# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.006 0.062 0.043 0.055 0.011 0.054 0.202 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.046 0.019 0.161 0.104 0.084 0.133 0.001 2 D 0.005 0.005 0.016 0.030 0.091 0.004 0.023 0.241 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.027 0.102 0.034 0.196 0.202 0.001 3 R 0.003 0.003 0.013 0.020 0.017 0.003 0.012 0.276 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.587 0.011 0.013 0.015 0.001 4 K 0.005 0.004 0.004 0.007 0.010 0.015 0.085 0.809 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.033 0.006 0.007 0.007 0.001 5 L 0.014 0.016 0.006 0.011 0.016 0.017 0.070 0.708 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.002 0.055 0.040 0.020 0.005 0.001 6 L 0.008 0.011 0.013 0.015 0.024 0.008 0.043 0.699 0.008 0.004 0.002 0.001 0.005 0.007 0.012 0.018 0.077 0.008 0.019 0.014 0.002 7 H 0.047 0.061 0.026 0.036 0.027 0.012 0.060 0.473 0.017 0.010 0.004 0.002 0.007 0.013 0.038 0.010 0.106 0.015 0.022 0.010 0.003 8 L 0.070 0.070 0.024 0.042 0.077 0.019 0.146 0.210 0.054 0.015 0.013 0.009 0.038 0.038 0.020 0.028 0.080 0.014 0.010 0.007 0.017 9 L 0.037 0.086 0.085 0.086 0.045 0.016 0.112 0.067 0.029 0.007 0.017 0.008 0.031 0.078 0.063 0.046 0.049 0.060 0.048 0.020 0.010 10 C 0.040 0.050 0.033 0.024 0.171 0.002 0.043 0.015 0.015 0.002 0.009 0.017 0.035 0.070 0.039 0.080 0.057 0.119 0.092 0.067 0.020 11 S 0.072 0.044 0.096 0.046 0.093 0.002 0.008 0.007 0.016 0.001 0.009 0.006 0.018 0.038 0.052 0.030 0.033 0.042 0.106 0.280 0.003 12 P 0.002 0.002 0.008 0.024 0.070 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.027 0.617 0.015 0.060 0.124 0.001 13 D 0.002 0.004 0.033 0.015 0.025 0.004 0.499 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.074 0.009 0.192 0.044 0.021 0.061 0.001 14 T 0.001 0.001 0.040 0.051 0.023 0.002 0.163 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.080 0.080 0.218 0.305 0.001 15 R 0.003 0.005 0.014 0.011 0.233 0.002 0.090 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.019 0.248 0.218 0.042 0.088 0.001 16 Q 0.009 0.006 0.296 0.144 0.032 0.004 0.069 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.048 0.006 0.061 0.022 0.066 0.217 0.001 17 P 0.011 0.019 0.012 0.052 0.417 0.002 0.042 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.039 0.063 0.058 0.110 0.143 0.003 18 L 0.038 0.037 0.160 0.106 0.092 0.004 0.031 0.069 0.002 0.001 0.007 0.005 0.016 0.007 0.129 0.018 0.109 0.058 0.046 0.061 0.003 19 S 0.033 0.036 0.126 0.128 0.135 0.009 0.061 0.154 0.002 0.001 0.006 0.006 0.015 0.008 0.036 0.022 0.071 0.019 0.057 0.072 0.002 20 L 0.027 0.035 0.029 0.038 0.211 0.010 0.088 0.193 0.003 0.001 0.007 0.006 0.016 0.012 0.042 0.030 0.106 0.050 0.047 0.043 0.003 21 L 0.016 0.015 0.082 0.073 0.032 0.009 0.074 0.298 0.006 0.002 0.004 0.003 0.009 0.007 0.078 0.008 0.106 0.054 0.060 0.061 0.001 22 E 0.006 0.009 0.022 0.027 0.123 0.007 0.120 0.230 0.007 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.014 0.020 0.233 0.036 0.047 0.085 0.001 23 S 0.003 0.004 0.017 0.018 0.021 0.007 0.186 0.271 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.005 0.253 0.057 0.042 0.077 0.001 24 K 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.005 0.097 0.418 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.376 0.023 0.013 0.038 0.001 25 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.006 0.052 0.791 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 0.046 0.017 0.021 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.006 0.009 0.004 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 30 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.003 0.001 0.001 31 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.890 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.006 0.004 0.003 0.001 32 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.023 0.034 0.845 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.010 