# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.327 0.237 0.144 0.056 0.061 0.014 0.003 0.026 0.004 0.001 2 D 0.099 0.109 0.435 0.031 0.040 0.144 0.024 0.001 0.106 0.010 0.001 3 R 0.962 0.001 0.022 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 4 K 0.949 0.002 0.004 0.038 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.843 0.016 0.011 0.115 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 6 L 0.902 0.041 0.025 0.020 0.002 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 7 H 0.853 0.029 0.018 0.041 0.032 0.005 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 8 L 0.657 0.129 0.064 0.115 0.011 0.006 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 9 L 0.262 0.268 0.269 0.079 0.048 0.033 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 10 C 0.206 0.404 0.229 0.075 0.019 0.043 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 11 S 0.030 0.180 0.499 0.009 0.053 0.045 0.012 0.001 0.166 0.007 0.001 12 P 0.850 0.001 0.107 0.018 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 13 D 0.645 0.021 0.042 0.202 0.020 0.017 0.030 0.016 0.004 0.003 0.001 14 T 0.280 0.054 0.073 0.538 0.007 0.015 0.022 0.002 0.008 0.001 0.001 15 R 0.193 0.118 0.246 0.194 0.032 0.029 0.144 0.019 0.016 0.005 0.002 16 Q 0.024 0.391 0.397 0.007 0.025 0.015 0.005 0.001 0.133 0.002 0.001 17 P 0.114 0.004 0.784 0.007 0.001 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 18 L 0.413 0.242 0.187 0.094 0.025 0.018 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 19 S 0.272 0.263 0.231 0.049 0.104 0.034 0.009 0.002 0.035 0.002 0.001 20 L 0.368 0.150 0.293 0.067 0.034 0.054 0.006 0.001 0.024 0.001 0.002 21 L 0.556 0.139 0.163 0.067 0.025 0.025 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 22 E 0.638 0.048 0.117 0.116 0.032 0.023 0.012 0.002 0.009 0.004 0.001 23 S 0.744 0.030 0.052 0.099 0.018 0.017 0.025 0.004 0.009 0.003 0.001 24 K 0.804 0.012 0.051 0.096 0.005 0.007 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 25 G 0.792 0.018 0.032 0.080 0.017 0.013 0.023 0.014 0.004 0.005 0.001 26 L 0.926 0.021 0.027 0.017 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 E 0.976 0.005 0.004 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.937 0.005 0.005 0.041 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 29 L 0.878 0.009 0.012 0.091 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 30 N 0.897 0.008 0.020 0.044 0.004 0.005 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 31 K 0.959 0.005 0.006 0.022 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.929 0.008 0.009 0.044 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 33 I 0.868 0.031 0.025 0.059 0.005 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 34 A 0.852 0.029 0.030 0.051 0.011 0.006 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 35 S 0.295 0.024 0.098 0.480 0.011 0.007 0.072 0.004 0.006 0.003 0.001 36 G 0.044 0.003 0.022 0.012 0.020 0.002 0.084 0.678 0.001 0.133 0.001 37 T 0.266 0.186 0.361 0.099 0.035 0.030 0.009 0.002 0.010 0.002 0.001 38 V 0.331 0.274 0.243 0.054 0.034 0.030 0.009 0.001 0.022 0.001 0.001 39 Q 0.346 0.274 0.188 0.076 0.048 0.040 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 40 R 0.262 0.201 0.283 0.100 0.063 0.042 0.013 0.002 0.030 0.002 0.001 41 A 0.586 0.134 0.111 0.088 0.023 0.017 0.010 0.002 0.024 0.003 0.002 42 D 0.168 0.036 0.139 0.440 0.016 0.018 0.162 0.004 0.010 0.005 0.001 43 G 0.018 0.005 0.017 0.016 0.020 0.003 0.110 0.696 0.002 0.114 0.001 44 S 0.141 0.197 0.503 0.061 0.040 0.026 0.011 0.003 0.012 0.004 0.001 45 