# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.092 0.009 0.006 0.013 0.125 0.016 0.735 2 D 0.297 0.592 0.001 0.002 0.001 0.007 0.075 0.024 3 R 0.138 0.584 0.005 0.003 0.005 0.035 0.105 0.124 4 K 0.070 0.301 0.020 0.011 0.025 0.098 0.161 0.314 5 L 0.066 0.249 0.047 0.014 0.052 0.086 0.224 0.262 6 L 0.066 0.117 0.113 0.068 0.091 0.137 0.144 0.264 7 H 0.035 0.024 0.080 0.097 0.226 0.067 0.154 0.317 8 L 0.023 0.018 0.122 0.114 0.184 0.088 0.085 0.366 9 L 0.006 0.005 0.139 0.239 0.322 0.076 0.042 0.172 10 C 0.006 0.003 0.100 0.122 0.132 0.081 0.058 0.498 11 S 0.150 0.011 0.064 0.084 0.079 0.069 0.226 0.318 12 P 0.139 0.006 0.023 0.018 0.024 0.087 0.058 0.645 13 D 0.089 0.003 0.017 0.017 0.019 0.086 0.030 0.737 14 T 0.037 0.004 0.019 0.020 0.058 0.081 0.034 0.747 15 R 0.028 0.003 0.010 0.018 0.022 0.100 0.022 0.797 16 Q 0.038 0.019 0.026 0.126 0.102 0.090 0.061 0.539 17 P 0.038 0.058 0.010 0.027 0.058 0.082 0.035 0.691 18 L 0.062 0.065 0.026 0.092 0.130 0.091 0.049 0.485 19 S 0.042 0.057 0.049 0.119 0.115 0.069 0.161 0.388 20 L 0.061 0.098 0.038 0.034 0.049 0.092 0.144 0.484 21 L 0.092 0.149 0.041 0.023 0.023 0.077 0.207 0.388 22 E 0.078 0.555 0.006 0.004 0.006 0.034 0.033 0.284 23 S 0.085 0.626 0.003 0.002 0.003 0.025 0.032 0.223 24 K 0.010 0.805 0.004 0.005 0.004 0.020 0.038 0.113 25 G 0.009 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.031 26 L 0.061 0.406 0.014 0.002 0.002 0.011 0.463 0.041 27 E 0.032 0.760 0.007 0.003 0.004 0.019 0.089 0.086 28 A 0.019 0.750 0.006 0.002 0.003 0.020 0.028 0.173 29 L 0.019 0.869 0.011 0.001 0.001 0.010 0.037 0.053 30 N 0.035 0.850 0.002 0.001 0.002 0.011 0.041 0.058 31 K 0.035 0.360 0.025 0.004 0.004 0.033 0.333 0.206 32 A 0.068 0.114 0.145 0.009 0.009 0.049 0.476 0.130 33 I 0.421 0.028 0.052 0.008 0.007 0.059 0.199 0.226 34 A 0.072 0.026 0.027 0.008 0.014 0.089 0.036 0.729 35 S 0.009 0.012 0.007 0.003 0.009 0.108 0.019 0.833 36 G 0.029 0.041 0.056 0.059 0.072 0.134 0.055 0.555 37 T 0.041 0.050 0.038 0.088 0.132 0.095 0.059 0.498 38 V 0.071 0.015 0.061 0.066 0.073 0.075 0.072 0.567 39 Q 0.034 0.005 0.130 0.087 0.203 0.074 0.051 0.416 40 R 0.120 0.004 0.047 0.035 0.052 0.081 0.062 0.599 41 A 0.188 0.008 0.015 0.022 0.019 0.080 0.051 0.617 42 D 0.046 0.011 0.008 0.006 0.014 0.089 0.029 0.797 43 G 0.026 0.013 0.019 0.028 0.058 0.106 0.030 0.720 44 S 0.029 0.026 0.037 0.134 0.137 0.089 0.065 0.484 