# TARGET T0465 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0465.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.4237 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.558 0.184 0.165 0.069 0.021 0.003 0.001 2 S 0.787 0.160 0.043 0.009 0.001 0.001 0.001 3 E 0.837 0.129 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 4 N 0.776 0.165 0.050 0.008 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.732 0.211 0.042 0.014 0.001 0.001 0.001 6 N 0.766 0.167 0.054 0.010 0.002 0.001 0.001 7 E 0.525 0.297 0.120 0.048 0.009 0.001 0.001 8 K 0.420 0.323 0.177 0.058 0.019 0.003 0.001 9 V 0.097 0.221 0.287 0.255 0.118 0.021 0.001 10 Y 0.066 0.167 0.243 0.300 0.180 0.042 0.001 11 D 0.081 0.223 0.326 0.217 0.114 0.035 0.004 12 L 0.008 0.018 0.033 0.108 0.298 0.479 0.057 13 S 0.031 0.164 0.338 0.316 0.114 0.033 0.004 14 F 0.048 0.202 0.232 0.245 0.173 0.090 0.011 15 F 0.025 0.053 0.120 0.270 0.334 0.182 0.016 16 M 0.036 0.073 0.131 0.296 0.328 0.126 0.008 17 P 0.327 0.322 0.261 0.067 0.019 0.003 0.001 18 G 0.665 0.257 0.061 0.014 0.002 0.001 0.001 19 Q 0.626 0.292 0.064 0.015 0.003 0.001 0.001 20 T 0.296 0.307 0.214 0.127 0.049 0.006 0.001 21 I 0.319 0.353 0.175 0.123 0.027 0.003 0.001 22 D 0.495 0.388 0.077 0.032 0.007 0.001 0.001 23 A 0.267 0.283 0.197 0.181 0.066 0.006 0.001 24 E 0.440 0.311 0.151 0.076 0.019 0.002 0.001 25 E 0.453 0.363 0.115 0.055 0.011 0.001 0.001 26 V 0.186 0.207 0.256 0.228 0.110 0.013 0.001 27 E 0.376 0.395 0.152 0.063 0.011 0.003 0.001 28 V 0.228 0.236 0.240 0.203 0.083 0.011 0.001 29 P 0.399 0.300 0.194 0.078 0.024 0.005 0.001 30 I 0.213 0.240 0.219 0.214 0.091 0.022 0.001 31 S 0.566 0.244 0.142 0.037 0.009 0.002 0.001 32 K 0.521 0.332 0.106 0.033 0.007 0.002 0.001 33 R 0.105 0.185 0.277 0.262 0.142 0.027 0.001 34 F 0.070 0.114 0.184 0.276 0.264 0.089 0.002 35 V 0.137 0.219 0.279 0.225 0.118 0.021 0.001 36 D 0.421 0.412 0.117 0.041 0.008 0.001 0.001 37 K 0.438 0.249 0.168 0.108 0.033 0.005 0.001 38 E 0.668 0.197 0.099 0.029 0.007 0.001 0.001 39 G 0.611 0.241 0.105 0.037 0.006 0.001 0.001 40 N 0.710 0.198 0.079 0.010 0.003 0.001 0.001 41 V 0.229 0.516 0.134 0.093 0.021 0.006 0.001 42 V 0.032 0.076 0.147 0.291 0.364 0.087 0.003 43 P 0.086 0.249 0.296 0.260 0.080 0.025 0.003 44 F 0.011 0.030 0.073 0.166 0.385 0.299 0.035 45 I 0.014 0.064 0.180 0.328 0.257 0.131 0.027 46 F 0.005 0.008 0.019 0.058 0.238 0.537 0.135 47 K 0.031 0.153 0.283 0.294 0.161 0.068 0.011 48 A 0.046 0.140 0.186 0.235 0.213 0.159 0.020 49 I 0.025 0.062 0.151 0.352 0.257 0.142 0.011 50 T 0.207 0.336 0.238 0.131 0.063 0.024 