# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.031 0.354 0.189 0.001 0.014 0.006 0.007 0.004 0.003 0.035 0.061 0.173 0.001 0.019 0.023 2 D 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.105 0.001 0.001 0.002 3 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.029 0.001 0.001 0.001 5 L 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.957 0.001 0.003 0.006 6 L 0.001 0.003 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.922 0.001 0.002 0.004 7 H 0.002 0.002 0.011 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.001 0.001 0.011 8 L 0.005 0.008 0.146 0.066 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.702 0.006 0.008 0.034 9 L 0.009 0.019 0.265 0.276 0.009 0.030 0.017 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.287 0.026 0.010 0.039 10 C 0.011 0.082 0.288 0.471 0.002 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.059 0.003 0.011 0.055 11 S 0.002 0.003 0.014 0.029 0.002 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.005 12 P 0.003 0.030 0.007 0.003 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 13 D 0.002 0.350 0.005 0.017 0.006 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.026 0.537 0.007 0.018 0.005 0.003 14 T 0.013 0.049 0.208 0.035 0.007 0.037 0.129 0.018 0.006 0.002 0.023 0.034 0.128 0.029 0.244 0.039 15 R 0.028 0.100 0.301 0.051 0.002 0.006 0.019 0.009 0.018 0.004 0.018 0.007 0.049 0.001 0.045 0.341 16 Q 0.370 0.017 0.182 0.149 0.007 0.090 0.027 0.004 0.011 0.012 0.015 0.040 0.045 0.007 0.003 0.022 17 P 0.064 0.081 0.339 0.193 0.007 0.159 0.005 0.014 0.003 0.001 0.052 0.018 0.045 0.002 0.009 0.007 18 L 0.010 0.103 0.047 0.596 0.005 0.037 0.002 0.006 0.013 0.004 0.046 0.087 0.033 0.001 0.002 0.006 19 S 0.033 0.041 0.081 0.497 0.006 0.134 0.003 0.006 0.004 0.002 0.013 0.077 0.093 0.001 0.002 0.009 20 L 0.009 0.031 0.122 0.255 0.058 0.179 0.024 0.010 0.003 0.003 0.126 0.019 0.140 0.010 0.003 0.009 21 L 0.007 0.145 0.044 0.219 0.022 0.139 0.015 0.046 0.004 0.003 0.069 0.128 0.131 0.007 0.015 0.008 22 E 0.005 0.033 0.018 0.036 0.018 0.225 0.012 0.019 0.015 0.017 0.112 0.110 0.332 0.007 0.010 0.030 23 S 0.014 0.010 0.013 0.007 0.015 0.045 0.026 0.011 0.004 0.004 0.383 0.104 0.300 0.050 0.008 0.007 24 K 0.005 0.067 0.016 0.007 0.001 0.014 0.001 0.024 0.002 0.002 0.120 0.277 0.331 0.001 0.118 0.014 25 G 0.002 0.007 0.007 0.003 0.001 0.020 0.003 0.001 0.007 0.007 0.026 0.308 0.545 0.006 0.001 0.056 26 L 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.018 0.919 0.002 0.002 0.001 27 E 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.039 0.931 0.001 0.001 0.003 28 A 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.940 0.002 0.001 0.019 29 L 0.001 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.943 0.001 0.004 0.003 30 N 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.967 0.001 0.001 0.004 31 K 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.955 0.002 0.001 0.007 32 A 0.002 0.023 0.022 0.015 0.001 0.013 0.021 