# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.4237 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.179 0.044 0.012 0.206 0.013 0.026 0.245 0.085 0.060 0.038 2 S 0.105 0.127 0.057 0.016 0.183 0.019 0.039 0.297 0.087 0.035 0.035 3 E 0.068 0.058 0.028 0.014 0.077 0.028 0.104 0.397 0.119 0.078 0.029 4 N 0.070 0.119 0.079 0.041 0.097 0.042 0.063 0.222 0.090 0.130 0.048 5 Q 0.045 0.131 0.068 0.057 0.069 0.045 0.060 0.246 0.112 0.123 0.046 6 N 0.094 0.083 0.035 0.018 0.109 0.019 0.029 0.213 0.131 0.186 0.083 7 E 0.079 0.206 0.032 0.011 0.247 0.018 0.030 0.209 0.101 0.038 0.029 8 K 0.125 0.127 0.042 0.012 0.225 0.023 0.069 0.212 0.058 0.062 0.044 9 V 0.276 0.079 0.014 0.008 0.262 0.007 0.016 0.109 0.048 0.103 0.079 10 Y 0.061 0.253 0.095 0.022 0.250 0.058 0.061 0.098 0.031 0.038 0.033 11 D 0.195 0.328 0.056 0.002 0.298 0.002 0.004 0.052 0.008 0.020 0.037 12 L 0.013 0.011 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.398 0.526 0.029 0.006 13 S 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.005 0.008 0.711 0.261 0.004 0.001 14 F 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.017 0.683 0.187 0.092 0.002 15 F 0.013 0.008 0.008 0.002 0.017 0.006 0.064 0.547 0.110 0.217 0.006 16 M 0.019 0.202 0.147 0.039 0.047 0.032 0.066 0.259 0.091 0.081 0.018 17 P 0.021 0.326 0.083 0.031 0.061 0.032 0.099 0.256 0.065 0.019 0.009 18 G 0.020 0.028 0.060 0.045 0.023 0.050 0.046 0.237 0.132 0.309 0.050 19 Q 0.075 0.091 0.032 0.011 0.107 0.014 0.099 0.218 0.108 0.198 0.047 20 T 0.154 0.087 0.017 0.004 0.179 0.007 0.016 0.185 0.125 0.153 0.073 21 I 0.042 0.261 0.064 0.021 0.159 0.058 0.074 0.197 0.065 0.034 0.025 22 D 0.275 0.113 0.037 0.005 0.303 0.007 0.013 0.062 0.022 0.083 0.081 23 A 0.106 0.134 0.017 0.005 0.257 0.008 0.014 0.184 0.190 0.057 0.027 24 E 0.054 0.071 0.033 0.022 0.086 0.052 0.106 0.341 0.154 0.059 0.022 25 E 0.203 0.068 0.023 0.012 0.199 0.015 0.039 0.099 0.068 0.193 0.080 26 V 0.132 0.248 0.035 0.014 0.388 0.018 0.030 0.043 0.026 0.036 0.031 27 E 0.208 0.156 0.061 0.023 0.282 0.019 0.034 0.049 0.035 0.062 0.072 28 V 0.079 0.360 0.183 0.018 0.265 0.007 0.010 0.019 0.013 0.012 0.034 29 P 0.123 0.322 0.132 0.013 0.238 0.011 0.024 0.059 0.026 0.017 0.036 30 I 0.127 0.157 0.059 0.018 0.153 0.036 0.070 0.147 0.112 0.069 0.053 31 S 0.093 0.225 0.088 0.029 0.242 0.035 0.053 0.103 0.063 0.040 0.030 32 K 0.228 0.075 0.020 0.010 0.247 0.021 0.035 0.119 0.091 0.098 0.055 33 R 0.166 0.228 0.032 0.005 0.429 0.008 0.019 0.056 0.019 0.013 0.025 34 F 0.265 0.140 0.029 0.003 0.390 0.005 0.013 0.063 0.012 0.023 0.057 35 V 0.103 0.262 0.042 0.010 0.388 0.011 0.019 0.092 0.019 0.019 0.035 36 D 0.142 0.142 0.296 0.028 0.150 0.012 0.022 0.116 0.031 0.014 0.047 37 K 0.017 0.031 0.026 0.020 0.026 0.059 0.104 0.569 0.107 0.028 0.014 38 E 0.008 0.579 0.161 0.098 0.026 0.037 0.041 0.018 0.013 0.014 0.006 39 G 0.018 0.023 0.030 0.160 0.011 0.028 0.011 