# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.378 0.167 0.049 0.092 0.075 0.051 0.074 0.050 0.033 0.021 0.010 2 D 0.041 0.049 0.026 0.074 0.083 0.125 0.200 0.126 0.135 0.098 0.043 3 R 0.183 0.162 0.149 0.206 0.113 0.079 0.055 0.027 0.016 0.008 0.004 4 K 0.068 0.099 0.138 0.225 0.166 0.121 0.106 0.045 0.019 0.009 0.004 5 L 0.003 0.008 0.016 0.030 0.048 0.060 0.137 0.177 0.205 0.194 0.122 6 L 0.002 0.004 0.009 0.022 0.039 0.109 0.209 0.155 0.204 0.178 0.070 7 H 0.018 0.070 0.352 0.250 0.120 0.068 0.056 0.027 0.021 0.013 0.005 8 L 0.002 0.003 0.013 0.016 0.027 0.069 0.164 0.166 0.203 0.225 0.113 9 L 0.002 0.005 0.006 0.013 0.020 0.047 0.090 0.123 0.240 0.273 0.180 10 C 0.006 0.008 0.014 0.023 0.040 0.054 0.121 0.160 0.209 0.195 0.171 11 S 0.007 0.009 0.028 0.037 0.083 0.084 0.166 0.210 0.156 0.121 0.097 12 P 0.096 0.073 0.068 0.115 0.105 0.100 0.165 0.103 0.091 0.055 0.028 13 D 0.223 0.150 0.060 0.147 0.108 0.080 0.106 0.058 0.036 0.019 0.013 14 T 0.131 0.153 0.053 0.136 0.112 0.089 0.123 0.084 0.059 0.038 0.023 15 R 0.156 0.094 0.053 0.132 0.123 0.120 0.133 0.079 0.052 0.039 0.020 16 Q 0.161 0.208 0.153 0.187 0.105 0.076 0.052 0.029 0.016 0.009 0.004 17 P 0.042 0.070 0.055 0.152 0.139 0.133 0.168 0.109 0.070 0.043 0.020 18 L 0.005 0.004 0.005 0.009 0.016 0.039 0.096 0.116 0.230 0.265 0.217 19 S 0.082 0.160 0.248 0.289 0.139 0.044 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 20 L 0.021 0.014 0.049 0.059 0.090 0.117 0.186 0.156 0.129 0.109 0.070 21 L 0.019 0.029 0.024 0.058 0.078 0.108 0.181 0.152 0.153 0.126 0.074 22 E 0.088 0.201 0.115 0.174 0.121 0.086 0.116 0.052 0.027 0.014 0.005 23 S 0.185 0.118 0.165 0.206 0.131 0.084 0.058 0.028 0.013 0.008 0.004 24 K 0.514 0.164 0.080 0.113 0.057 0.026 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 25 G 0.080 0.131 0.045 0.163 0.145 0.109 0.143 0.097 0.048 0.027 0.013 26 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.020 0.062 0.126 0.129 0.225 0.219 0.204 27 E 0.053 0.057 0.381 0.251 0.151 0.050 0.035 0.015 0.005 0.002 0.001 28 A 0.005 0.018 0.127 0.134 0.122 0.243 0.202 0.067 0.045 0.026 0.010 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.021 0.043 0.178 0.255 0.490 30 N 0.005 0.007 0.017 0.058 0.136 0.157 0.276 0.175 0.092 0.058 0.019 31 K 0.017 0.052 0.604 0.203 0.069 0.029 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 32 A 0.020 0.017 0.038 0.080 0.114 0.176 0.283 0.144 0.065 0.036 0.025 33 I 0.005 0.005 0.005 0.008 0.011 0.021 0.054 0.097 0.213 0.246 0.335 34 A 0.034 0.062 0.066 0.118 0.165 0.133 0.163 0.108 0.071 0.046 0.033 35 S 0.090 0.083 0.147 0.203 0.175 0.104 0.086 0.051 0.031 0.018 0.013 36 G 0.306 0.077 0.044 0.079 0.077 0.076 0.136 0.086 0.058 0.036 0.026 37 T 0.063 0.081 0.034 0.149 0.126 0.114 0.150 0.108 0.085 0.055 0.035 38 V 0.008 0.007 0.007 0.018 0.029 0.056 0.095 0.114 0.216 0.214 0.237 39 Q 0.075 0.081 0.097 0.199 0.192 0.097 0.105 0.069 0.042 0.025 0.018 40 R 0.032 0.043 0.071 0.128 0.122 0.136 0.163 0.108 0.091 0.065 0.041 41 A 0.034 0.048 0.027 0.064 0.073 0.096 0.140 0.116 0.150 0.131 0.121 42 D 0.157 0.149 0.047 0.155 0.138 0.086 0.099 0.075 0.048 0.028 0.019 43 G 0.494 0.115 0.053 0.102 0.069 0.045 0.051 0.032 0.020 0.012 0.007 44 S 0.295 0.155 0.061 0.147 0.097 0.068 0.076 0.041 