0.007 0.003 0.001 33 I 0.002 0.003 0.003 0.004 0.004 0.010 0.058 0.636 0.057 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.106 0.022 0.056 0.008 0.001 34 A 0.002 0.002 0.034 0.027 0.014 0.008 0.118 0.042 0.477 0.060 0.002 0.001 0.004 0.008 0.014 0.006 0.126 0.010 0.015 0.028 0.001 35 S 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.003 0.739 0.006 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.035 0.037 0.025 0.100 0.001 36 G 0.004 0.006 0.015 0.016 0.043 0.003 0.098 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.016 0.035 0.085 0.437 0.082 0.136 0.003 37 T 0.012 0.021 0.114 0.072 0.085 0.003 0.016 0.014 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.039 0.111 0.043 0.045 0.163 0.239 0.006 38 V 0.018 0.025 0.074 0.039 0.316 0.004 0.018 0.022 0.003 0.001 0.008 0.009 0.016 0.029 0.089 0.122 0.048 0.021 0.073 0.057 0.009 39 Q 0.028 0.044 0.185 0.153 0.105 0.010 0.043 0.035 0.002 0.001 0.013 0.013 0.032 0.023 0.196 0.018 0.027 0.013 0.024 0.023 0.014 40 R 0.054 0.059 0.066 0.099 0.199 0.006 0.054 0.047 0.007 0.003 0.015 0.016 0.034 0.032 0.044 0.049 0.039 0.049 0.065 0.050 0.013 41 A 0.043 0.028 0.148 0.152 0.174 0.002 0.033 0.008 0.004 0.003 0.007 0.006 0.011 0.017 0.127 0.025 0.089 0.016 0.041 0.064 0.002 42 D 0.007 0.012 0.050 0.087 0.069 0.002 0.284 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.042 0.032 0.123 0.045 0.048 0.179 0.001 43 G 0.008 0.010 0.031 0.012 0.133 0.004 0.311 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.025 0.035 0.123 0.170 0.032 0.083 0.001 44 S 0.010 0.012 0.199 0.087 0.073 0.003 0.038 0.018 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.048 0.023 0.048 0.094 0.114 0.219 0.002 45 I 0.011 0.012 0.034 0.019 0.551 0.003 0.018 0.024 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.005 0.029 0.040 0.074 0.026 0.068 0.071 0.001 46 Q 0.012 0.013 0.165 0.193 0.047 0.007 0.064 0.036 0.003 0.001 0.004 0.004 0.013 0.007 0.219 0.007 0.084 0.016 0.039 0.064 0.001 47 N 0.023 0.020 0.033 0.055 0.261 0.008 0.170 0.041 0.003 0.001 0.007 0.006 0.011 0.005 0.018 0.031 0.085 0.074 0.072 0.074 0.001 48 Q 0.014 0.011 0.103 0.110 0.064 0.006 0.047 0.060 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.067 0.018 0.129 0.056 0.112 0.194 0.001 49 S 0.008 0.009 0.026 0.030 0.157 0.010 0.071 0.107 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.020 0.034 0.147 0.099 0.103 0.168 0.001 50 L 0.007 0.008 0.054 0.050 0.057 0.010 0.073 0.128 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.051 0.023 0.255 0.041 0.104 0.122 0.001 51 H 0.007 0.009 0.041 0.037 0.070 0.011 0.179 0.182 0.008 0.003 0.002 0.002 0.005 0.004 0.037 0.014 0.193 0.035 0.064 0.098 0.001 52 E 0.011 0.011 0.033 0.037 0.054 0.013 0.262 0.169 0.005 0.002 0.003 0.003 0.006 0.006 0.024 0.012 0.239 0.028 0.035 0.044 0.001 53 A 0.012 0.014 0.031 0.028 0.061 0.026 0.289 0.243 0.006 0.003 0.004 0.004 0.009 0.010 0.031 0.016 0.069 0.071 0.034 0.036 0.002 54 L 0.024 0.029 0.055 0.050 0.095 0.014 0.122 0.156 0.008 0.003 0.009 0.006 0.014 0.019 0.039 0.043 0.077 0.081 0.104 0.049 0.003 55 I 0.024 0.034 0.119 0.055 0.141 0.009 0.058 0.084 0.014 0.003 0.009 0.007 0.024 0.017 0.087 0.041 0.071 0.045 0.067 0.085 0.006 56 T 0.018 0.020 0.047 0.071 0.097 0.007 0.058 0.072 0.013 0.001 0.005 0.006 0.011 0.012 0.036 0.039 0.111 0.029 0.134 0.206 0.004 57 R 0.005 0.007 0.029 0.052 0.069 0.007 0.049 0.071 0.006 0.001 0.003 0.003 0.008 0.011 0.043 0.031 0.431 0.032 0.040 0.099 0.002 58 D 0.008 0.010 0.023 0.027 0.074 0.012 0.231 0.145 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.031 0.028 0.087 0.063 0.108 0.136 0.001 59 R 0.006 0.006 0.031 0.034 0.043 0.008 0.065 0.144 0.005 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.038 0.022 0.312 0.089 0.102 0.081 0.001 60 K 0.009 0.008 0.029 0.021 0.059 0.020 0.300 0.221 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.021 0.010 0.180 0.027 