# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.188 0.132 0.035 0.010 0.018 0.088 0.012 0.517 2 D 0.096 0.234 0.035 0.015 0.050 0.083 0.009 0.479 3 R 0.009 0.061 0.009 0.002 0.008 0.011 0.002 0.898 4 K 0.014 0.129 0.006 0.003 0.005 0.377 0.004 0.462 5 L 0.131 0.249 0.018 0.004 0.007 0.375 0.015 0.200 6 L 0.038 0.869 0.008 0.004 0.005 0.013 0.002 0.061 7 H 0.041 0.856 0.006 0.004 0.006 0.021 0.007 0.059 8 L 0.046 0.861 0.009 0.005 0.007 0.002 0.009 0.060 9 L 0.033 0.907 0.006 0.012 0.014 0.001 0.008 0.019 10 C 0.069 0.505 0.112 0.075 0.060 0.023 0.028 0.129 11 S 0.046 0.161 0.278 0.114 0.094 0.063 0.023 0.221 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 13 D 0.007 0.005 0.017 0.011 0.015 0.337 0.007 0.601 14 T 0.371 0.009 0.078 0.008 0.009 0.081 0.026 0.418 15 R 0.285 0.045 0.029 0.015 0.026 0.070 0.016 0.515 16 Q 0.093 0.018 0.036 0.043 0.038 0.236 0.005 0.532 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 18 L 0.036 0.026 0.061 0.079 0.340 0.054 0.004 0.402 19 S 0.088 0.101 0.081 0.080 0.127 0.105 0.007 0.411 20 L 0.067 0.163 0.051 0.058 0.077 0.050 0.009 0.525 21 L 0.136 0.262 0.075 0.047 0.118 0.058 0.008 0.296 22 E 0.095 0.218 0.023 0.021 0.034 0.106 0.016 0.488 23 S 0.092 0.268 0.043 0.008 0.045 0.074 0.022 0.448 24 K 0.146 0.230 0.022 0.004 0.011 0.082 0.023 0.482 25 G 0.104 0.200 0.015 0.002 0.006 0.227 0.022 0.424 26 L 0.061 0.422 0.024 0.003 0.008 0.251 0.006 0.224 27 E 0.027 0.565 0.005 0.002 0.003 0.077 0.003 0.319 28 A 0.031 0.789 0.002 0.001 0.002 0.031 0.003 0.141 29 L 0.037 0.914 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.035 30 N 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 31 K 0.009 0.937 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.045 32 A 0.035 0.847 0.005 0.001 0.001 0.036 0.017 0.059 33 I 0.058 0.871 0.009 0.002 0.002 0.022 0.009 0.026 34 A 0.046 0.858 0.019 0.005 0.003 0.012 0.013 0.045 35 S 0.083 0.698 0.015 0.003 0.005 0.011 0.057 0.129 36 G 0.451 0.134 0.038 0.006 0.006 0.015 0.243 0.106 37 T 0.285 0.049 0.151 0.049 0.016 0.148 0.075 0.227 38 V 0.013 0.012 0.252 0.131 0.079 0.124 0.004 0.384 39 Q 0.006 0.006 0.123 0.271 0.325 0.064 0.003 0.202 40 R 0.019 0.023 0.072 0.069 0.113 0.146 0.005 0.554 41 A 0.039 0.042 0.128 0.121 0.203 0.139 0.009 0.319 42 D 0.033 0.041 0.036 0.038 0.083 0.134 0.017 0.618 43 G 0.167 0.022 0.042 0.026 0.046 0.114 0.062 0.522 44 S 0.208 0.019 0.047 0.035 0.029 0.398 0.029 0.235 45 I 0.034 0.024 0.050 0.031 0.047 0.201 0.006 0.606 46 Q 0.023 0.034 0.063 0.074 0.172 0.237 0.006 0.391 47 N 0.064 0.051 0.037 0.021 0.054 0.164 0.013 0.597 48 Q 0.123 0.116 0.062 0.039 0.073 0.112 0.013 0.462 49 S 0.041 0.088 0.024 0.020 0.029 0.165 0.011 0.622 50 L 0.098 0.117 0.047 0.036 0.084 0.117 0.021 0.480 51 H 0.086 0.158 0.043 0.041 0.062 0.159 0.016 0.435 52 E 0.080 0.150 0.026 0.027 0.038 0.109 0.018 0.552 53 A 0.167 0.282 0.046 0.037 0.052 0.078 0.020 0.319 54 L 0.225 0.265 0.055 0.066 0.095 0.036 0.020 0.237 55 I 0.081 0.135 0.160 0.161 0.172 0.041 0.015 0.235 56 T 0.037 0.096 0.087 0.153 0.215 0.062 0.013 0.336 57 R 0.032 0.046 0.050 0.044 0.100 0.041 0.009 0.679 58 D 0.012 0.019 0.019 0.024 0.034 0.379 0.014 0.499 59 R 0.225 0.028 0.054 0.018 0.033 0.235 0.048 0.359 60 K 0.148 0.150 0.030 0.035 0.037 0.255 0.022 0.324 61 Q 0.262 0.065 0.035 0.040 0.054 0.209 0.035 0.300 62 V 0.121 0.121 0.046 0.071 0.149 0.040 0.017 0.435 63 F 0.048 0.029 0.083 0.317 0.346 0.042 0.008 0.127 64 R 0.015 0.013 0.012 0.069 0.053 0.040 0.006 0.792 65 I 0.019 0.009 0.189 0.140 0.430 0.032 0.004 0.178 66 E 0.015 0.019 0.038 0.082 0.078 0.267 0.010 0.492 67 D 0.101 0.007 0.044 0.026 0.038 0.160 0.041 0.582 68 S 0.209 0.011 0.121 0.017 0.026 0.161 0.058 0.397 69 I 0.292 0.006 0.175 0.040 0.022 0.305 0.018 0.142 70 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.975 71 V 0.006 0.001 0.410 0.138 0.257 0.051 0.001 0.136 72 L 0.008 0.001 0.572 0.061 0.122 0.048 0.002 0.186 73 L 0.006 0.003 0.441 0.095 0.127 0.066 0.001 0.262 74 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.005 0.001 0.984 75 E 0.005 0.001 0.062 0.015 0.048 0.193 0.002 0.674 76 E 0.099 0.008 0.019 0.010 0.015 0.189 0.012 0.649 77 A 0.425 0.058 0.013 0.012 0.023 0.075 0.010 0.385 78 I 0.288 0.194 0.024 0.037 0.063 0.089 0.007 0.300 79 A 0.108 0.197 0.010 0.019 0.033 0.078 0.008 0.547 80 T 0.121 0.287 0.015 0.020 0.073 0.054 0.012 0.418 81 I 0.125 0.493 0.024 0.023 0.040 0.051 0.011 0.232 82 Q 0.073 0.427 0.052 0.036 0.042 0.100 0.016 0.253 83 I 0.083 0.496 0.064 0.035 0.059 0.037 0.013 0.214 84 A 0.087 0.490 0.056 0.044 0.058 0.044 0.018 0.204 85 N 0.136 0.244 0.031 0.025 0.035 0.062 0.066 0.402 86 F 0.251 0.155 0.082 0.036 0.053 0.056 0.025 0.341 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 88 D 0.021 0.010 0.013 0.011 0.023 0.162 0.007 0.754 89 K 0.310 0.029 0.021 0.008 0.017 0.057 0.015 0.543