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.747 0.055 0.006 0.049 33 I 0.002 0.005 0.056 0.005 0.004 0.010 0.070 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.756 0.017 0.042 0.018 34 A 0.002 0.012 0.014 0.006 0.036 0.008 0.146 0.009 0.001 0.002 0.014 0.016 0.112 0.593 0.013 0.017 35 S 0.021 0.027 0.020 0.020 0.001 0.004 0.009 0.106 0.012 0.002 0.008 0.007 0.053 0.008 0.677 0.026 36 G 0.022 0.011 0.097 0.033 0.001 0.019 0.009 0.002 0.109 0.042 0.009 0.014 0.091 0.003 0.012 0.527 37 T 0.715 0.026 0.112 0.053 0.001 0.015 0.003 0.001 0.002 0.001 0.011 0.010 0.032 0.002 0.002 0.015 38 V 0.021 0.043 0.405 0.304 0.011 0.083 0.010 0.004 0.002 0.001 0.026 0.034 0.040 0.008 0.004 0.003 39 Q 0.005 0.189 0.103 0.451 0.011 0.110 0.006 0.025 0.003 0.001 0.009 0.023 0.048 0.002 0.005 0.009 40 R 0.008 0.026 0.017 0.143 0.090 0.461 0.021 0.010 0.014 0.005 0.100 0.016 0.064 0.003 0.002 0.020 41 A 0.011 0.039 0.032 0.028 0.196 0.018 0.269 0.020 0.002 0.003 0.206 0.031 0.019 0.120 0.003 0.004 42 D 0.003 0.034 0.016 0.020 0.002 0.028 0.003 0.435 0.014 0.003 0.006 0.035 0.014 0.001 0.383 0.003 43 G 0.006 0.013 0.029 0.021 0.001 0.007 0.003 0.002 0.165 0.086 0.029 0.008 0.035 0.001 0.003 0.593 44 S 0.795 0.013 0.032 0.014 0.001 0.034 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.047 0.039 0.001 0.002 0.007 45 I 0.012 0.051 0.385 0.042 0.014 0.125 0.034 0.003 0.002 0.001 0.171 0.031 0.107 0.013 0.005 0.008 46 Q 0.009 0.264 0.057 0.173 0.004 0.083 0.004 0.040 0.003 0.001 0.036 0.172 0.121 0.002 0.024 0.008 47 N 0.011 0.067 0.072 0.257 0.006 0.060 0.019 0.004 0.040 0.010 0.034 0.050 0.209 0.004 0.004 0.153 48 Q 0.113 0.028 0.236 0.141 0.004 0.051 0.022 0.007 0.003 0.002 0.057 0.039 0.266 0.003 0.008 0.020 49 S 0.008 0.058 0.117 0.070 0.023 0.342 0.027 0.010 0.004 0.003 0.058 0.071 0.183 0.015 0.003 0.009 50 L 0.008 0.065 0.021 0.084 0.010 0.078 0.008 0.031 0.003 0.002 0.341 0.070 0.243 0.007 0.020 0.008 51 H 0.005 0.044 0.020 0.035 0.004 0.048 0.008 0.007 0.013 0.006 0.042 0.311 0.413 0.012 0.011 0.022 52 E 0.028 0.026 0.038 0.037 0.001 0.012 0.008 0.005 0.004 0.001 0.069 0.050 0.662 0.007 0.022 0.031 53 A 0.020 0.042 0.148 0.074 0.002 0.035 0.011 0.003 0.006 0.002 0.016 0.074 0.461 0.007 0.015 0.084 54 L 0.030 0.045 0.297 0.152 0.007 0.032 0.035 0.002 0.003 0.001 0.017 0.012 0.269 0.014 0.011 0.074 55 I 0.016 0.058 0.448 0.277 0.004 0.018 0.018 0.006 0.002 0.001 0.006 0.009 0.089 0.003 0.009 0.034 56 T 0.007 0.015 0.059 0.069 0.015 0.691 0.017 0.004 0.003 0.002 0.006 0.006 0.088 0.004 0.002 0.012 57 R 0.008 0.105 0.031 0.038 0.009 0.038 0.006 0.014 0.001 0.001 0.686 0.007 0.036 0.004 0.004 0.012 58 D 0.005 0.111 0.012 0.025 0.005 0.136 0.005 0.012 0.010 0.003 0.032 0.584 0.030 0.009 0.017 0.005 59 R 0.021 0.073 0.092 0.027 0.004 0.023 0.019 0.008 0.008 0.003 0.282 0.053 0.251 0.012 0.049 0.074 60 K 0.065 0.139 0.152 0.072 0.003 0.022 0.012 0.010 0.009 0.003 0.022 0.185 0.201 0.011 0.037 0.058 61 Q 0.058 0.049 0.355 0.135 0.002 0.052 