0.028 0.050 0.001 61 Q 0.016 0.021 0.053 0.059 0.044 0.025 0.338 0.110 0.004 0.003 0.003 0.002 0.005 0.004 0.026 0.007 0.099 0.086 0.055 0.038 0.001 62 V 0.016 0.020 0.036 0.036 0.199 0.008 0.107 0.076 0.010 0.002 0.007 0.004 0.012 0.011 0.022 0.068 0.156 0.054 0.080 0.073 0.003 63 F 0.017 0.015 0.199 0.072 0.035 0.008 0.056 0.054 0.006 0.002 0.004 0.004 0.008 0.008 0.125 0.012 0.140 0.041 0.067 0.123 0.004 64 R 0.013 0.016 0.024 0.020 0.314 0.013 0.065 0.072 0.004 0.001 0.005 0.005 0.011 0.010 0.012 0.090 0.109 0.046 0.084 0.083 0.005 65 I 0.015 0.016 0.056 0.061 0.045 0.007 0.047 0.047 0.008 0.005 0.004 0.004 0.009 0.018 0.196 0.011 0.183 0.076 0.131 0.060 0.002 66 E 0.008 0.006 0.063 0.049 0.075 0.006 0.104 0.013 0.006 0.003 0.005 0.004 0.007 0.014 0.037 0.042 0.249 0.028 0.109 0.173 0.001 67 D 0.003 0.004 0.023 0.023 0.042 0.005 0.385 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.043 0.022 0.124 0.078 0.064 0.168 0.001 68 S 0.003 0.007 0.023 0.011 0.087 0.003 0.247 0.004 0.002 0.001 0.007 0.006 0.012 0.011 0.034 0.090 0.176 0.140 0.054 0.079 0.004 69 I 0.015 0.016 0.218 0.036 0.048 0.002 0.027 0.009 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.019 0.194 0.086 0.037 0.025 0.085 0.151 0.009 70 P 0.024 0.025 0.028 0.028 0.310 0.004 0.014 0.010 0.002 0.001 0.014 0.018 0.033 0.088 0.084 0.142 0.033 0.021 0.063 0.040 0.019 71 V 0.023 0.026 0.086 0.095 0.053 0.007 0.024 0.008 0.002 0.001 0.028 0.016 0.046 0.127 0.258 0.073 0.024 0.021 0.057 0.016 0.009 72 L 0.020 0.032 0.053 0.035 0.093 0.003 0.067 0.004 0.005 0.001 0.041 0.043 0.084 0.145 0.117 0.067 0.022 0.041 0.061 0.055 0.011 73 L 0.007 0.004 0.033 0.037 0.045 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.012 0.024 0.119 0.011 0.012 0.134 0.542 0.003 74 P 0.001 0.001 0.002 0.015 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.060 0.451 0.006 0.065 0.368 0.001 75 E 0.002 0.003 0.010 0.011 0.021 0.006 0.231 0.081 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.032 0.029 0.450 0.042 0.019 0.052 0.001 76 E 0.006 0.004 0.018 0.011 0.016 0.033 0.395 0.317 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.054 0.049 0.043 0.029 0.001 77 A 0.005 0.006 0.015 0.019 0.046 0.012 0.147 0.430 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.008 0.007 0.196 0.045 0.026 0.025 0.001 78 I 0.032 0.021 0.042 0.052 0.034 0.009 0.081 0.457 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.015 0.005 0.146 0.021 0.039 0.030 0.001 79 A 0.031 0.045 0.017 0.040 0.058 0.012 0.066 0.518 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.009 0.004 0.101 0.015 0.029 0.038 0.001 80 T 0.019 0.025 0.013 0.029 0.043 0.013 0.102 0.441 0.010 0.003 0.004 0.002 0.008 0.005 0.009 0.008 0.192 0.030 0.023 0.018 0.002 81 I 0.010 0.015 0.026 0.021 0.025 0.016 0.110 0.544 0.010 0.003 0.003 0.002 0.006 0.007 0.018 0.009 0.081 0.022 0.038 0.034 0.001 82 Q 0.017 0.021 0.017 0.025 0.062 0.013 0.088 0.461 0.018 0.007 0.003 0.002 0.007 0.009 0.014 0.017 0.092 0.047 0.047 0.032 0.002 83 I 0.016 0.015 0.040 0.043 0.068 0.017 0.095 0.207 0.048 0.015 0.006 0.004 0.014 0.015 0.040 0.022 0.212 0.039 0.043 0.038 0.002 84 A 0.010 0.014 0.055 0.046 0.033 0.021 0.338 0.084 0.010 0.006 0.003 0.002 0.005 0.006 0.035 0.009 0.157 0.041 0.053 0.071 0.001 85 N 0.007 0.008 0.018 0.017 0.103 0.009 0.222 0.025 0.005 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.014 0.026 0.159 0.194 0.084 0.090 0.001 86 F 0.003 0.002 0.033 0.025 0.017 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.060 0.060 0.304 0.447 0.001 87 P 0.001 0.001 0.007 0.008 0.038 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.527 0.021 0.079 0.276 0.001 88 D 0.001 0.001 0.018 0.016 0.025 0.006 0.408 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.230 0.061 0.062 0.127 0.001 89 K 0.001 0.001 0.034 0.032 0.039 0.005 0.189 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.259 0.075 0.136 0.179 0.001