I 0.278 0.212 0.351 0.066 0.020 0.041 0.008 0.002 0.018 0.002 0.002 46 Q 0.358 0.215 0.222 0.107 0.039 0.028 0.011 0.001 0.016 0.002 0.002 47 N 0.226 0.135 0.195 0.218 0.088 0.063 0.033 0.005 0.030 0.006 0.002 48 Q 0.360 0.177 0.263 0.059 0.048 0.024 0.015 0.003 0.043 0.006 0.001 49 S 0.698 0.034 0.180 0.043 0.007 0.021 0.005 0.001 0.006 0.001 0.002 50 L 0.603 0.051 0.116 0.167 0.015 0.025 0.009 0.002 0.011 0.001 0.001 51 H 0.659 0.058 0.111 0.098 0.013 0.021 0.024 0.003 0.011 0.002 0.001 52 E 0.780 0.026 0.057 0.085 0.009 0.008 0.027 0.002 0.004 0.001 0.001 53 A 0.737 0.067 0.044 0.093 0.022 0.007 0.016 0.002 0.011 0.001 0.001 54 L 0.378 0.170 0.203 0.152 0.029 0.034 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 55 I 0.310 0.400 0.169 0.057 0.018 0.022 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 56 T 0.202 0.254 0.251 0.059 0.072 0.072 0.019 0.001 0.063 0.005 0.001 57 R 0.742 0.022 0.111 0.082 0.014 0.011 0.006 0.001 0.007 0.002 0.002 58 D 0.507 0.035 0.063 0.277 0.025 0.033 0.038 0.007 0.012 0.004 0.001 59 R 0.633 0.058 0.108 0.126 0.012 0.017 0.028 0.004 0.012 0.002 0.001 60 K 0.588 0.118 0.103 0.123 0.021 0.011 0.023 0.004 0.007 0.002 0.001 61 Q 0.390 0.166 0.162 0.169 0.040 0.028 0.027 0.002 0.015 0.001 0.001 62 V 0.245 0.474 0.120 0.089 0.036 0.012 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 63 F 0.040 0.679 0.100 0.010 0.110 0.012 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 64 R 0.027 0.135 0.655 0.007 0.004 0.164 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 65 I 0.212 0.363 0.309 0.035 0.020 0.033 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 66 E 0.397 0.223 0.128 0.097 0.048 0.034 0.029 0.002 0.036 0.005 0.001 67 D 0.139 0.024 0.081 0.331 0.027 0.019 0.344 0.014 0.007 0.013 0.001 68 S 0.046 0.029 0.049 0.167 0.035 0.016 0.286 0.331 0.005 0.035 0.001 69 I 0.013 0.413 0.458 0.004 0.026 0.005 0.005 0.001 0.073 0.002 0.001 70 P 0.047 0.015 0.852 0.009 0.003 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 71 V 0.034 0.656 0.210 0.025 0.033 0.024 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 72 L 0.031 0.583 0.272 0.016 0.045 0.035 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 L 0.006 0.198 0.576 0.003 0.041 0.055 0.002 0.001 0.117 0.002 0.001 74 P 0.672 0.003 0.277 0.006 0.004 0.010 0.001 0.001 0.003 0.004 0.021 75 E 0.939 0.003 0.022 0.026 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.746 0.012 0.015 0.209 0.003 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 77 A 0.609 0.068 0.058 0.211 0.009 0.011 0.022 0.001 0.010 0.001 0.001 78 I 0.621 0.171 0.119 0.035 0.011 0.012 0.012 0.001 0.017 0.001 0.001 79 A 0.713 0.054 0.137 0.048 0.009 0.026 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 80 T 0.705 0.088 0.058 0.104 0.017 0.009 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 81 I 0.610 0.177 0.095 0.045 0.042 0.008 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 82 Q 0.466 0.207 0.175 0.056 0.024 0.050 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 83 I 0.406 0.332 0.128 0.075 0.016 0.022 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 84 A 0.355 0.207 0.153 0.153 0.055 0.027 0.022 0.002 0.025 0.002 0.001 85 N 0.134 0.129 0.203 0.242 0.053 0.066 0.127 0.016 0.023 0.007 0.002 86 F 0.015 0.241 0.435 0.007 0.031 0.014 0.010 0.001 0.240 0.006 0.001 87 P 0.301 0.003 0.589 0.012 0.002 0.016 0.001 0.001 0.003 0.002 0.071 88 D 0.416 0.060 0.177 0.264 0.022 0.027 0.014 0.007 0.010 0.002 0.002 89 K 0.296 0.131 0.270 0.158 0.049 0.029 0.026 0.010 0.024 0.006 0.001