# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.027 0.016 0.046 0.012 0.024 0.081 0.002 0.001 0.003 0.749 2 D 0.016 0.026 0.005 0.025 0.016 0.044 0.119 0.001 0.001 0.003 0.745 3 R 0.009 0.034 0.002 0.012 0.008 0.017 0.033 0.001 0.001 0.002 0.885 4 K 0.009 0.113 0.001 0.005 0.003 0.005 0.429 0.001 0.001 0.002 0.433 5 L 0.246 0.275 0.002 0.010 0.005 0.010 0.292 0.004 0.001 0.007 0.150 6 L 0.054 0.915 0.001 0.003 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 7 H 0.027 0.886 0.010 0.007 0.008 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.044 8 L 0.043 0.856 0.009 0.010 0.008 0.010 0.004 0.009 0.001 0.001 0.049 9 L 0.157 0.713 0.003 0.014 0.019 0.022 0.004 0.021 0.001 0.001 0.046 10 C 0.102 0.524 0.076 0.027 0.021 0.032 0.019 0.070 0.001 0.002 0.126 11 S 0.108 0.208 0.042 0.044 0.110 0.168 0.039 0.031 0.001 0.003 0.247 12 P 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 13 D 0.015 0.019 0.003 0.020 0.030 0.042 0.415 0.004 0.001 0.005 0.447 14 T 0.436 0.010 0.004 0.015 0.007 0.017 0.118 0.004 0.001 0.018 0.371 15 R 0.374 0.042 0.014 0.026 0.012 0.018 0.088 0.004 0.001 0.016 0.406 16 Q 0.088 0.014 0.044 0.018 0.020 0.019 0.378 0.001 0.001 0.007 0.411 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.015 0.008 0.001 0.039 0.077 0.237 0.093 0.001 0.001 0.004 0.526 19 S 0.134 0.026 0.001 0.034 0.044 0.050 0.103 0.001 0.001 0.004 0.602 20 L 0.139 0.091 0.002 0.031 0.046 0.061 0.055 0.001 0.001 0.002 0.572 21 L 0.086 0.222 0.003 0.051 0.054 0.099 0.156 0.003 0.001 0.005 0.320 22 E 0.100 0.200 0.003 0.015 0.012 0.040 0.206 0.006 0.001 0.004 0.414 23 S 0.094 0.338 0.003 0.013 0.009 0.027 0.104 0.011 0.001 0.005 0.396 24 K 0.122 0.257 0.005 0.005 0.005 0.007 0.086 0.011 0.001 0.007 0.496 25 G 0.131 0.234 0.018 0.007 0.002 0.004 0.191 0.008 0.001 0.005 0.401 26 L 0.092 0.500 0.037 0.008 0.011 0.019 0.101 0.004 0.001 0.003 0.224 27 E 0.028 0.634 0.003 0.005 0.008 0.010 0.054 0.002 0.001 0.001 0.254 28 A 0.015 0.767 0.003 0.002 0.002 0.002 0.042 0.002 0.001 0.001 0.164 29 L 0.026 0.918 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.043 30 N 0.019 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.022 31 K 0.026 0.918 0.012 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.033 32 A 0.037 0.898 0.011 0.002 0.006 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.029 33 I 0.025 0.920 0.005 0.002 0.005 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.031 34 A 0.032 0.848 0.006 0.004 0.006 0.011 0.016 0.016 0.001 0.001 0.060 35 S 0.097 0.646 0.017 0.007 0.006 0.012 0.014 0.040 0.001 0.004 0.158 36 G 0.415 0.199 0.035 0.012 0.011 0.012 0.021 0.046 0.001 0.010 0.238 37 T 0.223 0.071 0.309 0.016 0.017 0.014 0.108 0.009 0.001 0.009 0.224 38 V 0.030 0.079 0.047 0.041 0.085 0.094 0.076 0.003 0.001 0.005 0.541 39 Q 0.033 0.043 0.002 0.033 0.206 0.319 0.072 0.002 0.001 0.005 0.285 40 R 0.077 0.079 0.003 0.033 0.115 0.152 0.094 0.003 0.001 0.004 0.439 41 A 0.069 0.122 0.002 0.033 0.138 0.183 0.107 0.003 0.001 0.005 0.339 42 D 0.047 0.089 0.005 0.025 0.062 0.103 0.123 0.008 0.001 0.017 0.523 43 G 0.201 0.036 0.036 0.018 0.036 0.039 0.088 0.004 0.001 0.049 0.492 44 S 0.305 0.014 0.061 0.011 0.011 0.012 