016 0.003 121 G 0.150 0.005 0.031 0.023 0.081 0.004 0.032 0.498 0.002 0.173 0.001 122 E 0.699 0.115 0.108 0.039 0.005 0.024 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 123 Y 0.792 0.064 0.068 0.036 0.011 0.019 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 124 A 0.942 0.011 0.022 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 N 0.930 0.013 0.014 0.025 0.006 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 126 W 0.952 0.006 0.008 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.973 0.002 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 N 0.961 0.007 0.007 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 129 K 0.947 0.013 0.009 0.023 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.955 0.009 0.020 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.912 0.030 0.013 0.032 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 132 E 0.778 0.093 0.047 0.034 0.014 0.014 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 133 I 0.524 0.163 0.095 0.157 0.014 0.020 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 134 N 0.152 0.069 0.215 0.249 0.031 0.055 0.168 0.012 0.036 0.009 0.003 135 G 0.133 0.014 0.059 0.056 0.108 0.017 0.089 0.299 0.005 0.217 0.002 136 F 0.228 0.194 0.214 0.256 0.057 0.023 0.008 0.003 0.011 0.004 0.001 137 D 0.132 0.084 0.309 0.208 0.057 0.105 0.048 0.010 0.031 0.010 0.005 138 D 0.601 0.042 0.103 0.172 0.023 0.015 0.020 0.008 0.007 0.005 0.002 139 D 0.428 0.104 0.181 0.154 0.023 0.050 0.023 0.003 0.030 0.003 0.001 140 L 0.877 0.007 0.046 0.061 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.949 0.009 0.016 0.018 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 142 D 0.889 0.013 0.019 0.064 0.004 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 143 L 0.943 0.003 0.013 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.986 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 E 0.988 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.961 0.005 0.007 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.872 0.008 0.023 0.084 0.003 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 148 K 0.866 0.011 0.027 0.069 0.003 0.003 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 149 N 0.474 0.025 0.065 0.262 0.036 0.027 0.061 0.028 0.013 0.008 0.001 150 L 0.710 0.031 0.124 0.103 0.006 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 151 E 0.645 0.052 0.078 0.189 0.006 0.012 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 152 H 0.437 0.053 0.071 0.298 0.042 0.027 0.039 0.013 0.012 0.007 0.001 153 H 0.484 0.064 0.095 0.240 0.026 0.019 0.040 0.012 0.014 0.005 0.002 154 H 0.407 0.096 0.100 0.261 0.026 0.018 0.059 0.009 0.016 0.004 0.001 155 H 0.320 0.105 0.140 0.251 0.034 0.023 0.088 0.014 0.017 0.006 0.002 156 H 0.246 0.131 0.175 0.263 0.040 0.026 0.081 0.017 0.015 0.006 0.002 157 H 0.192 0.242 0.282 0.122 0.045 0.030 0.049 0.008 0.024 0.004 0.001