# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.048 0.672 0.001 0.006 0.050 0.001 0.001 0.011 0.137 0.019 0.027 0.027 2 D 0.001 0.003 0.846 0.001 0.006 0.077 0.001 0.001 0.003 0.044 0.003 0.007 0.009 3 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.098 0.881 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.137 0.834 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 5 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.078 0.902 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.002 6 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.013 0.944 0.001 0.001 0.006 0.003 0.018 0.001 0.002 7 H 0.007 0.001 0.010 0.002 0.022 0.893 0.001 0.002 0.004 0.007 0.035 0.012 0.004 8 L 0.013 0.001 0.011 0.002 0.021 0.851 0.004 0.003 0.007 0.006 0.068 0.002 0.012 9 L 0.075 0.006 0.056 0.011 0.020 0.462 0.013 0.016 0.032 0.023 0.150 0.123 0.014 10 C 0.055 0.032 0.247 0.005 0.015 0.184 0.020 0.012 0.038 0.041 0.198 0.016 0.137 11 S 0.005 0.009 0.740 0.005 0.005 0.024 0.002 0.002 0.026 0.087 0.039 0.037 0.019 12 P 0.002 0.012 0.292 0.005 0.093 0.083 0.001 0.001 0.014 0.106 0.353 0.005 0.034 13 D 0.001 0.009 0.218 0.008 0.094 0.050 0.001 0.001 0.006 0.225 0.375 0.007 0.007 14 T 0.001 0.019 0.280 0.003 0.100 0.033 0.001 0.001 0.006 0.304 0.226 0.015 0.012 15 R 0.003 0.026 0.322 0.006 0.059 0.040 0.001 0.001 0.008 0.258 0.226 0.006 0.044 16 Q 0.005 0.024 0.410 0.012 0.031 0.035 0.002 0.001 0.009 0.264 0.095 0.097 0.016 17 P 0.012 0.020 0.480 0.005 0.060 0.054 0.004 0.001 0.020 0.089 0.094 0.013 0.148 18 L 0.030 0.035 0.294 0.021 0.055 0.148 0.007 0.003 0.024 0.115 0.056 0.118 0.094 19 S 0.042 0.034 0.191 0.020 0.085 0.146 0.009 0.003 0.031 0.048 0.045 0.162 0.184 20 L 0.031 0.031 0.159 0.005 0.102 0.210 0.006 0.003 0.029 0.030 0.084 0.061 0.248 21 L 0.010 0.028 0.240 0.010 0.053 0.312 0.003 0.004 0.019 0.073 0.132 0.075 0.041 22 E 0.003 0.008 0.204 0.003 0.074 0.392 0.001 0.001 0.005 0.098 0.176 0.009 0.025 23 S 0.001 0.004 0.101 0.002 0.095 0.552 0.001 0.001 0.001 0.073 0.163 0.003 0.005 24 K 0.001 0.002 0.031 0.002 0.054 0.620 0.001 0.001 0.001 0.055 0.229 0.002 0.002 25 G 0.002 0.007 0.092 0.001 0.045 0.666 0.001 0.001 0.002 0.048 0.127 0.003 0.008 26 L 0.001 0.001 0.025 0.001 0.029 0.920 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.002 0.004 27 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.032 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.002 0.002 28 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.028 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.004 