0.001 51 T 0.311 0.367 0.188 0.100 0.030 0.004 0.001 52 D 0.678 0.254 0.052 0.014 0.002 0.001 0.001 53 R 0.238 0.302 0.247 0.143 0.060 0.009 0.001 54 I 0.060 0.106 0.233 0.397 0.174 0.029 0.001 55 D 0.592 0.283 0.107 0.016 0.002 0.001 0.001 56 E 0.294 0.509 0.145 0.042 0.009 0.001 0.001 57 L 0.020 0.037 0.110 0.340 0.405 0.087 0.001 58 E 0.100 0.262 0.305 0.249 0.071 0.012 0.001 59 K 0.509 0.323 0.123 0.037 0.008 0.001 0.001 60 E 0.397 0.362 0.165 0.054 0.018 0.003 0.001 61 N 0.055 0.107 0.192 0.342 0.236 0.066 0.002 62 T 0.341 0.332 0.223 0.080 0.019 0.005 0.001 63 T 0.254 0.306 0.227 0.129 0.067 0.016 0.001 64 Y 0.084 0.111 0.199 0.341 0.200 0.062 0.003 65 K 0.376 0.305 0.213 0.075 0.023 0.007 0.001 66 N 0.405 0.343 0.182 0.052 0.014 0.003 0.001 67 V 0.124 0.114 0.166 0.286 0.256 0.053 0.002 68 K 0.257 0.345 0.222 0.138 0.031 0.006 0.001 69 G 0.627 0.252 0.090 0.023 0.006 0.001 0.001 70 R 0.607 0.283 0.079 0.026 0.005 0.001 0.001 71 G 0.462 0.375 0.108 0.043 0.010 0.002 0.001 72 R 0.105 0.193 0.252 0.270 0.157 0.023 0.001 73 V 0.094 0.174 0.248 0.325 0.133 0.025 0.001 74 K 0.387 0.386 0.153 0.057 0.014 0.002 0.001 75 E 0.161 0.361 0.266 0.147 0.055 0.009 0.001 76 L 0.033 0.045 0.113 0.283 0.370 0.151 0.006 77 D 0.108 0.256 0.289 0.218 0.101 0.027 0.002 78 S 0.204 0.298 0.216 0.175 0.077 0.028 0.003 79 Q 0.262 0.285 0.226 0.135 0.067 0.021 0.003 80 R 0.213 0.352 0.222 0.134 0.049 0.025 0.005 81 F 0.024 0.058 0.116 0.238 0.347 0.191 0.025 82 Y 0.024 0.081 0.139 0.226 0.239 0.218 0.074 83 A 0.010 0.040 0.092 0.188 0.292 0.291 0.087 84 R 0.013 0.063 0.140 0.238 0.282 0.200 0.065 85 I 0.002 0.007 0.019 0.057 0.175 0.401 0.339 86 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 0.255 0.714 87 V 0.001 0.003 0.008 0.032 0.098 0.351 0.508 88 E 0.002 0.012 0.039 0.133 0.211 0.257 0.347 89 T 0.001 0.002 0.006 0.015 0.072 0.428 0.476 90 T 0.002 0.007 0.018 0.056 0.142 0.410 0.365 91 V 0.003 0.009 0.022 0.063 0.222 0.487 0.193 92 Y 0.015 0.059 0.157 0.306 0.282 0.152 0.029 93 P 0.098 0.223 0.261 0.209 0.125 0.077 0.007 94 T 0.141 0.394 0.269 0.127 0.052 0.016 0.001 95 F 0.035 0.056 0.136 0.357 0.325 0.088 0.002 96 K 0.308 0.414 0.185 0.073 0.017 0.003 0.001 97 A 0.289 0.364 0.185 0.125 0.031 0.005 0.001 98 K 0.583 0.293 0.099 0.020 0.004 0.001 0.001 99 E 0.189 0.485 0.205 0.099 0.018 0.003 0.001 100 L 0.012 0.026 0.092 0.306 0.475 0.088 0.001 101 R 0.062 0.203 0.324 0.322 0.075 0.013 0.001 102 E 0.501 0.343 0.127 0.022 0.006 0.001 0.001 103 A 0.124 0.353 0.281 0.173 0.059 0.010 0.001 104 Y 0.042 0.080 0.137 0.344 0.297 0.096 0.003 