# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.273 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.046 0.093 0.530 2 D 0.103 0.765 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.014 0.048 3 R 0.060 0.602 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.087 0.049 0.190 4 K 0.044 0.630 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.061 0.033 0.167 5 L 0.100 0.337 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.145 0.068 0.236 6 L 0.149 0.121 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.122 0.085 0.351 7 H 0.034 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.437 0.116 0.061 0.308 8 L 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.072 0.115 0.654 9 L 0.005 0.007 0.005 0.001 0.006 0.017 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.591 0.034 0.081 0.224 10 C 0.004 0.008 0.008 0.001 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.051 0.115 0.594 11 S 0.147 0.021 0.042 0.001 0.064 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.256 0.081 0.239 12 P 0.272 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.041 0.107 0.532 13 D 0.053 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.027 0.062 0.833 14 T 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.031 0.126 0.732 15 R 0.022 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.040 0.097 0.778 16 Q 0.040 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.045 0.066 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.107 0.081 0.109 0.413 17 P 0.035 0.157 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.008 0.005 0.002 0.002 0.069 0.038 0.093 0.580 18 L 0.069 0.181 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.021 0.043 0.024 0.005 0.161 0.086 0.073 0.317 19 S 0.089 0.127 0.004 0.001 0.002 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.005 0.148 0.283 0.058 0.248 20 L 0.027 0.146 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.190 0.105 0.402 21 L 0.083 0.251 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.122 0.074 0.364 22 E 0.136 0.520 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.039 0.037 0.256 23 S 0.079 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.069 0.030 0.195 24 K 0.006 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.019 0.118 25 G 0.009 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.004 0.022 26 L 0.017 0.722 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.224 0.007 0.024 27 E 0.025 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.008 0.026 28 A 0.004 0.880 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.011 0.051 29 L 0.027 0.864 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 0.007 0.023 30 N 0.078 0.771 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.094 0.013 0.038 31 K 0.023 0.286 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.432 0.033 0.198 32 A 0.036 0.165 0.160 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.420 0.038 0.155 33 I 0.628 0.029 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.069 0.045 0.202 34 A 0.062 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.030 0.091 0.772 35 S 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.021 0.112 0.803 36 G 0.015 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.054 0.152 0.576 37 T 0.072 0.064 0.005 0.002 0.002 0.007 0.015 0.004 0.021 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.200 0.081 0.091 0.401 38 V 0.049 0.029 0.008 0.003 0.035 0.075 0.036 0.008 0.002 0.002 0.003 0.001 0.007 0.003 0.002 0.002 0.150 0.067 0.082 0.435 39 Q 0.027 0.023 0.032 0.003 0.100 0.017 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.006 0.003 0.201 0.083 0.075 0.389 40 R 0.443 0.010 0.009 0.001 0.014 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.077 0.039 0.052 0.340 41 A 0.279 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.035 0.072 0.565 42 D 0.043 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.039 0.093 0.761 43 G 0.020 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.070 0.094 0.676 44 S 0.046 0.066 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.096 0.125 0.033 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.120 0.089 0.072 0.336 45 I 0.124 0.055 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.025 0.031 0.003 0.021 0.006 0.002 0.003 0.055 0.150 0.081 0.420 46 Q 0.040 0.125 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.050 0.039 0.013 0.005 0.063 0.135 0.101 0.404 47 N 0.096 0.132 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.024 0.008 0.057 0.085 0.104 0.451 48 Q 0.093 0.155 0.016 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.077 0.096 0.094 0.443 49 S 0.113 0.131 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.041 0.096 0.537 50 L 0.200 0.196 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.048 0.063 0.429 51 H 0.227 0.191 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.073 0.067 0.375 52 E 0.056 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.154 0.074 0.502 53 A 0.036 0.057 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.116 0.102 0.445 54 L 0.034 0.039 0.014 0.001 0.008 0.017 0.016 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.203 0.072 0.103 0.474 55 I 0.018 0.042 0.026 0.001 0.013 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.184 0.073 0.112 0.515 56 T 0.253 0.078 0.023 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.087 0.073 0.390 57 R 0.180 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.049 0.092 0.609 58 D 0.110 0.092 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.063 0.075 0.602 59 R 0.107 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.039 0.095 0.491 60 K 0.026 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.060 0.072 0.603 61 Q 0.012 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.020 0.002 0.006 0.003 0.002 0.002 0.458 0.051 0.067 0.331 62 V 0.012 0.017 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.012 0.008 0.004 0.343 0.058 0.070 0.440 63 F 0.029 0.014 0.007 0.002 0.018 0.052 0.039 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.019 0.007 0.433 0.074 0.054 0.214 64 R 0.034 0.010 0.018 0.003 0.071 0.020 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.262 0.107 0.059 0.385 65 I 0.050 0.005 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.066 0.084 0.445 66 E 0.303 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.032 0.059 0.522 67 D 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.013 0.120 0.747 68 S 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.017 0.102 0.756 69 I 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.027 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.348 0.071 0.077 0.369 70 P 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.022 0.002 0.016 0.005 0.003 0.003 0.246 0.053 0.084 0.491 71 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.037 0.020 0.008 0.002 0.528 0.016 0.064 0.301 72 L 0.004 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.004 0.244 0.013 0.099 0.586 73 L 0.173 0.425 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.102 0.084 0.053 0.141 74 P 0.292 0.563 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.019 0.069 75 E 0.074 0.648 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.050 0.031 0.174 76 E 0.028 0.193 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.258 0.083 0.339 77 A 0.040 0.438 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.144 0.076 0.222 78 I 0.092 0.380 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.090 0.091 0.284 79 A 0.023 0.507 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.061 0.051 0.305 80 T 0.061 0.469 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.051 0.077 0.254 81 I 0.061 0.123 0.070 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.190 0.077 0.324 82 Q 0.280 0.081 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.084 0.066 0.350 83 I 0.215 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.064 0.072 0.598 84 A 0.008 0.006 0.004 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.060 0.126 0.676 85 N 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.015 0.112 0.808 86 F 0.315 0.007 0.007 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.080 0.083 0.450 87 P 0.115 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.040 0.120 0.693 88 D 0.053 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.065 0.844 89 K 0.029 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.018 0.139 0.768