0.030 0.017 0.012 45 I 0.063 0.055 0.025 0.073 0.091 0.105 0.148 0.132 0.134 0.094 0.081 46 Q 0.152 0.136 0.067 0.161 0.146 0.084 0.097 0.073 0.043 0.026 0.016 47 N 0.064 0.104 0.090 0.152 0.130 0.129 0.146 0.082 0.052 0.035 0.015 48 Q 0.213 0.160 0.121 0.203 0.126 0.066 0.056 0.030 0.015 0.007 0.004 49 S 0.434 0.173 0.068 0.134 0.072 0.038 0.039 0.023 0.011 0.006 0.003 50 L 0.036 0.051 0.032 0.076 0.087 0.103 0.155 0.133 0.138 0.118 0.071 51 H 0.076 0.123 0.080 0.171 0.164 0.117 0.125 0.074 0.038 0.023 0.008 52 E 0.081 0.081 0.194 0.220 0.143 0.115 0.086 0.044 0.021 0.011 0.004 53 A 0.060 0.066 0.122 0.164 0.133 0.147 0.169 0.074 0.036 0.020 0.008 54 L 0.005 0.006 0.012 0.023 0.036 0.080 0.151 0.140 0.224 0.201 0.121 55 I 0.007 0.011 0.024 0.031 0.054 0.091 0.172 0.141 0.190 0.176 0.102 56 T 0.017 0.093 0.260 0.195 0.146 0.098 0.088 0.043 0.031 0.020 0.009 57 R 0.144 0.113 0.136 0.185 0.150 0.096 0.097 0.045 0.019 0.009 0.005 58 D 0.494 0.177 0.069 0.109 0.050 0.030 0.033 0.020 0.009 0.006 0.003 59 R 0.049 0.052 0.037 0.109 0.112 0.146 0.198 0.131 0.084 0.056 0.025 60 K 0.086 0.117 0.132 0.179 0.146 0.113 0.095 0.064 0.033 0.024 0.010 61 Q 0.040 0.079 0.145 0.167 0.134 0.150 0.146 0.070 0.039 0.021 0.009 62 V 0.035 0.039 0.069 0.097 0.103 0.121 0.165 0.124 0.104 0.089 0.054 63 F 0.017 0.012 0.020 0.034 0.047 0.092 0.161 0.148 0.202 0.170 0.097 64 R 0.055 0.176 0.128 0.260 0.169 0.077 0.066 0.034 0.018 0.010 0.006 65 I 0.008 0.006 0.010 0.015 0.028 0.039 0.099 0.129 0.196 0.205 0.265 66 E 0.238 0.262 0.104 0.181 0.097 0.050 0.035 0.016 0.010 0.005 0.003 67 D 0.051 0.052 0.050 0.131 0.128 0.142 0.189 0.111 0.077 0.042 0.026 68 S 0.119 0.096 0.057 0.116 0.097 0.091 0.118 0.092 0.090 0.075 0.049 69 I 0.004 0.009 0.008 0.020 0.026 0.057 0.134 0.134 0.262 0.226 0.120 70 P 0.029 0.066 0.057 0.148 0.145 0.125 0.122 0.110 0.086 0.066 0.045 71 V 0.011 0.009 0.015 0.029 0.049 0.064 0.122 0.185 0.182 0.177 0.157 72 L 0.012 0.015 0.018 0.048 0.093 0.088 0.158 0.197 0.154 0.121 0.096 73 L 0.002 0.005 0.007 0.011 0.023 0.020 0.067 0.136 0.216 0.254 0.258 74 P 0.068 0.102 0.097 0.233 0.184 0.113 0.100 0.041 0.035 0.017 0.009 75 E 0.553 0.126 0.100 0.110 0.043 0.025 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 76 E 0.081 0.087 0.068 0.192 0.164 0.135 0.149 0.069 0.033 0.014 0.009 77 A 0.015 0.024 0.028 0.039 0.051 0.058 0.129 0.148 0.177 0.166 0.164 78 I 0.021 0.033 0.079 0.108 0.139 0.148 0.167 0.113 0.086 0.068 0.039 79 A 0.045 0.121 0.316 0.217 0.117 0.064 0.053 0.032 0.019 0.011 0.005 80 T 0.036 0.031 0.048 0.113 0.127 0.125 0.190 0.145 0.094 0.059 0.032 81 I 0.037 0.024 0.037 0.063 0.074 0.099 0.164 0.165 0.150 0.118 0.070 82 Q 0.029 0.055 0.100 0.175 0.165 0.138 0.155 0.089 0.052 0.028 0.013 83 I 0.006 0.010 0.027 0.028 0.042 0.061 0.125 0.133 0.197 0.205 0.166 84 A 0.029 0.025 0.041 0.073 0.104 0.138 0.227 0.130 0.120 0.076 0.038 85 N 0.163 0.189 0.200 0.218 0.100 0.050 0.042 0.018 0.011 0.006 0.003 86 F 0.018 0.020 0.020 0.038 0.060 0.095 0.184 0.160 0.163 0.131 0.110 87 P 0.241 0.231 0.062 0.129 0.090 0.061 0.080 0.047 0.030 0.019 0.009 88 D 0.392 0.272 0.102 0.130 0.050 0.024 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 89 K 0.500 0.164 0.062 0.110 0.071 0.034 0.030 0.017 0.007 0.004 0.002