105 K 0.185 0.421 0.263 0.099 0.025 0.006 0.001 106 T 0.070 0.110 0.169 0.340 0.242 0.067 0.002 107 E 0.247 0.319 0.248 0.137 0.040 0.008 0.001 108 D 0.374 0.369 0.169 0.061 0.021 0.007 0.001 109 P 0.076 0.144 0.178 0.280 0.199 0.116 0.008 110 V 0.087 0.193 0.322 0.252 0.110 0.033 0.002 111 E 0.073 0.302 0.288 0.226 0.087 0.022 0.002 112 V 0.018 0.038 0.094 0.207 0.343 0.276 0.025 113 A 0.012 0.032 0.063 0.181 0.375 0.298 0.038 114 K 0.121 0.341 0.298 0.182 0.044 0.011 0.002 115 R 0.073 0.239 0.241 0.256 0.145 0.041 0.004 116 V 0.044 0.088 0.149 0.248 0.264 0.188 0.019 117 L 0.063 0.115 0.170 0.283 0.246 0.105 0.017 118 S 0.307 0.364 0.193 0.091 0.032 0.011 0.002 119 V 0.141 0.194 0.184 0.211 0.169 0.088 0.014 120 G 0.188 0.201 0.212 0.188 0.114 0.079 0.019 121 G 0.153 0.163 0.183 0.183 0.167 0.120 0.031 122 E 0.090 0.110 0.154 0.184 0.202 0.198 0.063 123 Y 0.073 0.087 0.113 0.177 0.233 0.238 0.079 124 A 0.111 0.196 0.207 0.219 0.153 0.088 0.026 125 N 0.093 0.203 0.251 0.213 0.139 0.082 0.019 126 W 0.016 0.028 0.052 0.130 0.285 0.367 0.122 127 L 0.017 0.056 0.127 0.227 0.264 0.231 0.078 128 N 0.061 0.245 0.260 0.224 0.127 0.069 0.015 129 K 0.010 0.062 0.162 0.320 0.296 0.117 0.032 130 A 0.002 0.004 0.010 0.029 0.131 0.504 0.321 131 I 0.006 0.029 0.066 0.149 0.260 0.351 0.139 132 E 0.014 0.079 0.161 0.324 0.233 0.135 0.054 133 I 0.005 0.011 0.023 0.053 0.178 0.544 0.186 134 N 0.015 0.053 0.082 0.173 0.228 0.352 0.098 135 G 0.039 0.121 0.194 0.270 0.234 0.125 0.017 136 F 0.043 0.090 0.200 0.342 0.243 0.077 0.004 137 D 0.405 0.354 0.167 0.059 0.012 0.003 0.001 138 D 0.757 0.178 0.052 0.011 0.003 0.001 0.001 139 D 0.635 0.298 0.050 0.014 0.002 0.001 0.001 140 L 0.211 0.252 0.278 0.187 0.066 0.006 0.001 141 E 0.578 0.321 0.071 0.025 0.003 0.001 0.001 142 D 0.389 0.407 0.114 0.066 0.022 0.002 0.001 143 L 0.136 0.249 0.218 0.237 0.135 0.024 0.001 144 E 0.133 0.225 0.305 0.227 0.089 0.019 0.001 145 E 0.178 0.357 0.216 0.183 0.056 0.010 0.001 146 A 0.046 0.159 0.331 0.275 0.156 0.032 0.002 147 A 0.017 0.026 0.061 0.146 0.386 0.342 0.022 148 K 0.048 0.151 0.261 0.281 0.186 0.068 0.004 149 N 0.090 0.285 0.273 0.221 0.102 0.028 0.002 150 L 0.102 0.169 0.242 0.299 0.146 0.041 0.001 151 E 0.425 0.297 0.196 0.060 0.018 0.003 0.001 152 H 0.664 0.262 0.054 0.017 0.003 0.001 0.001 153 H 0.729 0.200 0.057 0.011 0.002 0.001 0.001 154 H 0.657 0.254 0.071 0.016 0.002 0.001 0.001 155 H 0.744 0.207 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 156 H 0.672 0.278 0.035 0.014 0.002 0.001 0.001 157 H 0.649 0.250 0.070 0.025 0.005 0.001 0.001