45 I 0.058 0.034 0.045 0.085 0.063 0.096 0.101 0.518 46 Q 0.047 0.087 0.047 0.051 0.093 0.093 0.064 0.517 47 N 0.070 0.128 0.032 0.026 0.046 0.093 0.085 0.519 48 Q 0.066 0.252 0.039 0.033 0.041 0.080 0.052 0.437 49 S 0.099 0.337 0.021 0.021 0.026 0.070 0.054 0.373 50 L 0.089 0.318 0.025 0.014 0.020 0.083 0.076 0.374 51 H 0.133 0.376 0.011 0.009 0.019 0.081 0.091 0.280 52 E 0.084 0.111 0.030 0.019 0.038 0.086 0.359 0.273 53 A 0.049 0.121 0.050 0.030 0.054 0.125 0.182 0.391 54 L 0.029 0.120 0.081 0.059 0.083 0.114 0.131 0.383 55 I 0.027 0.147 0.098 0.039 0.057 0.095 0.078 0.459 56 T 0.217 0.436 0.016 0.015 0.020 0.044 0.096 0.156 57 R 0.110 0.317 0.022 0.012 0.015 0.080 0.072 0.372 58 D 0.118 0.372 0.019 0.012 0.016 0.069 0.132 0.261 59 R 0.163 0.168 0.021 0.011 0.029 0.086 0.198 0.325 60 K 0.099 0.113 0.032 0.030 0.045 0.109 0.110 0.463 61 Q 0.054 0.063 0.049 0.060 0.134 0.103 0.067 0.469 62 V 0.031 0.032 0.051 0.045 0.071 0.100 0.056 0.615 63 F 0.019 0.023 0.107 0.109 0.164 0.106 0.038 0.434 64 R 0.094 0.016 0.072 0.027 0.038 0.077 0.163 0.513 65 I 0.241 0.009 0.039 0.025 0.024 0.112 0.094 0.456 66 E 0.089 0.004 0.052 0.009 0.016 0.126 0.060 0.645 67 D 0.011 0.004 0.077 0.016 0.030 0.141 0.040 0.681 68 S 0.018 0.006 0.108 0.019 0.039 0.158 0.060 0.592 69 I 0.016 0.005 0.129 0.144 0.099 0.140 0.064 0.403 70 P 0.013 0.006 0.284 0.048 0.135 0.091 0.064 0.359 71 V 0.007 0.004 0.200 0.123 0.136 0.123 0.042 0.365 72 L 0.002 0.011 0.261 0.070 0.113 0.105 0.024 0.416 73 L 0.128 0.215 0.102 0.019 0.024 0.080 0.192 0.240 74 P 0.320 0.434 0.011 0.002 0.002 0.022 0.122 0.088 75 E 0.194 0.306 0.011 0.003 0.005 0.055 0.126 0.299 76 E 0.039 0.146 0.024 0.010 0.014 0.092 0.343 0.331 77 A 0.052 0.398 0.024 0.012 0.020 0.073 0.123 0.299 78 I 0.117 0.229 0.027 0.039 0.030 0.081 0.142 0.335 79 A 0.045 0.322 0.031 0.029 0.044 0.071 0.082 0.377 80 T 0.054 0.325 0.031 0.018 0.043 0.068 0.101 0.360 81 I 0.050 0.108 0.201 0.061 0.049 0.100 0.178 0.254 82 Q 0.137 0.106 0.101 0.046 0.104 0.082 0.076 0.349 83 I 0.157 0.024 0.032 0.026 0.033 0.067 0.078 0.582 84 A 0.012 0.010 0.082 0.049 0.082 0.152 0.029 0.585 85 N 0.021 0.010 0.023 0.018 0.037 0.096 0.030 0.765 86 F 0.340 0.012 0.013 0.022 0.017 0.069 0.089 0.438 87 P 0.094 0.005 0.009 0.008 0.012 0.095 0.033 0.743 88 D 0.040 0.004 0.008 0.007 0.015 0.095 0.035 0.796 89 K 0.026 0.004 0.024 0.013 0.023 0.132 0.041 0.736