# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.370 0.003 0.020 0.009 0.011 0.070 0.010 0.001 0.060 0.428 2 D 0.102 0.756 0.002 0.001 0.002 0.003 0.015 0.018 0.001 0.031 0.068 3 R 0.076 0.566 0.009 0.002 0.003 0.004 0.025 0.007 0.003 0.193 0.114 4 K 0.035 0.767 0.017 0.004 0.002 0.007 0.023 0.008 0.003 0.039 0.095 5 L 0.175 0.500 0.024 0.011 0.003 0.014 0.028 0.051 0.014 0.076 0.104 6 L 0.261 0.152 0.046 0.039 0.012 0.027 0.057 0.045 0.031 0.066 0.265 7 H 0.054 0.035 0.010 0.043 0.051 0.134 0.073 0.004 0.003 0.095 0.499 8 L 0.014 0.012 0.001 0.125 0.060 0.073 0.095 0.002 0.001 0.066 0.551 9 L 0.009 0.009 0.004 0.191 0.144 0.122 0.152 0.002 0.001 0.092 0.275 10 C 0.006 0.003 0.003 0.104 0.095 0.087 0.117 0.001 0.001 0.074 0.510 11 S 0.160 0.009 0.007 0.156 0.070 0.062 0.076 0.008 0.002 0.134 0.316 12 P 0.106 0.007 0.002 0.033 0.026 0.029 0.129 0.004 0.001 0.042 0.621 13 D 0.090 0.004 0.001 0.025 0.012 0.022 0.102 0.003 0.001 0.036 0.704 14 T 0.010 0.008 0.001 0.041 0.016 0.037 0.138 0.001 0.001 0.024 0.724 15 R 0.011 0.011 0.001 0.031 0.017 0.024 0.104 0.001 0.001 0.059 0.742 16 Q 0.020 0.040 0.002 0.058 0.201 0.139 0.100 0.002 0.001 0.070 0.369 17 P 0.024 0.222 0.001 0.025 0.023 0.051 0.070 0.005 0.001 0.046 0.533 18 L 0.065 0.198 0.001 0.022 0.071 0.111 0.075 0.006 0.001 0.074 0.376 19 S 0.047 0.159 0.004 0.042 0.040 0.130 0.064 0.004 0.001 0.145 0.365 20 L 0.035 0.062 0.006 0.049 0.037 0.065 0.092 0.003 0.002 0.169 0.480 21 L 0.119 0.186 0.014 0.057 0.035 0.027 0.073 0.012 0.003 0.173 0.301 22 E 0.065 0.753 0.002 0.003 0.004 0.004 0.015 0.009 0.001 0.012 0.132 23 S 0.044 0.792 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.026 0.119 24 K 0.003 0.905 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.013 0.066 25 G 0.004 0.905 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.052 0.025 26 L 0.021 0.543 0.018 0.002 0.004 0.003 0.006 0.006 0.002 0.377 0.018 27 E 0.042 0.873 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.048 0.022 28 A 0.013 0.875 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.043 0.053 29 L 0.006 0.942 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.015 0.023 30 N 0.016 0.894 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.031 0.047 31 K 0.048 0.523 0.018 0.006 0.007 0.006 0.028 0.005 0.002 0.241 0.116 32 A 0.034 0.119 0.075 0.016 0.011 0.023 0.058 0.009 0.016 0.524 0.116 33 I 0.444 0.071 0.022 0.017 0.004 0.007 0.050 0.018 0.007 0.160 0.199 34 A 0.145 0.115 0.005 0.031 0.010 0.013 0.081 0.009 0.001 0.040 0.550 35 S 0.014 0.054 0.003 0.009 0.005 0.014 0.086 0.002 0.001 0.042 0.773 36 G 0.023 0.099 0.004 0.039 0.046 0.065 0.138 0.003 0.001 0.061 0.521 37 T 0.058 0.119 0.003 0.054 0.067 0.114 0.099 0.007 0.002 0.069 0.408 38 V 0.039 0.019 0.004 0.052 0.089 0.108 0.099 0.004 0.002 0.066 0.517 39 Q 0.051 0.011 0.008 0.097 0.095 0.158 0.082 0.002 0.002 0.082 0.411 40 R 0.243 0.008 0.003 0.048 0.021 0.043 0.075 0.003 0.001 0.073 0.482 41 A 0.198 0.011 0.001 0.033 0.015 0.019 0.138 0.004 0.001 0.038 0.544 42 D 0.012 0.013 0.001 0.012 0.012 0.016 0.094 0.001 0.001 0.018 0.820 43 G 0.024 0.023 0.002 0.022 0.049 0.049 0.090 0.002 0.001 0.070 0.668 44 S 0.055 0.085 0.001 0.044 0.099 0.105 0.100 0.008 0.001 