29 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 30 N 0.001 0.001 0.032 0.001 0.017 0.907 0.001 0.001 0.001 0.010 0.028 0.001 0.002 31 K 0.001 0.001 0.014 0.001 0.032 0.900 0.001 0.001 0.001 0.010 0.041 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.024 0.001 0.035 0.841 0.001 0.001 0.001 0.010 0.084 0.002 0.001 33 I 0.001 0.004 0.052 0.001 0.066 0.711 0.001 0.001 0.005 0.017 0.136 0.002 0.005 34 A 0.001 0.003 0.077 0.006 0.062 0.481 0.001 0.002 0.008 0.075 0.272 0.007 0.005 35 S 0.001 0.003 0.044 0.010 0.040 0.171 0.001 0.001 0.004 0.101 0.615 0.004 0.006 36 G 0.004 0.006 0.180 0.012 0.029 0.106 0.001 0.001 0.011 0.165 0.463 0.011 0.011 37 T 0.016 0.020 0.445 0.009 0.030 0.076 0.004 0.002 0.034 0.116 0.080 0.104 0.063 38 V 0.052 0.047 0.205 0.010 0.042 0.089 0.014 0.009 0.056 0.045 0.038 0.035 0.359 39 Q 0.066 0.070 0.129 0.056 0.027 0.066 0.018 0.018 0.052 0.049 0.026 0.341 0.082 40 R 0.032 0.018 0.249 0.011 0.043 0.076 0.010 0.005 0.034 0.038 0.048 0.035 0.401 41 A 0.013 0.011 0.297 0.030 0.045 0.076 0.003 0.002 0.019 0.121 0.237 0.084 0.061 42 D 0.003 0.004 0.154 0.011 0.021 0.028 0.001 0.001 0.006 0.114 0.635 0.009 0.014 43 G 0.004 0.011 0.209 0.006 0.023 0.037 0.001 0.001 0.005 0.324 0.343 0.015 0.022 44 S 0.006 0.042 0.509 0.004 0.024 0.042 0.001 0.001 0.009 0.156 0.062 0.098 0.047 45 I 0.018 0.061 0.255 0.006 0.072 0.089 0.004 0.001 0.014 0.044 0.051 0.036 0.349 46 Q 0.019 0.029 0.244 0.034 0.082 0.160 0.004 0.002 0.017 0.061 0.103 0.183 0.063 47 N 0.018 0.014 0.237 0.016 0.115 0.206 0.003 0.001 0.012 0.080 0.099 0.031 0.167 48 Q 0.007 0.014 0.272 0.007 0.064 0.301 0.001 0.001 0.008 0.133 0.062 0.100 0.031 49 S 0.008 0.020 0.229 0.003 0.079 0.388 0.001 0.001 0.007 0.068 0.085 0.019 0.091 50 L 0.007 0.015 0.180 0.008 0.098 0.454 0.001 0.001 0.005 0.070 0.091 0.036 0.033 51 H 0.003 0.006 0.128 0.009 0.139 0.501 0.001 0.001 0.007 0.052 0.119 0.011 0.025 52 E 0.003 0.004 0.064 0.006 0.197 0.527 0.001 0.001 0.005 0.041 0.120 0.012 0.019 53 A 0.008 0.008 0.095 0.008 0.128 0.498 0.002 0.002 0.017 0.045 0.128 0.034 0.028 54 L 0.032 0.020 0.141 0.004 0.077 0.351 0.006 0.004 0.022 0.054 0.133 0.057 0.098 55 I 0.036 0.058 0.234 0.015 0.048 0.207 0.007 0.005 0.020 0.104 0.129 0.055 0.084 56 T 0.007 0.016 0.542 0.005 0.029 0.084 0.002 0.001 0.011 0.135 0.072 0.055 0.042 57 R 0.002 0.009 0.237 0.008 0.083 0.159 0.001 0.001 0.006 0.147 0.303 0.011 0.035 58 D 0.002 0.008 0.295 0.012 0.080 0.106 0.001 0.001 0.006 0.159 0.289 0.027 0.014 59 R 0.006 0.014 0.243 0.008 0.246 0.154 0.001 0.001 