0.011 0.017 0.435 0.257 40 N 0.084 0.281 0.182 0.047 0.152 0.021 0.026 0.018 0.027 0.098 0.063 41 V 0.369 0.119 0.024 0.009 0.344 0.013 0.014 0.008 0.017 0.024 0.058 42 V 0.057 0.392 0.180 0.045 0.213 0.044 0.040 0.004 0.006 0.006 0.014 43 P 0.313 0.080 0.010 0.002 0.536 0.003 0.004 0.003 0.003 0.011 0.035 44 F 0.152 0.126 0.002 0.001 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 45 I 0.223 0.059 0.009 0.001 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 46 F 0.440 0.072 0.008 0.004 0.404 0.004 0.002 0.002 0.002 0.006 0.057 47 K 0.130 0.230 0.060 0.019 0.416 0.036 0.031 0.009 0.009 0.011 0.049 48 A 0.270 0.168 0.042 0.002 0.376 0.003 0.006 0.009 0.007 0.020 0.096 49 I 0.083 0.412 0.118 0.015 0.177 0.020 0.024 0.024 0.017 0.045 0.065 50 T 0.051 0.462 0.246 0.010 0.170 0.004 0.003 0.017 0.007 0.007 0.022 51 T 0.010 0.029 0.007 0.002 0.017 0.005 0.011 0.599 0.299 0.016 0.005 52 D 0.002 0.011 0.007 0.002 0.003 0.005 0.018 0.812 0.122 0.016 0.002 53 R 0.005 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.005 0.849 0.086 0.037 0.003 54 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.920 0.056 0.004 0.001 55 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.048 0.002 0.001 56 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.962 0.018 0.003 0.001 57 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.934 0.031 0.012 0.001 58 E 0.007 0.006 0.002 0.001 0.010 0.003 0.010 0.865 0.085 0.008 0.003 59 K 0.006 0.007 0.004 0.003 0.007 0.004 0.041 0.838 0.074 0.013 0.002 60 E 0.019 0.059 0.030 0.012 0.029 0.020 0.186 0.493 0.083 0.059 0.010 61 N 0.122 0.122 0.034 0.015 0.156 0.015 0.035 0.167 0.082 0.162 0.091 62 T 0.125 0.189 0.042 0.021 0.211 0.024 0.042 0.150 0.071 0.063 0.062 63 T 0.163 0.167 0.072 0.012 0.273 0.022 0.039 0.099 0.043 0.048 0.063 64 Y 0.224 0.148 0.033 0.010 0.326 0.018 0.027 0.095 0.052 0.030 0.037 65 K 0.162 0.138 0.041 0.013 0.301 0.023 0.052 0.125 0.067 0.039 0.040 66 N 0.174 0.157 0.094 0.010 0.309 0.009 0.023 0.062 0.032 0.045 0.084 67 V 0.241 0.126 0.043 0.019 0.252 0.024 0.036 0.066 0.034 0.074 0.085 68 K 0.039 0.124 0.106 0.194 0.059 0.144 0.087 0.084 0.047 0.084 0.032 69 G 0.008 0.037 0.090 0.573 0.013 0.094 0.036 0.054 0.026 0.056 0.013 70 R 0.020 0.116 0.111 0.165 0.035 0.068 0.104 0.179 0.072 0.109 0.022 71 G 0.039 0.081 0.118 0.068 0.037 0.034 0.026 0.079 0.054 0.366 0.099 72 R 0.109 0.339 0.102 0.005 0.286 0.005 0.010 0.050 0.023 0.023 0.048 73 V 0.142 0.185 0.030 0.008 0.255 0.012 0.017 0.194 0.094 0.031 0.031 74 K 0.062 0.112 0.053 0.016 0.148 0.029 0.078 0.337 0.113 0.028 0.025 75 E 0.193 0.052 0.018 0.007 0.138 0.010 0.055 0.217 0.062 0.182 0.067 76 L 0.060 0.241 0.089 0.026 0.189 0.038 0.053 0.147 0.044 0.077 0.037 77 D 0.155 0.228 0.095 0.020 0.249 0.011 0.010 0.100 0.035 0.041 0.057 78 S 0.011 0.016 0.005 0.002 0.018 0.003 0.005 0.490 0.410 0.034 0.007 79 Q 0.002 0.008 0.005 0.002 0.003 0.006 