# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.085 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.011 0.130 0.625 2 D 0.093 0.095 0.006 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.015 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.013 0.079 0.554 3 R 0.013 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 0.044 0.863 4 K 0.008 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.568 0.360 5 L 0.324 0.134 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.031 0.173 0.313 6 L 0.076 0.714 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.004 0.016 0.132 7 H 0.042 0.553 0.008 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.008 0.091 0.176 8 L 0.106 0.501 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.128 0.015 0.018 0.218 9 L 0.098 0.649 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.034 0.007 0.078 0.028 0.010 0.072 10 C 0.192 0.270 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.195 0.071 0.017 0.236 11 S 0.114 0.124 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.043 0.157 0.005 0.017 0.010 0.005 0.003 0.119 0.023 0.062 0.235 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 13 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.523 0.414 14 T 0.642 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.027 0.040 0.271 15 R 0.238 0.109 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.016 0.180 0.408 16 Q 0.080 0.015 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.012 0.217 0.598 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.020 0.008 0.005 0.001 0.031 0.015 0.058 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.230 0.005 0.159 0.458 19 S 0.091 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.004 0.086 0.638 20 L 0.081 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.007 0.062 0.614 21 L 0.089 0.115 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.010 0.169 0.410 22 E 0.087 0.116 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.017 0.234 0.500 23 S 0.142 0.237 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.053 0.048 0.466 24 K 0.065 0.210 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.028 0.041 0.645 25 G 0.134 0.112 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.228 0.463 26 L 0.081 0.288 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.080 0.463 27 E 0.024 0.423 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.048 0.482 28 A 0.017 0.605 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.038 0.331 29 L 0.014 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.050 30 N 0.037 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.045 31 K 0.011 0.889 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.085 32 A 0.042 0.800 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.012 0.114 33 I 0.085 0.818 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.017 0.049 34 A 0.043 0.801 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.018 0.091 35 S 0.062 0.667 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.060 0.006 0.172 36 G 0.566 0.072 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.146 0.013 0.145 37 T 0.139 0.012 0.603 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.014 0.068 0.123 38 V 0.018 0.025 0.012 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.040 0.015 0.004 0.300 0.005 0.037 0.509 39 Q 0.033 0.027 0.003 0.004 0.013 0.006 0.009 0.003 0.001 0.003 0.021 0.004 0.156 0.041 0.006 0.003 0.276 0.006 0.084 0.303 40 R 0.021 0.023 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.029 0.201 0.022 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 0.181 0.006 0.068 0.425 41 A 0.025 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.308 0.033 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.005 0.070 0.368 42 D 0.017 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.095 0.008 0.249 0.586 43 G 0.158 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.096 0.138 0.529 44 S 0.272 0.022 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.047 0.319 0.280 45 I 0.046 0.023 0.026 0.003 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.009 0.111 0.652 46 Q 0.030 0.034 0.004 0.002 0.166 0.223 0.053 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.005 0.121 0.260 47 N 0.095 0.047 0.005 0.001 0.007 0.037 0.030 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.015 0.114 0.547 48 Q 0.179 0.104 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.016 0.082 0.482 49 S 0.044 0.107 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 0.294 0.501 50 L 0.084 0.158 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.011 0.111 0.523 51 H 0.077 0.252 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.012 0.171 0.398 52 E 0.132 0.240 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.020 0.152 0.392 53 A 0.213 0.396 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.018 0.056 0.226 54 L 0.179 0.314 0.014 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.035 0.006 0.212 0.025 0.037 0.138 55 I 0.168 0.200 0.015 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.004 0.001 0.363 0.021 0.023 0.160 56 T 0.064 0.182 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.042 0.088 0.003 0.024 0.006 0.003 0.002 0.180 0.029 0.066 0.279 57 R 0.027 0.039 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.013 0.049 0.668 58 D 0.010 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.005 0.475 0.439 59 R 0.325 0.010 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.052 0.156 0.397 60 K 0.118 0.129 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.014 0.276 0.405 61 Q 0.170 0.028 0.020 0.001 0.009 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.033 0.279 0.217 62 V 0.078 0.078 0.007 0.002 0.013 0.034 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.022 0.011 0.214 0.008 0.075 0.434 63 F 0.022 0.020 0.003 0.003 0.044 0.022 0.148 0.013 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 0.136 0.027 0.005 0.430 0.005 0.019 0.069 64 R 0.009 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.001 0.087 0.005 0.001 0.003 0.050 0.004 0.038 0.716 65 I 0.010 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.152 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.606 0.006 0.028 0.134 66 E 0.012 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.003 0.293 0.394 67 D 0.034 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.010 0.194 0.672 68 S 0.211 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.116 0.164 0.373 69 I 0.330 0.018 0.043 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.033 0.310 0.139 70 P 0.007 0.010 0.006 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.001 0.023 0.869 71 V 0.027 0.023 0.003 0.001 0.203 0.247 0.098 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.004 0.030 0.226 72 L 0.087 0.025 0.003 0.001 0.001 0.008 0.045 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.542 0.008 0.044 0.214 73 L 0.102 0.038 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.304 0.013 0.074 0.448 74 P 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.008 0.936 75 E 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.002 0.109 0.812 76 E 0.023 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.238 0.711 77 A 0.339 0.096 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.128 0.413 78 I 0.245 0.481 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.017 0.217 79 A 0.025 0.449 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.039 0.460 80 T 0.062 0.542 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.028 0.336 81 I 0.077 0.724 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.012 0.154 82 Q 0.064 0.694 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.016 0.038 0.145 83 I 0.097 0.643 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.015 0.017 0.142 84 A 0.118 0.572 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.025 0.027 0.177 85 N 0.367 0.239 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.105 0.017 0.231 86 F 0.371 0.143 0.075 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.067 0.024 0.036 0.265 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 D 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.061 0.896 89 K 0.300 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.010 0.057 0.588