0.094 0.408 45 I 0.046 0.047 0.002 0.034 0.056 0.069 0.084 0.006 0.001 0.170 0.484 46 Q 0.019 0.070 0.004 0.045 0.087 0.115 0.091 0.004 0.001 0.079 0.487 47 N 0.087 0.268 0.003 0.015 0.025 0.037 0.053 0.006 0.001 0.104 0.402 48 Q 0.123 0.346 0.007 0.012 0.030 0.028 0.064 0.009 0.001 0.091 0.291 49 S 0.060 0.501 0.007 0.008 0.009 0.021 0.064 0.006 0.001 0.049 0.273 50 L 0.069 0.500 0.007 0.016 0.010 0.030 0.046 0.013 0.002 0.046 0.261 51 H 0.158 0.475 0.003 0.008 0.011 0.026 0.044 0.010 0.001 0.034 0.228 52 E 0.063 0.111 0.006 0.016 0.042 0.075 0.070 0.003 0.001 0.274 0.339 53 A 0.022 0.139 0.004 0.055 0.047 0.086 0.098 0.004 0.001 0.140 0.404 54 L 0.050 0.177 0.008 0.062 0.077 0.094 0.080 0.009 0.002 0.159 0.284 55 I 0.025 0.090 0.006 0.037 0.081 0.084 0.085 0.007 0.002 0.074 0.509 56 T 0.151 0.188 0.006 0.017 0.039 0.064 0.057 0.006 0.002 0.081 0.389 57 R 0.100 0.098 0.011 0.019 0.024 0.031 0.089 0.008 0.003 0.104 0.513 58 D 0.167 0.083 0.021 0.020 0.019 0.035 0.117 0.014 0.006 0.089 0.427 59 R 0.180 0.043 0.006 0.024 0.023 0.040 0.091 0.007 0.002 0.043 0.541 60 K 0.058 0.016 0.003 0.029 0.021 0.042 0.096 0.004 0.001 0.045 0.686 61 Q 0.011 0.013 0.001 0.060 0.075 0.193 0.123 0.001 0.001 0.040 0.484 62 V 0.010 0.007 0.001 0.042 0.036 0.071 0.095 0.001 0.001 0.041 0.696 63 F 0.003 0.004 0.001 0.115 0.355 0.187 0.077 0.001 0.001 0.040 0.217 64 R 0.065 0.012 0.008 0.063 0.078 0.148 0.064 0.006 0.003 0.135 0.418 65 I 0.402 0.004 0.002 0.053 0.069 0.058 0.087 0.005 0.001 0.076 0.243 66 E 0.092 0.003 0.003 0.026 0.024 0.051 0.105 0.001 0.001 0.053 0.642 67 D 0.004 0.001 0.001 0.114 0.063 0.171 0.121 0.001 0.001 0.018 0.508 68 S 0.005 0.001 0.001 0.030 0.031 0.047 0.068 0.001 0.001 0.012 0.804 69 I 0.003 0.001 0.001 0.061 0.525 0.182 0.042 0.001 0.001 0.010 0.177 70 P 0.028 0.004 0.001 0.259 0.060 0.110 0.047 0.002 0.001 0.052 0.438 71 V 0.001 0.001 0.001 0.033 0.142 0.155 0.175 0.001 0.001 0.010 0.484 72 L 0.002 0.006 0.001 0.211 0.038 0.066 0.073 0.001 0.001 0.025 0.579 73 L 0.148 0.344 0.002 0.030 0.019 0.009 0.036 0.011 0.001 0.046 0.355 74 P 0.268 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.020 0.001 0.010 0.040 75 E 0.128 0.578 0.003 0.002 0.001 0.004 0.025 0.013 0.002 0.073 0.172 76 E 0.033 0.289 0.009 0.019 0.004 0.015 0.062 0.004 0.002 0.264 0.299 77 A 0.025 0.460 0.013 0.008 0.010 0.016 0.046 0.009 0.002 0.172 0.239 78 I 0.069 0.644 0.009 0.004 0.011 0.008 0.027 0.014 0.001 0.110 0.103 79 A 0.040 0.708 0.004 0.001 0.004 0.010 0.021 0.009 0.002 0.025 0.174 80 T 0.072 0.500 0.008 0.003 0.005 0.015 0.035 0.010 0.003 0.041 0.307 81 I 0.111 0.145 0.052 0.027 0.028 0.037 0.079 0.017 0.015 0.139 0.350 82 Q 0.359 0.068 0.010 0.023 0.025 0.033 0.065 0.015 0.006 0.061 0.334 83 I 0.243 0.013 0.003 0.012 0.007 0.010 0.073 0.004 0.003 0.047 0.587 84 A 0.005 0.002 0.002 0.011 0.022 0.036 0.140 0.001 0.001 0.021 0.758 85 N 0.020 0.004 0.001 0.016 0.011 0.032 0.101 0.001 0.001 0.022 0.792 86 F 0.135 0.003 0.002 0.011 0.021 0.016 0.115 0.004 0.001 0.039 0.653 87 P 0.069 0.003 0.001 0.010 0.017 0.017 0.109 0.002 0.001 0.019 0.754 88 D 0.036 0.002 0.001 0.008 0.007 0.013 0.061 0.001 0.001 0.011 0.861 89 K 0.013 0.002 0.001 0.019 0.011 0.015 0.107 0.001 0.001 0.014 0.818