0.010 0.128 0.093 0.021 0.076 60 K 0.016 0.021 0.213 0.031 0.202 0.177 0.004 0.002 0.023 0.084 0.095 0.062 0.069 61 Q 0.061 0.020 0.135 0.018 0.165 0.105 0.013 0.006 0.042 0.043 0.063 0.151 0.176 62 V 0.123 0.013 0.149 0.039 0.046 0.076 0.021 0.010 0.064 0.044 0.054 0.065 0.296 63 F 0.113 0.021 0.110 0.029 0.010 0.021 0.013 0.007 0.027 0.053 0.021 0.502 0.074 64 R 0.063 0.028 0.211 0.008 0.015 0.020 0.013 0.004 0.031 0.041 0.039 0.047 0.480 65 I 0.018 0.023 0.467 0.017 0.023 0.020 0.003 0.003 0.021 0.088 0.057 0.175 0.085 66 E 0.013 0.010 0.245 0.062 0.077 0.017 0.004 0.001 0.016 0.135 0.272 0.043 0.104 67 D 0.007 0.004 0.078 0.029 0.065 0.006 0.003 0.001 0.014 0.212 0.513 0.042 0.027 68 S 0.019 0.019 0.324 0.043 0.046 0.006 0.010 0.008 0.068 0.231 0.102 0.030 0.094 69 I 0.025 0.020 0.362 0.021 0.011 0.005 0.017 0.043 0.076 0.130 0.009 0.245 0.036 70 P 0.058 0.014 0.099 0.020 0.014 0.007 0.159 0.153 0.187 0.022 0.015 0.018 0.236 71 V 0.101 0.015 0.048 0.034 0.010 0.006 0.302 0.204 0.108 0.010 0.011 0.129 0.023 72 L 0.090 0.054 0.102 0.018 0.013 0.005 0.184 0.166 0.206 0.024 0.017 0.024 0.099 73 L 0.004 0.010 0.760 0.005 0.005 0.002 0.007 0.014 0.089 0.056 0.006 0.028 0.015 74 P 0.002 0.013 0.464 0.006 0.250 0.064 0.001 0.003 0.018 0.094 0.043 0.002 0.039 75 E 0.001 0.003 0.093 0.006 0.577 0.178 0.001 0.001 0.002 0.083 0.053 0.003 0.001 76 E 0.001 0.007 0.065 0.001 0.514 0.278 0.001 0.001 0.002 0.055 0.073 0.001 0.004 77 A 0.001 0.005 0.101 0.001 0.140 0.625 0.001 0.002 0.004 0.070 0.045 0.003 0.005 78 I 0.001 0.008 0.146 0.001 0.061 0.654 0.001 0.002 0.007 0.069 0.044 0.003 0.003 79 A 0.001 0.002 0.082 0.001 0.070 0.694 0.001 0.001 0.005 0.060 0.076 0.002 0.006 80 T 0.001 0.001 0.052 0.002 0.057 0.745 0.001 0.001 0.008 0.034 0.087 0.004 0.005 81 I 0.002 0.004 0.060 0.004 0.086 0.716 0.001 0.003 0.026 0.023 0.056 0.006 0.013 82 Q 0.007 0.008 0.105 0.006 0.070 0.540 0.006 0.012 0.070 0.030 0.067 0.057 0.022 83 I 0.016 0.007 0.114 0.007 0.088 0.415 0.014 0.016 0.092 0.021 0.094 0.008 0.108 84 A 0.018 0.018 0.185 0.023 0.060 0.200 0.011 0.016 0.088 0.078 0.154 0.131 0.018 85 N 0.007 0.024 0.391 0.005 0.036 0.064 0.005 0.004 0.039 0.149 0.190 0.007 0.079 86 F 0.001 0.009 0.693 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.006 0.208 0.034 0.028 0.005 87 P 0.001 0.012 0.618 0.001 0.026 0.016 0.001 0.001 0.006 0.107 0.200 0.002 0.011 88 D 0.001 0.014 0.397 0.002 0.042 0.022 0.001 0.001 0.003 0.307 0.204 0.004 0.004 89 K 0.001 0.013 0.485 0.001 0.095 0.034 0.001 0.001 0.003 0.269 0.087 0.006 0.006