0.299 0.001 0.001 0.022 0.264 45 I 0.014 0.014 0.005 0.015 0.022 0.033 0.116 0.001 0.001 0.007 0.773 46 Q 0.024 0.038 0.006 0.036 0.129 0.312 0.133 0.001 0.001 0.010 0.312 47 N 0.059 0.070 0.004 0.024 0.056 0.121 0.152 0.003 0.001 0.005 0.505 48 Q 0.163 0.086 0.003 0.021 0.064 0.109 0.080 0.003 0.001 0.005 0.467 49 S 0.034 0.074 0.002 0.007 0.019 0.027 0.094 0.002 0.001 0.004 0.737 50 L 0.057 0.122 0.007 0.016 0.024 0.059 0.162 0.005 0.001 0.007 0.543 51 H 0.111 0.189 0.005 0.019 0.026 0.069 0.161 0.010 0.001 0.009 0.401 52 E 0.230 0.232 0.012 0.020 0.033 0.051 0.094 0.006 0.001 0.010 0.312 53 A 0.157 0.382 0.014 0.026 0.038 0.040 0.071 0.008 0.001 0.006 0.258 54 L 0.211 0.314 0.014 0.061 0.074 0.097 0.028 0.007 0.001 0.005 0.189 55 I 0.102 0.276 0.033 0.107 0.081 0.133 0.044 0.012 0.001 0.004 0.209 56 T 0.045 0.159 0.012 0.068 0.129 0.230 0.065 0.012 0.001 0.004 0.277 57 R 0.026 0.034 0.009 0.038 0.029 0.066 0.036 0.005 0.001 0.004 0.752 58 D 0.023 0.028 0.002 0.013 0.020 0.041 0.419 0.005 0.001 0.010 0.439 59 R 0.153 0.020 0.008 0.023 0.018 0.031 0.282 0.003 0.001 0.019 0.442 60 K 0.123 0.100 0.005 0.035 0.059 0.059 0.212 0.003 0.001 0.014 0.391 61 Q 0.176 0.058 0.026 0.088 0.062 0.074 0.241 0.004 0.001 0.010 0.261 62 V 0.192 0.091 0.004 0.065 0.064 0.138 0.036 0.002 0.001 0.003 0.406 63 F 0.035 0.058 0.013 0.168 0.265 0.282 0.022 0.001 0.001 0.004 0.152 64 R 0.002 0.007 0.001 0.015 0.023 0.026 0.011 0.001 0.001 0.001 0.913 65 I 0.023 0.025 0.006 0.124 0.140 0.437 0.047 0.001 0.001 0.003 0.194 66 E 0.019 0.046 0.001 0.045 0.061 0.104 0.171 0.003 0.001 0.006 0.543 67 D 0.104 0.023 0.003 0.031 0.021 0.033 0.217 0.003 0.001 0.011 0.554 68 S 0.392 0.045 0.003 0.036 0.007 0.012 0.125 0.010 0.001 0.017 0.353 69 I 0.404 0.043 0.041 0.103 0.026 0.028 0.107 0.004 0.001 0.014 0.229 70 P 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.971 71 V 0.018 0.006 0.008 0.354 0.043 0.134 0.059 0.001 0.001 0.007 0.371 72 L 0.032 0.019 0.006 0.447 0.022 0.048 0.083 0.001 0.001 0.007 0.335 73 L 0.019 0.018 0.006 0.203 0.029 0.060 0.202 0.001 0.001 0.003 0.457 74 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 75 E 0.002 0.003 0.001 0.016 0.003 0.010 0.247 0.001 0.001 0.002 0.716 76 E 0.196 0.022 0.001 0.015 0.002 0.004 0.277 0.001 0.001 0.009 0.471 77 A 0.515 0.189 0.001 0.011 0.003 0.005 0.030 0.002 0.001 0.003 0.240 78 I 0.294 0.396 0.012 0.021 0.009 0.013 0.042 0.005 0.001 0.003 0.206 79 A 0.066 0.370 0.009 0.017 0.009 0.014 0.034 0.005 0.001 0.002 0.475 80 T 0.081 0.400 0.016 0.022 0.015 0.023 0.042 0.012 0.001 0.003 0.387 81 I 0.098 0.499 0.012 0.023 0.024 0.022 0.033 0.009 0.001 0.003 0.277 82 Q 0.092 0.424 0.015 0.038 0.024 0.036 0.072 0.013 0.001 0.003 0.284 83 I 0.116 0.486 0.012 0.034 0.032 0.045 0.033 0.006 0.001 0.002 0.232 84 A 0.093 0.460 0.007 0.048 0.030 0.048 0.039 0.015 0.001 0.004 0.256 85 N 0.157 0.170 0.025 0.028 0.014 0.025 0.097 0.063 0.001 0.009 0.412 86 F 0.310 0.126 0.048 0.032 0.021 0.040 0.066 0.014 0.001 0.004 0.337 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 D 0.005 0.003 0.001 0.006 0.007 0.019 0.053 0.001 0.001 0.002 0.903 89 K 0.238 0.016 0.002 0.014 0.007 0.016 0.053 0.001 0.001 0.005 0.647