0.019 0.807 0.133 0.014 0.002 80 R 0.006 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.009 0.863 0.067 0.033 0.005 81 F 0.008 0.014 0.003 0.001 0.014 0.002 0.004 0.884 0.058 0.008 0.003 82 Y 0.008 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.911 0.057 0.004 0.002 83 A 0.007 0.004 0.002 0.002 0.014 0.002 0.012 0.895 0.058 0.003 0.001 84 R 0.024 0.003 0.001 0.003 0.013 0.001 0.044 0.876 0.024 0.008 0.003 85 I 0.073 0.045 0.004 0.003 0.145 0.002 0.025 0.645 0.039 0.011 0.009 86 A 0.187 0.033 0.005 0.006 0.142 0.004 0.042 0.491 0.051 0.018 0.022 87 V 0.103 0.091 0.028 0.016 0.202 0.015 0.063 0.370 0.069 0.017 0.026 88 E 0.120 0.046 0.018 0.024 0.110 0.033 0.093 0.311 0.107 0.087 0.051 89 T 0.099 0.184 0.031 0.013 0.321 0.017 0.044 0.153 0.057 0.039 0.041 90 T 0.221 0.141 0.021 0.004 0.405 0.004 0.029 0.092 0.024 0.023 0.035 91 V 0.144 0.242 0.076 0.011 0.275 0.012 0.030 0.061 0.027 0.038 0.084 92 Y 0.110 0.322 0.117 0.009 0.307 0.005 0.006 0.039 0.019 0.011 0.056 93 P 0.022 0.079 0.022 0.007 0.056 0.022 0.104 0.405 0.236 0.035 0.012 94 T 0.086 0.062 0.034 0.008 0.090 0.012 0.093 0.205 0.116 0.222 0.071 95 F 0.046 0.182 0.037 0.010 0.111 0.015 0.029 0.284 0.140 0.114 0.033 96 K 0.020 0.094 0.074 0.025 0.024 0.047 0.035 0.183 0.096 0.372 0.028 97 A 0.082 0.162 0.018 0.003 0.239 0.003 0.005 0.367 0.055 0.045 0.021 98 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.718 0.263 0.009 0.001 99 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.047 0.005 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.879 0.076 0.038 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.895 0.088 0.003 0.001 102 E 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.039 0.879 0.053 0.018 0.001 103 A 0.021 0.023 0.020 0.005 0.023 0.011 0.100 0.573 0.082 0.130 0.011 104 Y 0.049 0.504 0.081 0.024 0.106 0.013 0.023 0.090 0.056 0.029 0.025 105 K 0.027 0.024 0.021 0.028 0.022 0.051 0.083 0.173 0.120 0.333 0.120 106 T 0.101 0.163 0.052 0.006 0.237 0.006 0.022 0.115 0.076 0.171 0.052 107 E 0.047 0.196 0.098 0.027 0.112 0.098 0.119 0.112 0.052 0.093 0.046 108 D 0.067 0.529 0.198 0.002 0.159 0.001 0.001 0.012 0.003 0.009 0.019 109 P 0.006 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.627 0.321 0.016 0.003 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.909 0.082 0.002 0.001 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.027 0.002 0.001 112 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.047 0.010 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.861 0.131 0.003 0.001 114 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.894 0.077 0.006 0.001 115 R 0.009 0.005 0.004 0.002 0.007 0.002 0.080 0.804 0.050 0.035 0.001 116 V 0.071 0.031 0.009 0.004 0.054 0.006 0.057 0.514 0.134 0.094 0.027 117 L 0.044 0.140 0.035 0.009 0.135 0.014 0.045 0.360 0.141 0.053 0.023 118 S 0.078 0.079 0.075 0.017 0.076 0.014 0.058 0.373 0.098 0.088 