0.020 0.005 0.007 0.002 0.014 0.013 0.194 0.006 0.016 0.072 62 V 0.029 0.068 0.491 0.313 0.003 0.009 0.009 0.002 0.005 0.001 0.004 0.004 0.023 0.001 0.006 0.032 63 F 0.018 0.011 0.259 0.652 0.006 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.005 64 R 0.011 0.043 0.196 0.464 0.064 0.171 0.006 0.009 0.002 0.002 0.008 0.002 0.014 0.001 0.001 0.006 65 I 0.003 0.016 0.006 0.097 0.213 0.488 0.010 0.019 0.002 0.003 0.117 0.009 0.011 0.005 0.001 0.001 66 E 0.002 0.227 0.007 0.042 0.079 0.051 0.012 0.209 0.008 0.005 0.216 0.091 0.012 0.017 0.021 0.002 67 D 0.011 0.111 0.014 0.077 0.002 0.052 0.006 0.096 0.154 0.041 0.064 0.152 0.042 0.002 0.120 0.056 68 S 0.135 0.071 0.228 0.040 0.001 0.004 0.005 0.001 0.083 0.010 0.012 0.013 0.029 0.001 0.005 0.362 69 I 0.321 0.008 0.501 0.112 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.016 0.001 0.002 0.004 70 P 0.007 0.030 0.612 0.250 0.006 0.064 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.015 0.001 0.001 0.002 71 V 0.002 0.023 0.017 0.922 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 72 L 0.002 0.022 0.039 0.895 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.002 73 L 0.003 0.012 0.036 0.303 0.011 0.555 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 0.007 0.053 0.001 0.001 0.001 74 P 0.001 0.019 0.003 0.035 0.010 0.530 0.001 0.005 0.001 0.001 0.287 0.033 0.074 0.001 0.001 0.001 75 E 0.001 0.062 0.001 0.016 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.430 0.408 0.065 0.001 0.001 0.001 76 E 0.003 0.021 0.020 0.027 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.012 0.360 0.518 0.001 0.006 0.019 77 A 0.002 0.002 0.057 0.008 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.891 0.001 0.001 0.018 78 I 0.004 0.011 0.040 0.035 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.866 0.001 0.001 0.005 79 A 0.001 0.013 0.020 0.042 0.001 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.823 0.002 0.001 0.007 80 T 0.003 0.030 0.023 0.063 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 0.024 0.781 0.006 0.003 0.019 81 I 0.009 0.017 0.064 0.094 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.040 0.719 0.004 0.010 0.018 82 Q 0.007 0.011 0.070 0.063 0.002 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.752 0.008 0.004 0.028 83 I 0.012 0.015 0.074 0.107 0.029 0.039 0.029 0.005 0.001 0.001 0.037 0.009 0.523 0.091 0.011 0.018 84 A 0.008 0.083 0.065 0.215 0.009 0.056 0.014 0.037 0.004 0.002 0.018 0.050 0.323 0.018 0.082 0.017 85 N 0.016 0.100 0.071 0.256 0.003 0.026 0.015 0.007 0.028 0.008 0.010 0.010 0.148 0.005 0.011 0.287 86 F 0.125 0.019 0.238 0.184 0.013 0.120 0.050 0.004 0.009 0.005 0.021 0.013 0.150 0.009 0.008 0.032 87 P 0.022 0.090 0.220 0.092 0.036 0.199 0.027 0.028 0.002 0.003 0.110 0.029 0.101 0.020 0.012 0.009 88 D 0.009 0.180 0.022 0.129 0.064 0.126 0.027 0.052 0.015 0.007 0.124 0.108 0.057 0.045 0.023 0.013 89 K 0.029 0.077 0.074 0.120 0.025 0.043 0.055 0.051 0.030 0.011 0.132 0.106 0.109 0.023 0.070 0.046