0.045 119 V 0.023 0.109 0.087 0.021 0.039 0.043 0.153 0.343 0.086 0.071 0.025 120 G 0.015 0.160 0.088 0.105 0.037 0.046 0.082 0.262 0.075 0.098 0.033 121 G 0.016 0.057 0.193 0.125 0.025 0.026 0.012 0.217 0.088 0.187 0.054 122 E 0.034 0.180 0.035 0.002 0.078 0.004 0.021 0.501 0.094 0.036 0.014 123 Y 0.023 0.018 0.005 0.002 0.022 0.002 0.005 0.700 0.172 0.039 0.010 124 A 0.005 0.011 0.007 0.005 0.008 0.009 0.016 0.807 0.121 0.009 0.003 125 N 0.009 0.015 0.006 0.001 0.009 0.002 0.016 0.853 0.059 0.026 0.003 126 W 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.813 0.133 0.034 0.002 127 L 0.003 0.009 0.004 0.002 0.004 0.004 0.005 0.837 0.121 0.009 0.002 128 N 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.013 0.853 0.101 0.016 0.002 129 K 0.005 0.008 0.004 0.001 0.006 0.001 0.023 0.875 0.054 0.022 0.001 130 A 0.011 0.007 0.002 0.001 0.012 0.003 0.011 0.787 0.133 0.029 0.006 131 I 0.009 0.018 0.003 0.002 0.032 0.005 0.015 0.764 0.137 0.011 0.004 132 E 0.030 0.010 0.008 0.003 0.028 0.006 0.072 0.694 0.074 0.067 0.009 133 I 0.060 0.055 0.033 0.018 0.069 0.027 0.135 0.429 0.081 0.064 0.029 134 N 0.023 0.281 0.129 0.086 0.069 0.059 0.070 0.108 0.055 0.082 0.039 135 G 0.048 0.024 0.033 0.055 0.030 0.017 0.016 0.084 0.060 0.467 0.167 136 F 0.048 0.195 0.114 0.031 0.115 0.041 0.067 0.104 0.074 0.165 0.046 137 D 0.100 0.210 0.087 0.053 0.192 0.028 0.027 0.109 0.061 0.070 0.064 138 D 0.010 0.025 0.033 0.027 0.022 0.063 0.080 0.333 0.281 0.112 0.013 139 D 0.093 0.126 0.046 0.006 0.116 0.007 0.019 0.231 0.075 0.245 0.036 140 L 0.009 0.012 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.605 0.314 0.034 0.007 141 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.923 0.062 0.003 0.001 142 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.046 0.021 0.001 143 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.966 0.026 0.003 0.001 144 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.001 0.001 145 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.978 0.013 0.001 0.001 146 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.969 0.010 0.002 0.001 147 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 0.872 0.092 0.011 0.002 148 K 0.002 0.009 0.003 0.004 0.004 0.008 0.095 0.752 0.108 0.013 0.002 149 N 0.033 0.052 0.033 0.006 0.057 0.009 0.032 0.321 0.113 0.302 0.042 150 L 0.045 0.152 0.022 0.004 0.116 0.007 0.040 0.291 0.213 0.080 0.029 151 E 0.078 0.124 0.054 0.017 0.126 0.026 0.072 0.254 0.112 0.093 0.045 152 H 0.072 0.157 0.122 0.058 0.119 0.036 0.056 0.138 0.069 0.119 0.055 153 H 0.061 0.076 0.076 0.081 0.073 0.060 0.086 0.174 0.093 0.157 0.063 154 H 0.049 0.108 0.090 0.066 0.074 0.041 0.055 0.135 0.107 0.216 0.059 155 H 0.074 0.131 0.100 0.051 0.131 0.030 0.035 0.123 0.096 0.163 0.065 156 H 0.078 0.108 0.068 0.033 0.117 0.035 0.046 0.178 0.135 0.154 0.048 157 H 0.100 0.137 0.067 0.026 0.160 0.025 0.034 0.156 0.106 0.136 0.053